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A criterion for measuring the degree of connectedness in linear models of genetic evaluation Inra
Foulley, J.L.; Hanocq, E.; Boichard, D..
Cet article établit sur des bases théoriques un critère de mesure du degré de connexion entre facteurs d’un modèle linéaire d’évaluation génétique. Sous l’hypothèse de normale et dans le cas de 2 facteurs fixés (ө,ø), ce critère est défini par la distance de Kullback-Leibler entre, d’une part la densité conjointe des estimateurs du maximum de vraisemblance (ML) de contrastes entre niveaux de ө et ø respectivement et, d’autre part, le produit de leurs densités marginales. La mesure est généralisée au cas de facteurs aléatoires et de modèles mixtes. Cette procédure est illustrée par un exemple d’évaluation génétique par modèle animal comportant des effets de groupe fantôme.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EVALUATION GENETIQUE; CONNEXION; DISTANCE DE KULLBACK-LEIBLER; MODELE LINEAIRE MIXTE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008132034147&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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A simulation study of the effect of connectedness on genetic trend Inra
Hanocq, E.; Boichard, D.; Foulley, J.L..
Un schéma de sélection constitué de quatre sous-populations est simulé durant sept générations séparées. Les mâles sont sélectionnés à l’issue de leur testage sur descendance. Des mâles de connexion sont utilisés en proportion variable afin d’estimer le niveau génétique de chaque sous-population, ou groupe de taureaux. La politique de renouvellement adoptée permet l’existence de flux de gènes entre les sous-populations. En l’absence de connexion, les différences génétiques entre groupes de taureaux ne sont pas estimables et le progrès génétique global est limité. En présence de connexions en faible quantité (proportion de taureaux de connexion de 1/16), la précision des contrastes entre sous-populations est réduite mais le flux de gènes existant...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GAIN GENETIQUE; EPREUVE SUR LA DESCENDANCE; DESCENDANCE; SELECTION.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600008263058583&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction Inra
Elsen, J.M.; Mangin, B.; Goffinet, B.; Boichard, D.; Le Roy, P..
Dans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE QTL DETECTION; MAXIMUM LIKELIHOOD.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c16af24a&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Approximate restricted maximum likelihood and approximate prediction error variance of the Mendelian sampling effect Inra
Boichard, D.; Schaeffer, L.R.; Lee, A.J..
Dans certaines procédures de Maximum de Vraisemblance Restreint (REML), l’estimation des composantes de (co)variance génétique implique le calcul de la trace du produit de l’inverse de la matrice des coefficients par l’inverse de la matrice de parentés, calcul qui constitue généralement le facteur limitant de ce type de procédure. Nous présentons dans cet article une méthode visant à obtenir une valeur approchée de cette trace dans le cadre d’un modèle animal, en utilisant un modèle équivalent basé sur l’aléa de méiose, en simplifiant sa matrice des coefficients et en en calculant une inverse approchée. Cette approximation est très précise lorsque l’héritabilité du caractère est faible mais elle tend à sous-estimer la trace vraie lorsque...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; HERITABILITE; VARIANCE GENETIQUE; MEIOSE; MODELE ANIMAL; COMPOSANTE DE LA VARIANCE; COMPOSANTE DE LA COVARIANCE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300032740033962&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Connectedness in the French Holstein cattle population Inra
Hanocq, E.; Boichard, D..
Cet article présente une analyse de la connexion du dispositif d’évaluation génétique chez les bovins laitiers Holstein en France. Cette étude est motivée par le fait que les taureaux d’insémination artificielle (IA) sont évalués au niveau national alors qu’ils ne sont généralement testés sur descendance que dans une seule région, la zone d’influence du centre d’IA propriétaire. La connexion entre centres est mesurée par le coefficient de détermination généralisé (CD) des contrastes entre moyennes de valeur génétique des taureaux des différents centres. Quatre sources de connexion sont identifiées et l’influence relative de chaque composante est mesurée par l’augmentation de variance d’erreur de prédiction (PEV) des contrastes lorsque cette...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CONTROLE SUR DESCENDANCE; CONNEXION; EVALUATION GENETIQUE PRECISION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9900002344076085&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Effet du croisement Holstein sur les caracteres laitiers en population Pie Noir Inra
Boichard, D.; Bonaiti, B.; Barbat, A..
