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Accounting for biological variability and sampling scale: a multi-scale approach to building epidemic models Inra
Soubeyrand, S.; Thébaud, G.; Chadoeuf, J..
When one considers the fine-scale spread of an epidemic, one usually knows the sources of biological variability and their qualitative effect on the epidemic process. The force of infection on a susceptible unit depends on the locations and the strengths of the infectious units, and on the environmental and intrinsic factors affecting infectivity and/or susceptibility. The infection probability for the susceptible unit can then be modelled as a function of these factors. Thus, one can build a conceptual model at the fine scale. However, the epidemic is generally observed at a larger scale and one has to build a model adapted to this larger scale. But how can the sources of variation identified at the fine scale be integrated into the model at the larger...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DISPERSION DU POLLEN; DISPERSION STOCHASTIQUE MIXED MODELS; DISEASE SPREAD; INFERENCE; PATTERN; MULTI-SCALE MODELLING; PROPAGULE DISPERSAL; STOCHASTIC DISPERSAL; DISEASE TRANSMISSION; POLLEN DISPERSAL.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200754ac47a0&uri=/notices/prodinra1/2010/11/
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Analyse de la variabilite spatio-temperelle et modelisation satistique des variations de stock d'eau du sol en foret Inra
Chadoeuf, J.; Aussenac, G.; Granier, A..
La distribution des stocks d’eau mesurés dans des parcelles forestières au moyen d’un humidimètre neutronique présente une variabilité importante, tant dans l’espace que dans le temps. Les études de consommation en eau des peuplements forestiers actuellement basées sur les méthodes de bilan hydrique posent alors un problème important d’échantillonnage des mesures d’humidité du sol. La réponse à cette question passe par une étude de la variabilité des stocks d’eau. Nous proposons un modèle statistique d’analyse, permettant de séparer la variabilité totale en une variabilité temporelle et une variabilité spatiale. Il s’agit d’un modèle de décomposition de l’interaction, issu des modèles d’Analyse en Composantes Principales. Le stock d’eau mesuré en...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HUMIDITE DU SOL; VARIABILITE; VARIABILITE SPATIO-TEMPORELLE.
Ano: 1988 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8900000345012600&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Asymmetrical over-infection as a process of plant virus emergence Inra
Fabre, F.; Chadoeuf, J.; Costa, C.; Lecoq, H.; Desbiez, C..
Disentangling the role of epidemiological factors in plant pathogen emergences is a prerequisite to identify the most likely future invaders. An example of emergence was recently observed in France: in 10 years, “classic” (CL) strains of Watermelon mosaic virus (WMV) were displaced at a regional scale by newly introduced “emerging” (EM) strains. Here we analyse a 3 years dataset describing the co-dynamics of CL and EM strains at field scale using state-space models estimating jointly: (i) probabilities of primary and secondary infection and (ii) probabilities of over-infecting with a CL [EM] strain a plant already infected with an EM [CL] strain. Results especially indicate that it is more than 3 times less probable for a CL strain to over-infect an EM...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: METHODE DE MONTE CARLO; PROCESSUS DE MARKOV; PROCESSUS STOCHASTIQUE; INVASION BIOLOGIQUE; MODELISATION CUCURBITACEAE.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010d3728d17&uri=/notices/prodinra1/2011/01/
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Asymmetrical probability of over-infection as a key process of viral emergence: a case study with Watermelon mosaic virus Inra
Fabre, F.; Lê Van, A.; Costa, C.; Wipf-Scheibel, C.; Lecoq, H.; Chadoeuf, J.; Desbiez, C..
Tipo: Meeting Paper Palavras-chave: METHODE DE MONTE CARLO; PROCESSUS DE MARKOV; SURINFECTION CUCURBITACEAE.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010969319ff&uri=/notices/prodinra1/2010/01/
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Colonisation des pelouses sub-Méditerranéennes par les arbres : effets de la limitation par la dispersion et de la facilitation par les buissons Inra
Kunstler, G.; Curt, T.; Bouchaud, M.; Chadoeuf, J.; Klein, E.; Lepart, J..
