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Alchemy Web: uma proposta de interface gráfica para o Sistema Alchemy. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; VALDISSER, P. A. M. R.; BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
A Embrapa Arroz e Feijão utiliza a plataforma de genotipagem BeadXpress Reader (Illumina), que utiliza a fluorescência como método de detecção. A interface gráfica foi construída utilizando-se a linguagem JavaScript. Para exemplificar o acesso e o uso do Alchemy Web, foram utilizados dados obtidos em feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.), no Laboratório de Biotecnologia da Embrapa Arroz e Feijão, através da plataforma BeadXpress (Illumina).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software; Interface gráfica; Marcador molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/984524
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Análise da diversidade genética de acessos componentes da Coleção Nuclear de Feijão da Embrapa. Repositório Alice
CIESLAK, J. F.; VIANELLO, R. P.; OLIVEIRA, J. P. de; COSTA, J. G. C. da; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BORBA, T. C. de O..
O objetivo deste trabalho foi caracterizar, através de marcadores microssatélites, os acessos da CONFE (Coleção Nuclear de Feijão da Embrapa).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Coleção nuclear; Feijão; Phaseolus vulgaris; Marcador molecular.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/941647
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Análise da diversidade genética dos acessos componentes da coleção nuclear de feijão da Embrapa através de marcadores SSR. Repositório Alice
CIESLAK, J. F.; BORBA, T. C. de O.; MELO, L. C.; OLIVEIRA, J. P. de; DEL PELOSO, M. J.; COSTA, J. G. C. da.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar acessos componentes da Coleção Nuclear de Feijão através de marcadores SSR fluorescentes.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Coleção nuclear; Feijão; Phaseolus vulgaris; Marcador molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/912303
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Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P..
O objetivo desse estudo foi avaliar o poder de informação genética dos marcadores SSRs e SNPs para aplicações no melhoramento genético do feijoeiro comum.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964150
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Análise da estrutura genética de populações de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli e Xanthomonas fuscans subsp. fuscans através de marcadores rep-PCR. Repositório Alice
PAIVA, B. A. R. de; BORBA, T. C. de O.; ARAÚJO, L. G. de; WENDLAND, A..
Teve como objetivos, estudar a diversidade e estrutura genética entre e dentro das populações amostradas e relacionar a diversidade genética do patógeno com sua distribuição geográfica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Xanthomonas axonopodis; Feijão; Phaseolus vulgaris; Genética; Doença de planta.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039614
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Análise da variabilidade genética de variedades tradicionais de arroz (Oryza sativa L.) através de marcadores moleculares microssatélites. Repositório Alice
BORBA, T. C. de O.; ZUCCHI, M. I.; BRONDANI, R. V.; RANGEL, P. H. N.; MAGALHÃES, M. R.; BRONDANI, C..
Este trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética através de marcadores moleculares SSR em uma amostra de variedades tradicionais oriundas de coletas, conduzidas entre os anos de 1978 e 1996, em lavouras de pequenos agricultores no Brasil.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coleção nuclear; Arroz; Oryza sativa; Recurso genético; Marcador molecular.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/936126
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) da produtividade em arroz sob déficit hídrico. Repositório Alice
PANTALIÃO, G. F.; BORBA, T. C. de O.; GUIMARÃES, C. M.; NARCISO, M. G.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
Esse trabalho objetivou detectar, via genotipagem por sequenciamento (GBS), marcadores SNPs polimórficos em 175 acessos de arroz de terras altas componentes da CNAE (Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa) e associá-los à produtividade sob déficit hídrico, identificando regiões genômicas que poderiam estar relacionadas a esse caráter.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mapeamento associativo; Genotipagem por sequenciamento; Arroz; Oryza sativa; Deficiência hídrica; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022477
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca em feijoeiro comum. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; MORAIS JUNIOR, O. P. de; MENDONÇA, J. A.; SARTORI, D. E. L.; LIMA, LUANN V. V. O.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; ZUCCHI, M. I.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste estudo foi identificar locos genéticos associados à tolerância à seca através da análise de associação genômica ampla (GWAS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Resistência a seca; Deficiencia hídrica; Phaseolus vulgaris.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078828
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Análise de associação quanto à produtividade e seus caracteres componentes em linhagens e cultivares de arroz de terras altas. Repositório Alice
MENDES, C. dos A.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; CRUZEIRO, G. A. V.; MENDONÇA, J. A.; PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coleção nuclear; Desequilíbrio de ligação; Genômica funcional; Mapeamento associativo; Seleção assistida por marcadores; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético; Germoplasma; Marcador genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001903
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Análise de diversidade genética em acessos de variedades asiáticas de arroz (Oryza sativa L.) do banco ativo de germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão. Repositório Alice
BENICIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi o de caracterizar acessos asiáticos de arroz do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão para o aperfeiçoamento da CNAE (Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Arroz; Oryza sativa; Banco de germoplasma; Rice.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/428081
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Análise de polimorfismo de locos microssátelites em feijoeiro comum. Repositório Alice
TEIXEIRA, C. de J. V.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; VIANELLO, R. P.; BORBA, T. C. de O..
