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Análise de promotores do gene CcDREBID de Coffea canephora via transformação genética de Nicotiana tabacum. Repositório Alice
AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; DUARTE, K. E.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
Após sequenciamento, polimorfismos na região promotora do gene DREB1D (Dehydration Responsive Element Binding Protein) de Coffea canephora Conilon, indicaram a participação de três haplótipos (15, 16 e 17) no controle genético da tolerância à seca nos clones 14 (tolerante a seca) e 22 (sensível a seca), com as combinações de haplótipos 15-16 para o clone 14 e 15-17 para o clone 22. A fim de avaliar a capacidade desses fragmentos controlarem a expressão do gene repórter uidA, 3 construções gênicas, com os diferentes haplótipos do promotor do gene CcDREB1D, foram feitas no vetor binário pBI101 e testadas independentemente via transformação genética de Nicotiana tabacum. Testes histoquímicos em plantas transformadas de N.tabacumT1 indicaram uma forte...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Dreb; Polymorphisms; Polimorfismo; Resistência a seca; Drought tolerance.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041187
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Avaliação fenotípica de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon cultivada em altitude elevada, visando um programa de Seleção Genômica Ampla (SGA) em cafeeiro. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. de A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; ANDRADE, A. C..
Considerada a bebida não alcoólica mais popular e regularmente consumida por 40% da população, o café ocupa uma posição de destaque na economia sendo um dos mais importantes produtos de exportação mundial. Sua produção está sujeita a oscilações regulares devido ao ciclo bienal da planta, e também a fatores abióticos, como o estresse hídrico e altas temperaturas. Visando-se o estabelecimento de ferramentas de auxílio para se acelerar o melhoramento genético desta espécie, avanços significativos em genômica do cafeeiro têm ocorrido nos últimos anos. Como exemplo, pode-se citar a recente conclusão do sequenciamento do genoma completo de Coffea canephora, que servirá de referência para utilização em trabalhos avançados de genética molecular, aplicados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização fenotípica; Tolerância à seca; Coffea canephora; Produtividade.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976059
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Caracterização molecular e seleção de genes candidatos à resistência do clone 14 de Coffea canephora CONILON A Meloidogyne paranaensis. Repositório Alice
LIMA, E. A. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; COTTA, M. G.; JORGE JÚNIOR, A.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, R. M. D. G.; ANDRADE, A. C..
Os nematoides das galhas estão entre os patógenos mais nocivos para a agricultura cafeeira no Brasil e C. canephora tem se mostrado fonte de resistência a esses patógenos. Com o objetivo de identificar genes candidatos a resistência a M. paranaensis, dois clones de Coffea canephora Conilon previamente identificados como resistente (clone 14) e suscetível (clone 22), inoculados ou não em diferentes tempos com M. paranaensis, tiveram seus RNAs extraídos a partir das raizes, sequenciados, mapeados em genoma de referência de C. canephora e avaliados quantitativamente (expressão in silico) por meio de RNAseq e Excel. Dessa forma, foi possível identificar os genes que mais se expressaram no clone resistente em relação ao clone suscetível, e a respectiva...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene candidato Meloidogyne; RNAseq; Candidates genes; Coffea canephora; Gene; Resistência; Coffea canephora; Meloidogyne.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041130
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Dados climatológicos: Estação de Fortaleza, 2000. Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; AGUIAR, J. V de. BEZERRA, F. M. L.; LIMA, J. B.; CARNEIRO, F. de A.; CRISÓSTOMO JÚNIOR, R. R.; AQUINO, F. C. de.; PAIVA FILHO, O. A..
Para a pesquisa agropecuária, os dados coletados em estações climatológicas são de suma importância, uma vez que possibilitam o monitoramento do clima, bem como o leventamento dos seus efeitos sobre pragas e doenças nas culturas, a estimativa da evapotranspiração, do volume e dos turnos de irrigação, dentre muitas outras finalidades básicas.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroclimatologia; Agrometeorologia; Climatologia agrícola; Brasil; Nordeste; Ceará; Fortaleza.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425883
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Dados climatológicos: Estação de Pacajus, 2000. Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; LIMA, J. B.; CARNEIRO, F. de A.; LIMA, M. W. de..
Para a pesquisa agropecuária, os dados coletados em estações climatológicas são de suma importância, uma vez que possibilitam o monitoramento do clima, bem como o leventamento dos seus efeitos sobre pragas e doenças nas culturas, a estimativa da evapotranspiração, do volume e dos turnos de irrigação, dentre muitas outras finalidades básicas.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroclimatologia; Agrometeorologia; Climatologia agrícola; Brasil; Nordeste; Ceará; Pacajus.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425882
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Dados climatológicos: Estação de Paraipaba, 2000. Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; LIMA, J. B.; CARNEIRO, F. de A.; BADU, F. O..