Tipo: Meeting Paper Palavras-chave: REGION MEDITERANEENNE; PELOUSE; COLONISATION; DISPERSION; BUISSON.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072624bc6f&uri=/notices/prodinra1/2011/03/
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Dispersion à longue distance des propagules (pollens, graines, spores): approches empiriques et statistiques Inra
Klein, E.; Chadoeuf, J.; Soubeyrand, S.; Devaux, C.; Lavigne, C.; Austerlitz, F.; Oddou, S.; Lefèvre, F.; Pichot, C..
Tipo: Meeting Paper Palavras-chave: DISPERSION DES GRAINES; REPARTITION SPATIALE SORBUS.
Ano: 2005 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007bec9df84&uri=/notices/prodinra1/2007/06/
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Disposition des racines adventives autour de la tige de mais (Zea mays L.) Inra
Pellerin, S.; Tricot, F.; Chadoeuf, J..
Nous avons étudié chez le maïs (Zea mays L. variété Déa) la disposition des racines adventives autour de l’axe de la tige. Sur un échantillon de 63 pieds, les positions angulaires des racines ont été notées grâce à un dispositif micrométrique mobile en rotation permettant de repérer dans un plan perpendiculaire à la tige l’angle entre chaque racine et une racine du premier entrenceud choisie arbitrairement comme référence. Nous avons d’abord étudié la disposition des racines sur chaque entrenœud pris séparément. Un test d χ2 conduit à rejeter l’hypothèse d’une disposition uniformément aléatoire des racines autour de la tige. L’hypothèse d’une disposition symétrique doit être également rejetée. Sous cette hypothèse, les angles entre racines seraient de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PHYLLOTAXIE.
Ano: 1989 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9000016183016877&uri=/notices/prodinra1/2009/09/
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Estimation de la teneur en eau du sol par la méthode capacitive à l'échelle parcellaire Inra
Chanzy, A.; Gaudu, J.C.; Chadoeuf, J..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HUMIDITE DU SOL; CONSTANTE DIELECTRIQUE; METHODE CAPACITIVE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800028043067999&uri=/notices/prodinra1/2009/10/
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Estimation of abomasum strongyle nematode infections in sheep at necropsy: Tentative proposals for a simplified technique Inra
Gaba, S.; Chadoeuf, J.; Monestiez, P.; Sauve, C.; Cortet, J.; Cabaret, J..
Several necropsy techniques are available for estimating the abundance of gastro-intestinal nematodes in abomasum of ruminants. Standardization of techniques is needed to allow accurate comparisons between laboratories. Here we propose a standardized technique for estimating the abundance of worms. We intend to compare the worms' number estimations in lambs and ewes based on contents and washings, to determine the uniformity of worm counts in aliquots, and to estimate the total worm number from washings. The digesta (or "contents") and the washings of the abornasum are treated separately. The worms of each subsample are diluted with water and the total number of worms is estimated on a small volume (aliquots) of these subsamples. The use of aliquots...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SHEEP; SAMPLING TECHNIQUE; STATISTICAL ESTIMATION.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007ee52b24b&uri=/notices/prodinra1/2007/08/
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Etats de surface, structure hydrographique et érosion en rigole de bassins versants cultivés du nord de la France IRD
Ludwig, B.; Auzet, A.V.; Boiffin, J.; Papy, F.; King, D.; Chadoeuf, J..
La variabilité de l'érosion en rigole issue d'un ruissellement concentré a été analysée en fonction des caractéristiques topographiques, pédologiques et agraires de 33 bassins versants élémentaires cultivés (BVE). D'une superficie comprise entre 3 et 95 ha, ces BVE ont été sélectionnés dans le Nord de la France et étudiés au cours de quatre périodes hivernales (de 1988/89 à 1991/92). La variation des taux d'érosion, c'est-à-dire du volume des rigoles rapporté à la surface du BVE, est forte (0 à 11.7 m3/ha) et est corrélée à l'aire des zones présentant un état structural superficiel propice au ruissellement. Ces zones sont identifiées d'après le stade d'évolution des croûtes de battance, l'importance des traces de roue et la rugosité. Les coefficients de...
