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Diversity and biological activities of the bacterial community associated with the marine sponge Phorbas tenacior (Porifera, Demospongiae) ArchiMer
Dupont, S.; Carre-mlouka, A.; Descarrega, F.; Ereskovsky, A.; Longeon, A.; Mouray, E.; Florent, I.; Bourguet-kondracki, M. L..
The diversity of the cultivable microbiota of the marine sponge Phorbas tenacior frequently found in the Mediterranean Sea was investigated, and its potential as a source of antimicrobial, antioxidant and antiplasmodial compounds was evaluated. The cultivable bacterial community was studied by isolation, cultivation and 16S rRNA gene sequencing. Twenty-three bacterial strains were isolated and identified in the Proteobacteria ( or classes) and Actinobacteria phyla. Furthermore, three different bacterial morphotypes localized extracellularly within the sponge tissues were revealed by microscopic observations. Bacterial strains were assigned to seven different genera, namely Vibrio, Photobacterium, Shewanella, Pseudomonas, Ruegeria, Pseudovibrio and...
Tipo: Text Palavras-chave: Antimicrobial activity; Antioxidant activity; Antiplasmodial activity; Associated bacteria; Phorbas tenacior; Phylogenetic diversity; RAPD; Sponge.
Ano: 2014 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00372/48276/48535.pdf
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Introgression of cultivated sunflower in exotic Helianthus petiolaris populations JBAG
Gutiérrez,A; Cantamutto,M; Poverene,M.
Cultivated sunflower Helianthus annuus and the wild exotic H. petiolaris are sympatric species in an extensive region of central Argentina. Both species are sexually compatible, they overlap their flowering time and share pollinators in the region. Although there are important barriers to introgression between them, interspecific hybrids are occasionally found in contact zones. We present evidences of crop introgression in H. petiolaris populations under natural conditions and controlled and semi-controlled crosses in the experimental field using morphological traits. If crop genes persist in subsequent generations after hybridization, it could then be possible to find crop morphological traits and molecular markers in hybrid offsprings. Plants of H....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Crop-wild; Intermediate morphology; Interspecific hybridization; RAPD.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1852-62332012000100003
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Assessment of genetic relationship between Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca samples isolated from a dental office J. Venom. Anim. Toxins incl. Trop. Dis.
Pimenta-Rodrigues,MV; Fusco-Almeida,AM; Bertoni,BW; Pietro,RCLR.
The present study aimed to analyze the genetic similarity between genomic profiles of thirteen Klebsiella oxytoca and seven Klebsiella pneumoniae samples isolated from two different collections carried out in different places of dental offices. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique and similarity coefficients (calculated by Sorensen-Dice and simple matching) were applied to determine their genetic profile of randomic DNA sequences. The majority of the isolates of K. pneumoniae and K. oxytoca presented similar coefficient values (e" 0.80). Thus, it was possible to identify that strain dissemination occurred mainly via the hands of the surgeon-dentists and, finally, to determine the genetic similarity of the strains from dental office environments.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Klebsiella oxytoca; Klebsiella pneumoniae; RAPD; Dental office.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1678-91992008000400012
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Variabilidade genética de Bemisia tabaci (Gennadius) biótipo B (Hemiptera: Aleyrodidae) em cultivos olerícolas em São Luís, MA Neotropical Entomology
Silva,Maria C da; Lemos,Raimunda N S de; Lima,Luzia H C; Gourlart Filho,Luiz R; Pereira,Silma R F.
A técnica de RAPD é amplamente empregada para investigar características genéticas distintas dentro do complexo Bemisia tabaci Gennadius, atualmente constituído de aproximadamente 41 biótipos. O objetivo desta pesquisa foi caracterizar populações de mosca-branca coletadas em culturas agrícolas do município de São Luís, MA, como quiabo, feijão e pimentão, utilizando marcadores moleculares RAPD. Fêmeas de nove populações de mosca-branca foram analisadas e comparadas com o biótipo B de B. tabaci proveniente de cultura de poinsétia da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Brasília, DF). Dos 20 iniciadores utilizados, 12 produziram padrões de bandas específicas, que permitiram confirmar que os espécimes avaliados pertencem ao grupo do biótipo B de B....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mosca-branca; Cultura hospedeira; RAPD; Caracterização genética.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2009000600009
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Comparative genetic diversity and genetic structure of three chinese silkworm species Bombyx mori L. (Lepidoptera: Bombycidae), Antheraea pernyi Guérin-Meneville and Samia cynthia ricini donovan (Lepidoptera: Saturniidae) Neotropical Entomology
Liu,Yan-Qun; Qin,Li; li,Yu-Ping; Wang,Huan; Xia,Run-Xi; Qi,Yong-Hong; li,Xi-Sheng; Lu,Cheng; Xiang,Zhong-Huai.