Para a pesquisa agropecuária, os dados coletados em estações climatológicas são de suma importância, uma vez que possibilitam o monitoramento do clima, bem como o leventamento dos seus efeitos sobre pragas e doenças nas culturas, a estimativa da evapotranspiração, do volume e dos turnos de irrigação, dentre muitas outras finalidades básicas.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroclimatologia; Agrometeorologia; Climatologia agrícola; Brasil; Nordeste; Ceará; Paraipaba.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425881
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Dados climatológicos: Estação de Pentecoste, 2000. Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; AGUIAR, J. V. de; BEZERRA, F. M. L.; LIMA, J. B. de; CRISÓSTOMO JÚNIOR, R. R.; AQUINO, F. C. de; PAIVA FILHO, O. A.; CARNEIRO, F. de A..
Para a pesquisa agropecuária, os dados coletados em estações climatológicas são de suma importância, uma vez que possibilitam o monitoramento do clima, bem como o leventamento dos seus efeitos sobre pragas e doenças nas culturas, a estimativa da evapotranspiração, do volume e dos turnos de irrigação, dentre muitas outras finalidades básicas.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroclimatologia; Agrometeorologia; Climatologia agrícola; Brasil; Nordeste; Ceará; Pentecoste.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425885
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Dados climatologicos: Estaçao de Pentecoste, 2001 Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N; VIANA, T. V. de A; AGUIAR, J. V. de; LIMA, J. B. de; AQUINO, F. C. de; CRISOSTOMO JUNIOR, R. R; BARRETO JUNIOR, J. H. C; CARNEIRO, F. de A..
2002
Tipo: Documentos (INFOTECA-E)
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425211
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Dados climatológicos: Estação de Quixadá, 2000. Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; AGUIAR, J. V de. BEZERRA, F. M. L.; LIMA, J. B.; CARNEIRO, F. de A.; CRISÓSTOMO JÚNIOR, R. R.; AQUINO, F. C. de.; PAIVA FILHO, O. A..
Para a pesquisa agropecuária, os dados coletados em estações climatológicas são de suma importância, uma vez que possibilitam o monitoramento do clima, bem como o leventamento dos seus efeitos sobre pragas e doenças nas culturas, a estimativa da evapotranspiração, do volume e dos turnos de irrigação, dentre muitas outras finalidades básicas.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroclimatologia; Agrometeorologia; Climatologia agrícola; Brasil; Nordeste; Ceará; Quixadá.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425886
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Dados climatologicos: Estaçao de Quixada, 2001 Infoteca-e
AGUIAR, M. de J. N.; VIANA, T. V. de A.; AGUIAR, J. V. de; LIMA, J. B. de; AQUINO, F. C. de; CRISOSTOMO JUNIOR, R. R.; BARRETO JUNIOR, J. H. C.; CARNEIRO, F. de A..
2002
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Dados climatológicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/425212
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Desenvolvimento e validação de uma plataforma de genotipagem em larga escala para Coffea canéfora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; AQUINO, S. O. de; MATTOS, N. G.; VALERIANO, J. C.; CARNEIRO, W. W. de J.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
bitstream/item/206381/1/412-3112-1-PB.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: C canephora; SNP; Diversidade genética; DNA array; Genetic diversity.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1116195
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Desenvolvimento e validação do chip de genotipagem 26K Axiom® SNP array em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Coffea canephora; DNA; Gene; Melhoramento genético; Genoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718
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Development and validation of a 26K Axiom® SNP array for Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
World coffee production is higly affected by climate changes due to the occurrence of severe droughts and high temperatures resulting in low flow er viability, fruit development and yield. Faster breeding methods are required to obtain adapted coffee plants to a changed climate cenario, as conventional breeding in perennial crops such as coffee, requires a long time. With the recent advances in coffee genomics, such as the availability of a C. canephora reference genome , the objective of this work was to develop and validate a 26K Axiom SNP array for C. canephora aiming at a reliable high throughput genotyping platform to be used in the breeding programmes of the species. The chip design was based on a whole - genome resequencing panel comprised by DNA...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffe canephora Conilon; Coffee genomics; Climate change; Genomic selection; Genetic diversity; Coffea canephora; Coffee plant.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084572
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Estrutura e diversidade genética de uma população de Coffea canephora conilon utilizando marcadores SNPs identificados por nextRAD. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, É. C. S.; AQUINO, S. O. de; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
Este trabalho objetivou (i) avaliar e caracterizar, por meio da técnica de genotipagem nextRAD (Nextera-tagmented reductively-amplified DNA), a diversidade e a estrutura genética de indivíduos de C. canephora Conilon, pertencentes a uma população localizada em campo experimental da Embrapa Cerrados.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Genotipagem nextRAD; Genetic diversity; Coffea canephora; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Genetic variation.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029881
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Estudo da diversidade genética de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon por meio de marcadores moleculares do tipo SSR. Repositório Alice
ALEKCEVETCH, J. C.; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
O Coffea canephora é uma das duas espécies cultivadas comercialmente no mundo. A produção nacional é muito importante, com uma produçao estimada a cerca de 26% do total de café beneficiado produzido no mundo para a safra de 2013. O estudo molecular da diversidade genética vem se demonstrando cada vez mais eficiente, necessário e refinado, uma vez que as técnicas moleculares estão evoluindo e os descritores morfológicos estão se tornando insuficientes para a descrição de um indivíduo. Os marcadores moleculares microssatélites ou SSR (?Simple Sequence Repeats?), são marcadores co-dominantes, utilizados com uma frequência cada vez maior para estudos de diversidade de populações. O objetivo desse trabalho foi avaliar a diversidade genética de cerca de 48...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976066
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Estudo de associação genômica ampla para importantes características agronômicas em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; AQUINO, S. O. de; MATTOS, N. G.; VALERIANO, J. C.; CARNEIRO, W. W. de J.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; VEIGA, A. D.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da; MARRACCINI, P.; VIEIRA JUNIOR, I. C.; BALESTRE, M.; ANDRADE, A. C..
