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Electric eels galore: microsatellite markers for population studies Neotropical Ichthyology
Souza-Shibatta,Lenice; Ferreira,Dhiego G.; Santos,Kátia F.; Galindo,Bruno A.; Shibatta,Oscar A.; Sofia,Silvia H.; Giacomin,Renata M.; Bastos,Douglas A.; Mendes-Júnior,Raimundo N. G.; Santana,Carlos David de.
Abstract Fourteen novel microsatellite loci are described and characterized in two species of electric eels, Electrophorus variiand E. voltaifrom floodplains and rivers of the Amazon rainforest. These loci are polymorphic, highly informative, and have the capacity to detect reliable levels of genetic diversity. Likewise, the high combined probability of paternity exclusion value and low combined probability of genetic identity value obtained demonstrate that the new set of loci displays suitability for paternity studies on electric eels. In addition, the cross-amplification of electric eel species implies that it may also be useful in the study of the closely related E. electricus, and to other Neotropical electric fishes (Gymnotiformes) species as tested...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Amazon Rainforest; Electrophorus; Genetic diversity; Gymnotiformes; SSR.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252020000400202
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第40回アメリカ生殖学会 (40th Annual Meeting of the Society for the Study of Reproduction) への参加及び発表 OAK
笹原, 希笑実.
Palavras-chave: SSR; サンアントニオ; 黄体.
Ano: 2008 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/1824
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Identificação de marcadores microssatélites relacionados ao escurecimento de grãos em feijão PAB
Couto,Karla Rodrigues; Santos,João Bosco dos; Ramalho,Magno Antônio Patto; Silva,Graciele Simoneti da.
O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites ligados ao loco de características quantitativas (QTL) responsável pelo escurecimento tardio do tegumento de feijões do tipo carioca, a fim de reduzir o tempo de avaliação necessário para seleção quanto a essa característica. Foram utilizados dados de avaliação fenotípica de 185 progênies F2:3 derivadas do cruzamento VC-3 x 'BRSMG Majestoso', para o estudo do controle genético do escurecimento dos grãos. Com esses dados, foram confeccionados dois "bulks" segregantes de DNA, empregados para a avaliação de 444 pares de primers SSR. Os aplicativos computacionais GQMOL e Sisvar foram utilizados para avaliar as segregações, confeccionar um grupo de ligação e realizar análises de marca simples...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Locos de características quantitativas; Marcador molecular; Seleção assistida; SSR.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010001100006
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Validation of microsatellite markers for assisted selection of soybean resistance to cyst nematode races 3 and 14 PAB
Silva,Marcia Flores da; Schuster,Ivan; Silva,João Flávio Veloso da; Ferreira,Adésio; Barros,Everaldo Gonçalves de; Moreira,Maurilio Alves.
The objective of this work was to validate microsatellite markers associated with resistance to soybean cyst nematode (Heterodera glycines Ichinohe) races 3 and 14, in soybean (Glycine max L.) genotypes, for use in marker-assisted selection (MAS) programs. Microsatellites of soybean linkage groups A2, D2 and G were tested in two populations, and their selection efficiencies were determined. The populations were 65 F2:3 families from Msoy8001 (resistant) x Conquista (susceptible) cross, and 66 F2:3 families of S5995 (resistant) x Renascença (susceptible) cross, evaluated for resistance to races 3 and 14, respectively. Families with female index up to 30% were considered moderately resistant. Markers of A2 and G linkage groups were associated with resistance...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; Heterodera glycines; Soybean breeding; SCN; SSR; MAS.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800011
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Outcrossing rate between 'Haden' and 'Tommy Atkins' mangoes estimated using microsatellite and AFLP markers PAB
Santos,Carlos Antonio Fernandes; Lima Neto,Francisco Pinheiro.