The genetic diversity and genetic structure of three Chinese silkworm species Bombyx mori L., Antheraea pernyi Guérin-Meneville and Samia cynthia ricini Donovan were comparatively assessed based on RAPD markers. At the species level, A. pernyi and B. mori showed high levels of genetic diversity, whereas S. cynthia ricini showed low level of genetic diversity. However, at the strain level, A. pernyi had relatively highest genetic diversity and B. mori had lowest genetic diversity. Analysis of molecular variance (AMOVA) suggested that 60% and 72% of genetic variation resided within strains in A. pernyi and S. cynthia ricini, respectively, whereas only 16% of genetic variation occurred within strains in B. mori. In UPGMA dendrogram, individuals of A. pernyi...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Genetic variation; AMOVA; Dendrogram.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000600019
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Genetic differentiation among Brazilian populations of Euschistus heros (Fabricius) (Heteroptera: Pentatomidae) based on RAPD analysis Neotropical Entomology
Sosa-Gomez,Daniel R.; Delpin,Katiaíres E.; Almeida,Alvaro M.R.; Hirose,Edson.
The Neotropical Brown Stink Bug (NBSB), Euschistus heros (Fabricius), has a wide distribution in Brazilian soybean fields, being more important in the central region of the country. The species is the main target of insecticide applications for stink bug pest control. We determined the variability among and within populations of the NBSB by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) analysis. Samples of NBSB were collected in soybean fields from Ubiratã (PR), Londrina (PR), Centenário do Sul (PR), Cândido Mota (SP), Ponta Porã (MS) and Sapezal (MT). Genomic DNA was extracted from the head to minimize DNA contamination by endoparasites. DNA was amplified with 10 mer primers. Fifteen primers produced 246 bands. The genetic similarity matrix was obtained,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Molecular marker; Genetic structure; Gene flow.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2004000200009
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Avaliação rápida da diversidade de formigas em sistemas de uso do solo no sul da Bahia Neotropical Entomology
Braga,Danielle L; Louzada,Júlio N C; Zanetti,Ronald; Delabie,Jacques.
We aimed to compare the soil ant diversity in different land use systems from Atlantic Forest area, in Southern Bahia state, Brazil. The ants were sampled in 16 sites: two primary forest sites (un-logged forest); three young secondary forests (<8 years old); three intermediate secondary forests (8-20 years old); three old secondary forests (&gt;20 years old); three Eucalyptus grandis plantations (3-7 years old), and two introduced pastures. Each site was sampled in three sampling points 15 m apart, and distant over 50 m from the site edge. In each sampling point we gathered the litter from a 1 m² and extracted the ants with Winkler extractors during 48h. We found 103 ant species from 29 genera and eight subfamilies. The five richest genera were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Formicidae; Community structure; Agroecosystem; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2010000400002
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Genetic variability of native populations of Wasmannia Forel (Hymenoptera: Formicidae) and their biogeographical implications Neotropical Entomology
Souza,Ana L B; Tavares,Mara G; Serrão,José E; Delabie,Jacques H C.
Wasmannia auropunctata (Roger) and Wasmannia rochai Forel are economically important ants in the Southeast and Southwest regions of Bahia State, Brazil. Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers were used to distinguish and analyze the genetic variability of populations of both species from Ilhéus, Jequié, BA and French Guyana. The genetic distances among W. auropunctata and W.rochai populations (55.8-71.4%) suggest genetic differentiation among them. Wasmannia auropunctata populations from sugarcane and banana plantations in Jequié were the most distant genetically (30.1-46.3%) and may represent populations restricted to isolated fragments. The high genetic distances among W. auropunctata populations from CEPLAC experimental areas, in Ilhéus...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: W. auropunctata; RAPD; Polymorphism; Heterozygosity.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1519-566X2009000300013
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Fish passage ladders from Canoas Complex - Paranapanema River: evaluation of genetic structure maintenance of Salminus brasiliensis (Teleostei: Characiformes) Neotropical Ichthyology
Lopes,Carla Martins; Almeida,Fernanda Simões de; Orsi,Mário Luís; Britto,Sandro Geraldo de Castro; Sirol,Rodolfo Nardez; Sodré,Leda Maria Koelblinger.