Tipo: Text Palavras-chave: BASSIN VERSANT; EROSION HYDRIQUE; PARCELLE DE CULTURE; ETUDE EXPERIMENTALE; PLUVIOMETRIE; RUISSELLEMENT; VARIATION SPATIALE; VARIATION TEMPORELLE; ETAT DE SURFACE DU SOL.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010009067
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Etude intégrée du développement d'une maladie ré-émergente transmise par vecteur Inra
Thébaud, G.; Chadoeuf, J.; Labonne, G..
Tipo: Conference Proceedings Palavras-chave: MALADIE EMERGENTE; PREVENTION DES RISQUES; VECTEUR DE MALADIE; ESFY; PHYTOPLASME; MALADIE A PHYTOPLASME; INSECTE VECTEUR; MODELE STATISTIQUE; ANALYSE STATISTIQUE; CYCLE BIOLOGIQUE; PCR; REPARTITION SPATIOTEMPORELLE EUROPEAN STONE FRUIT YELLOWS.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007abdb29f4&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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Etude intégrée du développement d'une maladie réémergente transmise par vecteur Inra
Thébaud, G.; Chadoeuf, J.; Labonne, G..
Tipo: Book Chapter Palavras-chave: REEMERGENCE; DEPERISSEMENT; ENROULEMENT CHLOROTIQUE DE L'ABRICOTIER.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011e2cd8886&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Inference with a contrast-based posterior distribution and application in spatial statistics Inra
Soubeyrand, S.; Carpentier, F.; Desassis, N.; Chadoeuf, J..
The likelihood function is often used for parameter estimation. Its use, however, may cause difficulties in specific situations. In order to circumvent these difficulties, we propose a parameter estimation method based on the replacement of the likelihood in the formula of the Bayesian posterior distribution by a function which depends on a contrast measuring the discrepancy between observed data and a parametric model. The properties of the contrast-based (CB) posterior distribution are studied to understand what the consequences of incorporating a contrast in the Bayes formula are. We show that the CB-posterior distribution can be used to make frequentist inference and to assess the asymptotic variance matrix of the estimator with limited analytical...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: ANALYSE BAYESIENNE; MODELE SPATIAL; RUGOSITE DE SURFACE; SOL FREQUENTIST ESTIMATION; QUASI-BAYESIAN ESTIMATION; SPATIAL MODEL.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20091443891f&uri=/notices/prodinra1/2010/06/
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Mathematical analysis and modeling of epidemics of rubber tree root diseases : probability of infection of an individual tree IRD
Chadoeuf, J.; Joannes, H.; Nandris, Daniel; Pierrat, J.C..
Tipo: Text Palavras-chave: MALADIE DES PLANTES; CHAMPIGNON PARASITE; RELATION HOTE PARASITE; EPIDEMIOLOGIE; INFESTATION; ANALYSE MATHEMATIQUE; MODELISATION.
Ano: 1988 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010006931
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Modeling rubber tree root disease epidemics with a Markov spatial process IRD
Chadoeuf, J.; Pierrat, J.C.; Nandris, Daniel; Geiger, Jean-Paul; Nicole, Michel.
Tipo: Text Palavras-chave: PATHOLOGIE VEGETALE; MALADIE DES PLANTES; POURRIDIE; EPIDEMIOLOGIE; MODELISATION; CHAMPIGNON PARASITE; RACINE; ECHELLE SPATIOTEMPORELLE; PROCESSUS DE MARKOV.