The objective of this work was to estimate outcrossing rates between Haden and Tommy Atkins mango cultivars, using AFLP and microsatellite markers. Progenies of an isolated 'Haden' plant, identified in a 'Tommy Atkins' commercial orchard, in Petrolina, PE, Brazil, were analyzed. Total DNA was isolated from the progeny leaves and used for AFLP and microsatellite reactions. Multilocus outcrossing rates (t m) were estimated by direct count of AFLP or microsatellite markers and by the mLTR software. Outcrossing rates ranged from 0.85 to 0.87 with the analysis based on seven AFLP markers, and from 0.83 to 0.91 based on three microsatellite primers. No unexpected band patterns were observed for 'Haden' and 'Tommy Atkins'. The estimates obtained with the mLTR...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mangifera indica; MLTR; Multilocus estimation; SSR.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000800016
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Correlação da heterose de híbridos de milho com divergência genética entre linhagens PAB
Guimarães,Paula de Souza; Paterniani,Maria Elisa Ayres Guidetti Zagatto; Lüders,Reginaldo Roberto; Souza,Anete Pereira de; Laborda,Prianda Rios; Oliveira,Karine Miranda.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a produtividade de híbridos simples de milho obtidos de cruzamentos dialélicos entre linhagens divergentes, estimar a capacidade de combinação das linhagens e confirmar se a divergência genética entre as linhagens, obtida por marcadores moleculares, é correlacionada com a heterose dos híbridos simples no campo. Trinta e seis híbridos resultantes do dialelo parcial e as 12 linhagens parentais foram avaliadas em Campinas em blocos ao acaso, com três repetições e duas testemunhas. A capacidade de combinação das linhagens foi estimada de acordo com o modelo 4 de Griffing. Estimaram-se a correlação matricial, mediante a estatística de Mantel, entre heterose, produtividade e capacidade específica de combinação com...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays; Marcadores moleculares; Dialelo parcial; Capacidade de combinação; AFLP; SSR.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000600007
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Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum, B. elkanii e soja PAB
Santos,Maria Aparecida dos; Nicolás,Marisa Fabiana; Hungria,Mariangela.
O objetivo deste trabalho foi identificar QTL (locos de caráter quantitativo), utilizando marcadores do tipo microssatélites (SSR), relacionados à fixação biológica de nitrogênio (FBN), em uma população F2:7 de cultivares de soja (Glycine max) com diferentes capacidades de FBN, Bossier (alta) e Embrapa 20 (média). Foram mapeados 16 marcadores, distribuídos em seis grupos de ligação, cobrindo uma região de 5% do genoma (151,6 cM). A análise de regressão identificou 12 associações significativas em quatro grupos de ligação (B1, C2, D1b e H): três para a massa da parte aérea seca, quatro para número de nódulos, duas para a massa de nódulos e três para a massa média de nódulos. Todos os QTL detectados foram de efeitos menores. Contudo, sete marcadores foram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fixação biológica do nitrogênio; Marcadores moleculares; Mapa genético; Microssatélites; Nodulação; SSR.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2006000100010
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Diversidade genética da soja entre períodos e entre programas de melhoramento no Brasil PAB
Priolli,Regina Helena Geribello; Mendes-Junior,Celso Teixeira; Sousa,Sandra Mara Bispo; Sousa,Neylson Eustáquio Arantes; Contel,Eucleia Primo Betioli.
