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Etude de la biomasse bactérienne dans le bassin de Marennes-Oléron ArchiMer
Heral, Maurice; Prou, Jean.
A seasonal study of total microflore shows that heterotrophic germs are submitted to a distinctive evolution in autumn and winter suspension and degradation of detritic material; in spring an summer bacterial growth due to degradation of phytoplanction. In summer enterocoques give evidence of positive summer pollution. Survival on the mud of Escherichia coli and overall of enterocoques indicates that the substration is particularly suitable to germ proliferation;
Tipo: Text Palavras-chave: Marennes Oléron; Escherichia coli; Bactériologie; Biomasse.
Ano: 1980 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/1980/acte-3005.pdf
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Les études sanitaires et la pêche à pied professionnelle : l'exemple de Bonne Anse en Charente-Maritime ArchiMer
Piquet, Jean-come.
Tout coquillage mis en vente est issu d’une zone de production (gisement naturel ou concession) classée et surveillée au niveau sanitaire. Quatre classements sont définis de A à D par ordre décroissant de salubrité, du classement A (bonne qualité) autorisant la commercialisation directe des coquillages, au classement D (très mauvaise qualité). Pour définir ce classement, une étude sanitaire est préalablement conduite par l’Ifremer sur demande de l’Administration. L’étude sanitaire réalisée à Bonne Anse en Charente-Maritime, a abouti en 2009 à un arrêté préfectoral classant en B le gisement de palourdes. Aujourd’hui, la qualité sanitaire de la zone est surveillée régulièrement par l’Ifremer, et environ 25 pêcheurs à pied professionnels exploitent le gisement.
Tipo: Text Palavras-chave: Etude sanitaire; Pêche à pied professionnelle; Charente-Maritime; Bonne Anse; Escherichia coli; Cadmium.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00048/15965/13405.pdf
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Caractérisation hydrologique et microbiologique du bassin versant de Sainte Anne (Plouzané) ArchiMer
Belloir, Jerome.
The coastline has many activities related to water quality such as bathing activities. Coastal catchments are known to be source of microbial input to the marine environment, their flows and runoff bringing important quantities of sediment, bacteria and other particles. Thus, a network of monitoring and modeling may be necessary to prevent economic losses such as a closure of beaches due to contamination. Hence, within the framework of project GIRAC, a modeling of river and E. coli flow in the Sainte-Anne catchment was developed. To implement the model AVSWAT on the catchment, a data collection (stream gauging, E. coli analyses) and work on GIS was necessary. The aim of this study is the hydrological and microbiological characterization of the catchment....
Tipo: Text Palavras-chave: Bassin versant; Débits; Escherichia coli; SIG; Sainte-Anne; Catchment; River flow; Escherichia coli; GIS; Sainte-Anne.
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15571/12969.pdf
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Etude sanitaire microbiologique. Ria de la rivière du Faou ArchiMer
Monfort, Patrick; Lebrun, Luc.
L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel d'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (palourdes), l'administration départementale a donné un avis favorable et mission l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (Ifremer) pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et à l'opposé, une qualité bactériologique médiocre, induisant une estimation de la qualité en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En...
Tipo: Text Palavras-chave: Rivière du Faou; Contamination fécale; Escherichia coli; Plomb; Cadmium; Mercure; Dioxines; Polychlorobiphényles; Benzo(a)pyrène; Zone conchyli cole; Palourdes.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00249/36053/34603.pdf
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Qualité microbiologique des coquillages destinés à la consommation humaine : contamination des coquillages par Escherichia coli. Sous-région marine Golfe de Gascogne. Evaluation initiale DCSMM. ArchiMer
Amouroux, Isabelle.
Tipo: Text Palavras-chave: Golfe de Gascogne; Coquillages; Escherichia coli; Contamination; Réglementation; Qualité microbiologique; Evolution.
Ano: 2012 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00329/44060/43631.pdf
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Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de Loire-Atlantique. Edition 2019 ArchiMer
Piquet, Jean-come; Schmitt, Anne; Rocq, Sophie; Cochennec-laureau, Nathalie.
