SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..

O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...

In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases.

Palavras-chave: Genoma café; Coffea; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906349

ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..

Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...

Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD.

Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; Bioinformatics.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880494

ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; RUFINO, R. J. N.; BRITO, G. G. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..

O conhecimento da diversidade genética do germoplasma utilizado em programas de melhoramento genético é importante para o planejamento de estratégias de trabalho. Técnicas de marcadores moleculares fornecem informações sobre distâncias genéticas entre acessos de Bancos de Germoplasma. Dessa forma, no presente trabalho, 92 acessos do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG foram submetidos a uma análise de diversidade genética, utilizando-se 20 primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). As amplificações deram origem a um total de 42 bandas polimórficas. As distâncias genéticas entre os genótipos, baseadas no complemento de Jaccard, variaram de zero a 100%. No dendrograma obtido observou-se a formação de cinco grupos diferentes ao nível de 50% de distância...

Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST.

Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadors RAPD; Café; Coffea.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909263

ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..

O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas...

In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases

Palavras-chave: Coffea; Genoma; Bioinformática.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903963

Genet. Mol. Biol.

Alvarenga,Samuel Mazzinghy; Caixeta,Eveline Teixeira; Hufnagel,Bárbara; Thiebaut,Flávia; Maciel-Zambolim,Eunize; Zambolimand,Laércio; Sakiyama,Ney Sussumu.

Germinação in vitro de grãos de pólen de cafeeiro Acauã para estimativa de viabilidade.

Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; In silico; Bioinformatics.

Ano: 2010

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000400031

Metabolism of alkaloids in coffee plants

ANGELO, P. C. da S..

O estudo dos grãos de pólen ou micrósporos é interessante sob vários aspectos científicos, desde a ciência básica até a biotecnologia. A fase progâmica é quando os gametas masculinos competem para realizar fecundações. Estudos sobre esta competição e sobre a duração da fase progâmica em café foram publicados há alguns anos. O presente trabalho teve como objetivos testar condições para a germinação in vitro de grãos de pólen de cafeeiro Acauã e utilizar as melhores condições para comparar a viabilidade em diferentes estádios de desenvolvimento da flor e alterações na viabilidade dos grãos, nos dias seguintes à coleta. As flores e anteras foram examinadas sob microscópio estereoscópico para seleção de anteras íntegras, pré e pós-deiscência. Foram testados...

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Gametogênese; Cultivo in vitro; Coffea; Gametogenesis; In vitro culture.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032625

Braz. J. Plant Physiol.

Ashihara,Hiroshi.

Coffee beans contain two types of alkaloids, caffeine and trigonelline, as major components. This review describes the distribution and metabolism of these compounds. Caffeine is synthesised from xanthosine derived from purine nucleotides. The major biosynthetic route is xanthosine -> 7-methylxanthosine -> 7-methylxanthine -> theobromine -> caffeine. Degradation activity of caffeine in coffee plants is very low, but catabolism of theophylline is always present. Theophylline is converted to xanthine, and then enters the conventional purine degradation pathway. A recent development in caffeine research is the successful cloning of genes of N-methyltransferases and characterization of recombinant proteins of these genes. Possible biotechnological...

Seed storage proteins in coffee

Palavras-chave: Coffea; Caffeine; Purine alkaloids; Pyridine alkaloids; Theobromine; Trigonelline.

Ano: 2006

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100001

Rev. Bras. Fisiol. Veg.

BAÚ,SANDRA M. T.; MAZZAFERA,PAULO; SANTORO,LUIZ G..

It has been reported that Coffea arabica seeds contain as the main reserve protein, a legumin-like protein, constituted of two subunits, alpha and beta, of approximately 35 and 20 kDa. In this work the seed proteins of several coffee species and varieties were investigated by SDS-PAGE and gel filtration. No differences were observed in the electrophoretic profiles among varieties of C. arabica, however, marked differences were observed among species, or even among individuals of some species. In general, the molecular weight of the subunits alpha and beta accounted for a monomer of 48 to 62 kDa. However, native molecular weight obtained by gel filtration showed that for most of the species there is association of 6 of such proteins, in a hexamer. The most...

Propagação vegetativa do cafeeiro (Coffea arabica L.) por meio de enraizamento de estacas.

Palavras-chave: Coffea; Legumin; Endosperm.

Ano: 2001

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-31312001000100004

BERGO, C. L.; MENDES, A. N. G..

Buscando-se uma metodologia que permita a regeneração de plantas de Coffea arabica L. a partir do enraizamento de estacas, foi conduzido um experimento no Departamento de Agricultura da Universidade federal de Lavras (UFLA) - Lavras, MG, em casa-de-vegetação,com sistema automático de irrigação por microaspersão. Utilizaram-se cafeeiros das cultivares Catuaí Vermelho e e Acaiá na ausência e presença do zinco em adubação foliar, imergindo ou não suas estacas e em águua corrente para posterior tratamento com antioxidante e regulador de crescimento. A cultivar Conillon foi utilizada adicionalmente sem tratamento algum. Acredita-se que o menor percentual de pegamento das estacas de C. Arabica seja por problemas de oxidação por fenóis,, ocasionados pelos...

