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上帝和宇宙玩骰子?-談統計在生物資訊上所扮演的角色 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 呂椿棠; 魏夢麗.
Palavras-chave: 生物質訊; 統計; [[classification]]6.
Ano: 2003
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不同氮磷鉀肥施用量與種植密度對仙草產及品質之影響 Taiwan Agricultural Research Institute
胡敏夫; 張愛華; 呂椿棠; 劉新裕; Min-Fu Hu;Ai-Hwa Chang;Chun-Tang Lu;Sin-Yie Liu.
[[abstract]]以氮素100、140 (ck) 及180kg/ha三級,磷砰40 (ck) 及80kg/ha二級,氧化鉀70 (ck) 及140kg/ha二級等參試組合,施用化肥種類為硫酸銨,過磷酸鈣及氯化鉀。第一年選水稻後作地栽培,試驗設計採用RCBD設計,4重複,3行區,行株距為1.4m0.9m(7, 940 株/公頃):第二年選旱作地(前作馬鈴薯),株距採砍0.9m 及0.6m(11,900株/公頃)二種密度,肥料種類及用量等級同前年,試驗採裂區設計,試驗地點擇嘉義縣水上鄉生產區。第一年試驗結果發現,每公頃平均乾株產量以N1P1K1 區(100:40:70kg/ha)最高達10,230kg,次依序為N2P2K1區10,180kg 及N3P2K2區9,886kg;每公頃平均葉產量則以N2P1K1區最高達3,084kg,次依序為N2P1K2區2,846kg及N2P2K1區2,717kg ,而N1P1K1區亦達2,618kg,但上述數據經變方分析結果,並未達5%顯著差異水準。氮、磷及鉀肥間對產量之主效應分析,亦未達5%顯著差異水準。葉凝膠強度分析,發現N1P2K2區(100:80:140kg/ha)之葉凝膠強度較高118.2g/cm2,而N1P1K1區僅29.4g/cm2,由此結果可瞭解,在乾株產量及葉凝膠強度兩項性狀均表現較佳之肥料組合為N100:P2O580:K2O...
Palavras-chave: 仙草 肥料 凝膠強度 Hsian-tsao (Mesona procumbens Hemsl.); Fertilizer; Gel formation strength [[classification]]6.
Ano: 1998
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不同種植期對水芋乾物質與氮素累積性狀之影響 Taiwan Agricultural Research Institute
陳烈夫; 呂椿棠; 魏夢麗; 呂秀英; Lit-Fu Chan;Chun-Tang Lu;Meng-Li Wei;Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]為瞭解水田檳榔心芋的田間產量表現,本試驗於1995及1996年分別於1、5 及9月種植水芋,調查植株各部位在生育全期的乾物質與氮素累積量及累積速率的變化差異,以探討不同種植期對乾物質與氮素累積性狀之影響,並推知水芋葉片葉柄累積光合產物之最主要時期。由於不同種植期間環境氣候的變化不同,明顯造成水芋植株乾物質生產及氮素同化分配的不同。移植後第3~5個月間為水芋植株地上部器官累積乾物質與氮素的重要時期,由於1月種植期在此期間的溫度及日射量較高,故地上部葉片及葉柄的乾物質與氮素累積速率最快,能累積最高的乾物質與氮素量,以因應之後球莖膨大充實所需,致使成熟期可獲致最高的球莖產量。9月種植期則因為地上部生長旺盛期間逢低溫及低日射量,乾物質與氮素累積速率甚為緩慢,氮素供源嚴重不足,而且在進入球莖快速膨大期以後地上部乾物重及氮素含量仍持續上升,表示在球莖快速膨大期葉片及葉柄仍然也還是氮素積儲器官,故導致成熟期之產量降低。5月種植期乾物質與氮素累積的生長特性,與1月種植期的表現頗為相似,惟地上部生長旺盛期之累積速率較低,故成熟期之球莖產量較1月種植期為低。但是,種植期不會影響水芋地上部生長旺盛期地上部氮素與乾物質的相對累積效率。水芋地上部營養器官分配至葉片及葉柄的乾物質分配比例與氮素累積分配比例,亦不因種植期及生長階段而異,水芋植株地上部營養器官的乾物質量約有三分之一分配於葉片,三分之二分配於葉柄,而氮素累積分配比例大致上都是以約十分之六分配於葉片,而十分之四分配於葉柄,此顯示氮素含量有優先集中於葉片的趨勢,與乾物質的表現不相同。
Palavras-chave: 芋 種植期 乾物質累積 氮素累積 地上部生長旺盛期 Taro; Planting seasons; Dry matter accumulation; Nitrogen accumulation; Vigorous top-growth stage [[classification]]1.
