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Aplicação de marcadores SCARs para seleção de linhagens resistentes à antracnose em feijoeiro Bragantia
Beraldo,Ana Luiza Ahern; Colombo,Carlos Augusto; Chiorato,Alisson Fernando; Ito,Margarida Fumiko; Carbonell,Sérgio Augusto Morais.
No Brasil, a produtividade do feijoeiro (Phaseolus vulgaris) é baixa, decorrente principalmente de doenças, como a antracnose, causada pelo patógeno Colletotrichum lindemuthianum Sacc & Magnus. Já foram descritas no Brasil 50 raças fisiológicas do patógeno sendo as raças 31, 65 e 89 as mais importantes no Estado de São Paulo. No presente trabalho, seis marcadores do tipo SCAR (Sequence-Characterized Amplified Regions) foram avaliados em 42 genitores e 76 linhagens derivadas do Programa de Melhoramento do Instituto Agronômico - IAC. Os objetivos do trabalho foram: avaliar o potencial dos SCARs na identificação de genótipos contendo genes de resistência ao C. lindemuthianum e detectar os prováveis genes de maior freqüência nos genótipos avaliados....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Antracnose; Colletotrichum lindemuthianum; Phaseolus vulgaris; Genes de resistência; Feijão.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000100007
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource Braz. J. Plant Physiol.
Vieira,Luiz Gonzaga Esteves; Andrade,Alan Carvalho; Colombo,Carlos Augusto; Moraes,Ana Heloneida de Araújo; Metha,Ângela; Oliveira,Angélica Carvalho de; Labate,Carlos Alberto; Marino,Celso Luis; Monteiro-Vitorello,Claúdia de Barros; Monte,Damares de Castro; Giglioti,Éder; Kimura,Edna Teruko; Romano,Eduardo; Kuramae,Eiko Eurya; Lemos,Eliana Gertrudes Macedo; Almeida,Elionor Rita Pereira de; Jorge,Érika C.; Albuquerque,Érika V. S.; Silva,Felipe Rodrigues da; Vinecky,Felipe; Sawazaki,Haiko Enok; Dorry,Hamza Fahmi A.; Carrer,Helaine; Abreu,Ilka Nacif; Batista,João A. N.; Teixeira,João Batista; Kitajima,João Paulo; Xavier,Karem Guimarães; Lima,Liziane Maria de; Camargo,Luis Eduardo Aranha de; Pereira,Luiz Filipe Protasio; Coutinho,Luiz Lehmann; Lemos,Manoel Victor Franco; Romano,Marcelo Ribeiro; Machado,Marcos Antonio; Costa,Marcos Mota do Carmo; Sá,Maria Fátima Grossi de; Goldman,Maria Helena S.; Ferro,Maria Inês T.; Tinoco,Maria Laine Penha; Oliveira,Mariana C.; Van Sluys,Marie-Anne; Shimizu,Milton Massao; Maluf,Mirian Perez; Eira,Mirian Therezinha Souza da; Guerreiro Filho,Oliveiro; Arruda,Paulo; Mazzafera,Paulo; Mariani,Pilar Drummond Sampaio Correa; Oliveira,Regina L.B.C. de; Harakava,Ricardo; Balbao,Silvia Filippi; Tsai,Siu Mui; Mauro,Sonia Marli Zingaretti di; Santos,Suzana Neiva; Siqueira,Walter José; Costa,Gustavo Gilson Lacerda; Formighieri,Eduardo Fernandes; Carazzolle,Marcelo Falsarella; Pereira,Gonçalo Amarante Guimarães.
Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; CDNA; EST; Transcriptome.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100008
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Co-evolução entre raças fisiológicas de colletotrichum lindemuthianum e feijoeiro Bragantia
Chiorato,Alisson Fernando; Carbonell,Sergio Augusto Morais; Moura,Rafaeli Ramos de; Ito,Margarida Fumiko; Colombo,Carlos Augusto.
O agente causal da antracnose (Colletotrichum lindemuthianum) em feijoeiro comum é classificado, assim como seu hospedeiro, em Andino e Mesoamericano, sendo a resposta à infecção dependente da origem genética de um e de outro. Desta forma, o objetivo do presente trabalho foi avaliar 220 acessos do Banco de Germoplasma de feijoeiro (Phaseolus vulgaris) do Instituto Agronômico, IAC, quanto à infecção por três raças fisiológicas do patógeno (31, 65 e 89), caracterizando uma possível co-evolução entre a origem do acesso e do patógeno. No estudo, foram utilizados 120 acessos de origem mesoamericana, 57 andinos e 43 cultivares geneticamente melhoradas. Além dos dados relacionados à infecção, foram avaliados 23 descritores morfo-agronômicos com finalidade de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Feijão; Antracnose; Componentes principais; Resistência.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052006000300003
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Estimativas de parâmetros genéticos de caracteres relacionados ao vigor de estacas em Lippia alba Bragantia
Rufino,Elcio Rodrigo; Siqueira,Walter José; Marques,Márcia Ortiz Mayo; Colombo,Carlos Augusto; Chiorato,Alisson Fernando; Azevedo Filho,Joaquim Adelino; Lourenção,André Luiz; Yamamoto,Paula Yuri; Martins,Antônio Lúcio Mello.