La population Pie Noir française a subi un croisement d’absorption avec la souche Holstein nord-américaine. Les taureaux d’insémination artificielle sont purs Holstein depuis 1980. Chez les femelles, le pourcentage de gènes Holstein est passé de 5 % en 1970 à 83 % en 1990. Les effets d’hétérosis et de pertes de recombinaison ont été estimés pour les quantités de lait, de matières grasse et protéique et pour les taux butyreux et protéique, à partir de 12,4 millions de lactations réalisées par 5,6 millions de vaches de 1975 à 1992. Sur les quantités, l’hétérosis représente 2 à 2,5 % du niveau de production tandis que les pertes de recombinaison sont négatives et représentent 40 à 86 % de l’hétérosis. Sur les taux, les effets non additifs du croisement sont...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RACE BOVINE HOLSTEIN; RACE BOVINE PIE NOIRE; PARAMETRE GENETIQUE; HETEROSIS.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500032264043070&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Estimation by simulation of the efficiency of the French marker assisted selection program in dairy cattle Inra
Guillaume, F.; Fritz; Boichard, D.; Druet, T..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Marker-assisted selection; Simulation; Efficiency; Dairy cattle.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008f2993140&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Female fertility in French dairy breeds: current situation and strategies for improvement Inra
Barbat, A.; Le Mézec, P.; Ducrocq, V.; Mattalia, S.; Fritz, S.; Boichard, D.; Ponsart, C.; Humblot, P..
In most countries where genetic selection for milk production has been conducted, a continuous degradation of reproductive performances has been observed in dairy cattle. This paper describes the phenotypic evolution of fertility traits in France for the main 3 dairy breeds and the different actions undertaken to counteract this unfavourable evolution of reproductive performance. In 2001, functional traits (including conception rate as a fertility trait) have been included into the French total merit index ISU, to take these traits into account in the selection objective. In addition, a marker-assisted selection (MAS) program has been developed since 2001. Through this approach, a set of QTL related to fertility traits were identified using the phenotypic...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DAIRY CATTLE; FERTILITY; GENETIC SELECTION; PHENOTYPING; REPRODUCTIVE GENOMICS.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010e002cb0a&uri=/notices/prodinra1/2010/11/
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Genetic and haplotypic structure in 14 European and African cattle breeds Inra
Gautier, M.; Faraut, T.; Moazami Goudarzi, K.; Navratil; Foglio; Grohs, C.; Boland; Garnier; Boichard, D.; Lathrop; Gut, G.; Eggen, A..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EFFECTIVE POPULATION-SIZE; QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; HUMAN GENOME; BOVINE CHROMOSOME-6; F-STATISTICS; DAIRY-CATTLE; MAP; SEQUENCE; POLYMORPHISM.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20075dcfeb7f&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Genetic parameters for first lactation dairy traits in Friesian, Montbéliarde and Normande breeds Inra
Boichard, D.; Bonaïti, B..
Les paramètres génétiques des caractères laitiers en 1er lactation (quantités de lait, de matière grasse et protéique, taux butyreux et protéique) sont estimés dans les 3 principales races françaises par la méthode III de HENDERSON En races Montbéliarde et Normande, ils sont estimés à partir de 219 et 291 descendances de jeunes taureaux respectivement et, en race Frisonne, à partir de 342 descendances de taureaux de testage Holstein purs, d’origine nord-américaine, utilisés sur des femelles Frisonnes européennes pures. Les quantités sont exprimées pour une durée de lactation de 305 jours, ou sont corrigées préalablement pour la durée suivant la méthode utilisée dans le système français d’évaluation. Les performances des filles des pères sélectionnés...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PARAMETRE GENETIQUE; QUANTITE DE MATIERE PROTEIQUE; TAUX PROTEIQUE.
Ano: 1987 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008e1070092&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Genetics of udder health in dairy ruminants Inra
Rupp, R.; Boichard, D..
Tipo: Conference Proceedings Palavras-chave: Udder health; Ruminants.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20073b4e3cab&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Genetics parameters for first lactation dairy traits in the Alpine and Saanen goat breeds Inra
Boichard, D.; Bouloc, N.; Ricordeau, G.; Piacere, A.; Barillet, F..
Les paramètres génétiques des caractères laitiers en première lactation (quantité de lait, de matière protéique et de matière grasse, taux butyreux et protéique) sont estimés dans les races caprines Alpine et Saanen par la méthode du maximum de vraisemblance restreint, avec 473 et 238 descendances de mâles non sélectionnés, utilisés principalement en monte naturelle. Les différences entre races sont estimées dans les élevages utilisant les deux types génétiques. Le choix des échantillons, la prise en compte de 28 et 22 descendances de mâles d’insémination sélectionnés ainsi que des parentés entre boucs à l’aide d’un modèle équivalent, contribuent à maximiser les connexions entre élevages qui restent cependant d’un niveau faible. Comparée dans les...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PARAMETRE GENETIQUE; COMPARAISON DE RACES; MATIERE GRASSE; CORRELATION GENETIQUE.
Ano: 1989 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9100009519018769&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for growth, carcass and meat quality traits in French Large White and French Landrace pigs Inra
Ducos, A.; Bidanel, J.P.; Ducrocq, V.; Boichard, D.; Groeneveld, E..
