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Contribution of Meat Inspection to the surveillance of poultry health and welfare in the European Union ArchiMer
Huneau-salaun, A.; Staerk, K. D. C.; Mateus, A.; Lupo, Coralie; Lindberg, A.; Le Bouquin-leneveu, S..
In the European Union, Meat Inspection (MI) aims to protect public health by ensuring that minimal hazardous material enters in the food chain. It also contributes to the detection and monitoring of animal diseases and welfare problems but its utility for animal surveillance has been assessed partially for some diseases only. Using the example of poultry production, we propose a complete assessment of MI as a health surveillance system. MI allows a long-term syndromic surveillance of poultry health but its contribution is lowered by a lack of data standardization, analysis and reporting. In addition, the probability of case detection for 20 diseases and welfare conditions was quantified using a scenario tree modelling approach, with input data based on...
Tipo: Text Palavras-chave: Animal welfare; Disease surveillance; Meat Inspection; Poultry.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00273/38472/37200.pdf
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Compte-rendu des journées de la surveillance de la santé des mollusques marins 2013 ArchiMer
Garcia, Celine; Francois, Cyrille; Renault, Tristan; Lupo, Coralie.
Les 12 et 13 novembre 2013, les journées de la surveillance de la santé des mollusques marins ont rassemblé les acteurs de la santé des mollusques marins (Ifremer, DGAl, DPMA, DDTM, CNC, CRC, laboratoires d'analyses agréés et reconnus, centres techniques). Les objectifs de cette réunion étaient de faire un bilan des activités 2013 du Laboratoire National de Référence (LNR), des réseaux de surveillance (REPAMO) et d'Observation (RESCO et réseaux de centres techniques).
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau Surveillance; Mollusques marins; Maladie; Organismes pathogènes; Détection.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00170/28146/26371.pdf
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Enhanced surveillance of shellfish mortality to improve early detection and investigation of outbreaks of exotic or emerging infectious diseases: An example of a mass mortality outbreak of mussels, France 2014 ArchiMer
Lupo, Coralie; Prou, Jean.
This paper explores the relevance and feasibility of enhanced surveillance of mussel-related mortality based on regular telephone interviews of a key informant in a farming community. Based on qualitative analyses of data collected through semi-structured interviews, this method of participatory disease surveillance enabled the retrieval of high quality data during an outbreak of mussel mortality which occurred in Pertuis Charentais, France, in 2014. The findings illustrated that such an enhanced surveillance approach compared with the institutional shellfish health surveillance system could improve the early detection of outbreaks of mussel mortality by one week. This approach enabled a detailed description of the outbreak, showing higher incidence...
Tipo: Text Palavras-chave: Early warning; Perception; Enhanced clinical surveillance; Shellfish diseases; Participative disease surveillance; Qualitative methods.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00348/45914/45708.pdf
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REPAMO. Bulletin de Surveillance. Janvier-Décembre 2020 ArchiMer
Canier, Lydie; Garcia, Celine; Lupo, Coralie.
Le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est le réseau de surveillance de l’état de santé des coquillages du littoral français mis en œuvre par l’Ifremer pour le compte du ministère chargé de l’agriculture. L’objectif du réseau est de  détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes émergents et/ou exotiques affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. La surveillance de la santé des coquillages, sauvages et d’élevage, est mise en œuvre au travers d’une approche d’épidémiosurveillance événementielle s’appuyant sur la déclaration obligatoire des hausses de mortalité de mollusques par les conchyliculteurs/pêcheurs auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Dès lors que les...
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00667/77876/80023.pdf
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Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Fleury, Elodie; Robert, Stephane; Garcia, Celine; Arzul, Isabelle; Baillon, Laury; Bechemin, Christian; Canier, Lydie; Chollet, Bruno; Dechamps, Lucie; Dubreuil, Christine; Faury, Nicole; Francois, Cyrille; Godfrin, Yoann; Lapegue, Sylvie; Morga, Benjamin; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Masson, Jean-claude; Verin, Francoise; Cordier, Remy; Gangnery, Aline; Louis, Wilfried; Mary, Charlotte; Normand, Julien; Penot, Julia; Cheve, Julien; Dagault, Francoise; Le Jolivet, Aurore; Le Gal, Dominique; Lebrun, Luc; Bellec, Gwenael; Bouget, Jean-francois; Cochennec-laureau, Nathalie; Palvadeau, Hubert; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Pepin, Jean-francois; Seugnet, Jean-luc; D'Amico, Florence; Maurer, Daniele; Le Gall, Patrik; Mortreux, Serge; Baldi, Yoann; Orsoni, Valerie; Bouchoucha, Marc; Le Roy, Valerian; Pouvreau, Stephane; Queau, Isabelle; Lamoureux, Alice.
Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00324/43486/42945.pdf
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Ostreid Herpesvirus 1 Infection among Pacific Oyster (Crassostrea gigas) Spat: Relevance of Water Temperature to Virus Replication and Circulation Prior to the Onset of Mortality ArchiMer
Renault, Tristan; Bouquet, Anne Lise; Maurice, Julien-thomas; Lupo, Coralie; Blachier, Philippe.
number of bivalve species worldwide, including the Pacific oyster, Crassostrea gigas, have been affected by mass mortality events associated with herpesviruses, resulting in significant losses. A particular herpesvirus was purified from naturally infected larval Pacific oysters, and its genome was completely sequenced. This virus has been classified as Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) within the family Malacoherpesviridae. Since 2008, mass mortality outbreaks among C. gigas in Europe have been related to the detection of a variant of OsHV-1 called µVar. Additional data are necessary to better describe mortality events in relation to environmental-parameter fluctuations and OsHV-1 detection. For this purpose, a single batch of Pacific oyster spat was deployed...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00207/31871/30320.pdf
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Signalez par SMS les mortalités de vos huîtres ArchiMer
Lupo, Coralie; Dutta, Bhagat Lal; Osta Amigo, Axel.
Un outil de signalement des hausses de mortalité d’huîtres par SMS a été testé en Normandie entre le 1er juin et le 31 décembre 2016. Il localise, en temps quasi-réel, les regroupements spatio-temporels de mortalité d’huîtres, qui reflètent potentiellement un foyer infectieux. Cet outil permet de cibler les interventions telles que les prélèvements de coquillages à envoyer au laboratoire d’analyses diagnostiques, pour détecter rapidement une maladie émergente ou exotique dans les eaux françaises.
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00386/49779/50324.pdf
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Bilan 2019 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO ArchiMer
Canier, Lydie; Combette, Agnes; Lupo, Coralie; Garcia, Celine.
Le réseau REPAMO est le réseau de surveillance de la santé des mollusques marins sauvages et d’élevage du littoral Français, géré par Ifremer. Ce réseau assure une mission réglementaire (Directive Européenne 2006/88/CE) et une activité de service public déléguée par le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation à travers la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL). La surveillance assurée est une surveillance événementielle basée sur les déclarations obligatoires de hausse de mortalité des coquillages par les éleveurs et pêcheurs à pied auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Lorsqu’un évènement de mortalité est jugé anormal, des animaux sont prélevés et font l’objet d’analyses diagnostiques afin de rechercher la...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie; Épidémiosurveillance.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00624/73652/73095.pdf
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REPAMO. Bulletin de Surveillance. Janvier-Décembre 2019 ArchiMer
Canier, Lydie; Garcia, Celine; Lupo, Coralie.
Le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est le réseau de surveillance de l’état de santé des coquillages du littoral français mis en œuvre par l’Ifremer pour le compte du ministère chargé de l’agriculture. L’objectif du réseau est de  détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes émergents et/ou exotiques affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. La surveillance de la santé des coquillages, sauvages et d’élevage, est mise en œuvre au travers d’une approche d’épidémiosurveillance événementielle s’appuyant sur la déclaration obligatoire des hausses de mortalité de mollusques par les conchyliculteurs/pêcheurs auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Dès lors que les...
Tipo: Text
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00600/71165/69496.pdf
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Les surmortalités des naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas : acquis des recherches en 2010 ArchiMer
Cochennec-laureau, Nathalie; Baud, Jean-pierre; Pepin, Jean-francois; Benabdelmouna, Abdellah; Soletchnik, Patrick; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Arzul, Isabelle; Boudry, Pierre; Huvet, Arnaud; Pernet, Fabrice; Bachere, Evelyne; Bedier, Edouard; Petton, Bruno; Gaussem, Florian; Stanisiere, Jean-yves; Degremont, Lionel.
Depuis 2008, la filière ostréicole française doit faire face à des surmortalités exceptionnelles des naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas, (huîtres de moins d’un an) comprises entre 60 et 90% dans tous les sites d’élevage. Des cas de mortalité similaires ont été décrits en Irlande, dans les îles anglo-normandes, au Portugal en 2009 et au Royaume-Uni en 2010. Récemment deux épisodes de mortalité, associés à la présence d’un virus OsHV1 μvar (ou un variant très proche) ont été également décrits en Nouvelle Zélande (décembre 2010) et en Australie (janvier 2011) soulignant la vulnérabilité de la filière ostréicole dans le monde. L’objectif de ce document est de faire un point sur les recherches menées depuis l’apparition de ce phénomène et de...
