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Combined index of genomic prediction methods applied to productivity traits in rice. Repositório Alice
SUELA, M. M.; LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e.
A cultura do arroz tem grande importância nacional e mundial por ser um dos cereais mais produzidos e consumidos no mundo, caracterizando-se como o principal alimento de mais da metade da população mundial. Em função de sua importância alimentar, desenvolver métodos eficientes que visam a predição e a seleção de indivíduos geneticamente superiores, quanto a características da planta, é de extrema importância para os programas de melhoramento. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar e comparar a eficiência do método Delta-p, G-BLUP, BayesCpi, BLASSO e o índice Delta-p/G-BLUP, índice Delta-p/BayesCpi e índice Delta-p/BLASSO, na estimação de valores genômicos e dos efeitos de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) em dados fenotípicos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Predição genômica; Ganho genético; Genomic prediction; Genetic gain; Bayesian alphabet; Molecular bases; Regression; Índice de Seleção; Selection index.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110881
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Comparison of dimensionality reduction methods to predict genomic breeding values for carcass traits in pigs. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GLÓRIA, L. S..
A significant contribution of molecular genetics is the direct use of DNA information to identify genetically superior individuals. With this approach, genome-wide selection (GWS) can be used for this purpose. GWS consists of analyzing a large number of single nucleotide polymorphism markers widely distributed in the genome; however, because the number of markers is much larger than the number of genotyped individuals, and such markers are highly correlated, special statistical methods are widely required. Among these methods, independent component regression, principal component regression, partial least squares, and partial principal components stand out. Thus, the aim of this study was to propose an application of the methods of dimensionality reduction...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Quadrados mínimos parciais; Componente de regressão independente; Componente principal de regressão; Componente principal parcial; Partial least squares; Independent component regression; Principal component regression; Partial principal component.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1030362
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Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R..
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores SNP; Regressão Bayesiana; Statistics; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084055
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Desenvolvimento ponderal de rebanhos Nelore e Guzerá no estado do Rio Grande do Norte. Repositório Alice
MOURA, A. de A. A.; AZEVEDO, C. F.; LOBO, R. N. B.; MARTINS FILHO, R..
Um estudo foi conduzido com a finalidade de avaliar os efeitos de fatores de meio sobre os pesos ao nascer (PN) e aos 205 (P205), 365 (P365) e 550 dias de idade (P550) em animais Nelore e Guzerá, criados no estado do Rio Grande do Norte, entre 1977 e 1997. Foram utilizadas 3.116 informações de bezerros (2.017 Guzerá e 1.099 Nelore), provenientes de 14 propriedades. Por meio de análise de variância, avaliou-se modelos com os efeitos fixos da raça, propriedade dentro da raça, ano e mês de nascimento, sexo da cria, regime alimentar (somente a partir do desmame) e idade da vaca ao parto como covariável. As médias e erros-padrão para as variáveis PN, P205, P365 e P550 foram 29,1 ± 0,3 kg; 171,8 ± 2,3 kg; 246,6 ± 4,6 kg e 335,4 ± 5,8 kg para a raça Nelore e,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado Nelore; Gado Guzerá; Desenvolvimento ponderal.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903937
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Divergência genética e índice de seleção via BLUP emacessos de algodoeiro para características tecnológicas da fibra. Repositório Alice
RESENDE, M. A. V. de; FREITAS, J. A. de; LANZA, M. A.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F..
As características tecnológicas da fibra do algodoeiro são determinantes da qualidade de seus produtos e de sua remuneração. Este trabalho objetivou estimar a divergência genética entre acessos de algodoeiro e ordenar os melhores, com base em um índice de seleção combinando todas essas características de interesse. Foram avaliados 248 acessos de algodoeiro, empregando-se análise multivariada (distância de Mahalanobis e agrupamento de Tocher) e índice de seleção baseado em rank médio via metodologia de modelos mistos (REML/BLUP). A análise de agrupamento de Tocher permitiu a estruturação populacional dos acessos, resumindo-os em 14 grupos divergentes. As acurácias seletivas foram altas para todas as características avaliadas, variando de 0,89 a 0,94,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Algodoeiro; Divergência genética; Melhoramento genético; Fibra.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003335
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Estimating additive and dominance variances for complex traits in pigs combining genomic and pedigree information. Repositório Alice
COSTA, E. V.; DINIZ, D. B.; VERONEZE, R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S..