Nesse estudo foi avaliada a geração F5:6 do cruzamento Pérola x Bat477, cultivares contrastantes para a características de tolerância a seca. Foi avaliado, quanto ao polimorfismo, um conjunto superior a 500 marcadores, porém o polimorfismo existente entre os parentais é pequeno e gira em torno de 10%.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Polimorfismo.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/923181
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Análise dos dados moleculares genotipados via GBS da populaçao RIL de arroz para uma posterior análise de QTL. Repositório Alice
SILVA, D. R. A.; BORBA, T. C. de O.; GARCIA, A. L. B.; PANTALIÃO, G. F.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho consiste na análise e filtragem dos dados de marcadores SNPs obtidos pela genotipagem por sequenciamento (GBS) provinda da população RIL (linhas puras recombinantes) em estudo, com o intuito de obter apenas marcadores SNPs polimórficos para uma posterior análise de QTL para produtividade em arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; SNPs; Arroz; Oryza sativa; Protutividade; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022482
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Análise genética de variedades tradicionais da coleção nuclear de arroz da Embrapa. Repositório Alice
BUENO, L. G.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C..
2007
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Rice; Análise genética; Coleção nuclear; Banco de germoplasma; Conpeex.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/216040
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Análise multivariada da resistência genética de acessos de arroz à Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae). Repositório Alice
NASCIMENTO, J. B.; BORBA, T. C. de O.; MELLO, R. N. de; BARRIGOSSI, J. A. F..
O objetivo deste estudo foi conhecer a divergência genética de acessos de arroz quanto ao ataque da broca- do-colmo Diatraea saccharalis.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Praga de planta; Diatraea saccharalis; Broca.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/941651
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Análise univariada de modelos lineares mistos para população de mapeamento de QTL em arroz. Repositório Alice
BENÍCIO, C. G.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; BRONDANI, C..
O experimento para avaliação da progênie segregante de 224 famílias (F2:4) foi conduzido no delineamento de blocos aumentados de Federer com três repetições e quatro testemunhas para dois ambientes (déficit hídrico e condições normais de irrigação). O ensaio foi analisado por meio de análise univariada de modelos lineares mistos através do software R.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Arroz; Oryza sativa; Método estatístico.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/923188
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Associação entre parâmetros fenotípicos e genotípicos sobre o comportamento culinário e tecnológico de arroz de terras altas. Repositório Alice
CAVALCANTE, R.; BASSINELLO, P. Z.; BORBA, T. C. de O..
O objetivo deste trabalho foi validar quatro diferentes marcadores moleculares descritos na literatura quanto à sua associação à qualidade culinária de arroz.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Características agronômicas; Marcador molecular.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039554
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Association mapping for yield and grain quality traits in rice (Oryza sativa L.). Repositório Alice
BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, R. P. V.; BRESEGHELLO, F.; COELHO, A. S. G.; MENDONÇA, J. A.; RANGEL, P. H. N.; BRONDANI, C..
Association analysis was applied to a panel of accessions of Embrapa Rice Core Collection (ERiCC) with 86 SSR and field data from two experiments. A clear subdivision between lowland and upland accessions was apparent, thereby indicating the presence of population structure. Thirty-two accessions with admixed ancestry were identified through structure analysis, these being discarded from association analysis, thus leaving 210 accessions subdivided into two panels. The association of yield and grain-quality traits with SSR was undertaken with a mixed linear model, with markers and subpopulation as fixed factors, and kinship matrix as a random factor. Eight markers from the two appraised panels showed significant association with four different traits,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Association analysis; Core collection; Genetic structure; Arroz; Oryza sativa; Recurso genético; Germoplasma; Rice; Germplasm conservation.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/862017
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Atividades do banco ativo de germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) da Embrapa. Repositório Alice
GUSMÃO, A. R. E.; FARIA, J. M.; BORBA, T. C. de O.; FONSECA, J. R..
O Banco Ativo de Germoplasma de Feijão, em parceria com a Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, tem contribuído com a comunidade científica através do enriquecimento da variabilidade genética, disponibilizando mais de 14.000 acessos, com mais de 29.000 amostras distribuídas entre a comunidade científica em geral, o que evidencia a preocupação com problemas como a fome e o desenvolvimento de uma agricultura sustentável.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; CONAFE; Banco de germoplasma; Embrapa.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/216143
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Avaliação da resistência de genótipos de arroz ao ataque de Diatraea saccharalis (Fabr., 1794) (Lepidoptera: pyralidae). Repositório Alice
NASCIMENTO, J. B.; LACERDA, M. C.; BORBA, T. C. de O.; MELLO, R. N. de; BARRIGOSSI, J. A. F.; MARTINS, J. F. da S..
Este trabalho teve como objetivo analisar a resistência ao ataque de lagartas D. Saccharalis nos acessos de arroz pertencentes do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Centro Nacional de Pesquisa em Arroz e Feijão).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz irrigado; Oryza sativa; Broca do colmo; Diatraea saccharalis.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/899175
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Avaliação do ataque da broca-do-colmo Diatraea saccharalis em cultivares de arroz (Oryza sativa). Repositório Alice
NASCIMENTO, J. B.; MARQUES, M. de A.; MOREIRA, C. A.; BARRIGOSSI, J. A. F.; QUINTELA, E. D.; BORBA, T. C. de O.; MELLO, R. N. de; MARTINS, J. F. da S..
Este trabalho teve como objetivo observar a reação do ataque de D. saccharalis em materiais genéticos pertencentes do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa CNPAF.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Broca do colmo; Diatraea saccharalis.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/865799
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