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Mapeo genético y análisis de QTL para carotenos en una población s1 de yuca 109
Marín Colorado,Jaime Alberto; Ramírez,Hernando; Fregene,Martin.
La población S1 de la variedad tailandesa de yuca MTAi8 (AM320), la cual presenta patrones de segregación definidos para el contenido de carotenos totales (Beta-caroteno), se sometió a un análisis de agrupamiento segregante (BSA = Bulk Segregant Analysis) empleando 700 marcadores moleculares tipo microsatélites o SSR. Se generaron 25 grupos de ligamiento identificando 3 QTL mayores asociados con una región del genoma de yuca con el contenido de carotenos totales. Tres marcadores SSR explicaron el 37.2% (NS109), 32% (rSSRY251) y 27.7% (rSSRY313) de la varianza fenotipica total, situados en el grupo de ligamiento D fuertemente asociados con el contenido de carotenos totales en la familia AM320 S1, se estableció una fuerte correlación positiva entre color de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Manihot esculenta Crantz; Caroteno; QTL; SSR.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122009000100003
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Inferring mating system parameters in forage peanut, Arachis pintoi, for Brazilian Amazon conditions 36
OLIVEIRA,Jônatas Chagas de; RUFINO,Polinar Bandeira; AZÊVEDO,Hellen Sandra Freires da Silva; SOUSA,Adna Cristina Barbosa de; ASSIS,Giselle Mariano Lessa de; SILVA,Lucielio Manoel da; SEBBENN,Alexandre Magno; CAMPOS,Tatiana de.
ABSTRACT The search for alternatives to increase productivity and sustainability of livestock production in the Amazon region without increasing deforestation is challenging. Mixed pastures of grasses with forage peanut (Arachis pintoi) have shown positive economic impacts. However, gaps in the knowledge of the reproductive biology of A. pintoi have limited the development of new cultivars adapted to the environmental variations in the Brazilian Amazon. Pasture consortiums of Brachiaria humidicola with forage peanuts (cv. Mandobi) resulted in a 42% increase in weight gain productivity. New cultivars better adapted to the Amazon climate should bring even greater gains. We evaluated the mating system in twenty A. pintoi accessions, and approximately 40...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Reproductive system; Arachis pintoi; SSR; Crossing rate.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672019000400277
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Transferability of heterologous primers in Brycon falcatus 36
PENHA,Diego dos Santos; SOUZA,Felipe Pinheiro de; LIMA,Ed Christian Suzuki de; URREA-ROJAS,Angela Maria; PANDOLFI,Victor César Freitas; YAMACHITA,Andrei Lincoln; POVH,Jayme Aparecido; LEITE,Natalia Gonçalves; PEREIRA,Ulisses de Pádua; LOPERA-BARRERO,Nelson Mauricio.
ABSTRACT The genusBryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bryconidae; Cross amplification; Genetic conservation; Genetic variability; SSR.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672020000300232
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Cross-amplification and characterization of microsatellite markers in species of Manihot Mill. (Euphorbiaceae) endemic to the Brazilian Cerrado 39
Miranda,Kássia Marques Corrêa; Guimarães,Rejane Araújo; Silva,Marcos José da; Oliveira,Patrícia Rasteiro Ordiale; Ribeiro,Thania Gonçalves; Mendes,Thainara Policarpo; Telles,Mariana Pires de Campos; Soares,Thannya Nascimento.
ABSTRACT The genus Manihot Mill. contains about 120 species of which about 104 occur in Brazil. We tested the cross-amplification of ten microsatellite markers developed for Manihot esculenta in 15 species of Manihot endemic to the Brazilian Cerrado. We also evaluated the genetic diversity of Manihot irwinii, M. orbicularis, and M. purpureocostata. Ten pairs of primers were amplified among 14 species of Manihot. The percentage of polymorphic loci per species varied from 70 to 100 %. Nine markers showed amplification and polymorphism when evaluated on polyacrylamide gel. The markers were combined to form three sets for multiplex genotyping for genetic diversity analysis, and showed 51, 75, and 75 alleles in M. irwinii, M. orbicularis, and M....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic diversity; Polymorphism; SSR; Transferability wild cassava.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062020000400772
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Discovery and characterization of SSR markers in Eugenia uniflora L. (Myrtaceae) using low coverage genome sequencing 42
SARZI,DEISE S.; JUSTOLIN,BEATRIZ; SILVA,CLARIANE DA; LEMOS,RAFAEL P.M.; STEFENON,VALDIR MARCOS.