Knowledge of dominance effects should improve genetic evaluations, provide the accurate selection of purebred animals, and enable better breeding strategies, including the exploitation of heterosis in crossbreeds. In this study, we combined genomic and pedigree data to study the relative importance of additive and dominance genetic variation in growth and carcass traits in an F2 pig population. Two GBLUP models were used, a model without a polygenic effect (ADM) and a model with a polygenic effect (ADMP). Additive effects played a greater role in the control of growth and carcass traits than did dominance effects. However, dominance effects were important for all traits, particularly in backfat thickness. The narrow-sense and broad-sense heritability...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; Seleção genômica ampla; Métodos de seleção; Herdabilidade; Dominance; Genetic parameters; Polygenic effect; Piau pigs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1021860
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Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. Repositório Alice
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S..
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome enabled prediction; SNP effects; Melhoramento genético animal; Análise multivariada; Estatística; Seleção genética; Animal breeding; Multivariate analysis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047516
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Genome wide selection in citrus breeding. Repositório Alice
GOIS, I. B.; BORÉM, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; BASTIANEL, M.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A..
Genome wide selection (GWS) is essential for the genetic improvement of perennial species such as Citrus because of its ability to increase gain per unit time and to enable the efficient selection of characteristics with low heritability. This study assessed GWS efficiency in a population of Citrus and compared it with selection based on phenotypic data. A total of 180 individual trees from a cross between Pera sweet orange (Citrus sinensis Osbeck) and Murcott tangor (Citrus sinensis Osbeck x Citrus reticulata Blanco) were evaluated for 10 characteristics related to fruit quality. The hybrids were genotyped using 5287 DArT_seqTM (diversity arrays technology) molecular markers and their effects on phenotypes were predicted using the random regression - best...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção precoce; Marcador molecular; DarT_seq; Linkage disequilibrium; Early selection; Selective accuracy; Fruta cítrica; Marcador molecular; Melhoramento vegetal; Citrus; Plant breeding; Molecular markers.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072713
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Genome-wide association and regional heritability mapping of plant architecture, lodging and productivity in Phaseolus vulgaris. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
The availability of high-density molecular markers in common bean has allowed to explore the genetic basis of important complex agronomic traits with increased resolution. Genome-Wide Association Studies (GWAS) and Regional Heritability Mapping (RHM) are two analytical approaches for the detection of genetic variants. We carried out GWAS and RHM for plant architecture, lodging and productivity across two important growing environments in Brazil in a germplasm of 188 common bean varieties using DArTseq genotyping strategies. The coefficient of determination of G · E interaction (c2 int) was equal to 17, 21 and 41%, respectively for the traits architecture, lodging, and productivity. Trait heritabilities were estimated at 0.81 (architecture), 0.79 (lodging)...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RHM QTL; GWAS QTL; DArTseq; Herdabilidade; Phaseolus Vulgaris; Feijão; Melhoramento Genético Vegetal; Heritability; Beans; Plant breeding.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1095838
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Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. Repositório Alice
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F..
Age at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GBLUP; Modelo mixto; Censored data; Mixed model; Survival models; Porco; Suíno; Swine; Animal breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072712
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Genomic selection for slaughter age in pigs using the Cox frailty model. Repositório Alice
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARAES, S. E. F.; GLORIA, L. S.; SILVA, F. F..
The aim of this study was to compare genomic selection methodologies using a linear mixed model and the Cox survival model. We used data from an F2 population of pigs, in which the response variable was the time in days from birth to the culling of the animal and the covariates were 238 markers [237 single nucleotide polymorphism (SNP) plus the halothane gene]. The data were corrected for fixed effects, and the accuracy of the method was determined based on the correlation of the ranks of predicted genomic breeding values (GBVs) in both models with the corrected phenotypic values. The analysis was repeated with a subset of SNP markers with largest absolute effects. The results were in agreement with the GBV prediction and the estimation of marker effects...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Dado censurado; Modelo mixto; Polimorfismo; Censured data; Mixed model; Polymorphism.
Ano: 2015 URL: http://dx.doi.org/10.4238/2015.October.19.5
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GenomicLand: Software for genome-wide association studies and genomic prediction. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; FONTES, V. C.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D..