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14423/11719.pdf
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Sensitivity of mortality reporting by the French oyster farmers ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Mandard, Y. V.; Peroz, C.; Arzul, Isabelle; Francois, Cyrille; Garcia, Celine; Renault, Tristan.
As diseased shellfish show only very seldom symptoms, any mortality event can be a disease suspicion. In theory, monitoring of mortality events in shellfish can thus provide a tool for early detection of infectious diseases in order to implement effective control measures. This consists in passive mortality event reporting by shellfish farmers to the local competent authority. Sensitivity of the detection of mortality events is a key quality indicator for this type of surveillance. Since 2008, increased mortality outbreaks occur in Pacific oysters Crassostrea gigas in France, leading to economic losses. It is important to evaluate how much the outbreaks have altered the quality indicators of the reporting system and if this modification is long-standing,...
Tipo: Text Palavras-chave: Early detection; Passive surveillance; Aquaculture; Capture-recapture methods.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00102/21343/18966.pdf
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Participatory case definition between stakeholders and implication for early detection: a case study of the oyster production in France ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Marce, Clara; Prou, Jean.
Aquatic animal health surveillance is notably based on the observation of any increased shellfish mortality by shellfish farmers and its immediate mandatory notification to the local competent authority. According to current EU regulation, increased mortality is defined using a participatory approach: case reporting is based on individual farmer perception, which then can be turned into notification in cooperation between the farmer and the competent authority. All the challenge relies on starting from individual perception and knowledge of increased mortality to a collective alert onset informing potential control actions having a community interest. We made an inventory of the criteria used by surveillance stakeholders to define and detect increased...
Tipo: Text Palavras-chave: Aquatic animal surveillance; Mortality; Shellfish; Early warming surveillance; Case definition.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30600/29057.pdf
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Etude des freins et des leviers à la déclaration obligatoire des mortalités d'huîtres creuses dans les pertuis charentais ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel.
Objectifs - Les objectifs de cette étude étaient (i) estimer la sensibilité du dispositif actuel de déclaration obligatoire des mortalités d’huîtres dans les pertuis charentais et son évolution entre 2007 et 2010, (ii) documenter le niveau de connaissance, les pratiques et les attitudes des ostréiculteurs et identifier les facteurs influençant le processus de déclaration. Matériel et Méthode - (i) La sensibilité du dispositif de déclaration obligatoire des mortalités d’huîtres a été estimée en Charente-Maritime au cours de la période 2007-2010, par la méthode de capture-recapture à deux sources. (ii) Deux échantillons d’ostréiculteurs non déclarants (31 cas) et déclarants (89 témoins) ont été inclus dans l’étude par tirage au sort dans la liste des...
Tipo: Text Palavras-chave: Huitres creuses; Mortalité; Déclaration obligatoire; Epidémiosurveillance; Pacific oyster; Mortality; Mandatory notification; Surveillance.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25444/23600.pdf
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Bilan 2013 du réseau Repamo - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Francois, Cyrille; Joly, Jean-pierre; Garcia, Celine; Lupo, Coralie; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Chollet, Bruno; Faury, Nicole; Haffner, Philippe; Dubreuil, Christine; Serpin, Delphine; Renault, Tristan; Cordier, Remy; Hebert, Pascale; Le Gagneur, Eric; Parrad, Sophie; Gerla, Daniel; Cheve, Julien; Penot, Julia; Le Gal, Dominique; Lebrun, Luc; Le Gac-abernot, Chantal; Langlade, Aime; Bedier, Edouard; Palvadeau, Hubert; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Robert, Stephane; Seugnet, Jean-luc; Rumebe, Myriam; Le Gall, Patrick; Bouchoucha, Marc; Baldi, Yoann; Masson, Jean-claude.
Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30798/29167.pdf
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Revue systématique de la littérature relative aux facteurs de risque de mortalité des moules exploitées en France ArchiMer
Lupo, Coralie; Le Bouquin, Sophie.
La recherche bibliographique maximalisée réalisée dans le cadre de cette revue systématique de la littérature a permis de décrire le paysage de la connaissance existante sur les facteurs de risque de mortalité des espèces de moules M. edulis et M. galloprovincialis. Ces travaux ont abouti à la formalisation d’une méthodologie rigoureuse, transparente et reproductible pour la réalisation de revue systématique relative aux facteurs de risque de mortalité chez les coquillages marins. Cette revue a décrit la diversité des définitions de la mortalité des moules et ses facteurs de risque. Elle a également permis d’apprécier la quantité et la qualité des preuves recensées. Cette revue systématique a recensé 125 facteurs étudiés pour leur relation avec la...
