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Complete genome sequence and whole-genome phylogeny of Kosmotoga pacifica type strain SLHLJ1T from an East Pacific hydrothermal sediment ArchiMer
Jiang, Lijing; L'Haridon, Stephane; Jebbar, Mohamed; Xu, Hongxiu; Alain, Karine; Shao, Zongze.
Kosmotoga pacifica strain SLHLJ1T is a thermophilic chemoorganoheterotrophic bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal sediment. It belongs to the physiologically homogeneous Thermotogaceae family. Here, we describe the phenotypic features of K. pacifica together with its genome sequence and annotation. The chromosome has 2,169,170 bp, organized in one contig. A total of 1897 candidate protein-encoding genes and 177 RNA genes were identified. The 16S rRNA gene sequence of this strain is distantly related to sequences of some relatives classified in the same genus (K. olearia 7.02% and K. shengliensis 7.83%), with dissimilarity percentages close to the threshold generally described for genus delineation. Nevertheless, the percentage of conserved...
Tipo: Text Palavras-chave: Marine; Hydrothermal vent; Thermotogales; Chemoorganoheterotroph; Thermophile.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00371/48191/48324.pdf
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