GenomicLand is free software intended for prediction and genomic association studies based on the R software. This computational tool has an intuitive interface and supports large genomic databases, without requiring the user to use the command line. GenomicLand is available in English, can be downloaded from the Internet (https://licaeufv.wordpress.com/), and requires the Windows or Linux operating system. The software includes statistical procedures based on mixed models, Bayesian inference, dimensionality reduction and artificial intelligence. Examples of data files that can be processed by GenomicLand are available. The examples are useful to learn about the operation of the modules and statistical procedures.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic analysis; Molecular markers; Biometrics; Statistical analysis.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1109835
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Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória. Repositório Alice
PINHEIRO, V. R.; SILVA, F. F. e; GUIMARÃES, S. E. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância ?identical‑by‑descent? associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sus scrofa; Curva de crescimento; Dados longitudinais; Identical-by-descent; Locos de característica quantitativas; Seleção assistida por marcadores.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966562
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New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de.
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic prediction; Accuracy estimator; Cross-validation; Manihot esculenta; Mandioca; Melhoramento vegetal; Cassava; Plant breeding.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072711
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Parametrizações em marcadores dominantes DarTs para características de crescimento de eucalipto. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; ABAD, J. I. M.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e.; PEREIRA, C. S..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalyptus; Eucalipto; Melhoramento genético; Seleção genômica; Parametrização; Regressão aleatória.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974646
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Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. Repositório Alice
ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Eucalipto; Parametrização; Clone; Seleção; Valor genômico; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968463
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Population structure correction for genomic selection through eigenvector covariates. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F..
We proposed a population structure correction for genome-wide selection based on covariance analysis via eigenvector (EVG) decomposition. The agreement between the predicted and true breeding values was evaluated by independent cross-validation data sets. Other correction methods such as correction via principal components, best linear unbiased prediction, and deregressed phenotype were also evaluated. Based on different simulation scenarios, the proposed EVG out performed the other methods in the prediction of accuracy.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mendelian segregation; Deregressed phenotype; Short-term genomic prediction; Principal component.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084041
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Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; PETERNELLI, L. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S..
A principal contribuição da genética molecular é a utilização direta das informações de DNA no processo de identifi cação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection - GWS), a qual consiste na análise de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Devido a esse grande número de SNPs, geralmente maior que o número de indivíduos genotipados, e à alta colinearidade entre eles, métodos de redução de dimensionalidade são requeridos. Dentre estes, destaca-se o método de regressão via Quadrados Mínimos Parciais (Partial Least Squares - PLS), que além de solucionar tais problemas, permite uma abordagem multivariada, considerando múltiplos fenótipos....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Suíno; Melhoramento genético; Seleção genômica; Redução de dimensionalidade; Análise multivariada.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966386
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Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão via componentes independentes (ICR) na estimação de valores genéticos genômicos e dos efeitos de marcadores SNP para características de carcaça de uma população F2 de suínos (Piau x linhagem comercial). Os métodos foram avaliados por meio da concordância entre os valores genéticos preditos e os fenótipos corrigidos, observados por validação cruzada, e também foram comparados com outros métodos geralmente utilizados para os mesmos propósitos, tais como RR-BLUP, PCR e PLS. Os métodos ICR e PCR apresentam resultados similares, mas o método ICR apresenta maiores valores de acurácia.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Metódo de melhoramento; Melhoramento animal; Suíno.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969295
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Regularized quantile regression applied to genome-enabled prediction of quantitative traits. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D.; NASCIMENTO, A. C. C.; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; BARROSO, L. M. A..
Genomic selection (GS) is a variant of marker-assisted selection, in which genetic markers covering the whole genome predict individual genetic merits for breeding. GS increases the accuracy of breeding values (BV) prediction. Although a variety of statistical models have been proposed to estimate BV in GS, few methodologies have examined statistical challenges based on non-normal phenotypic distributions, e.g., skewed distributions. Traditional GS models estimate changes in the phenotype distribution mean, i.e., the function is defined for the expected value of trait-conditional on markers, E(Y|X). We proposed an approach based on regularized quantile regression (RQR) for GS to improve the estimation of marker effects and the consequent genomic estimated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Genomic selection; Regularized regression; SNP effects; Estatística; Marker-assisted selection; Simulation models; Statistics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084109
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