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Wavelet-domain elastic net for clustering on genomes strains Genet. Mol. Biol.
Ferreira,Leila Maria; Sáfadi,Thelma; Ferreira,Juliano Lino.
Abstract We propose to evaluate genome similarity by combining discrete non-decimated wavelet transform (NDWT) and elastic net. The wavelets represent a signal with levels of detail, that is, hidden components are detected by means of the decomposition of this signal, where each level provides a different characteristic. The main feature of the elastic net is the grouping of correlated variables where the number of predictors is greater than the number of observations. The combination of these two methodologies applied in the clustering analysis of the Mycobacterium tuberculosis genome strains proved very effective, being able to identify clusters at each level of decomposition.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Elastic net; Genome; GC-content; Cluster analysis; Wavelet transform.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572018000500884
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An improved method for genomic DNA extraction from strawberry leaves Ciência Rural
Nunes,Claudinéia Ferreira; Ferreira,Juliano Lino; Fernandes,Mônique Carolina Nunes; Breves,Sâmera de Souza; Generoso,Andressa Leal; Soares,Bárbara Dantas Fontes; Dias,Mário Sérgio Carvalho; Pasqual,Moacir; Borem,Aluízio; Cançado,Geraldo Magela de Almeida.
Several extraction methods of genomic DNA for identification and characterization of genetic diversity in different plant species are routinely applied during molecular analysis. However, the presence of undesirable compounds such as polyphenols and polysaccharides is one of the biggest problems faced during the isolation and purification of high quality DNA in plants. Therefore, achievement of fast and accurate methods for DNA extraction is crucial in order to produce pure samples. Leaves of strawberry genotypes (Fragaria ananassa) have high contents of polysaccharides and polyphenols which increase the sample viscosity and decrease the DNA quality, interfering with the PCR performance. Thereby, in this study we evaluated the quality and amount of genomic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fragaria ananassa; Genomic DNA; Polivinilpirrolidone; Lyophilization; PCR.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000800014
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Melhoramento do feijoeiro comum com grão tipo carioca, visando resistência à antracnose e à mancha angular Ciência e Agrotecnologia
Couto,Mansuêmia Alves; Santos,João Bosco dos; Ferreira,Juliano Lino.
Objetivou-se no trabalho, selecionar linhagens de feijoeiro comum que reunissem, além da alta produtividade, porte ereto e grãos do tipo Carioca, também a resistência à antracnose e à mancha angular. O material experimental constituiu-se de 143 linhagens oriundas de três famílias segregantes F1:4RC2 {[(G2333 X ESAL 696) X ESAL 696] X CI 140}. Foram conduzidos quatro experimentos em três localidades da região sul de Minas Gerais, avaliando-se a produção, o tipo de grão, o porte e a reação à mancha angular. A reação à antracnose foi determinada a partir de inoculações de plantas jovens de cada linhagem, com as raças 2047 e 1545, mantidas em câmara de nevoeiro por três dias e transferidas para casa de vegetação com irrigação por aspersão, a cada quatro horas....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Colletotrichum lindemuthianum; Pseudocercospora griseola; Seleção de linhagens.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542008000500043
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Avaliação de três características fisiológicas em 4 ciclos de seleção no cultivar de milho BRS-4154 sob o solo encharcado Ciência e Agrotecnologia
Ferreira,Juliano Lino; Magalhães,Paulo César; Borém,Aluízio.
Conduziu-se este trabalho, com o objetivo de avaliar plantas de milho (Zea mays L.) dos diferentes ciclos de seleção recorrentes da variedade de milho BRS 4154 - 'Saracura' quanto aos ganhos genéticos obtidos ao longo dos ciclos de seleção sob encharcamento do solo. Quatro ciclos de seleção da variedade de milho BRS 4154 foram plantados sob delineamento em blocos casualizados nos quais foram avaliados os ciclos 1, 5, 9 e 15, incluindo a variedade BR 107 e o híbrido simples BRS 1010 como testemunhas, por serem sensíveis ao encharcamento. Foram avaliados: fluorescência e teor de clorofila, área foliar e porosidade de raiz. O estresse causado pelo excesso de água no solo não influenciou a característica fluorescência da clorofila, demonstrando que essa não é...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays; Tolerância a estresse abiótico; Baixa disponibilidade de oxigenio.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542008000600006
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Quantificação de açúcares solúveis totais, açúcares redutores e amido nos grãos verdes de cultivares de milho na colheita Ciência e Agrotecnologia
Caniato,Fernanda Fátima; Galvão,João Carlos Cardoso; Finger,Fernando Luiz; Puiatti,Mário; Oliveira,Denilson Alves de; Ferreira,Juliano Lino.
O objetivo deste trabalho foi quantificar os teores de açúcares solúveis totais (AST), açúcares redutores (AR) e amido em nove cultivares de milho colhidos no estádio verde, uma vez que estes influenciam diretamente o sabor, o aroma e a aceitação do consumidor. O experimento foi conduzido em Ponte Nova, MG, no ano agrícola 2002/2003. Para a determinação das características, foi retirada uma amostra de três espigas de cada unidade experimental. O ponto de colheita foi identificado por método empírico, quando o estilo-estigma se desprendia da espiga com facilidade. As cultivares apresentaram umidades diferentes no momento da colheita, variando de 56 a 64%. Não foi detectada diferença entre as cultivares quanto aos teores de AR, porém, P3232 e AG4051...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Milho verde; Composição química; Carboidratos solúveis.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542007000600045
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Avaliação do 'stay green' em famílias segregantes de feijão (Phaseolus vulgaris L.) Ciência e Agrotecnologia
Carmo,Sidney Lacerda Marcelino do; Santos,João Bosco dos; Hagiwara,Whilhelm Eigo; Ferreira,Juliano Lino.
Vários programas de melhoramento genético de feijoeiro no Brasil visam obter cultivares com menor índice de acamamento, ou seja, com porte ereto. Um dos caracteres relacionados a este fenótipo é o 'stay green', que é a senescência tardia do caule e folhas em relação às vagens. Com intuito de verificar a eficiência da seleção direta sobre o fenótipo 'stay green', utilizou-se a descendência do cruzamento entre as cultivares Carioca MG (com 'stay green') e Carioca 300 Vagens (sem 'stay green'). O caráter foi avaliado em 89 famílias F2:3 na safra da seca de 2000 e F2:4 na safra de inverno 2000. Juntamente com as famílias, foram incluídos os dois genitores e nove cultivares em um experimento em látice 10 x 10, com duas repetições nas secas e três repetições no...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Feijão; Herdabilidade; Porte ereto.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542007000400002
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