O objetivo deste trabalho foi detectar os efeitos do melhoramento sobre a diversidade do germoplasma da soja cultivada nas três ultimas décadas, por meio da comparação de seis programas de melhoramento e períodos de lançamento de cultivares, utilizando locos microssatélites. Em relação aos programas de melhoramento, todos os locos apresentaram diferenças significativas em suas distribuições alélicas. Alguns locos eram compostos de alelos exclusivos em alguns programas de melhoramento, enquanto outros foram compostos sempre dos mesmos alelos em maior freqüência para todos os programas. A AMOVA indicou maior porção da variância devido a cultivares dentro de programas e somente 5,3% (p<0,05) devido à diferença entre programas. Quando comparados os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; SSR; Germoplasma; Erosão genética.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004001000004
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Variabilidade genética de Phakopsora pachyrhizi avaliada por meio de marcadores microssatélites PAB
Tschurtschenthaler,Nely Norder; Vieira,Elisa Serra Negra; Nora,Tatiane Dalla; Schuster,Ivan.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética da ferrugem-asiática-da-soja no Brasil, com uso de marcadores microssatélites. Populações de esporos de Phakopsora pachyrhizi coletadas nas regiões Sul, Sudeste e Centro Oeste do país foram submetidas à análise de variabilidade genética, avaliada por meio de marcadores microssatélites específicos para o fungo. Foram coletadas, também, populações de fungo em diversas variedades de soja em uma mesma localidade, incluindo populações com lesão "reddish-brown" (RB). Entre essas populações, não houve variabilidade. Tecidos com lesões RB não apresentaram esporos do fungo e não amplificaram com os marcadores específicos para P. pachyrhizi. A variabilidade genética entre as populações coletadas nas três...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; Diversidade genética; Ferrugem-asiática-da-soja; Resistência genética; Resistência vertical; SSR.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012000200005
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New microsatellite markers developed from an enriched microsatellite common bean library PAB
Cardoso,Juliana Morini Kupper; Oblessuc,Paula Rodrigues; Campos,Tatiana de; Sforça,Danilo Augusto; Carbonell,Sérgio Augusto Moraes; Chioratto,Alisson Fernando; Formighieri,Eduardo Fernandes; Souza,Anete Pereira de; Benchimol,Luciana Lasry.
The objective of this work was to develop new microsatellite markers in common bean. Ninety nine new microsatelitte loci were developed from a microsatellite enriched library for (CT)8 and (GT)8 motifs, from CAL-143 line. The majority of microsatellite sequences (51%) was related to cellular metabolism. The remaining sequences were associated to transcription functions. Only 17.2% of the sequences presented some level of similarity with other plant species genes.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Molecular markers; Plant breeding; QTL; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000700019
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Microsatellites for genetic studies and breeding programs in common bean PAB
Campos,Tatiana de; Benchimol,Luciana Lasry; Carbonell,Sérgio Augusto Moraes; Chioratto,Alisson Fernando; Formighieri,Eduardo Fernandes; Souza,Anete Pereira de.
Twenty microsatelitte loci were identified and characterized in common bean. Microsatellites were tested in 14 genotypes. The allele number ranged from 1 to 3, and the polymorphism information content (PIC) was between 0.14 and 0.65. These polymorphic markers are available to be used for breeding programs.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; SSR; Molecular markers.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000400018
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Caracterização molecular de cultivares de cebola com marcadores microssatélites PAB
Santos,Carlos Antonio Fernandes; Oliveira,Valter Rodrigues; Rodrigues,Marciene Amorim; Ribeiro,Hugo Leonardo Coelho.
O objetivo deste trabalho foi estabelecer padrões alélicos e estimar as distâncias genéticas baseadas em marcador SSR de 44 cultivares de cebola adaptadas às condições de cultivo tropicais e subtropicais do Brasil. Para visualização da similaridade genética, utilizou-se o dendrograma UPGMA gerado da matriz de distâncias do coeficiente de Jaccard, com base em 40 alelos de 13 locos SSR. O DNA total foi extraído pelo método CTAB 2x, e os produtos de PCR foram analisados em géis de poliacrilamida desnaturante 6% e corados com nitrato de prata. O número de pares de bases foi estimado pelo método da mobilidade inversa, com base em regressão de produtos de tamanho conhecido. A média da heterozigosidade dos locos SSR foi 0,58. Os 40 alelos dos 13 locos SSR foram...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Allium cepa; Dendrograma; Similaridade; SSR.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010000100007
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Identificação e validação de marcadores microssatélites ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-asiática-da-soja PAB
Morceli,Thaiza Galhardo Silva; Trevisoli,Sandra Helena Unêda; Morceli Junior,Antonio Ayrton; Kiihl,Romeu Afonso de Souza; Calvo,Eberson Sanches; Di Mauro,Antonio Orlando; Garcia,Alexandre.