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats, ce rapport décrit les résultats obtenus en 2018 pour le réseau de surveillance de la contamination microbiologique REMI et du réseau d’observation de la contamination chimique ROCCH du département de Loire–Atlantique. Il présente l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.
Tipo: Text Palavras-chave: Ifremer; REMI; Escherichia coli; Contamination bactériologique des coquillages; ROCCH; Contaminants chimiques; Milieu marin; Estimation de la qualité sanitaire des zones de production; Département de Loire-Atlantique.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00495/60625/64117.pdf
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Comparaison de methodes directes (microscopiques) et indirectes (par mise en culture) dans l'evaluation d'une pollution bacterienne d'origine fecale. Etude preliminaire ArchiMer
Munro, P; Bianchi, M.
Cells of two serotypes of Escherichia coli (O26B6 and 0111B4) were counted using epifluorescence and immunofluorescence microscopy (nonavalent serum) and plate count on specific medium. Values from indirect counts were 10 fold smaller than those from both microscopic counts. In a sample of sea water from an area receiving a fecal pollution, the highest number of bacteria was obtained by epifluorescence microscopy. In that case, the number of cells counted by immunofluorescence microscopy was 10 fold smaller than the number of bacteria able to grow on the medium. It could be due to: the diversity of the natural community, the possibility to other bacteria than E. coli to grow on the used culture medium, the restrictiveness of the serum for "pathogenic...
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Bacteria; Microbiological culture; Pathogenic bacteria; Microbial contamination; Bacterial counters; Fluorescence microscopy; Bacteria collecting devices; Indicator species.
Ano: 1984 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/1984/acte-1001.pdf
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Bilan des analyses du réseau microbiologique (REMI), en Languedoc-Roussillon, d'avril 1989 à décembre 1991 ArchiMer
Comps, Marie-annick; Tournier, Henri; Sospedra, Colette.
Le réseau de surveillance microbiologique d'IFREMER a été mis en place dans toute la France en 1989, dans le but de garantir la santé publique et de suivre la qualité de l'environnement. Dans la région Languedoc-Roussillon sept sites producteurs de coquillages sont surveillés chaque mois ou plus fréquemment si· nécessaire. Dans le présent rapport, les méthodes d'analyses et les critères d'étude des données sont décrits; les résultats acquis d'avril 1989 à décembre 1991 sont présentés pour chaque site en essayant d'expliquer les contaminations observées par les sources de pollution potentielles recensées, la pluviométrie ou tout autre facteur local. Un traitement des données conduit à différentes conclusions : - En mer, où l'élevage des moules sur filière...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau microbiologique; Languedoc-Roussillon; Escherichia coli; Salmonelles; Surveillance.
Ano: 1993 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00418/52976/53904.pdf
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Recherche de l'origine des sources de contamination microbiologique en rivière de Pénerf. Etat des lieux et proposition de suivi complémentaire ArchiMer
Treguier, Cathy; Stanisiere, Jean-yves; Allenou, Jean-pierre; Manach, Soazig.
La qualité microbiologique des zones de production conchylicole de la rivière de Pénerf (Morbihan) se dégrade depuis 2005, avec l'apparition d'alertes régulières, déclenchées dans le cadre du réseau de suivi microbiologique des zones de production de coquillages (REMI) de l'Ifremer. Les sources potentielles de contamination présentes au niveau du bassin versant sont nombreuses avec la présence de 5 stations d'épuration y rejetant leurs effluents, de nombreux secteurs en assainissement individuel, des réseaux d'eaux pluviales potentiellement contaminés, deux entreprises agroalimentaires et 107 exploitations agricoles. En vue de préciser l'origine des contaminations dans ce secteur, les résultats acquis dans le cadre de trois réseaux de suivi (suivi des eaux...