Ano: 1999
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以Richards函數建立水芋之生長模式 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 陳烈夫; 呂椿棠; 賴吉雄.
Palavras-chave: ; 函數; 生長模式; [[classification]]6.
Ano: 1995
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利用稻作均度試驗資料估計最適試區大小及重複次數 Taiwan Agricultural Research Institute
呂椿棠; 呂秀英; 曾東海; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu; Tung-Hai Tseng.
[[abstract]]適當地決定田間試驗設計之試區大小及重複次數,可提高試驗處理比較之準確度。試區太小及重複次數太少,試驗結果將不可靠;但倘試區太大及重複次數太多,則會浪費時間及資源。本研究目的在以臺灣省農業試驗所進行之稻作均度試驗,估計最適的試區大小及重複次數。利用摺疊分類之規劃,將均度試驗田區模擬成各種可能的試區大小,並估算不同試區大小的變方估值,根據變方比較法及最大曲度法,依試驗面積及可用資源之限制與否,估計出最適的試區大小在20及100叢之間;並在假設一逢機完全區集設計試驗下,設定不同試區大小、重複次數與處理數之各種組合,利用Hatheway法估算各組合的處理平均值間之真差值,估計出在最適試區大小時的最適重複次數為4次。
Palavras-chave: 水稻 均度試驗 試區大小 重覆次數 土壤異質性指標 Rice Uniformity trial; Plot size; Replicates number; Soil heterogeneity index [[classification]]6.
Ano: 1995
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利用過去稻作育種試驗產量資料決定最適試區大小與重複次數的可靠性研究 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 呂椿棠; 陳正昌; 曾東海.
Palavras-chave: ; 育種; [[classification]]6.
Ano: 1996
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受稻熱病菌誘導之水稻表現序列標誌(EST)的比較分析 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 邱怡嘉; 陳政道; 魏夢麗; 呂椿棠; Hsiu-Ying Lu; Yi-Chia Chiu; Cheng-Tao Chen; Meng-Li Wei; Chun-Tang Lu.
[[abstract]]Rice blast is caused by fungus pathogen Magnaporthe grisea, which is a major destructive disease in rice production worldwide. Expressed sequence tag (EST) is the fragment of cDNA sequence. Direct study of EST is therefore helpful to obtain the gene expression information. In order to investigate the differences of gene expression patterns of rice among varieties, tissues and developmental stages after rice-blast infection, we made a comparative analysis of rice ESTs induced by M. grisea from 14 cDNA libraries in NCBI-dbEST database. For each individual library, EST functional annotation, classification and representation statistics were performed. Clustering analysis and correspondence analysis were also used to detect the differences in gene...
Palavras-chave: 水稻 稻熱病 表現序列標幟 功能註解及分類 基因表現量統計 集群分析 對應分析 Rice; Rice blast; Expressed sequence tag; Functional annotation and classification; Statistics of gene representation; Clustering analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2007
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受試與對照品系間之駢對交感分析在區域試驗之品系適應性評價的適用性 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 呂椿棠.
Palavras-chave: 對照品系; 駢對交感均方; 區域試驗; [[classification]]6.
Ano: 1991
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台灣稻作資訊系統之研發及應用 Taiwan Agricultural Research Institute
呂椿棠; 呂秀英; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]本所開發的台灣稻作資訊系統,係針對稻作研究人員、基層技術推廣人員和農民不同層次之需求所建置,從2001 年迄今共涵蓋「稻作育種管理」、「稻作育成品種」、「稻作新品種示範栽培」、「良質米推薦品種」及「優米網」五大子系統,透過網址http://tris.tari.gov.tw:8080/,提供品種、栽培技術、病蟲害診斷防治、產銷等線上資訊。本系統的研發過程及長期累積經驗,當可具體提供其他作物資訊系統建構上的參考。
Palavras-chave: 水稻 育種程序 良質米 生產栽培履歷 作物資訊系統 知識庫 網頁平台 Rice (Oryza sativa L.); Breeding procedure High quality rice; Traceability of culture and production; Crop Information System; Kno wledge database; Web platform [[classification]]6.
Ano: 2010
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均度試驗土壤異質性指標之估計 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 呂椿棠.
Palavras-chave: 均度試驗; 異質性; [[classification]]6.
Ano: 1995
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官能品評資料分析之SAS程式應用及例釋 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 呂椿棠; 呂秀英.