Difference between isolates from brown eye spot and black spot lesions in coffee plants.

Palavras-chave: Catuaí vermelho; Conillon; Acaiá; Lavras (MG); Minas Gerais; Café; Coffea arabica L; Propagação vegetativa; Comportamento de variedade; Enraizamento de estaca; Regulador de crescimento; Auxina AIB; Coffea; Vegetative propagation; Rooting; Plant growth substances; Auxins; Indole butyric acid; Propagación vegetativa; Enraizamiento; Sustancias de crecimiento vegetal; Auxinas; Ácido indol butírico.

Ano: 1997

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/492544

BOTELHO, D. M. dos s.; RESENDE, M. L. V. de; RESENDE J. C. de; RIBEIRO JUNIOR, P. M.; ANDRADE, C. C. L. de; ALVES, E.; AMARAL D. C..

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diferença entre isolados de dois tipos de sintomas de cercosporiose do cafeeiro (mancha de olho pardo e cercospora negra) em relação à morfologia conidial, ao crescimento micelial, à produção de cercosporina e à reprodutibilidade dos sintomas em folhas de cafeeiro coletadas em três municípios de Minas Gerais, Brasil. Observou-se diferença entre os isolados para as variáveis estudadas, mas sem relação com o tipo de sintoma. As diferenças encontradas não foram associadas à origem do isolado. Os sintomas caracterizados como cercospora negra foram associados a diferentes condições do hospedeiro durante o processo de infecção.

Análise de genes expressos durante estádios finais da maturação de frutos de café.

Palavras-chave: Produção de cercosporina; Morfologia conidial; Crescimento micelial; Reprodutibilidade dos sintomas; Cercosporiose do cafeeiro; Mancha de olho; Cercospora negra; Coffea Arábica; Café; Doença; Coffea; Disease control.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1117581

BUDZINSKI, I. G. F.; CAÇÃO, S. M. B.; CARNEIRO, C. E. A.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..

A maturação uniforme dos frutos do cafeeiro relaciona-se diretamente com a qualidade da bebida. Diferentes floradas em um mesmo cafeeiro propiciam frutos em estádios desiguais de maturação podendo resultar em uma maior dificuldade na colheita, maior gasto com mão de obra e queda na qualidade do produto. Em frutos climatéricos, o processo final da maturação é desencadeado por um grande acúmulo de etileno, seguido por mudança bioquímicas e fisiológicas que promovem principalmente a desestabilização da parede celular dos frutos, composta principalmente por compostos pécticos. As pectinas são degradadas devido à solubilização e despolimerização da parede celular vegetal em decorrência da ação de enzimas como: pectinametilesterase, poligalacturonase,...

Coffea expansin gene family and expansin expression during fruit maturation.

Palavras-chave: Maturação; Poligalacturonase; Pectinametilesterase; Expansina; Genoma; Coffea.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909458

BUDZINSKI, I. G. F.; LEITE, T. F.; TAKAHASHI, E. K.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..

Expansins (EXP) are plant cell-wall loosing proteins involved in cell enlargement and developmental process such as organogenesis, seeds germination, cell wall dissolution and fruit ripening. Two families of EXP are known, α-expansin (EXPA), involved in the control of cell wall extension, and β-expansins (EXPB), the major allergens of grass pollen that also have cell wall-loosening activity. With the objective to study the role of EXP in coffee fruit maturation we selected EXP homologous sequences on the Brazilian Coffee Genome Project database. Full-length contigs were classified according the EXP family. Northern blots of pulp from fruits at the latest stages of maturation (22-32 weeks after flowering) showed increased transcription of...

Avaliação da produção de ramos ortotrópicos em genótipos de cafeeiro Catucaí Amarelo e Siriema clonados in vitro.

Palavras-chave: Coffea; Oganogenesis.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885761

Genetic diversity and structure of Hemileia vastatrix populations on Coffea spp.

BUENO, I. F.; CARLI, J. R. de; FERNANDES, B.; ANGELO, P. C. da S.; CARVALHO, C. H. S. de.

Recentemente, o enraizamento de estacas tem sido aplicado também à propagação vegetativa de cafeeiros arábica. Os objetivos do trabalho foram estimar o número de brotações e segmentos nodais produzidos por plantas de cafeeiro de um genótipo Catucaí e de nove genótipos de Siriema clonados in vitro e avaliar a influência do genótipo e da idade das plantas sobre estas variáveis. As plantas foram levadas a campo nos anos de 2008 e 2009 e são mantidas a pleno sol com tratos culturais convencionais e o esqueletamento ocorreu seis meses antes da coleta dos dados. As variáveis analisadas foram o número de ramos ortotrópicos por planta (ramos por planta), o número de segmentos nodais em ramos ortotrópicos por planta (segmentos nodais por planta) e o número médio de...

