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| IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; CARAZZOLLE, M. F.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.. |
| Neste trabalho foi realizado o seqüenciamento de RNA em larga escala de 12 bibliotecas de Coffea arabica cv. IAPAR59: folha, flor, frutos ao longo do seu desenvolvimento e frutos tratados com o indutor de metabolismo secundário metiljasmonato. Foram gerados no total 84.798.835 sequências (Illumina, HiSeq2000), que foram montadas em 127.600 contigs com tamanho médio de 1264bp, dos quais 65480 foram considerados como variantes de splicing únicos (unigenes). Neste trabalho, reportamos a montagem de novo do transcriptoma realizada com as sequências destas bibliotecas e os dados preliminares de anotação funcional e categorização. Trata-se do primeiro trabalho de sequenciamento Illumina com frutos de cafeeiro, que pode trazer importantes informações sobre genes... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: RNA-Seq; Transcriptoma; Illumina; Coffea arabica. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975225 |
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| FERREIRA, A.; CARMO, K. B. do; BEHLING, M.; WEBER, O. L. dos S.. |
| A utilização de sistemas integrados de produção se apresenta como uma das opções para garantir melhorias na produção de grãos, carne e madeira com sustentabilidade e conservação desses recursos. Os sistemas integrados podem ter diferentes configurações produtivas no campo, sendo que nos últimos anos tem se adotado cada vez mais a integração Lavoura-Pecuária-Floresta (ILPF). Os sistemas de iLPF possibilitam a recuperação de áreas degradadas por meio da intensificação do uso da terra, potencializando os efeitos complementares ou sinergéticos existentes entre as diversas espécies vegetais e a criação de animais, proporcionando, de forma sustentável, uma maior produção por área. Nesses sistemas de produção as avaliações da diversidade microbiana do solo podem... |
| Tipo: Parte de livro |
Palavras-chave: Dgge; Ecologia microbiana; Illumina; Integração lavoura-pecuaria-floresta; Ilpf; Qualidade de solo. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065120 |
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| Carvalho,Daniel Cardoso; Perini,Violeta da Rocha; Bastos,Alex Schomaker; Costa,Igor Rodrigues da; Luz,Ronald Kennedy; Furtado,Carolina; Prosdocimi,Francisco. |
| Abstract Lophiosilurus alexandri is an endemic catfish from the São Francisco River Basin (Brazil) popularly known as pacamã, which has economic potential for aquaculture farming. The mitochondrial genome was sequenced for the threatened Neotropical catfish L. alexandri. Assembly into scaffolds using MIRA and MITObim software produced the whole, circularized mitochondrial genome, which comprises 16,445 bp and presents the typical gene arrangement of Teleostei mitochondria. A phylogenomic analysis was performed after the concatenation of all proteins obtained from whole mitogenomes of 20 Siluriformes and two outgroups. The results confirmed the monophyly of nine families of catfishes and also clustered L. alexandri as a sister group to the family... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/other |
Palavras-chave: Mitogenome; Fish; Next-generation-sequencing; Illumina; Pseudopimelodidae. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572016000400674 |
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| Shibao,Priscila Yumi Tanaka; Cologna,Camila Takeno; Morandi-Filho,Romualdo; Wiezel,Gisele Adriano; Fujimura,Patricia Tiemi; Ueira-Vieira,Carlos; Arantes,Eliane Candiani. |
| Abstract Background: Animal poisons and venoms are sources of biomolecules naturally selected. Rhinella schneideri toads are widespread in the whole Brazilian territory and they have poison glands and mucous gland. Recently, protein from toads’ secretion has gaining attention. Frog skin is widely known to present great number of host defense peptides and we hypothesize toads present them as well. In this study, we used a RNA-seq analysis from R. schneideri skin and biochemical tests with the gland secretion to unravel its protein molecules. Methods: Total RNA from the toad skin was extracted using TRizol reagent, sequenced in duplicate using Illumina Hiseq2500 in paired end analysis. The raw reads were trimmed and de novo assembled using Trinity. The... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: RNA-seq; Rhinella schneideri; Toad secretion; Transcriptome; Illumina; Cutaneous secretion; Skin secretion; Toad protein. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1678-91992018000100326 |
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