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A dedicated SNP panel for evaluating genetic diversity in a composite cattle breed. Repositório Alice
BLACKBURN, H. D.; PAIVA, S. R.; SOLLERO, B. P.; BIEGELMEYER, P.; CAETANO, A. R.; CARDOSO, F. F..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995683
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A genômica como alternativa para enfrentar problemas sanitários de bovinos de corte: o melhoramento genético, potencializado pelas ferramentas genômicas, surge como alternativa promissora para o aumento da eficiência produtiva. Infoteca-e
SOLLERO, B. P.; CARDOSO, F. F.; GASPAR, E. B.; MINHO, A. P.; GULIAS-GOMES, C. C..
As raças taurinas de corte puras e suas compostas aliam atributos de interesse, como ata produtividade, precocidade e especialmente qualidade da came, mas sua criação em larga escala em ambientes tropicais e subtropicais é, frequentemente, limitada por problemas sanitários, que demandam tratamentos intensivos baseados em insumos químicos com eficácia limitada.
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Bovino; Ferramenta.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034124
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Accuracy of genome-wide imputation in Braford and Hereford beef cattle. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRACCINI, J. B.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; LARMER, S. G.; SCHENKEL, F. S..
Article 157.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008091
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Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GULIAS-GOMES, C. C.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/993903
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Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
This work aimed to determine the accuracy and bias of genomic predictions of Braford (BO) and Hereford (HH) cattle genetic resistance to ticks.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Resistência a carrapatos; Tick resistance; Gado de corte; Beef cattle; Marker-assisted selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003697
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Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S..
The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/995739
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Acurácia da imputação de marcadores SNPs em bovinos das raças Hereford e Braford. Repositório Alice
MILANO, J. N.; CARVALHO, H. G. de; SOLLERO, B. P.; YOKOO, M. J. -I.; CARDOSO, F. F..
Devido ao alto custo que as genotipagens em larga escala apresentam para estudos na área de genômica, fazem-se necessárias estratégias que viabilizem a genotipagem de forma menos onerosa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Predição; Marcador molecular; Método de melhoramento; Gado de corte.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027902
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Acurácia da seleção genômica para características de crescimento e escores visuais ao sobreano em bovinos Hereford e Braford. Repositório Alice
CAMPOS, G. S.; BOLIGON, A. A.; YOKOO, M. J. I.; SOLLERO, B. P.; BRACCINI NETO, J.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a acurácia das predições genômicas, utilizando os métodos GBLUP e ssGBLUP, para características de crescimento e escores visuais ao sobreano em animais das raças Hereford e Braford.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Gado de corte; Método de melhoramento.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1024433
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Acurácia de imputação de genótipos para estudos de associação genômica em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
SANTIAGO, G. G.; SIQUEIRA, F.; BOISON, S. A.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A.; TORRES JUNIOR, R. A. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores; Single Nucleotide Polimorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1016060
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Acurácias das predições do valor genético para a característica OPG estimadas com e sem o uso da genômica em Brangus. Repositório Alice
FERREIRA, C. N.; SIMÕES, M. da R. S.; MINHO, A. P.; CARDOSO, F. F.; YOKOO, M. J. I..
Resumo.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento Genético Animal; Gado de Corte; Resistência Genética; Seleção.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099429
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Análise comparativa entre estudos de associação genômica em bovinos das raças Hereford e Braford para resistência ao carrapato. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. da S. V.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P..
O presente trabalho visou comparar avaliações de associação genômica ampla (GWAS) entre 652 animais da raça Hereford e 2.803 animais Braford, genotipados para 41.045 SNPs, via inferência bayesiana para a característica de resistência ao carrapato.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Marcador molecular; Genética animal.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1058955
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Análise das provas de avaliação a campo da raça Hereford na Embrapa Pecuária Sul. Repositório Alice
DILLENBURG, Y. S.; REIS, A. P.; MARTINS, M. de L. P.; OLIVEIRA, L. C.; YOKOO, M. J. I.; LEAL, J. J. B.; MINHO, A. P.; CARDOSO, F. F..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/999922
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920185
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Análise de qualidade de microarranjo de alta densidade (Genechip® Affymetrix) usando R/Bioconductor e RMA Express. Repositório Alice
FACCO, G.; GENRO NETO, J. S.; CARDOSO, F. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Controle de qualidade; Análise estatística.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/915416
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Análise de sensibilidade de valores econômicos determinados para características produtivas de ovinos de sistemas de produção baseados em pastagem nativa do bioma Pampa no Brasil. Repositório Alice
AZAMBUJA, R. C. de C.; MENDONÇA, F. de S.; YOKOO, M. J. I.; MORAIS, O. R.; LÔBO, R. N. B.; MORAES, J. C. F.; CARDOSO, F. F..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ovino.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942330
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Análise do desempenho econômico de sistemas de produção com bovinos de corte no Rio Grande do Sul. Repositório Alice
SILVA, A. H. S. da; LAMPERT, V. do N.; COSTA, R. F. da; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/999130
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Análise econômica da ovinocultura gaúcha para elaboração de software de valoração econômica das características produtivas para direcionar o melhoramento genético dos ovinos. Repositório Alice
AZAMBUJA, R. C. de C. de; ALVES, R. M.; SILVEIRA, I. D. B.; CARDOSO, F. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ovino.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/919905
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Análise funcional da congruência de marcadores SNPs entre estudos de associação genômica ampla para a característica de resistência de bovinos ao carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. da S. V.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P..
O ectoparasita Rhipicephalus (Boophilus) microplus é responsável por causar prejuízos ao setor agropecuário.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Carrapato.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1061945
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