The aim of this study, utilizing RAPD techniques, was to determine the genetic variability of Salminus brasiliensis groups collected at passage ladders of the hydroelectric plants (HEP) Canoas I and Canoas II - Paranapanema River (Brazil), as well as to estimate the population structure through different parameters of genetic diversity. The data obtained allowed us to conclude that S. brasiliensis of the Canoas Complex has a moderate index of genetic variability ( > 42.00%) when compared to that of other migratory fish species. All genetic diversity analyses (distance = 0.015 and genetic identity = 0.985, F ST =0.018, AMOVA) were signs of low genetic differentiation, and they led to the clustering of S. brasiliensis from Canoas I and Canoas II. This...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fish transposition; Geneticdiversity; RAPD.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252007000200006
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A multi-approach analysis of the genetic diversity in populations of Astyanax aff. bimaculatus Linnaeus, 1758 (Teleostei: Characidae) from Northeastern Brazil Neotropical Ichthyology
Pamponet,Vanessa de Carvalho Cayres; Carneiro,Paulo Luiz Souza; Affonso,Paulo Roberto Antunes de Mello; Miranda,Viviam Souto; Silva Júnior,Juvenal Cordeiro; Oliveira,Claudine Gonçalves de; Gaiotto,Fernanda Amato.
Few reports are available about the ichthyofauna of typical semi-arid rivers, although the regional diversity has been constantly threatened by human activities, mainly related to impoundment and construction of dams. The goal of the present work was to evaluate using different methods, the population genetic structure of a characin fish, Astyanax aff. bimaculatus, widespread throughout hydrographic basins of Bahia, Northeastern Brazil. Morphological (meristic and morphometric data), cytogenetic (karyotype and Ag-NOR), and molecular (RAPD and SPAR) analyses were carried out in specimens collected upstream and downstream of Pedra Dam, in the main channel of Contas River (Contas River Basin), and in the Mineiro stream, which belongs to the adjacent Recôncavo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Morphometry; Cytogenetics; RAPD; Population structure; Contas River.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252008000400010
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Genetic diversity of the species Leporinus elongatus (Teleostei: Characiformes) in the Canoas Complex - Paranapanema River Neotropical Ichthyology
Ramos,Juliano Vilas Boas; Sodré,Leda Maria Koelblinger; Orsi,Mário Luís; Almeida,Fernanda Simões de.
Dams constructed along waterways interrupt the dispersion and migration of aquatic organisms, affecting mainly the abundance of migratory fish species. Translocation mechanisms have been constructed at dams aiming to minimize their impact on fish species migration behavior. There is little information available about the effect of the construction of dams on the genetic structure of the Neotropical migratory fish fauna. Therefore, RAPD molecular markers and microsatellites were utilized to evaluate the diversity and genetic structure of the migratory species Leporinus elongatus (piapara) in the Canoas Complex - Paranapanema River - Brazil. Ten groups were sampled in the fish ladders of the hydroelectric dam Canoas I and Canoas II during the reproductive...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Dams; Fish ladder; Genetic structure; Microsatellite; RAPD.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252012000400015
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Cryptic species of the genus Pimelodella (Siluriformes: Heptapteridae) from the Miranda River, Paraguay River basin, Pantanal of Mato Grosso do Sul, Central Brazil Neotropical Ichthyology
Souza-Shibatta,Lenice; Pezenti,Larissa Forim; Ferreira,Dhiego Gomes; Almeida,Fernanda Simões de; Sofia,Silvia Helena; Shibatta,Oscar Akio.