Tipo: Text Palavras-chave: Contamination fécale; Escherichia coli; Bassin versant; Pénerf; Sources de contamination; Qualité des zones de production conchylicoles.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00141/25176/23281.pdf
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Résultats de la Surveillance de la Qualité du Milieu Marin Littoral - Départements : Charente- Maritime & Vendée (sud) - Edition 2007 ArchiMer
Ifremer.
Le Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais opère, sur le littoral des départements de Charente-Maritime et de Vendée (partie sud), les réseaux de surveillance nationaux de l’Ifremer dont une description succincte est présentée ci-dessous. Les résultats figurant dans ce bulletin sont obtenus à partir de données validées extraites de la base Ifremer Quadrige1 (base des données de la surveillance de l’environnement marin littoral): REMI Réseau de contrôle microbiologique, REPHY Réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines, RNO Réseau national d’observation de la qualité du milieu marin, REMORA Réseau mollusques des ressources aquacoles, RAZLEC Réseau de suivi hydrologique sur le Bassin de Marennes-Oléron
Tipo: Text Palavras-chave: Surveillance pollution; Milieu marin; Réseau observation; Zone littorale; Phytoplancton; Metal lourd; Toxicité; Escherichia coli; Alexandrium; Dinophysis; Charente Maritime; Vendée Sud.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00041/15210/12538.pdf
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Investigating an avian source of shellfish faecal contamination in the Thau lagoon (the Mediterranean, France) ArchiMer
Derolez, Valerie; Serais, Ophelie; Caprais, Marie-paule; Le Saux, Jean-claude; Messiaen, Gregory.
Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather.Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were...
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Origine aviaire; Coquillage; Contamination fécale; Étang de Thau; Oiseau de mer; Bactériophage; Dépistage de la source microbienne; Temps sec; Escherichia coli; Avian source; Shellfish; Faecal contamination; Thau lagoon; Seabird; Bacteriophage; Microbial source tracking; Dry weather.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00025/13593/10659.pdf
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Contrasting effects of historical contingency on phenotypic and genomic trajectories during a two-step evolution experiment with bacteria ArchiMer
Plucain, Jessica; Suau, Antonia; Cruveiller, Stephane; Medigue, Claudine; Schneider, Dominique; Le Gac, Mickael.
Background The impact of historical contingency, i.e. the past evolutionary history of a population, on further adaptation is mostly unknown at both the phenotypic and genomic levels. We addressed this question using a two-step evolution experiment. First, replicate populations of Escherichia coli were propagated in four different environmental conditions for 1000 generations. Then, all replicate populations were transferred and propagated for further 1000 generations to a single new environment. Results Using this two-step experimental evolution strategy, we investigated, at both the phenotypic and genomic levels, whether and how adaptation in the initial historical environments impacted evolutionary trajectories in a new environment. We showed that...
Tipo: Text Palavras-chave: Experimental evolution; Escherichia coli; Adaptation; Historical contingency; Epistasis.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00333/44447/44118.pdf
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Recherche de l'origine des sources de contamination microbiologique en rivière de Pénerf. Partie 2, Hiérarchisation des flux et modélisation de la contamination ArchiMer
Treguier, Cathy; Hitier, Benoist.
Dans le cadre de la recherche de l’origine des contaminations en rivière de Penerf, une étude a été menée en partenariat entre l’Ifremer et le SIAGM de juillet 2010 à décembre 2011. Des échantillons d’eau douce aux 8 principaux exutoires, ainsi que des coquillages ont été prélevés à une fréquence bimensuelle afin de dénombrer les indicateurs de contamination fécale Escherichia coli. Le calcul des débits au niveau du bassin versant a permis de reconstituer les flux de bactéries fécales provenant des exutoires étudiés. La contamination des points de prélèvement coquillages situés plus en amont s’avère être supérieure, en moyenne, à la contamination des points REMI situés en aval. Cependant, aucune relation statistique significative n’a pu être mise en...