Abstract: Eugenia uniflora L. (Myrtaceae) is a tree species widely distributed in South America suffering the effects of the exploitation of natural populations. In this study, we employed low coverage sequencing of the E. uniflora genome for mining of SSR markers. The de novo assembly generated 2,601 contigs with an average length of 1139 bp and spans 3.15 Mb. A total of 76 dimer, 33 trimer and two compound SSR loci were identified. Twelve selected SSR loci were employed to genotype 30 individuals from two natural populations. A total of 73 alleles were detected (mean A= 6.1) were observed, the mean effective number of alleles was Ae = 3.91, mean Ho was 0.23 and mean HE was 0.70). The mean Wright’s within population fixation index was FIS = 0.66 and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Next generation sequencing; Pitanga; Population genetics; SSR; Surinam-cherry.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652019000100625
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Transferability and characterization of microsatellite markers in five Bromeliaceae species belonging to the subfamilies Pitcairnioideae and Bromelioideae 49
Miranda,Fabio Demolinari de; Gontijo,Andreia Barcelos Passos Lima; Santiliano,Fabiano Costa; Favoreto,Fernanda Campanharo; Soares,Taís Cristina Bastos.
Microsatellite markers previously developed for Pitcairnia albiflos Herb. and Pitcairnia geysksii L.B.Sm. were used in cross-amplification tests of five other Bromeliaceae species. Ten (76.9%) out of the 13 evaluated pair of primers had positive results for some of the species tested. The number of polymorphic alleles ranged between two and four in most species. Ho values ranged between zero, in Pitcairnia flammea Lindl. (PaA05), Aechmea ramosa Mart ex Schult & Schult and Billbergia horrida Regel (PaC05), and one in Billbergia euphemiae E. Morren (PaA05, PaA10, PaC05 and PaD07). This study showed that microsatellite markers developed for P. albiflos and P. geysksii effectively amplified the DNA samples of Pitcairnia flammea, Aechmea nudicaulis (L.)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Cross-amplification; SSR; Genetic diversity; Bromeliads; Conservation.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1676-06032012000300032
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Capacidade combinatória, divergência genética entre linhagens de milho e correlação com heterose 53
Paterniani,Maria Elisa Ayres Guidetti Zagatto; Guimarães,Paula de Souza; Lüders,Reginaldo Roberto; Gallo,Paulo Boller; Souza,Anete Pereira de; Laborda,Prianda Rios; Oliveira,Karine Miranda.
Objetivou-se avaliar o desempenho de híbridos simples de milho (Zea mays L.), obtidos de cruzamentos dialélicos entre linhagens divergentes, estimar a capacidade de combinação das linhagens e verificar se a divergência genética entre as linhagens, obtida por marcadores moleculares, é correlacionada com a heterose dos híbridos simples no campo. Trinta e seis híbridos resultantes de um dialelo parcial foram avaliados em Campinas e em Mococa e as 12 linhagens parentais somente em Campinas, a fim de se calcular a heterose dos híbridos. O delineamento experimental empregado foi o de blocos ao acaso, com três repetições e 2 testemunhas comerciais. Avaliaram-se os caracteres: altura da planta (AP), altura da espiga (AE) e massa de grãos (MG). Análises de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays; Dialelo parcial; Produtividade; AFLP; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052008000300012
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Cross-species amplification of microsatellite loci developed for Passiflora edulis Sims. in related Passiflora Species 52
Oliveira,Gilmara Alvarenga Fachardo; Pádua,Juliano Gomes; Costa,Juliana Leles; Jesus,Onildo Nunes de; Carvalho,Fabiana Moraes de; Oliveira,Eder Jorge de.
