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Optimal use of SSR markers for varietal identification of upland cotton PAB
Pereira,Guilherme da Silva; Cazé,Ana Luíza Ramos; Silva,Michelle Garcia da; Almeida,Vanessa Cavalcante; Magalhães,Fernanda Oliveira da Cunha; Silva Filho,João Luís da; Barroso,Paulo Augusto Vianna; Hoffmann,Lúcia Vieira.
Abstract: The objective of this work was to identify polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers for varietal identification of cotton and evaluation of the genetic distance among the varieties. Initially, 92 SSR markers were genotyped in 20 Brazilian cotton cultivars. Of this total, 38 loci were polymorphic, two of which were amplified by one primer pair; the mean number of alleles per locus was 2.2. The values of polymorphic information content (PIC) and discrimination power (DP) were, on average, 0.374 and 0.433, respectively. The mean genetic distance was 0.397 (minimum of 0.092 and maximum of 0.641). A panel of 96 varieties originating from different regions of the world was assessed by 21 polymorphic loci derived from 17 selected primer pairs....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Gossypium hirsutum; Cultivar discrimination; Intraspecific polymorphism; Microsatellite.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015000700571
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Stability and adaptability of runner peanut genotypes based on nonlinear regression and AMMI analysis PAB
Santos,Roseane Cavalcanti dos; Silva,Alineaurea Florentino; Gondim,Tarcísio Marcos Souza; Oliveira Júnior,José Oscar Lustosa de; Araújo Neto,Raimundo Bezerra de; Sagrilo,Edvaldo; Vasconcelos,Ramon Araujo de; Melo Filho,Péricles de Albuquerque; Silva Filho,João Luís da.
The objective of this work was to estimate the stability and adaptability of pod and seed yield in runner peanut genotypes based on the nonlinear regression and AMMI analysis. Yield data from 11 trials, distributed in six environments and three harvests, carried out in the Northeast region of Brazil during the rainy season were used. Significant effects of genotypes (G), environments (E), and GE interactions were detected in the analysis, indicating different behaviors among genotypes in favorable and unfavorable environmental conditions. The genotypes BRS Pérola Branca and LViPE‑06 are more stable and adapted to the semiarid environment, whereas LGoPE‑06 is a promising material for pod production, despite being highly dependent on favorable environments.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Arachis hypogaea; Genotype x environment interaction; Pod yield; Seed yield; Semiarid adaptation.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012000800012
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Comparação de métodos para avaliar a adaptabilidade e estabilidade produtiva em algodoeiro PAB
Silva Filho,João Luís da; Morello,Camilo de Lelis; Farias,Francisco José Correia; Lamas,Fernando Mendes; Pedrosa,Murilo Barros; Ribeiro,José Lopes.
O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes métodos de estimação da adaptabilidade e estabilidade produtiva em 17 genótipos de algodoeiro avaliados em 23 ambientes do Cerrado brasileiro. Os efeitos de genótipos e ambientes e a interação genótipos x ambientes foram significativos. Os modelos da ecovalência e AMMI indicaram a cultivar BRS Cedro como a mais estável, enquanto as cultivares Delta Penta e BRS Ipê foram identificadas como as mais instáveis; nenhuma delas esteve entre as mais produtivas. De acordo com o método de Eberhart & Russell, Lin & Binns e Annicchiarico, as cultivares BRS 269 - Buriti e FMT 701 e o genótipo CNPA GO 2001-999 foram os mais indicados para plantio no Cerrado, e se destacaram entre as cinco mais produtivas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Gossypium hirsutum; Análise AMMI; Avaliação de cultivares; Ecovalência; Interação genótipos x ambientes.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000300009
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Validação de métodos laboratoriais aplicadas a análises com marcadores microssatélites Rev. Ciênc. Agron.
Oliveira,Tiago Silva; Hoffmann,Lucia Vieira; Alves,Poliana Ferreira; Lucena,Valeska Silva; Silva Filho,João Luís da.
A troca de informação sobre biodiversidade e a utilização de recursos genéticos podem ser melhor realizadas se os laboratórios que geram as informações puderem demonstrar que seus resultados são confiáveis através de metodologias adequadas de validação. Para definir critérios que sirvam para demonstrar a confiabilidade de resultados em laboratórios onde são realizadas pesquisas com marcadores de DNA, foram analisados erros associados à quantificação de DNA em gel de agarose e à repetitividade e robustez da reação da polimerase em cadeia (PCR) utilizando primers baseados em marcadores microssatélites (SSR). O erro associado à quantificação de DNA foi menor quando 100 ng foram quantificadas, e aumentou para quantidades de DNA maiores, com a tendência de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genética Vegetal; Microssatélites; Laboratórios biológicos/controle de qualidade.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902010000200016
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Simulation of mixed models in augmented block design Scientia Agricola
Santos,Aladir Horacio; Bearzoti,Eduardo; Ferreira,Daniel Furtado; Silva Filho,João Luís da.
The augmented block design is widely used in breeding programs, with non-replicated treatments generally being selection units, and replicated treatments being standard cultivars. Originally, an intrablock analysis (fixed model) was proposed. Although non-replicated treatments and/or blocks can be considered of random nature, mixed linear models could be used instead. This work evaluated such an approach, using computer simulation. Populations consisted of sets of randomly generated inbred lines. Molecular marker data were also simulated to allow the estimation of the genetic covariance matrix. Different conditions were considered, varying heritability and the coefficient b of Smith of soil heterogeneity. For each condition 100 simulations were performed,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Augmented design; Mixed model; Molecular marker.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162002000300012
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