O objetivo deste trabalho foi identificar novos marcadores microssatélites, ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-da-soja, e validar os marcadores previamente mapeados, para que possam ser utilizados em programas de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para tanto, uma população F2 com 100 indivíduos, derivada do cruzamento entre a PI 200526 e a cultivar Coodetec 208, suscetível à ferrugem, foi artificialmente infectada e avaliada quanto à sua reação de resistência à ferrugem. Marcadores microssatélites foram testados nos genitores e em dois "bulks" contrastantes, para a identificação de marcadores ligados. Dois novos marcadores, potencialmente associados à resistência, foram testados em plantas individuais, e se constatou que eles...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; Phakopsora pachyrhizi; Seleção assistida por marcadores; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008001100011
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Otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites e sua aplicação em estudos com plantas daninhas Planta Daninha
Goulart,I.C.G.R; Merotto Junior,A; Nunes,A.L; Bered,F.
Apesar de existirem marcadores moleculares mais específicos, os marcadores microssatélites apresentam grande potencialidade de utilização na área de plantas daninhas devido à sua crescente disponibilização em outras espécies e à qualidade das informações proporcionadas. O uso convencional dos marcadores moleculares microssatélites demanda grande quantidade de trabalho e recursos financeiros. O objetivo deste trabalho foi descrever a técnica da cauda fluorescente como forma de otimização da utilização de marcadores moleculares microssatélites, utilizando como exemplo um estudo de identificação de híbridos entre arroz-vermelho e cultivado. Foram utilizadas como modelo plantas de arroz cultivado, arroz-vermelho e o híbrido originado do cruzamento artificial...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Arroz-vermelho; Cauda M13; Hibridização; Primer marcado; Simple sequence repeats; SSR.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-83582011000500025
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Genetic Dissimilarity in Conyza sumatrensis Revealed by Simple Sequence Repeat (SSR) Markers Planta Daninha
SCHNEIDER,T.; RIZZARDI,M.A.; BRAMMER,S.P.; SCHEFFER-BASSO,S.M.; NUNES,A.L..
ABSTRACT: In view of the rapid evolution of Conyza sumatrensis populations resistant to glyphosate, it is necessary to understand the genetic diversity aimed to improve strategies for managing this weed. We investigated the genetic dissimilarity among 15 biotypes of C. sumatrensis from different geographic regions using microsatellite loci. The biotypes, were cultivated in a greenhouse to obtain vegetal material for DNA extraction. Nineteen microsatellite markers (SSR), were developed for C. sumatrensis biotypes. The genetic dissimilarity was estimated by the Jaccard coefficient (JC) and the biotypes grouped by the UPGMA method. The results demonstrated a high dissimilarity (JC = 7.14 to 82.62) of the analyzed material, with the biotypes forming five...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Polymorphism; SSR; Tall fleabane; Genetic variability.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-83582020000100218
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Caracterização de genótipos de mirtilo utilizando marcadores moleculares Rev. Bras. Frutic.
Silva,Sergio Delmar dos Anjos e; Antunes,Luis Eduardo Correa; Anthonisen,Denilson Gouvea; Lemões,Juliana Silva; Gonçalves,Emerson Dias.