The aim of this study was to evaluate the selected 41 SSR markers developed for yellow passion fruit (Passiflora edulis f. flavicarpa Sims.) for their transferability to 11 different Passiflora species. Twenty-one SSR were successfully amplified in 10 wild species of passion fruit producing 101 bands. All the markers were amplifiable for at least one species. The mean transferability was 68,8%, ranging from 15,4% (primer PE11) to 100 % (PE13, PE18, PE37, PE41 and PE88). Transferability was higher for the species from the Passiflora subgenus than for those from the Decaloba and Dysosmia subgenus. The results indicated a high level of nucleotide sequence conservation of the primer regions in the species evaluated, and consequently, they could potentially be...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Transferability; SSR; Passion fruit.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132013000500009
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Novel Microsatellite Markers for Brazilian Mangrove Oysters ( Crassostrea gasar ) and their Cross-Amplification in Crassostrea rhizophorae 52
Baldez,Renata do Socorro Corrêa; Melo,Mauro André Damasceno; Sampaio,Iracilda; Tagliaro,Claudia Helena.
ABSTRACT A microsatellite CT/GT enriched genomic library was developed for Crassostrea gasar and twelve new polymorphic loci were isolated and characterized. The markers were successfully amplified from 25 individuals of Crassostrea gasar and 11 cross-amplified individuals of Crassostrea rhizophorae. There was no evidence of linkage between loci in either species.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SSR; Genetic markers; Cupped oyster; Population structure..
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100426
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Morphological, Chemical and Molecular Characterization of ‘Old olive’ (Olea europaea L.) from Montenegro 52
Adakalic,Mirjana; Lazovic,Biljana.
ABSTRACT Thousands of years of tradition of olive cultivation in Montenegro is witnessed with the ‘Old olive’ estimated to be more than 2000 years old. ‘Old olive’ draws attention to its genetic potential and the relation to the closest grown olive cultivars. Therefore, the aim of this paper was to give the basic description of ‘Old olive’ (through 20 morphological and 37 chemical properties) as well as to determine its DNA profile and to examine the closeness with major olive cultivar grown, cv. ‘Žutica’. The obtained data showed the differences between examined samples. ‘Old olive’ started flowering (27. May) more than 10 days later than cv. ‘Žutica’ (14. May), and began ripening 15 days later (20th October and 5th October, respectively). From 21...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: ‘Old olive’ tree; Morphology; Oil; SSR; Cv. ‘Žutica’; Montenegro.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132018000100432
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Genetic Characterization of Old Grapevines collected in Oases of the Atacama Desert 117
Poblete,Ingrid; Pinto,Manuel; de Andrés,María Teresa; Hinrichsen,Patricio.
Old grapevine (Vitis vinifera L.) accessions are a source of genes that could be rescued for use per se or in modern breeding programs. The first step in this rescuing is collecting and characterizing the germplasm from a particular region. This study presents the genetic characterization of 21 grapevine accessions collected from the Atacama Desert in the far North of Chile. Characterization was based on 12 microsatellites (Simple Sequence Repeats, or SSRs) supplemented with Amplified Fragment Length Polymorphic (AFLP) markers. Most of the collected accessions produced red berries and shared the genetic characteristics of the cv. País, an old genotype found throughout America. However, among those red-berried accessions, one showed a severe abortive...
Tipo: Journal article Palavras-chave: SSR; AFLP; Atacama Desert; Germplasm; ‘Listán Prieto’.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-58392011000300020
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Identificação de variantes somaclonais em bananeiras 'Prata Anã', utilizando técnicas moleculares e citogenéticas 64
Guimarães,Nilson César Castanheira; Torga,Paula Pereira; Resende,Eliane Cristina de; Chalfun Júnior,Antônio; Paiva,Edílson; Paiva,Luciano Vilela.
Variação somaclonal é uma variação fenotípica de origem genética, ou seja, uma variação cromossômica que se torna herdável nas gerações seguintes, ou epigenética, que é uma variação transitória devido ao estresse fisiológico que o material sofre, quando submetido ao cultivo in vitro. Um problema específico envolvendo a variação somaclonal em bananeiras 'Prata Anã' foi observado em Andradas, Minas Gerais, em plantas oriundas de micropropagação. A maior dificuldade na separação dos indivíduos normais e variantes é que os caracteres morfológicos, que são inerentes a este tipo de variação, só se tornam evidentes quando a planta está adulta, o que impossibilita a eliminação dos indivíduos variantes ainda em viveiro. Com o objetivo de identificar, ainda em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Variação somaclonal; Bananeira; SSR; RAPD; Citogenética.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542009000200013
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Variabilidade genética entre acessos de açaizeiro utilizando marcadores microssatélites 64
Oliveira,Maria do Socorro Padilha de; Santos,João Bosco dos; Amorim,Edson Perito; Ferreira,Daniel Furtado.