RESUMO: O Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Studies ? GWAS) surgiu com o intuito de capturar o efeito de genes na determinação de determinada característica fenotípica. Para isso, os indivíduos selecionados são genotipados em escala genômica e fenotipados para as características de interesse e então, a partir de análises estatísticas entre os polimorfismos de DNA e a variação no fenótipo, os genes que controlam essas características podem ser identificados. Por se tratar de uma espécie perene e de ciclo longo, os programas de melhoramento genético convencional do cafeeiro são demorados (vários anos) e de custo elevado. A geração de cultivares superiores via melhoramento genético ainda lida com o desafio de agregar simultaneamente...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Nucleotídeo de polimorfismo único; Genome Wide Association Studies; Genetic diversity; Café; Coffea Canephora; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114202
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Expressão alelo específica em Coffea canephora associados à resistência a nematoides. Repositório Alice
VALERIANO, J. C.; LIMA, E. A. de; AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; CARNEIRO, W. W. de J.; MATTOS, N. G.; CARNEIRO, R. M. D. G.; ANDRADE, A. C..
bitstream/item/206383/1/417-2764-1-PB.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNAseq; Coffea Canephora; Meloidogyne.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1116202
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Genomic selection in Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; BALESTRE, M.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
Coffee is one of the most heavily globally traded commodities and its production is based on Coffea arabica and Coffea canephora and Brazil being the world's largest coffee producer. It is believed that all this production will be affected due to climatic changes, with low flower viability, fruit development, yield and beverage quality. An alternative to assist in obtaining coffee plants more adapted to future climatic conditions would be genomic selection (GS). The implementation of these programs requires a lot of genetic markers, which are more readily discovered now after the reference genome of C. canephora became available. Another important factor is the high genetic variability of C. canephora, due to its level of allogamy, being of great...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffe; Embrapa Cerrados; Consórcio Pesquisa Café; Coffea arabica; Coffea canephora; Genomic selection; Climatic change.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084559
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Identification of candidate genes for drought tolerance in coffee by high-throughput sequencing in the shoot apex of different Coffea arabica cultivars. Repositório Alice
MOFATTO, L. S.; CARNEIRO, F. de A.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; VIDAL, R. O.; ALEKCEVETCH, J. C.; COTTA, M. G.; VERDEIL, J-L.; LAPEYRE-MONTES, F.; LARTAUD, M.; LEROY, T.; DE BELLIS, F.; POT, D; RODRIGUES, G. C.; ALSARELLA CARAZZOLLE, M.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
BACKGROUND: Drought is a widespread limiting factor in coffee plants. It affects plant development, fruit production, bean development and consequently beverage quality. Genetic diversity for drought tolerance exists within the coffee genus. However, the molecular mechanisms underlying the adaptation of coffee plants to drought are largely unknown. In this study, we compared the molecular responses to drought in two commercial cultivars (IAPAR59, drought-tolerant and Rubi, drought-susceptible) of Coffea arabica grown in the field under control (irrigation) and drought conditions using the pyrosequencing of RNA extracted from shoot apices and analysing the expression of 38 candidate genes. RESULTS: Pyrosequencing from shoot apices generated a total of 34.7...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Coffee; Differential gene expression; RNA-Seq; Real-time PCR (RT-qPCR); Drought; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1043710
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Seleção de SNPs candidatos para a distinção de clones de Coffea canephora das variedades registradas e/ou protegidas no Brasil. Repositório Alice
MATTOS, N. G.; CARNEIRO, W. W. de J.; CARNEIRO, F. de A.; ANDRADE, A. C..
O café Conilon pertence à espécie Coffea canephora, uma planta diploide (2n = 2 × = 22), perene, alógama, com alta variabilidade genética. Por consequência, sua lavoura é proveniente de uma variedade clonal, onde as mudas são oriundas de um trabalho prévio de seleção de plantas matrizes, as quais apresentam as seguintes vantagens em relação à de sementes: menor custo de implementação, maior produtividade, maior uniformidade de maturação, melhor qualidade do grão, ciclo diferenciado de maturação e programação escalonada de colheita, proporcionando o sucesso na formação da lavoura.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Variedade clonal; Cafe conilon; MAF (Minor Allele Frequency); Coffea canephora; Clone; SNPs (single nucleotide polymorphism).
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084686
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