O cultivo do mirtilo está em expansão no Brasil, em especial em regiões de clima temperado, onde há grande demanda em relação a cultivares adaptadas às condições edafoclimáticas regionais. O objetivo deste trabalho foi caracterizar genótipos de mirtilo do programa de melhoramento da Embrapa Clima Temperado, utilizando marcadores moleculares do tipo RAPD e SSR. Foram caracterizados 40 genótipos de mirtilo por RAPD e oito cultivares por microssatélites. Os nove primers utilizados na técnica de RAPD geraram 89 marcadores. A similaridade genética entre os genótipos variou de 64 a 89%. Utilizando a similaridade média (66%), foram obtidos quatro grupos. Foram gerados 11 marcadores a partir de três pares de primers de microssatélites. A similaridade genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; SSR; Vaccinium.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000100033
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Identificação de microssatélites para o mamoeiro por meio da exploração do banco de dados de DNA Rev. Bras. Frutic.
Oliveira,Eder Jorge de; Dantas,Jorge Luiz Loyola; Castellen,Milene da Silva; Machado,Marlos Dourado.
Os marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papaya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank / NCBI (National Center of Biotechnoloy Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As seqüências foram obtidas no GenBank / NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Seqüências com mais de 90% de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Marcador molecular; Carica papaya L.; SSR; GenBank.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000300049
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Caracterização molecular e diversidade genética de diferentes variedades de abacate por marcadores microssatélites Rev. Bras. Frutic.
Martins,Antonio Baldo Geraldo; Rodrigues,Maria Gabriela Fontanetti; Paula,Deise Reis de; Mendes,Hélio Sandoval Junqueira; Arantes,Flávio Cese; Silva,Cristina Lacerda Soares Petrarolha.
Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Persea americana; SSR; Fingerprinting; Banco de germoplasma.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452011000400016
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CARACTERÍSTICAS MORFOLÓGICAS E VARIABILIDADE GENÉTICA DE ARATICUM UTILIZANDO MARCADORES RAPD E MICROSSATÉLITES Rev. Bras. Frutic.
PIRES,MARCELA VERSIANI VENÂNCIO; FALEIRO,FÁBIO GELAPE; SILVA,JOSÉ CARLOS SOUSA; MELO,JOSÉ TEODORO DE; PEIXOTO,JOSÉ RICARDO.
RESUMONeste trabalho, objetivou-se avaliar a variabilidade genética da coleção de trabalho de acessos de araticum da Embrapa Cerrados e outros materiais próximos ao Distrito Federal, utilizando marcadores moleculares RAPD, microssatélites e análise de características morfológicas. Folhas de 18 acessos de araticum foram coletadas e utilizadas para a extração das amostras de DNA genômico, as quais foram amplificadas para obtenção de marcadores moleculares RAPD e microssatélites. Na análise morfológica, foram avaliadas 23 características dos acessos de araticum. As dissimilaridades genéticas entre os 18 genótipos de araticum evidenciaram a variabilidade genética dos acessos e as análises de agrupamento levaram à formação de três grupos de similaridade....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Marcadores moleculares; SSR; Caracterização; Recursos genéticos.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452015000100149
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Diversity and genetic relatedness among genotypes of Vitis spp. using microsatellite molecular markers Rev. Bras. Frutic.
Leão,Patrícia Coelho de Souza; Cruz,Cosme Damião; Motoike,Sérgio Yoshimitsu.
The purpose of this research was to study the genetic diversity and genetic relatedness of 60 genotypes of grapevines derived from the Germplasm Bank of Embrapa Semiárido, Juazeiro, BA, Brazil. Seven previously characterized microsatellite markers were used: VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VVMD3, ssrVrZAG79 and ssrVrZAG62. The expected heterozygosity (He) and polymorphic information content (PIC) were calculated, and the cluster analysis were processed to generate a dendrogram using the algorithm UPGMA. The He ranged from 81.8% to 88.1%, with a mean of 84.8%. The loci VrZAG79 and VVMD7 were the most informative, with a PIC of 87 and 86%, respectively, while VrZAG62 was the least informative, with a PIC value of 80%. Cluster analysis by UPGMA method allowed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Grape; Multivariate analysis; Genealogy; SSR.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452013000300017
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