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A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. Repositório Alice
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526
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A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program. Repositório Alice
ARBEX, W. A.; CARVALHO, C. dos S. B. de; SANTOS, K. C. L. dos; BRUM, V. C; SILVA, M. V. G. B..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Scientific computing environment; Storage system; Utility computing; Phenotype data; Genetic improvement.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014636
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Avaliação do desempenho relativo de bancos de dados NoSQL para arquivos de genótipos. Repositório Alice
SCHETTINO, V. J.; ALMEIDA, A. L.; SILVA, L. R. M.; ARBEX, W. A..
A bioinformática e a genômica trabalham com bases de dados fora do padrão tradicional ou clássico que, por sua vez, caracterizam-se pela organizacão tabular e pelo tratamento destas em SGBDRs. Arquivos de genótipos são exemplos de bases de dados não clássicas e são caracterizados por serem gerados como arquivos textos, com dados desbalanceados, com alta dimensionalidade e por ocuparem muito espaço, entre outros aspectos. Os SGBDRs não têm se mostrado uma boa solucão para o tratamento de tais bases e, portanto, o presente trabalho busca avaliar o desempenho relativo entre bancos de dados NoSQL que representam duas famílias de diferentes modelo de dados, a partir de cenários de teste para a manipulação de arquivos de genótipo.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1052648
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Desempenho do girolando nos rebanhos do nordeste do Brasil. Infoteca-e
FREITAS, A. F. DE; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; SILVA, M. V. G. B..
2014
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Cruzamento; Rusticidade; Precocidade; Produção de leite.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/991836
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Desenvolvimento e implementação de um sistema de backup para ambiente de computação científica com infraestrutura de baixo custo. Repositório Alice
CARVALHO, C. dos S. B.; SANTOS, K. C. L. dos; ALMEIDA, F. N.; ARBEX, W. A..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Armazenamento; Backup; Computação científica; Custo; E-Science; Segurança de dados.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033903
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Estrutura populacional da raça Girolando. Repositório Alice
CANAZA-CAYO, A. W.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A..
O objetivo neste estudo foi avaliar a estrutura genética da população de bovinos da raça Girolando no Brasil. Analisou-se o arquivo de pedigree de 26.969 animais, composto de 3.031 machos e 23.938 fêmeas. A partir dos coeficientes estimados, pode-se concluir que a endogamia nos rebanhos da raça Girolando foi de pequena magnitude e que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado. No entanto, é importante continuar com o monitoramento desses coeficientes a fim de prevenir perda de variabilidade genética.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coeficiente de endogamia; Raça Girolando; Tamanho efetivo populacional.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006603
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Fraude no leite: leite de qualidade x qualidade de vida. Infoteca-e
MARTINS, M. F.; SANTOS, A. S. de O. dos; MEURER, V. M.; FURTADO, M. A. M.; EGITO A. S. do; PINTO, I. S. B.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B..
2013
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Comercialização; Formação do rebanho; Leite e derivados; Processo de produção controlado.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/955862
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Genetic Parameters for Milk Yield and Lactation Persistency Using Random Regression Models in Girolando Cattle. Repositório Alice
CANAZA-CAYO, A. W.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; COBUCI, J. A..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genetic Trend; Genetic Parameters; Lactation Persistency; Legendre's Polynomials; Random Regression Model; Cattle.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037164
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F..
Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069719
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, E. F..
2017
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072227
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Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2014. Infoteca-e
SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de; ALVES, B. R. C..
The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando? PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. Besides interacting with previously existing initiatives of the Girolando Breeders Association, such as the genealogical register service, the progeny test and the dairy control service, the PMGG launched the Linear Evaluation System (SLAG). The main objectives of the PMGG comprises identification of genetically superior individuals, the technically-oriented multiplication of genetics, the evaluation of economic traits and the promotion of sustainable dairy activities. The program have...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gado de leite; Melhoria; Raça girolando; Melhoramento genético.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1000454
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Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2015. Infoteca-e
SILVA, M. V. G. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; ARBEX, W. A.; ALVES, B. R. C.; ALVES, B. R. C.; PANETTO, J. C. do C.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de; CARVALHO, B. C. de..
The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando? PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. Besides interacting with previously existing initiatives of the Girolando Breeders Association, such as the genealogical register service, the progeny test and the dairy control service, the PMGG launched the Linear Evaluation System (SLAG). The main objectives of the PMGG comprises identification of genetically superior individuals, the technically-oriented multiplication of genetics, the evaluation of economic traits and the promotion of sustainable dairy activities. The program have...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando; Dairy cattle.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1024408
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Inferência difusa aplicada à identificação de informação genômica em sequências de cDNA. Infoteca-e
ARBEX, W. A.; ANDRADE, L. G. DE; TAGLIATTI, R. F.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARAES, M. F. M.; CARVALHO, L. A. V. DE.
2009
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Inferência difusa.
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/853321
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Intelligent genomic information retrieval with distributed system resources. Repositório Alice
ARBEX, W. A.; COSTA, L. C. N.; FONSECA, L. M. G.; SILVA, C. DE L. F. DA.
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Intelligent retrieval; Genomic information; NCBI; BLAST; Distributed system.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/982533
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Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. Repositório Alice
ARBEX, W. A.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B..
Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms ? SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Modelagem difusa; Inferência difusa; Descoberta de conhecimento; Polimorfismo de base única; Variabilidade genética; FuzzyMorphic.pl; Lógica fuzzy; Sequências de cDNA.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/664101
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Modelagem em grafos para a verificação da relação de parentesco entre indivíduos para execução do Modelo Animal em avaliações genéticas. Repositório Alice
BITTENCOURT, P. A. de C.; ALMEIDA, F. N.; ARBEX, W. A..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Componente conexa; Teoria de grafos; Modelagem computacional; Modelagem matemática; Modelo Animal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033824
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NeuroSNP: Tool to Filter SNPs in Whole Genomic DNA. Repositório Alice
ZONOVELLI, B.; BORGES, C. C. H.; ARBEX, W. A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformatics; Genomic DNA; SNP Filtering; Machine Learning; Computational Intelligence; Neural Network.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1019933
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New single sucleotide polymorphisms in Guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. Repositório Alice
CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S. de; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBAR, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..
The objective of our work was to sequence and assemble the Guzerá genome in order to identify race-­specific variations that might be used in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Criação de animais; Análise de sequência de genomas; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding; Sequence analysis; Genomics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973157
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Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. Repositório Alice
ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S..
In this context, the objective of this work was to sequence and assemble the genome of one Guzerá bull in order to identify breed-specific variations that might be included in the genotyping arrays and be useful in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006143
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Programa de mejoramiento genetico de la raza girolando - Sumário de toros - Resultado de la prueba de progenie - Julio 2012. Infoteca-e
SILVA, M. V. G. B.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; MARTINS, M. F.; RODRIGUES, W. B. R.; ARBEX, W. A.; BRUNELI, F. A. T.; PANETTO, J. C. do C.; COSTA, C. N.; SANTOS, G. G. dos; CARVALHO, B. C. de..
2012
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento; Raça girolando.
Ano: 2012 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1050279
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