Palavras-chave: 官能品評; [[classification]]6.
Ano: 2004
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從水稻開花習性看去雄與授粉之雜交技術 Taiwan Agricultural Research Institute
陳烈夫; 曾東海; 卓緯玄; 呂椿棠.
Palavras-chave: [[classification]]1.
Ano: 2001
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期作間水芋全生育期光合成物質生產之比較 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 陳烈夫; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li wei;Lit-Fu Chan;Chun-Tang Lu;Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]本試驗於1995及1996年分別於本省最適(1月)及較不適宜(7月)之栽種季節下種值水田檳榔心芋,自移植起每月各取樣一次,直到移植後第8個月收穫止,測定水芋生育全期植株各部位的乾物重、全氮與非構造性碳水化合物 (TNC) 濃度及含量的變化情形,以明瞭期作間產量差異的原因,並探討造成水芋產量降低的主要限制因子。水芋植株各部位在全生育期間皆以葉片的氮素濃度最高,而TNC濃度以球莖為最高,葉柄也具有貯存碳水化合物的功能。l月種植期在地上部生長旺盛期的溫度及日射量較高,故行光合作用的地上部營養器官能提供預貯光合成產物的能力強,同時於球莖快速膨大期轉移至球莖積儲之氮素轉流量較高,地上部可有較多的預貯TNC以供球莖充實,若不考慮呼吸作用之消耗,地上部營養器官TNC最高可貢獻13~19%之球莖TNC,因此收穫產量較高。而7月種植期產量降低的主要原因,為地上部生長旺盛期間的氣溫降低且日射量減少,導致光合成產量不足,同時其轉運分配至球莖的效率低且時間短,故乾物質及碳水化合物不足以提供移植後第6個月以後的球莖快速充實膨大所需,直到收穫止,其球莖乾重、氮素及TNC佔有全株之比例都未有明顯增加。
Palavras-chave: 芋 種植期 乾物質 氮素 非構造性碳水化合物 Taro; Planting season; Dry matter; Nitrogen; Total nonstructural carbohydrates [[classification]]6.
Ano: 1999
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水田栽培檳榔心芋全株葉面積之估算. I. 非破壞性取樣法 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 陳烈夫; 呂椿棠; 賴吉雄; Hsiu-Ying Lu; Lit-Fu Chan; Chun-Tang Lu; Chi-Hsiung Lai.
[[abstract]]本研究之主要目的在探討臺灣本地栽培種檳榔心芋於水田栽培時之全株葉面積的簡易估算方法,利用不同時期以非破壞性取樣所測量之單葉面積資料,尋找出一套精確且迅速之簡易方式來估算全株葉面積。本試驗於1991年秋作在臺灣省農業試驗所試驗田區進行,自移植日起至收穫為止,每隔21天逢機調查10株芋植株,依葉序由外向內測量各不同葉位之葉面積,以建立單葉推測全株葉面積之估算式;繼之再以1992年秋作及1993年春作於同一栽培地點所取得之芋植株逢機樣本,來檢測該估算模式在不同期作下的推測能力。結果顯示,水田栽培檳榔心芋之全株葉面積估算公式,以第3葉之面積乘以4.57,或以第4葉之面積乘以4.01,用來推測出移植後第106天時之全株葉面積的效果較好,同時所含的估算介值最少(僅有一個)。不同期作因氣候條件之變化,使得移植後第106天時的芋植株之生長發育未必相同,但比較春秋作之預測與實際全株葉面積之間的差異,其準確度均可達90%左右。
Palavras-chave: 芋 全株葉面積 非破壞性取樣 預測模式 準確度 Taro; Total plant leaf area; Non-destructive sampling; Predictive model; Precision [[classification]]6.
Ano: 1994
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水稻抗白葉枯病基因之密碼子使用偏性 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]密碼子使用偏性分析對水稻白葉枯病抗病基因 (Xa) 之抗性分子機制之瞭解 相當重要,因此本研究自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 公 共資料庫下載已完全定序的Xa 基因 (Xa1, xa5, xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27) 及 其家族之17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS) 進行密碼子使用偏性分 析。首先進行各Xa 基因之同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU) 的集群分析和對應分析,可將Xa 基因之CDS 明顯區分成4 群。進而再分 別計算各群基因之同義密碼子相對使用頻率 (relative frequency of synonymous codon, RFSC) 以篩選出高頻密碼子,結果發現蛋白質序列具有多白胺酸重複 (leucine-rich repeat, LRR) 區域結構且CDS 長度大於1000 bp 的Xa1、Xa21 及Xa26, 其大多數胺基酸並無密碼子使用偏好性,僅少數胺基酸偏好以A 或U 結尾的同義 密碼子;而不具LRR 區域蛋白質結構且CDS 長度較短的xa5、xa13、Xa13 及Xa27, 則幾乎所有胺基酸都偏好以C 或G 結尾的同義密碼子。Xa1、Xa21、Xa26 及Xa27 的表現蛋白質皆含豐富之白胺酸 (leucine, Leu),但Xa1、Xa21 及Xa26 的Leu 並 無偏好任何密碼子,亦即其表現蛋白質的Leu 可選擇任意同義密碼子轉譯,而Xa27 的Leu 則高度偏好使用CUC。由此顯見,同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa...