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Estaquia; Stem cuttings; Rerodução assexuada; Clonagem; Coffea; Vegetative propagation.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032628

CABRAL, P. G. C.; MACIEL-ZAMBOLIM, E.; OLIVEIRA, S. A. S. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..

Coffee leaf rust is the most limiting disease for coffee cultivation in Brazil. Despite its importance, relatively little is known about the genetic diversity of Hemileia vastatrix, the rust causal agent. In this work, the DNA from 112 monopustule isolates from different geographic locations and coffee genotypes were analysed by amplified fragment length polymorphisms (AFLP). The objectives were to assess the influence of the host and geographic origin on the diversity and population differentiation in H. vastatrix. The fungal population showed a low level of genotypic diversity. Gene diversity (h) was 0027 and the hypothesis of random mating in the total population was rejected, but evidence for recombination was found for two subpopulations (São Paulo...

Genetic diversity and structure of Hemileia vastatrix populations on Coffea spp.

Palavras-chave: Café; Variação genética; Coffea.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041410

CABRAL, P. G. C.; MACIEL-ZAMBOLIM, E.; OLIVEIRA, S. A. S. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..

Construção de uma biblioteca genômica de cromossomo artificial de bactéria de Coffea arabica.

Palavras-chave: Café; Variação genética; Coffea.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027450

CAÇÃO, S. M. B.; DINIZ, L. E. C.; SILVA, N. V.; VENIKY, F.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..

A produção de mapas físicos em plantas tem grande importância para estudos de genética e melhoramento. O passo inicial para produção destes mapas é a construção de bibliotecas genômicas com largos fragmentos de DNA, em vetores do tipo cromossomo artificial de bactéria (BAC) ou de levedura (YAC). Visando a produção de um mapa físico, o objetivo deste trabalho foi construir uma biblioteca genômica de BAC de café. Fragmentos de DNA de alto peso molecular de C. arabica híbrido de Timor cv. 832/2 foram clonados no vetor pCC1BAC e transformados em E. coli DH10B. Após transformação 57000 clones foram inicialmente obtidos e ordenados manualmente em placas de 96 poços. A biblioteca foi transferida em triplicata para placas de 384 poços, com equipamento Q-BOT,...

Utilização de plantas modelo para teste de promotores tecido específico de cafeeiros.

Palavras-chave: BAC; Coffea; Mapeamento; Clonagem.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906232

CANESIN, L. E. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..

2010

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Lycopersicon esculentum; Agrobacterium tumefaciens; Transformação in vivo; Transformação in vitro; Coffea.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880433

Aspects of nitrogen metabolism in coffee plants

Braz. J. Plant Physiol.

Carelli,Maria Luiza Carvalho; Fahl,Joel Irineu; Ramalho,José D. Cochicho.

Coffee plants are highly N-demanding plants. Despite the importance of N nutrition for the development, acclimation and yield of coffee plants, there are few reports concerning N metabolism in this species. In this review, our intention is to summarize the information available in the literature and to point out the influence of environmental conditions on N assimilation, as well as comment and discuss some apparently contradictory results and raise and enlighten queries about N assimilation in coffee plants.

Leaf anatomy and carbon isotope composition in Coffea species related to photosynthetic pathway

Palavras-chave: Coffea; Irradiance level; Nitrate reductase; Nitrogen fertilization; Oxidative stress; Photoinhbition; Photoprotection; Photosynthesis.

Ano: 2006

URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100002

Braz. J. Plant Physiol.

Carelli,Maria Luiza Carvalho; Queiroz-Voltan,Rachel Benetti; Fahl,Joel Irineu; Trivelin,Paulo César Ocheuze.

Possible presence of vascular bundle sheath cells and its relation to photosynthetic pathway, leaf anatomy and carbon isotope composition (delta13C) were examined in six species of genus Coffea: C. arabica (cvs. Catuaí Vermelho, Mundo Novo, Bourbon Vermelho and Icatu Amarelo), C. canephora (cvs. Apoatã and Guarini), C. liberica, C. dewevrei, C. salvatrix and C. stenophylla. In all genotypes, the vascular bundle was surrounded by a layer of cells with numerous chloroplasts in a centrifugal position. Visually no differences could be seen between the spongy parenchyma cells and the bundle sheath cells, neither in size nor in chloroplast number. The leaf delta13C values ranged between a maximum of - 26.2 in C. salvatrix and a minimum of -29.7 in C....