Conduziu-se este trabalho, com o objetivo de caracterizar a variabilidade genética entre 116 acessos de açaizeiro da coleção de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental por marcadores microssatélites (SSR). As reações foram efetuadas com base em 116 amostras de DNA, utilizando sete primers SSR. Os níveis de polimorfismo e as estimativas das distâncias genéticas de Roger foram determinados pelas frequências alélicas e agrupado pelo método UPGMA. Os sete locos SSR revelaram 42 alelos com média de 6 alelos por loco. O conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) variou de 0,60 a 0,86 com média de 0,75 e as heterozigosidades observada (Ho) e esperada (He) foram de 0,54 e 0,75, respectivamente. A distância genética média entre todos os acessos foi de 0,61,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Euterpe oleracea; Germoplasma; Polimorfismo; Diversidade genética; SSR.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542010000500025
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Identification and characterization of an original grapevine cultivar (Vitis vinifera) found in Chile 118
Gonzalez,Alvaro S; Massera,Franco; Moscoso,Daniel; Hinrichsen,Patricio; Montenegro,Gloria; Laucou,Valerie; Lacombe,Thierry; Boursiquot,Jean-Michel; Pszczólkowski,Philippo.
Currently, many monovarietal vineyards present a minority of mixed cultivars. Some of these cultivars are unknown and could represent an opportunity to discover new and potentially useful genotypes both for research and production purposes. In a 'Carmenère' vineyard planted in 1994 in Palmilla (Colchagua Valley, Chile), a minority presence of other cultivars was found. The present work covers for the first time the identification and characterization of one of these cultivars, which presented a very poor fruit set. Through classic ampelography, it was not possible to associate the studied cultivar with any known cultivar in Chile. However, through a simple sequence repeats (SSR) comparison against the database of the INRA Germplasm Repository "Domaine de...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ampelography; Chile; Coulure; Molecular markers; Poor fruit set; SSR; Triploid.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202016000200016
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Molecular characterization of Lotus corniculatus cultivars using transferable microsatellite markers 118
Alem,Diego; Narancio,Rafael; Díaz Dellavalle,Paola; Rebuffo,Mónica; Zarza,Rodrigo; Dalla Rizza,Marco.
Lotus corniculatus L. is the most important agricultural species in the genus Lotus and is the most widely distributed Lotus species worldwide. L. corniculatus genotypes form complex groups that are difficult to recognize both morphologically and biochemically. Given the extensive and expensive process of isolating Simple Sequence Repeats (SSR, also called microsatellites), the possibility of using microsatellites already identified in related species is highly attractive. The aim of this work was the identification and validation of transferable microsatellite markers in L. corniculatus, and using those markers to study the genetic variability among four cultivars. Each cultivar of L. corniculatus was represented by 15 genotypes. Ten microsatellite...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic variability; Lotus japonicus; SSR.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202011000300015
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Diversidade genética por marcadores moleculares em Fusarium oxysporum f. sp. cubense no Estado de Santa Catarina 65
Silva,Cristiane Maria da; Hinz,Robert Harri; Stadnik,Marciel João; Pereira,Adriana; Tcacenco,Fernando Adami.
O mal-do-panamá, causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC), é um dos principais problemas fitossanitários da bananicultura. O uso de cultivares resistentes é o método preferencialmente recomendado para o seu controle, sendo a avaliação da diversidade genética do patógeno necessária no desenvolvimento de estratégias de manejo da doença a longo prazo. Assim, este trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética de isolados de FOC por marcadores moleculares RAPD e SSR. Foram avaliados 64 isolados coletados em regiões produtoras do estado de Santa Catarina, sendo que 100% deles foram patogênicos à bananeira da cv. 'Enxerto'. As análises de conglomerados com esses marcadores revelaram variabilidade entre os isolados amostrados. As técnicas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Banana; Doença; Fungo; RAPD; SSR.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782010001200007
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Transferability of heterologous microsatellite primers in Brycon gouldingi 65
Souza,Felipe Pinheiro de; Lima,Ed Christian Suzuki de; Leite,Natalia Gonçalves; Urrea-Rojas,Angela Maria; Yamachita,Andrei Lincoln; Pandolfi,Victor César Freitas; Lopera-Barrero,Nelson Mauricio.