Palavras-chave: Xa基因 同義密碼子相對使用度 同義密碼子相對使用頻率 集群分析 對應分析 Xa genes; Relative synonymous codon usage; Relative frequency of synonymous codon; Cluster analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2009
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水稻抗白葉枯病基因同義密碼子使用偏性之影響因素探討 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa 基因間,呈現出密碼子使用偏性的多樣性。因此,本研究進行Xa 基因同義密碼子使用偏性之影響因素探討,以進而暸解形成密碼子使用的演化機制。研究材料係取自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 之GenBank 資料庫下載已完全定序的Xa 基因 (Xa1, xa5, xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27) 及其家族之17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS),透過計算這些Xa 基因的CDS 長度及各種同義密碼子使用偏性指標,如同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU)、密碼子適應指標 (codon adaption index, CAI)、有效密碼子數 (effective number of codons,ENC)、同義密碼子第三位置出現G 或C 核苷酸之頻率 (GC3) 以及同義密碼子第一、二位置出現G 或C 核苷酸之平均頻率 (GC12),並分析其間之關係,以闡明同義密碼子使用偏性之主要影響因素。結果發現Xa 基因之CDS 長度及基因表達程度與同義密碼子使用偏性有極顯著關係,即Xa 基因長度較短者可有較高的基因表達程度、以及較高的同義密碼子使用偏性,如xa5、xa13、Xa13 及Xa27 基因。 Xa 基因序列之GC3 組成限制,也影響密碼子的使用。而GC3 突變偏性又受到GC12之影響,造成Xa 基因之同義密碼子使用偏性。
Palavras-chave: 同義密碼子使用偏性 基因表達程度 GC含量 突變偏性 分子演化 Synonymous codon usage bias; Gene expression level; GC3 content; Mutation bias; Molecular evo lution; Bacterial leaf blight; Xanthomonas oryzae [[classification]]6.
Ano: 2010
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水稻抗白葉枯病基因表現蛋白質之多白胺酸重復(LRR)的分布及胺基酸組成 Taiwan Agricultural Research Institute
林奕承; 呂椿棠; 魏夢麗; 呂秀英; Yi-Chen Lin; Chun-Tang Lu; Meng-Li Wei; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]目前已知多白胺酸重複 (leucine-rich repeat, LRR) 為生物體抗病基因蛋白質序列 上的特有序列,因此本研究針對水稻所有已定序之Xa基因,自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 及KOME (Knowledge-based Oryza Molecular Biological Encyclopedia) 公共資料庫內擷取出它們已知的CDS (coding domain sequence) 與全 長cDNA 序列,將其轉譯的蛋白質序列利用Pfam 蛋白質家族資料庫尋找出各LRR 片段,發現僅在Xa1、Xa21 及Xa26 基因之表現蛋白質結構中發現LRR 存在。進而 利用生物資訊與統計方法,進行不同Xa 基因蛋白質之LRR 序列的分布及胺基酸組成 之比較分析。結果顯示,Xa1 之LRR 在蛋白質序列中鬆散分布於NB-ARC (nucleotidebinding adaptor shared by APAF-1, R proteins, and CED-4) 區域序列之後,而Xa21 及 Xa26 之LRR 則密集分布在NB-ARC 或P-kinase (protein-kinase) 區域序列之前。Xa1 的蛋白質序列中靠近NB-ARC 區域序列的前一、二個LRR 似乎較遠離其他LRR,但 Xa21 和Xa26 的蛋白質之LRR 區域結構並未有如此現象。三個Xa 基因表現蛋白質之 LRR 序列的胺基酸組成皆以親水性胺基酸為最多且其中以白胺酸 (leucine) 出現頻 率最高,其次為不帶電荷之絲胺酸 (serine)。Xa1 蛋白質之LRR 在某些胺基酸的出現 頻率相異於Xa21...
