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Actinomycetemcomitin: a new bacteriocin produced by Aggregatibacter (Actinobacillus) actinomycetemcomitans. Repositório Alice
LIMA, F. L.; CARVALHO, M. A. R. de; APOLÔNIO, A. C. M.; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M.; OLIVEIRA, J. S.; ALVIANO, C. S.; FARIAS, L. de M..
bitstream/item/177332/1/SP-19554-ID-30470.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Aggregatibacter actinomycetemcomitans; Bacteriocin; Actinomyctemcomitin.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190212
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Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859
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Bioquímica molecular como ferramenta para conservação e uso da biodiversidade agrícola tropical: desenvolvimento de marcador imunoquímico para identificação da bactérias endofíticas do milho. Infoteca-e
FIGUEIREDO, J. E. F.; COELHO, V. T. da S.; COELHO, E. A. F.; OLIVEIRA, J. S. de; SANTORO, M. M.; ALMEIDA, P. L. B. de; De PAOLI, H. C.; CORREA, G. V.; TEIXEIRA, M. A.; MOTTA, A. C. F..
Marcadores moleculares estão sendo amplamente utilizados na agricultura. Entre as várias aplicações práticas, destacam-se a identificação de raças, linhagens e estirpes, eliminação de réplicas em bancos de germoplasma, identificação de genes associados com a performance da planta, entre outros. Em todos esses casos, a definição da estratégia que deverá ser adotada precisa considerar os custos para a obtenção dos marcadores. Ênfase crescente tem sido dada para identificar marcadores menos onerosos. Marcadores bioquímicos constituem um tipo especial de marcador molecular que se caracteriza pela análise do produto da expressão gênica. Destacam-se dois tipos principais: isoenzimas e proteínas. Esses marcadores também são definidos como marcadores fenotípicos,...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcador imunoquímico; Bacteria endofitica.; Milho..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/489124
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Electrospray ionization quadrupole time-of-flight and matrix-assisted laser desorption/ionization tandem time-of-flight mass spectrometric analyses to solve micro heterogeneity in post-translationally modified peptides from Phoneutria nigriventer (Aranea, Ctenidae) venom. Repositório Alice
PIMENTA, A. M. C.; RATES, B.; BLOCH JUNIOR, C.; GOMES, P. C.; SANTORO, M. M.; LIMA, M. E. de; RICHARDSON, M.; CORDEIRO, M. do N..
bitstream/item/177868/1/ID-24791.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phoneutria nigrivente.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/185513
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Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. Repositório Alice
MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M..
We propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Interação proteína-proteína; Mapas de contato; Protein-protein interactions; Contact maps; Serine proteases; Bioinformatics; Serine proteinases.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969
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Grupo de estudos de saúde e trabalho rural. Repositório Alice
FERNANDES, M. I. L.; MAERTENS, M.; FIGUEIREDO, G. G.; MELO, M. I. de A.; LIMA, C. de F.; NUNES, T. da S.; RUFINO, J. L. P.; OLIVEIRA, M. F. de; FARIA, H. P. de; SILVA, J. M. da; PINHEIRO, T. M. M.; SANTORO, M. M.; GÓES, A. M. de; NOVATO-SILVA, E..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Saúde; Trabalhador rural.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/630827
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Mining structural signatures in proteins using intrachain interactions. Repositório Alice
MELO, R. C.; GOMIDE, J. S.; MEIRA JUNIOR, W.; LOPES, J. C. D.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M..
In this work we use a data mining approach to analyze similarity of proteins and to extract conserved information on dissimilar sequences of proteins of the same family.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinfomática; Mineração de dados; Data mining; Proteína; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1907
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Molecular studies of the brazilian infectious bronchitis virus isolates. Repositório Alice
ABREU, J. T.; MOURÃO, M. M.; SANTOS, C. E.; VELOSO, C. J. M.; RESENDE, J. S.; FLATSCHART, R. B.; FOLGUERAS-FLATSCHAR, A. V.; JUNIOR, S. N.; SANTORO, M. M.; MENDES, A. C. R.; FRANCO, G. R.; SILVA, A.; CAMPOS, A. B.; FERNANDEZ, S..