ABSTRACT: Brycon gouldingi is a species of neotropical fish of socioeconomic and environmental importance in the Tocantins-Araguaia Basin. Genetic studies on this species are still limited, making it difficult to evaluate the population structure and genetic diversity in natural and captive stocks. Here, we aimed to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers in B. gouldingi. A total of 30 primers for eight species were evaluated: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum. The primers that showed the best amplification patterns were applied to 20 specimens of B. gouldingi, and their genetic parameters were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Conservation; Cross-amplification; Molecular markers; SSR.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782018001100406
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A new, harmless, high-throughput endosperm-based DNA extraction method for wheat 65
Ma,Zhihui; Wang,Yuquan; Wei,Wenhui; Ru,Zhengang.
ABSTRACT: In this study, a non-destructive, high-throughput, endosperm-based DNA extraction method was developed. To verify the non-destructive nature of this method, a germination test was performed on 288 seeds after sampling their endosperm, which gave a seedling emergence rate that was higher (97.6%) than that of the control group (92%). To confirm the feasibility of the new method, DNA was extracted from plants of a BC1F2 population by two different methods, namely, from endosperm using our rapid, high-throughput method (ER-DNA) and from young leaves emerging from the same sampled seed using the CTAB method (LC-DNA). The ER-DNA was undetectable by agarose gel electrophoresis, but was found to be an adequate replacement for LC-DNA for the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Wheat; Triticum aestivum; SSR; Segregation population.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782019000900200
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Marcadores moleculares de secuencias simples repetidas en la caracterización de Lolium perenne, Lolium multiflorum, Lolium hybridum, y Dactylis glomerata 32
Aguirre Robert, Cinthia Jimena.
En Valles Altos Centrales de México ha aumentado el cultivo de Lolium, Festuca, Dactylis y Vicia, géneros de especies forrajeras mejor adaptadas a la zona, pero su desventaja son recursos genéticos limitados para continuar la mejora genética de las especies. Por tanto, el objetivo del presente estudio fue realizar una evaluación agronómica y molecular de 8 accesiones de Lolium: Ansyl France (AF), New Zealand (NZ), Uruguay (U), Netherland Barenza (NB), USA Manhattan II (UMII), Canada Uri (4n) (CU4n), Australia Wimmera 62 (AW62) y France Itaque (FI); y tres de Dactylis: Canada Hércules (CH), USA Potomac (UP) y USA Napier (UN). La estructura poblacional y similitud genética entre accesiones se determinó con 13 loci-SSR, y se estimó la asociación...
Tipo: Tesis Palavras-chave: Accesiones; Loci; Caracteres morfológicos; SSR; Maestría; Ganadería; Accesions; Loci; Morphological traits.
Ano: 2009 URL: http://hdl.handle.net/10521/1448
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Análisis de la diversidad genética de variedades nativas de chile "Poblano" por medio de microsatélites. 32
Contreras Toledo, Aremi Rebeca.
A partir de la domesticación de chile (Capsicum annuum L.) en México, se ha generado una gran diversidad dentro de esta especie en nuestro país, derivada de la selección de los agricultores para diferentes usos, siendo el chile Poblano uno de los más importantes y el más representativo del Estado de Puebla; sin embargo, el rendimiento de chile poblano en esta región ha presentado una reducción en los últimos años, debido, en parte, a la falta de semilla mejorada que debe ser seleccionada con base en las necesidades de los propios productores, existiendo la potencial pérdida de este germoplasma. Los objetivos de este estudio fueron estimar la diversidad genética y determinar sus posibles patrones de distribución, diferenciar grupos genéticos de variedades y...
Palavras-chave: Capsicum annuum; SSR; Polimorfismo; Diferenciación genética; Polymorphism; Genetic differentiation; Maestría; Genética.
Ano: 2011 URL: http://hdl.handle.net/10521/400
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