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De 1999 à 2003, au cours de cinq étés successifs, le laboratoire Ifremer d'Arcachon a mené une étude visant à identifier les facteurs conditionnant le niveau de recrutement du naissain d'huîtres dans le bassin d'Arcachon. Parmi ces facteurs, figuraient les différents polluants susceptibles de perturber le cycle de reproduction, soit directement par action sur les géniteurs et/ou les larves, soit indirectement par action sur la nourriture des larves. Cette étude a permis de mettre en évidence la présence, essentiellement dans les ports mais aussi dans le bassin , de molécules herbicides (diuron, irgarol) dont on sait qu'elles sont, ou étaient à cette époque, utilisées comme biocide dans les peintures anti-salissure. Au cours de cette même étude, des molécules insecticides (qui n'ont rien à voir avec les peintures anti-salissure) ont également été trouvées à des teneurs anormalement élevées, molécules dont on soupçonnait à l'époque qu'elles pouvaient être liées au traitement anti-termites des sols avant construction. Ainsi l'ifremer a-t-il proposé la réalisation d'une seconde étude visant à décrire la contamination des masses d'eau, de la matière vivante et des sédiments par diverses molécules à propriétés insecticides, fongicides ou herbicides. Cette deuxième étude a confirmé la présence de l'irgarol dans la masse d'eau (sites Les Jacquets et Comprian), exclusivement entre juin et septembre, à de plus fortes concentrations qu'au cours des étés précédents. Parallèlement, l'exploitation des résultats du RNO (Réseau National d'Observation de la qualité du milieu marin) montre, depuis quelques années, une augmentation croissante de la contamination des huîtres du bassin d'Arcachon par les Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP), contamination qu'il est tentant de mettre en relation avec la fréquentation nautique du bassin. Dans le cadre du suivi du Schéma de Mise en Valeur de la Mer du bassin d'Arcachon, Monsieur le Sous-Préfet d'Arcachon a souhaité mettre en place une Commission "Plaisance et Environnement" dont la première réunion a eu lieu le 20 septembre 2007. Au cours de cette réunion, il a été demandé à l'ifremer de réaliser un document de synthèse sur ces différents rèsultats d'étude ou de suivi. Ce document n'a pas pour objet de tirer des conclusions hâtives ou de « désigner un coupable» mais de faire un point factuel sur les résultats obtenus et mettre en évidence à la fois les faits connus et les incertitudes qui subsistent.
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