Avian infectious bronchitis virus (IBV) isolates have been widely characterized by reverse transcription followed by polymerase chain reaction and DNA sequencing. In present study, these techniques were applied to three viral genomic regions comprising the complete and/or a partial S1 segment, S2 and nucleocapsid genes. DNA sequences from viral isolates obtained from 1972 to 1989 and from 2006 to 2008 were compared. High similarity (>90%) was observed among some of the genomic segments, including S1 hypervariable region, which could suggest a common origin or ancestry. DNA sequences from S2 and N protein genes obtained from different infected tissues of the same flock were analyzed, and a clear segregation between respiratory and intestinal tract was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genética; Virus.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/865545
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Protein cutoff scanning: a comparative analysis of cutoff dependent and cutoff free methods for prospecting contacts in proteins. Repositório Alice
SILVEIRA, C. H. da; PIRES, D. E. V.; MINARDI, R.; RIBEIRO, C.; VELOSO, C. J. M.; LOPES, J. C. D.; MEIRA JÚNIOR, W.; NESHICH, G.; RAMOS, C. H. I.; HABESCH, R.; SANTORO, M. M..
In this study, we carried out a comparative analysis between two classical methodologies to prospect residue contacts in proteins: the traditional cutoff dependent (CD) approach and cutoff free Delaunay tessellation (DT). In addition, two alternative coarse-grained forms to represent residues were tested: using alpha carbon (CA) and side chain geometric center (GC). A database was built, comprising three top classes: all alpha, all beta, and alpha/beta. We found that the cutoff value? at about 7.0 A emerges as an important distance parameter.? Up to 7.0 A, CD and DT properties are unified, which implies that at this distance all contacts are complete and legitimate (not occluded). We also have shown that DT has an intrinsic missing edges problem when...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Proteina.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/664411
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Protein dossier and protein fingerprints produce surface signatures: a simple and powerful technique for coding and comparing compound and receptor shape information. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M..
The objective of this work is to analyze the structural interaction between serine proteases and theirs inhibitors using amino acids residues present in the interface of this molecules to discovery complex patterns of recognition and specificity.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Proteína; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/2746
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Purification and partial characterization of a bacteriocin produced by Eikenella corrodens. Repositório Alice
APOLÔNIO, A. C. M.; CARVALHO, M. A. R.; BEMQUERER, M. P.; SANTORO, M. M.; PINTO, S. Q.; OLIVEIRA, J. S.; SANTOS, K. V.; FARIAS, L. M..
bitstream/item/177237/1/SP-19548-ID-30464.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bacteriocin; Bactéria; Eikenella.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190214
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Structure and membrane interactions of the homodimeric antibiotic peptide homotarsinin. Repositório Alice
VERLY, R. M.; RESENDE, J. M.; COELHO JUNIOR, E. F.; MAGALHÃES, M. T. Q. de; GUIMARÃES, C. F. C. R.; MUNHOZ, V. H. O.; BEMQUERER, M. P.; ALMEIDA, F. C. L.; SANTORO, M. M.; PILÓ-VELOSO, D.; BECHINGER, B..
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Antimicrobial peptides; Amphibian skin; Phyllomedusa tarsius.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073603
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The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Repositório Alice
NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M..
ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, designed to add key advantages to the whole suite: 1) availability for most popular platforms and browsers, 2) introduction of the STING_DB quality assessment, 3) improvement in algorithms for calculation of three STING parameters, 4) introduction of five new STING modules, and 5) expansion of the existing modules. Star STING is freely accessible at: http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/, http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS, http://www.es.embnet.org/SMS/, http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/SMS/ and http://www.ar.embnet.org/SMS.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteina; Protein structure analysis; Sting; Per-residue structure descriptors; Topology similarity; Structure summaries; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9170
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