Les paramètres génétiques de sept caractères mesurés dans les stations publiques de contrôle de performance - le gain moyen quotidien (GMQ1), l’indice de consommation (IC) et l’épaisseur de lard (ELD) mesurés sur les candidats à la sélection ainsi que le gain moyen quotidien (GMQ2), le rendement de carcasse (RDT), le pourcentage de muscle (PM) et l’indice de qualité de la viande (IQV) mesurés sur des apparentés abattus - ont été estimés pour les races Large White (LW) et Landrace français (LR) à l’aide du maximum de vraisemblance restreinte appliqué à un modèle animal multicaractères. Deux fichiers de tailles comparables (3 671 et 3 630 candidats, 3 039 et 2 695 animaux abattus, respectivement, pour les races LW et LR) ont été constitués à partir...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; PARAMETRE GENETIQUE; CROISSANCE; RACE PORCINE LARGE WHITE; RACE PORCINE LANDRACE FRANCAISE.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500032263043069&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Studies on dairy production of milking ewes I. - Estimates of genetic parameters for total milk composition and yield Inra
Barillet, F.; Boichard, D..
Les paramètres génétiques des caractères laitiers (quantité de lait, de matière grasse et de matière protéique, taux butyreux et protéique) sont estimés à partir d’un fichier de 1 487 agnelles de race Lacaune en 1er lactation, issues de 102 béliers de testage et 74 mâles de service. Ils sont estimés par décomposition de la variance et de la covariance entre demi-soeurs de père, en appliquant les méthodes I ou III d'HENDERSON' aux données de testage. L’information des pères de service est utilisée en totalité, partiellement, ou ignorée, pour estimer les effets fixés. Les résultats obtenus selon ces 3 analyses sont cohérents entre eux, et globalement conformes à la moyenne bibliographique connue en vache laitière, à l’exception de la corrélation...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: BREBIS LAITIERES; COMPOSITION DU LAIT; QUANTITE DE LAIT; PARAMETRE GENETIQUE; OBJECTIF DE SELECTION.
Ano: 1987 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008cabe737&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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The value of using probabilities of gene origin to measure genetic variability in a population Inra
Boichard, D.; Maignel, L.; Verrier, E..
L’évolution de la consanguinité est le paramètre classiquement utilisé pour mesurer l’évolution de la variabilité génétique d’une population. Toutefois, elle ne traduit que tardivement les choix de sélection, et elle est très sensible à une connaissance imparfaite des généalogies. Trois paramètres dérivés des probabilités d’origine de gène peuvent constituer une alternative intéressante et complémentaire. Deux de ces paramètres, le nombre de fondateurs efficaces et le nombre restant de génomes fondateurs, sont utilisés couramment dans les populations sauvages mais sont peu connus des sélectionneurs. Une troisième méthode, développée dans cet article, vise à estimer le nombre d’ancêtres efficaces en prenant en compte les goulots d’étranglement dans...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: POPULATION ANIMALE; VARIATION GENETIQUE; PARAMETRE GENETIQUE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800009382067765&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Vingt ans de recherche et d’innovation en productions animales à l’INRA Inra
Charley, B.; Chemineau, P.; Boichard, D.; Meynard, J.M.; Aumont, G.; Herpin, P..
A l’occasion de son 20ème anniversaire, la revue INRA Productions Animales a décidé de publier un numéro spécial sur « 20 ans de recherches en productions animales à l’INRA ». Son objectif est de retracer, à travers quelques exemples significatifs, des résultats scientifiques majeurs de l’INRA en productions animales, qui ont déjà pour la plupart un impact avéré en élevage. Les avancées spectaculaires de la biologie et des approches systémiques au cours des dernières décennies, tant conceptuelles que méthodologiques, ont eu de très nombreuses répercussions sur les recherches en productions animales, qu’il serait impossible de détailler de façon exhaustive dans le cadre de ce seul numéro. C’est pourquoi nous avons choisi de présenter à grands traits...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PRODUCTION ANIMALE; VARIABILITE GENETIQUE; ANIMAL D' ELEVAGE; GENETIQUE DE L'ANIMAL D'ELEVAGE; BIOTECHNOLOGIE DE LA REPRODUCTION; CONDUITE DE TROUPEAU; SECURITE SANITAIRE DES ALIMENTS; MAITRISE DE LA REPRODUCTION ANIMALE; QUALITE DES PRODUITS; STATUT DE L'ANIMAL; IMPACT ENVIRONNEMENTAL DE L'ELEVAGE; AMENITE ENVIRONNEMENTALE DE L'ELEVAGE; PHYSIOLOGIE DU COMPORTEMENT; PHYSIOLOGIE DE LA REPRODUCTION; GENETIQUE QUANTITATIVE; GENETIQUE APPLIQUEE.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200898f89048&uri=/notices/prodinra1/2010/06/
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