Specimens of Pimelodellacaptured in the Miranda River, Pantanal of Mato Grosso do Sul State, present morphological features that could indicate at least four species. Therefore, karyotype analysis and molecular biology provided evidence that they were only two species, one showing 2n = 46, and the other, 2n = 52 chromosomes, with only 18% genetic similarity. The morphological analysis evidenced that the dorsal filament is a male characteristic and that the upper lobe of the caudal fin was variable and might or might not be elongated in both species. With respect to morphometric characters, the formation of two groups was evident, but with a small overlap of specimens between them. Among the species with filaments on the dorsal fin observed in the Pantanal,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cytotaxonomy; Cytogenetics; Multivariate morphometrics; RAPD.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252013000100101
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Molecular genetic relationships among Arachis diogoi and A. chiquitana accessions Open Agri
Mallikarjuna, N.,( Nalini Mallikarjuna ).
Palavras-chave: DNA; Polymorphism; RAPD; Genotypes; Locus; Genetic structures; Groundnuts; Hybrids; Nitrogen; Mass media.
Ano: 2007 URL: http://agropedia.iitk.ac.in/openaccess/?q=node/3294
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Genetic diversity and population structure of Brazilian native bovine breeds PAB
Serrano,Germana Maria; Egito,Andréa Alves do; McManus,Concepta; Mariante,Arthur da Silva.
Conservation and improvement strategies should be based on the association between genetic and phenotypic characteristics. The objective of this work was to characterize five native Brazilian cattle breeds (Caracu, Crioulo Lageano, Curraleiro, National Polled and Pantaneiro) and two commercial breeds (Holstein and Nellore) using RAPD technique to estimate genetic distances and variability between and within breeds. Genetic relationships were investigated using 22 primers which generated 122 polymorphic bands. Analysis of molecular variance indicated that most of the genetic variation lay among individuals within populations. The genetic variabilities between pairs of breeds were statistically significant. The smallest genetic divergence was between Crioulo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Animal conservation; Cattle; Genetic characterization; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000600005
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Diversidade genética de Litopenaeus vannamei cultivado na Bahia PAB
Magalhães,Marcelo; Martinez,Romari Alejandra; Gaiotto,Fernanda Amato.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de estoques comerciais do camarão Litopenaeus vannamei, por meio de marcadores RAPD e diferentes métodos estatísticos de análises, em Canavieiras, BA. Vinte primers foram utilizados para a obtenção de 59 marcadores polimórficos. A análise com o programa AMOVA evidenciou diferenciação genética significativa entre os estoques, com fiST = 0,186 (p<0,001). Entretanto, as análises obtidas com o programa HICKORY sugeriram não existir estruturação (<FONT FACE=Symbol>q b</FONT > ou = 0,002), mas considerável taxa de endogamia dentro dos estoques, em razão, provavelmente, do cruzamento entre indivíduos geneticamente mais similares (f = 0,729). Testes com bootstrap mostraram 48 como o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Marcadores moleculares; Variabilidade genética; Aqüicultura; RAPD.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800009
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Variabilidade genética em tambaquis (Teleostei: Characidae) de diferentes regiões do Brasil PAB
Jacometo,Carolina Bespalhok; Barrero,Nelson Maurício Lopera; Rodriguez-Rodriguez,Maria Del Pilar; Gomes,Patrícia Cristina; Povh,Jayme Aparecido; Streit Junior,Danilo Pedro; Vargas,Lauro; Resende,Emiko Kawakami de; Ribeiro,Ricardo Pereira.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética em quatro estoques de tambaquis (Colossoma macropomum) de diferentes regiões do Brasil, por meio de marcador RAPD. Foram utilizados 10 iniciadores para analisar 116 indivíduos, coletados de pisciculturas nos municípios de Urupá, RO, Teixeirópolis, RO, Neópolis, SE e Sorriso, MT. Foram encontradas diferenças nas frequências de 67 fragmentos, com um fragmento exclusivo em Sorriso e dois em Neópolis. Observaram-se altos valores de polimorfismo (72,92 a 83,33%), diversidade genética de Nei (0,27 a 0,30) e índice de Shannon (0,39 a 0,45). A análise da variância molecular, demonstrou que a maior parte da variação está dentro de cada estoque e não entre os estoques. A identidade e a distância genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Colossoma macropomum; Diversidade genética; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010000500007
