SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A..

Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of...

A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program.

Palavras-chave: GWAS; SNP; Genetic Programming; Random Forest; Computational Modeling; Mathematical Modeling; Bioinformatics.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102526

ARBEX, W. A.; CARVALHO, C. dos S. B. de; SANTOS, K. C. L. dos; BRUM, V. C; SILVA, M. V. G. B..

2014

Avaliação do desempenho relativo de bancos de dados NoSQL para arquivos de genótipos.

Palavras-chave: Scientific computing environment; Storage system; Utility computing; Phenotype data; Genetic improvement.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014636

SCHETTINO, V. J.; ALMEIDA, A. L.; SILVA, L. R. M.; ARBEX, W. A..

A bioinformática e a genômica trabalham com bases de dados fora do padrão tradicional ou clássico que, por sua vez, caracterizam-se pela organizacão tabular e pelo tratamento destas em SGBDRs. Arquivos de genótipos são exemplos de bases de dados não clássicas e são caracterizados por serem gerados como arquivos textos, com dados desbalanceados, com alta dimensionalidade e por ocuparem muito espaço, entre outros aspectos. Os SGBDRs não têm se mostrado uma boa solucão para o tratamento de tais bases e, portanto, o presente trabalho busca avaliar o desempenho relativo entre bancos de dados NoSQL que representam duas famílias de diferentes modelo de dados, a partir de cenários de teste para a manipulação de arquivos de genótipo.

Desempenho do girolando nos rebanhos do nordeste do Brasil.

Palavras-chave: Bioinformática; Genômica.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1052648

FREITAS, A. F. DE; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; SILVA, M. V. G. B..

2014

Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Cruzamento; Rusticidade; Precocidade; Produção de leite.

Ano: 2014

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/991836

Desenvolvimento e implementação de um sistema de backup para ambiente de computação científica com infraestrutura de baixo custo.

CARVALHO, C. dos S. B.; SANTOS, K. C. L. dos; ALMEIDA, F. N.; ARBEX, W. A..

2015

Estrutura populacional da raça Girolando.

Palavras-chave: Armazenamento; Backup; Computação científica; Custo; E-Science; Segurança de dados.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033903

CANAZA-CAYO, A. W.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; COBUCI, J. A.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A..

O objetivo neste estudo foi avaliar a estrutura genética da população de bovinos da raça Girolando no Brasil. Analisou-se o arquivo de pedigree de 26.969 animais, composto de 3.031 machos e 23.938 fêmeas. A partir dos coeficientes estimados, pode-se concluir que a endogamia nos rebanhos da raça Girolando foi de pequena magnitude e que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado. No entanto, é importante continuar com o monitoramento desses coeficientes a fim de prevenir perda de variabilidade genética.

Fraude no leite: leite de qualidade x qualidade de vida.

Palavras-chave: Coeficiente de endogamia; Raça Girolando; Tamanho efetivo populacional.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006603

Genetic Parameters for Milk Yield and Lactation Persistency Using Random Regression Models in Girolando Cattle.

MARTINS, M. F.; SANTOS, A. S. de O. dos; MEURER, V. M.; FURTADO, M. A. M.; EGITO A. S. do; PINTO, I. S. B.; ARBEX, W. A.; SILVA, M. V. G. B..

2013

Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Comercialização; Formação do rebanho; Leite e derivados; Processo de produção controlado.

Ano: 2013

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/955862

CANAZA-CAYO, A. W.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; TORRES, R. de A.; MARTINS, M. F.; ARBEX, W. A.; COBUCI, J. A..

2015

Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves.

Palavras-chave: Genetic Trend; Genetic Parameters; Lactation Persistency; Legendre's Polynomials; Random Regression Model; Cattle.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037164

SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F..

Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis...

Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves.

Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069719

SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, E. F..

2017

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2014.

Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072227

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de; ALVES, B. R. C..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando? PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. Besides interacting with previously existing initiatives of the Girolando Breeders Association, such as the genealogical register service, the progeny test and the dairy control service, the PMGG launched the Linear Evaluation System (SLAG). The main objectives of the PMGG comprises identification of genetically superior individuals, the technically-oriented multiplication of genetics, the evaluation of economic traits and the promotion of sustainable dairy activities. The program have...

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoria; Raça girolando; Melhoramento genético.

Ano: 2014

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1000454

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2015.

Inferência difusa aplicada à identificação de informação genômica em sequências de cDNA.

SILVA, M. V. G. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; ARBEX, W. A.; ALVES, B. R. C.; ALVES, B. R. C.; PANETTO, J. C. do C.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de; CARVALHO, B. C. de..

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando; Dairy cattle.

Ano: 2015

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1024408

ARBEX, W. A.; ANDRADE, L. G. DE; TAGLIATTI, R. F.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARAES, M. F. M.; CARVALHO, L. A. V. DE.

2009

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Inferência difusa.

Ano: 2009

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/853321

Intelligent genomic information retrieval with distributed system resources.

ARBEX, W. A.; COSTA, L. C. N.; FONSECA, L. M. G.; SILVA, C. DE L. F. DA.

2013

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Palavras-chave: Intelligent retrieval; Genomic information; NCBI; BLAST; Distributed system.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/982533

ARBEX, W. A.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B..

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms ? SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação...

Modelagem em grafos para a verificação da relação de parentesco entre indivíduos para execução do Modelo Animal em avaliações genéticas.

Palavras-chave: Modelagem difusa; Inferência difusa; Descoberta de conhecimento; Polimorfismo de base única; Variabilidade genética; FuzzyMorphic.pl; Lógica fuzzy; Sequências de cDNA.

Ano: 2009

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/664101

BITTENCOURT, P. A. de C.; ALMEIDA, F. N.; ARBEX, W. A..

2015

NeuroSNP: Tool to Filter SNPs in Whole Genomic DNA.

Palavras-chave: Avaliação genética; Componente conexa; Teoria de grafos; Modelagem computacional; Modelagem matemática; Modelo Animal.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033824

ZONOVELLI, B.; BORGES, C. C. H.; ARBEX, W. A..

2014

New single sucleotide polymorphisms in Guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing.

Palavras-chave: Bioinformatics; Genomic DNA; SNP Filtering; Machine Learning; Computational Intelligence; Neural Network.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1019933

CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S. de; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBAR, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..

The objective of our work was to sequence and assemble the Guzerá genome in order to identify race-specific variations that might be used in breeding programs.

Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing.

Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Criação de animais; Análise de sequência de genomas; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding; Sequence analysis; Genomics.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973157

ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S..

In this context, the objective of this work was to sequence and assemble the genome of one Guzerá bull in order to identify breed-specific variations that might be included in the genotyping arrays and be useful in breeding programs.

Programa de mejoramiento genetico de la raza girolando - Sumário de toros - Resultado de la prueba de progenie - Julio 2012.

Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Cattle.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006143