Tipo: Text Palavras-chave: Mollusques marins; Coquillages bivalves; Moules; Mytilus edulis; Mytilus galloprovincialis; Mortalité; Facteurs de risque; Epidémiologie; Revue systématique; Bibliographie; Marine molluscs; Bivalve shellfish; Mussels; Mytilus edulis; Mytilus galloprovincialis; Mortality; Risk factors; Epidemiology; Systematic review; Bibliography.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00487/59916/63099.pdf
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Situation of wild beds of Crassostrea gigas regarding OsHV-1 µvar: spatiotemporal description of contamination in Pacific oyster wild beds in Marennes Oleron Bay ArchiMer
Pepin, Jean-francois; Soletchnik, Patrick; Lupo, Coralie; Geairon, Philippe; Seugnet, Jean-luc; Robert, Stephane; Bernard, Ismal; Le Moine, Olivier.
This study focuses on the situation of wild oyster beds of Crassostrea gigas against OsHV-1 μvar and presents a spatio-temporal description of the OsHV-1 contamination in wild oyster beds in the bay of Marennes-Oléron from a range of sampling based on a hydrodynamic model and analyzes conducted in 2010. The objectives were to describe wild populations of pacific oysters in Marennes Oleron bay; to characterize these populations regarding OsHV-1 prevalence for spat and adults in connection with the isolation level from reared stocks and the sampling periods.
Tipo: Text Palavras-chave: Virus; OsHV-1; Contamination; Oysters; Crassostrea gigas; Spatiotemporal description; Marennes Oleron Bay.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00105/21673/19251.pdf
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REPAMO 2015. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2015 ArchiMer
Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Fleury, Elodie; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2015 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59205/61897.pdf
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Space-time clustering of mortality notifications in Pacific oysters of Charente sluices, France, 2008-2010 ArchiMer
Lupo, Coralie; Mandard, Yann-vari; Arzul, Isabelle; Francois, Cyrille; Garcia, Celine; Renault, Tristan; Bareille, Nathalie.
Current monitoring of exceptional mortality events of oysters in France consists in passive surveillance, leading to delayed investigation of causation by scientists and management by policy makers. Early detection of clusters of mortality events in time and space would increase possibilities for their investigation and management. A space-time cluster analysis of existing mortality notifications in Pacific oysters was conducted in France, Charente sluices, from 2008 to 2010. As an example of potential demographic confounder of clustering, the analyses were adjusted on oyster age. Several clusters were identified in space and time each studied year. Patterns of mortality notifications were consistent with the introduction and spread of a contagious disease...
Tipo: Text Palavras-chave: Notification; Oyster; Mortality; Cluster analysis; Saptiotemporal.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00058/16915/14393.pdf
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Bilan 2012 du réseau REPAMO - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Francois, Cyrille; Joly, Jean-pierre; Garcia, Celine; Lupo, Coralie; Travers, Marie-agnes; Pepin, Jean-francois; Hatt, Philippe-jacques; Arzul, Isabelle; Omnes, Emmanuelle; Tourbiez, Delphine; Faury, Nicole; Haffner, Philippe; Huchet, Eve; Dubreuil, Christine; Chollet, Bruno; Renault, Tristan; Cordier, Remy; Hebert, Pascale; Le Gagneur, Eric; Parrad, Sophie; Gerla, Daniel; Annezo, Jean-pierre; Terre-terrillon, Aouregan; Le Gal, Dominique; Langlade, Aime; Bedier, Edouard; Hittier, Benoist; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Robert, Stephane; Seugnet, Jean-luc; Rumebe, Myriam; Le Gall, Patrik; Bouchoucha, Marc; Baldi, Yoann; Masson, Jean-claude.
Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à réglementés et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font partie des missions institutionnelles de l’IFREMER. L’étude des hausses de mortalités (protocole II) a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la réalisation d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Surveillance.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25470/23625.pdf
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Problèmes de santé publique liés à la consommation de fruits de mer ArchiMer
Lupo, Coralie; Angot, J.-l..
Seafood could be a solution to meet global food demand that will double by 2050. Seafood includes a wide variety of edible marine organisms, except fish and mammals. These are molluscs, crustaceans, echinoderms and algae. Like any food, seafood can involve hazards transmitted to humans through food, which affect the health of the consumer. These hazards are both biological (viruses, bacteria, parasites) and chemical (toxins, allergens, chemicals, microplastics). The exposure of populations to these hazards through seafood consumption can be notably explained by their mode of production and the dietary habits. Firstly, the sanitary quality of products reflects the quality of the aquatic environment from which they are taken, which can be contaminated by...
Tipo: Text Palavras-chave: Crustacea; Food safety; Mollusca; Seaweed; Shellfish.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00656/76812/77984.pdf
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