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Variabilidade genética entre acessos de amendoim PAB
Borges,Wardsson Lustrino; Xavier,Gustavo Ribeiro; Rumjanek,Norma Gouvêa.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre 29 acessos de amendoim (Arachis hypogaea L.), por meio de marcadores moleculares randômicos (DNA polimórfico amplificado ao acaso - RAPD). O ensaio molecular foi realizado com 31 iniciadores, dos quais 12 (39%) mostraram polimorfismo. Observou-se o total de 145 fragmentos amplificados, dos quais 35 (24%) foram polimórficos, com média de 4,67 fragmentos por iniciador e 1,13 fragmento polimórfico por iniciador. Pelo dendrograma, observou-se que os acessos foram separados em dois grupos com 89% de similaridade. Esta distribuição mostra a variabilidade existente entre os acessos das diferentes variedades botânicas, uma vez que acessos da subespécie fastigiata estão presentes nos dois grupos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Arachis hypogaea; Diversidade genética; Marcadores moleculares; RAPD.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000800012
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Marcadores moleculares na predição do sexo em plantas de mamoeiro PAB
Oliveira,Eder Jorge de; Dantas,Jorge Luiz Loyola; Castellen,Milene da Silva; Lima,Diego Souza de; Barbosa,Helder de Souza; Motta,Tiago Borges Nunes.
O objetivo deste trabalho foi validar marcadores moleculares, previamente identificados como ligados ao sexo do mamoeiro, para utilização na seleção indireta em genótipos comerciais. Foram analisadas duas variedades do grupo Solo e dois híbridos do grupo Formosa, com utilização de 20 plantas por genótipo, quatro marcadores do tipo SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) e um RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). O RAPD BC210 permitiu a identificação de todas as plantas femininas e hermafroditas, o que revela grande potencial para ser usado na seleção assistida em alguns dos genótipos mais cultivados no Brasil. Os marcadores do tipo SCAR não permitiram a identificação correta do sexo dos genótipos, pois detectou-se a presença de falso-positivos e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Carica papaya; SCAR; RAPD; Identificação sexual.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007001200012
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Similaridade genética entre raças bovinas brasileiras PAB
Rangel,Priscila Nascimento; Zucchi,Maria Imaculada; Ferreira,Márcio Elias.
A similaridade genética entre animais de duas raças bovinas brasileiras (Crioulo Lageano e Junqueira) foi estimada pela análise de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD), tendo como referência (outgroups) animais de raças comerciais das espécies Bos taurus e B. indicus. Estas duas raças possuem grande similaridade fenotípica, sugerindo uma origem genética comum. Uma matriz de similaridade genética baseada em polimorfismo de DNA foi obtida e representada graficamente por um dendrograma, definido após processo estatístico de reamostragem bootstrap. Ao contrário do que era previsto com base nas semelhanças morfológicas das duas raças, os animais das raças Crioulo Lageano e Junqueira não apresentaram similaridade elevada entre si quando comparados com...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Bovino; Marcador molecular; Distância genética; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000100015
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Genetic variability of the Brazilian hair sheep breeds PAB
Paiva,Samuel Rezende; Silvério,Vanessa Chaves; Egito,Andréa Alves; McManus,Concepta; Faria,Danielle Assis de; Mariante,Arthur da Silva; Castro,Sílvia Ribeiro; Albuquerque,Maria do Socorro Maués; Dergam,Jorge Abdala.
The objectives of this work were to investigate the genetic structure of the Brazilian hair sheep breeds and to determine the origin of the Santa Inês breed. Molecular similarity was determined using Randomly Amplified Polymorphic DNA - Polymerase Chain Reaction markers in 238 individuals from five naturalized sheep breeds: Santa Inês (48 animals), Rabo Largo (48), Somali (48), Morada Nova (48) and Bergamasca (46), collected in Goiás, Sergipe, Bahia, and Ceará States as well as in the Federal District. Fifty-four loci were selected from 19 primers, after a pilot test using 140 primers. Qualitative analyses indicate diagnostic markers for all breeds. All breeds were significantly different from each other. Interbreed differences were explained by 14.92% of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ovis aries; Conservation genetics; Domestic animal diversity; Molecular markers; RAPD.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2005000900008
Registros recuperados: 233
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