A espécie Lippia alba da família Verbenaceae, aromática e medicinal, é um arbusto nativo com muito vigor e variabilidade genética. O principal interesse dos estudos com esta espécie são os óleos essenciais, cujas funções têm sido comprovadas cientificamente para aplicações nas indústrias de fármacos, cosmética, perfumaria e alimentícia. Apesar desta importância potencial, inexistem pesquisas sobre estimativas de parâmetros genéticos nesta espécie como forma de subsidiar o melhoramento que até o presente momento é incipiente. Este trabalho teve como objetivo, avaliar o potencial genético de Lippia alba, estimando parâmetros genéticos inicialmente em caracteres obtidos em nível de estacas, uma vez que é a forma tradicional de multiplicação da espécie. Os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Melhoramento; Ganho genético; Correlações.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052010000400002
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Expressão gênica diferencial em genótipos de mamona (Ricinus communis L.) submetidos a déficit hídrico induzido por PEG Bragantia
Moraes,Patrícia Favoretto; De Laat,Daiane Mariele; Santos,Marina Erê Almeida Hummel Pimenta; Colombo,Carlos Augusto; Kiihl,Tammy.
A mamoneira é uma cultura de relevância econômica e social no Brasil e no mundo. O óleo produzido por suas sementes, composto principalmente pelo ácido ricinoleico, é estratégico para as indústrias de lubrificantes, cosméticos, polímeros, dentre outras. Embora a mamoneira seja considerada tolerante à seca, a ausência de chuvas no período da floração pode reduzir a produtividade da planta. Respostas diferenciais ao déficit hídrico na espécie têm sido observadas em acessos de bancos de germoplasma e entre cultivares comerciais. Com intuito de conhecer melhor os mecanismos fisiológicos de resposta ao déficit hídrico e direcionar programas de melhoramento genético, o objetivo do trabalho foi analisar a expressão diferencial de genes potencialmente relacionados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ricinus communis L.; Estresse oxidativo; Enzimas antioxidantes; Expressão gênica; PCR quantitativo em tempo real (q-PCR).
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052015000100025
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Genetic diversity in common bean accessions evaluated by means of morpho-agronomical and RAPD data Scientia Agricola
Chiorato,Alisson Fernando; Carbonell,Sérgio Augusto Morais; Benchimol,Luciana Lasry; Chiavegato,Marilia Barbosa; Dias,Luiz Antonio dos Santos; Colombo,Carlos Augusto.
Germplasm banks store genotype samples, improved varieties, landraces and wild species, all generically denominated accessions. The importance of characterizing germplasm banks is based on the identification and knowledge of relevant traits for genetic improvement and ex situ germplasm conservation. Thus, the present study had as aim the evaluation of the genetic diversity among 220 accessions of a Brazilian common bean germplasm bank of the "Instituto Agronômico de Campinas" (IAC) by means of 23 morpho-agronomical descriptors and 19 RAPD loci. These accessions correspond to genotypes from the Andean and Middle American gene pool as well as from cultivars derived from common bean improvement programs. The Middle American accessions and the improved...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Germplasm bank; Botanical descriptors; Multivariate analyses.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162007000300007
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Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis Genet. Mol. Biol.
Perseguini,Juliana Morini Küpper Cardoso; Chioratto,Alisson Fernando; Zucchi,Maria Imaculada; Colombo,Carlos Augusto; Carbonell,Sérgio Augusto Moraes; Mondego,Jorge Mauricio Costa; Gazaffi,Rodrigo; Garcia,Antonio Augusto Franco; Campos,Tatiana de; Souza,Anete Pereira de; Rubiano,Luciana Benchimol.
A wide array of molecular markers has been used to investigate the genetic diversity among common bean species. However, the best combination of markers for studying such diversity among common bean cultivars has yet to be determined. Few reports have examined the genetic diversity of the carioca bean, commercially one of the most important common beans in Brazil. In this study, we examined the usefulness of two molecular marker systems (simple sequence repeats - SSRs and amplified fragment length polymorphisms - AFLPs) for assessing the genetic diversity of carioca beans. The amount of information provided by Roger's modified genetic distance was used to analyze SSR data and Jaccards similarity coefficient was used for AFLP data. Seventy SSRs were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLPs; Genetic structure; Genetic variability; Phaseolus vulgaris L.; SSRs.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572011000100017
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Genetic diversity of cultivated Coffea arabica inbred lines assessed by RAPD, AFLP and SSR marker systems Scientia Agricola
Maluf,Mirian Perez; Silvestrini,Milene; Ruggiero,Luciana Machado de Campos; Guerreiro Filho,Oliveiro; Colombo,Carlos Augusto.