Palavras-chave: 水稻 Xa基因 白葉枯病 多白胺酸重複 胺基酸組成及屬性 Rice; Xa genes; Bacterial blight; Xanthomonas oryzae pv. oryzae; Leucine-rich repeat; Amino acids [[classification]]6.
Ano: 2009
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水稻病蟲害診斷與防治資訊系統 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 黃守宏; 張義璋; 鄭清煥; 魏夢麗; 李竺玲; 呂椿棠.
Palavras-chave: 水稻病蟲害防治; 知識庫; 徵狀診斷規則表; 台灣稻作資訊系統; [[classification]]10.
Ano: 2010
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水稻白葉枯病抗性基因之蛋白質胺基酸的多變數分析 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]蛋白質中的胺基酸組成隱藏甚多訊息,但其組成特性會因不同物種或物種內不同基 因而異,故蛋白質的胺基酸組成分析成為生物資訊研究的重要課題之一。胺基酸組成特 性是由多個物種或基因 (觀測值) 與20 種胺基酸之頻率 (變數) 所構成的資料矩陣來決 定,這種多維資料形式所含之訊息,最適合利用多變數分析 (multivariate analysis) 之統 計技術來解析。為促進水稻白葉枯病抗病基因 (Xa) 蛋白質序列的結構研究,有必要針 對所有已完全定序的Xa 基因進行蛋白質之胺基酸組成分析。基此,本研究以NCBI 公 共資料庫內已知序列的Xa1、xa5、xa13、Xa13、Xa21、Xa26 及Xa27 等基因共17 條蛋 白質序列為供試材料,綜合運用集群分析 (cluster analysis) 及對應分析 (correspondence analysis),來檢測不同Xa 基因之蛋白質胺基酸組成的變異形式。結果顯示,根據胺基酸 組成比例,可將Xa 基因及其家族分成六群,各群基因之蛋白質序列中各有偏好的胺基 酸。Xa1、Xa21、Xa26 及Xa27 基因之蛋白質序列中皆以白胺酸 (leucine) 出現頻率最高; xa13、Xa13 及Xa27 的丙胺酸 (alanine) 出現較多但絲胺酸 (serine) 較少;xa13 及Xa13 也有較多的纈胺酸 (valine);xa5 出現麩胺酸 (glutamic acid) 和酥胺酸 (threonine) 的頻 率遠高於其他基因;所有Xa 基因皆含有高比例的疏水性胺基酸。本研究揭示出多變數 分析之統計技術,可有效檢測出Xa 基因間蛋白質之胺基酸組成的變異形式。
Palavras-chave: 水稻 Xa基因 蛋白質結構 胺基酸組成及屬性 集群分析 對應分析 Rice (Oryza sativa L.); Xa genes; Protein structure; Composition and attribution of amino acids; Cluster analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2008
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水稻粒形量化分析-I、形狀參數之決定 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 魏夢麗; 呂椿棠; 陳烈夫; Hsiu-Ying Lu; Meng-Li Wei; Chun-Tang Lu; Lit-Fu Chan.
[[abstract]]隨著市售稻米品牌愈來愈多,為求能夠快速且準確地區分出穀粒樣品間的形狀差異,進行自動化篩選,達到品質管制之目的,於是影像分析系統之應用漸受重視。該項技術在軟體設計方面之發展,首先要確立有效的形狀指標。傳統上以長寬比例將稻米區分為三類(長、中及短粒形),但此對影像測量系統而言,則過於簡單而不足以充分地辨識稻米之粒形變異。有關稻米穀粒的形態量化分析研究仍相當闕如,故本研究以40個稉稻品種(系)之稻穀及糙米為試驗材料,利用可測的長(L)、寬(W)、厚(D)、面積(A)及圓周(P)等幾何特徵,估算7種二維(2D)或三維(3D)之形狀參數(S1~S7),並探討這些形狀參數之間的關係,以從中找出最能代表水稻粒形的量化指標。結果得知,稻穀或糙米的分析結果一致,若採用2D法則建議利用長、寬及面積所建立之形狀參數S2(=L/A)、S5(=4A/πLW)、S6(=W/L),就能有效地將稻穀及糙米之粒形予以量化;若考慮3D法,則可再搭配形狀參數S7(=(L+W)/2D)。
Palavras-chave: 稉稻 粒形 幾何特徵 形狀參數 影像分析系統 Japonica rice; Grain shape; Geometric features; Shape parameters; Image analysis system [[classification]]6.
Ano: 2003
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