Tipo: Text Palavras-chave: Contamination fécale; Escherichia coli; Bassin versant; Pénerf; Flux; Qualité des zones de production conchylicoles; Modélisation.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00140/25174/23280.pdf
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VIBRance : éValuation des Impacts Bactériologiques dans l'Estuaire de la Rance. Hiérarchisation des flux de contamination microbiologique dans le cadre de l’élaboration du profil de vulnérabilité conchylicole du secteur Rance et baie de Saint-Malo ArchiMer
Cheve, Julien; Le Noc, Sandrine.
Le projet VIBRance (éValuation des Impacts Bactériologiques dans l’estuaire de la Rance) a fait suite à l’observation d’une nette dégradation de la qualité microbiologique des eaux dans l’estuaire de la Rance (Rance maritime & baie de Saint-Malo) au milieu des années 2010, présentant un risque pour la pérennité des activités tributaires : pêche à pied de loisir et professionnelle, conchyliculture, algoculture et à plus long terme la baignade. La situation revêt un caractère multi-sources (nombreux exutoires) et complexe (hydrodynamisme d’un estuaire découpé et contrôlé par un barrage marémoteur). La problématique posée est quelles sont les sources de contamination microbiologique dans l’estuaire de la Rance et leurs impacts associés ? Le projet...
Tipo: Text Palavras-chave: Impact; Bactériologique; Microbiologique; Estuaire; Rance; Baie de Saint- Malo; Profil; Vulnérabilité; Conchylicole; Baignade; Pêche; Pied; Escherichia coli; Diagnostic; Courantologie; Modélisation; Dispersion source; Contributeur; VIBRance.
Ano: 2018 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00442/55363/56879.pdf
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Qualité du Milieu Marin Littoral - Bulletin de la surveillance - Edition 2011 - Départements : Charente- Maritime & Vendée (Sud) ArchiMer
Ifremer.
L’Ifremer met en oeuvre, à l’échelle de l’ensemble du littoral métropolitain, une surveillance de la qualité du milieu marin côtier pour répondre aux objectifs environnementaux de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), aux obligations des conventions régionales marines (OSPAR et Barcelone) et aux objectifs sanitaires réglementaires concernant le suivi de la salubrité des coquillages des zones de pêche et de production conchylicoles. Cette surveillance s’appuie sur plusieurs réseaux de surveillance : le réseau de contrôle microbiologique (REMI), le réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines (REPHY), le réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH) et le réseau de surveillance benthique (REBENT). Ces réseaux sont mis en oeuvre par...
Tipo: Text Palavras-chave: Surveillance pollution; Milieu marin; Réseau observation; Zone littorale; Phytoplancton; Metal lourd; Toxicité; Escherichia coli; Alexandrium; Dinophysis; Charente Maritime; Vendée Sud.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00041/15225/12542.pdf
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Etude sanitaire de la zone des Sableaux (85) – groupes 2 et 3 ArchiMer
Rocq, Sophie.
L’étude sanitaire de la zone des Sableaux a été menée en réponse à la demande de classement de cette zone par le Comité Régional des Pêches et des Elevages Marins des Pays de la Loire, pour les groupes 2 (coquillages fouisseurs) et 3 (coquillages non fouisseurs). Une étude de dossier a été réalisée afin de recenser les principales sources de contamination microbiologique et d’évaluer leurs impacts sur la zone étudiée. Deux points de prélèvement de coquillages (un pour les palourdes, un pour les moules) ont été échantillonnés deux fois par mois entre février 2019 et janvier 2020, en vue de l’analyse de leur concentration en Escherichia coli (indicateur de contamination fécale). Les résultats de ces analyses permettent d’estimer en B la qualité de chacun des...
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Étude sanitaire; Vendée; Classement sanitaire; Contamination bactériologique des coquillages; Moules; Palourdes; Fouisseurs; Non fouisseurs; Noirmoutier; Les Sableaux.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00618/73023/72100.pdf
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Adaptative responses of E-coli to marine environmental stresses. a modelling approach based on viability and dormancy concepts ArchiMer
Martin, Y; Troussellier, Marc; Bonnefont, Jl.