Ano: 1993 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010015919
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Modeling soil surface roughness by boolean random functions Inra
Chadoeuf, J.; Goulard, M.; Garcia-Sanchez, L..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RUGOSITE DE SURFACE; FONCTION ALEATOIRE.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9700027797066007&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Modélisation de l'évolution des matières organiques du sol. Estimation des paramètres et simulation Inra
Chadoeuf, J..
Tipo: Thesis Palavras-chave:  .
Ano: 1981 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011dbe317f2&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Modelisation probabiliste de la disposition dans le plan horizontal des racines adventives autour de la tige de mais (Zea mays L) Inra
Chadoeuf, J.; Pellerin, S.; Tricot, F..
La disposition spatiale des racines primaires du maïs autour de la tige est décrite par un modèle statistique basé sur un processus de Gibbs et un processus markovien. L’hypothèse de base sur laquelle repose le modèle porte sur la définition d’un potentiel d’interaction entre paires de racines situées sur un même entre-noeud et sur 2 entre-noeuds successifs. La disposition des racines sur un entre-noeud donné est alors dépendante d’un potentiel global défini comme la somme de ces potentiels d’interaction et d’un potentiel principal, lié au nombre de racines de l’entre noeud. Il nous permet ainsi de résumer et de quantifier les observations angulaires sur les entre-noeuds 2-6 au travers d’un faible nombre de paramètres significatifs (23). L’étude...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE STATISTIQUE; MODELE DE GIBBS; ENTRENOEUD; REPARTITION HORIZONTALE.
Ano: 1990 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9100010504017933&uri=/notices/prodinra1/2009/04/
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Modélisation spatio-temporelle d'une épidémie par un processus de Gibbs : estimation et tests IRD
Chadoeuf, J.; Nandris, Daniel; Geiger, Jean-Paul; Nicole, Michel; Pierrat, J.C..
Pour modéliser la dynamique d'une épidémie pour laquelle il n'y a pas de guérison des plantes malades (présence d'un état absorbant), nous avons utilisé un champ markovien à chaque date sur les individus sains à la date précédente. L'application présentée porte sur la modélisation de la propagation simultanée de deux champignons du sol (#Phellinus noxius$ et #Rigidoporus lignosus$) dans une plantation d'hévéas, sur laquelle ont été testées différentes hypothèses. Le modèle prend en compte des caractéristiques essentielles de cette propagation (contamination de proche en proche, risque d'attaque lié à l'état du voisinage) et ces paramètres peuvent recouvrir une interprétation biologique. Dans une dernière partie, l'utilisation de ce modèle dans une optique...
Tipo: Text Palavras-chave: PATHOLOGIE VEGETALE; MALADIE DES PLANTES; POURRIDIE; EPIDEMIOLOGIE; MODELISATION; CHAMPIGNON PARASITE; RACINE; ECHELLE SPATIOTEMPORELLE; PROCESSUS DE GIBBS.
Ano: 1992 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010015913
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Modelisation stochastique de la croissance et du developpement du systeme racinaire de jeunes pechers. I. Estimation et validation du modele Inra
Pages, L.; Chadoeuf, J.; Kervella, J..
Nous avons étudié le développement racinaire de jeunes semis de pêcher (Prunus persica variété GF 305). Pour ce faire, 45 arbres ont été cultivés pendant 6 semaines sur perlite. Tous les 5 jours, 5 plants ont été dépotés. La longueur et la distance à la base de l’axe qui le porte ont été mesurées pour chacun de leurs axes racinaires. La croissance de chaque axe a été modélisée par une fonction puissance de son âge. Les courbes de croissance d’un même ordre de ramification sont affines. Le coefficient d’affinité dépend de ce que nous avons appelé la «vigueur» de la racine. Le processus de ramification a été modélisé par un processus de Poisson temporel à paramètre aléatoire (mixed Poisson). L’étude statistique du modèle montre une variabilité importante de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SYSTEME RACINAIRE; CROISSANCE; RAMIFICATION; MODELE STOCHASTIQUE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9200011398027425&uri=/notices/prodinra1/2009/10/
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