In an attempt to synthesize conceptual and experimental information on the behaviour of enteric bacteria in seawater, a mathematical model has been developed. This model is based on changes in intracellular metabolisable components depending an physiological responses of the cell when subjected to nutrient starvation, salinity stress and solar radiation. Following a strategy which takes into account short- and mid-term physiological adaptation and reversal processes, the cells can develop in different states: culturable (B-1), viable and definitively nonculturable (B-2), and reversibly dormant (B-3) cells. Model parameters were deduced either from original microcosm experiments, from literature data or calibration procedures. Validation of the model was...
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Eau de mer; Stress; États cellulaires; Modélisation; Escherichia coli; Seawater; Stress; Cellular states; Modelling.
Ano: 1998 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00325/43646/43224.pdf
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Norwalk virus-specific binding to oyster digestive tissues ArchiMer
Le Guyader, Soizick; Loisy, Fabienne; Atmar, R; Hutson, A; Estes, M; Ruvoen-clouet, N; Pommepuy, Monique; Le Pendu, J.
The primary pathogens related to shellfishborne gastroenteritis outbreaks are noroviruses. These viruses show persistence in oysters, which suggests an active mechanism of virus concentration. We investigated whether Norwalk virus or viruslike particles bind specifically to oyster tissues after bioaccumulation or addition to tissue sections. Since noroviruses attach to carbohydrates of the histo-blood group family, tests using immunohistochemical analysis were performed to evaluate specific binding of virus or viruslike particles to oyster tissues through these ligands. Viral particles bind specifically to digestive ducts (midgut, main and secondary ducts, and tubules) by carbohydrate structures with a terminal N-acetylgalactosamine residue in an alpha...
Tipo: Text Palavras-chave: Bioaccumulation; Shellfish; Escherichia coli; Pathogen; Oyster digestive tissue; Noroviruses.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-1542.pdf
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Etude sanitaire des zones 22.04.11, 22.06.12 et 22.06.13 entre la baie de Paimpol et l'île de Bréhat - groupe III ArchiMer
Cheve, Julien; Le Noc, Sandrine.
Ce rapport présente l’évaluation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production conchylicole 22.04.11 « Baie de Paimpol Sud », 22.06.12 « Ilots de Bréhat Sud » et 22.06.13 « Lanmodez, ilots de Bréhat Ouest ». La qualité globale des zones est bonne, présentant entre 96% et 99 % de résultats inférieurs à 230 E.coli / 100g CLI . Mais chacune d’entre elles présente un pic de moyenne qualité microbiologique sur la période de l’étude, qui les déclasse en B. Bien que d’occurences rares, ces contaminations peuvent difficilement être considérées comme exceptionnelles. Les conclusions de l’étude sont : - Zone 22.04.11 « Baie de Paimpol Sud » : La qualité sanitaire estimée est B, les points de suivi à maintenir sont « Port Lazo » et « Kérarzic...
Tipo: Text Palavras-chave: Etude sanitaire; Escherichia coli; Contamination bactériologique des coquillages; Contaminants chimiques; Milieu marin; Zones de production; Baie de Paimpol; Ile de Bréhat; Lanmodez; Département 22; Côtes d’Armor; Groupe III; Huîtres..
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00586/69794/67689.pdf
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Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole : Département : Gironde - Edition 2006 ArchiMer
Cantin, Christian; Neaud-masson, Nadine; Mayeur, Didier.
After a reminder of the objectives, operation and method of interpreting the results of the REMI microbiological monitoring network, this report establishes a national assessment and describes the annual programme of the Gironde region. It presents all of the results obtained, in particular the assessment of the quality of listed shellfish production areas and the evolution of their quality.
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Contamination; Microbiology; Environment quality; Shellfish culture; Département de la Gironde; Classement sanitaire des zones de production; Contamination bactériologique des coquillages; Escherichia coli; REMI.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-2102.pdf
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