One of the greatest problems in Coffea arabica breeding is identifying precisely any inbred line, based only on botanical and agronomical descriptors, because of the reduced genetic variability of the species, close pedigree origin, which results in small phenotypic variation. Recently, molecular markers have been used for plant germplasm characterization and identification in several commercial species. This work evaluates the reliability of three marker systems: RAPD, AFLP and SSR, to characterize the genetic variability of commercially-used Coffea inbred lines developed by the Instituto Agronômico (IAC), and their potential for cultivar identification. All methods identified polymorphisms among the cultivars. The genetic diversity recognized by the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffee; Cultivar identification; Molecular markers.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162005000400010
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Heterogeneity of linalool chemotypes of Lippia alba (Mill.) N.E.Br., based on clonal half-sib progenies Scientia Agricola
Bottignon,Marcos Ribeiro; Rufino,Elcio Rodrigo; Marques,Márcia Ortiz Mayo; Colombo,Carlos Augusto; Azevedo Filho,Joaquim Adelino de; Lourenção,André Luiz; Martins,Antônio Lúcio Mello; Siqueira,Walter José.
Lippia alba (Mill.) N.E.Br. is an aromatic and medicinal shrub native to the American continent. Despite its potential as a source of essential oil for the pharmaceutical and cosmetics industries, few selection and genetic improvement studies have been carried out. The aim of this study was to provide genetic information on this species for breeding programs, showing its selection potential, by investigating clonal half-sib progenies. The following characteristics were evaluated per plant: leaf dry mass (LDM), total dry mass (TDM), leaf yield (LY), essential oil yield (EOY) and oil production (OP). Estimates were made for the several genetic parameters including absolute genetic gain at 30% selection intensity, correlations and relative contribution of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic gain; Breeding; Essential oils.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162011000400009
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Identification of common bean (Phaseolus vulgaris) duplicates using agromorphological and molecular data Genet. Mol. Biol.
Chiorato,Alisson Fernando; Carbonell,Sérgio Augusto Morais; Dias,Luiz Antonio dos Santos; Moura,Rafaeli Ramos; Chiavegato,Marilia Barbosa; Colombo,Carlos Augusto.
We used agromorphological and random amplified polymorphic DNA (RAPD) molecular marker data to identify duplicate common bean (Phaseolus vulgaris L. Fabaceae) accessions in the Common Bean Germplasm Bank of the Agronomical Institute - IAC (Banco de Germoplasma de feijoeiro do Instituto Agronômico de Campinas (IAC), SP, Brazil). A total of 116 accessions with the same names and similar agromorphological traits was analyzed. The divergence between the accessions was initially evaluated by means of the agromorphological descriptors using single linkage clustering, from the Euclidean distance. Multivariate analysis identified four duplicate accessions (Carioca Lustroso, Bico de Ouro, Jamapa and Preto), with 17 other same-name accessions being suspected...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Multivariate analysis; Germplasm banks; Descriptors.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000100020
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Influence of air temperature on proteinase activity and beverage quality in Coffea arabica Rev. Bras. Bot.
Abreu,Hellen Marília Couto de; Nobile,Paula Macedo; Shimizu,Milton Massao; Yamamoto,Paula Yuri; Silva,Emerson Alves; Colombo,Carlos Augusto; Mazzafera,Paulo.
Fruits were collected from trees of Coffea arabica cv. Obatã grown at Mococa and Adamantina in São Paulo State, Brazil, which are regions with marked differences in air temperature that produce coffee with distinct qualities. Mococa is a cooler location that produces high-quality coffee, whereas coffee from Adamantina is of lower quality. The amino acid and protein contents, amino acid profile, and proteinase activity and type in endosperm protein extracts were analysed. Proteinase genes were identified, and their expression was assayed. All results indicate that temperature plays a role in controlling proteinase activity in coffee endosperm. Proteinase activity was higher in the endosperm of immature fruits from Adamantina, which was correlated with...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Amino acids; Coffee quality; Cysteine proteinase; Endosperm; Protein.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-84042012000400009
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Lipoxygenase activity in Brazilian rice cultivars with variable resistance to leaf blast disease Bragantia
Sandhu,Sardul Singh; Mazzafera,Paulo; Azini,Luiz Ernesto; Bastos,Cândido Ricardo; Colombo,Carlos Augusto.
Eight rice lines viz. CNA 8983, IAC-1732, IAC-1733, IAC-1748, IAC-1736, IAC-201, Volano and Arborea were evaluated in greenhouse for resistance against the leaf blast disease caused by Magnoparthe gracea. Lines CNA 8983, IAC 1732, IAC 1733 and IAC 1748 showed satisfactory resistance against the blast fungus while IAC 1736 and IAC 201 were intermediate and Volano and Arborea susceptible. All lines did not have lipoxygenase activity increased by methyljasmonic acid, however enzyme activity showed a positive relationship with resistance.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Blast resistance; Magnoparthe gracea; Methyljasmonic acid; Oryza sativa.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052007000100004
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Performance of ginger grass (Lippia alba) for traits related to the production of essential oil Scientia Agricola
Yamamoto,Paula Yuri; Colombo,Carlos Augusto; Azevedo Filho,Joaquim Adelino; Lourenção,André Luiz; Marques,Márcia Ortiz Mayo; Morais,Guilherme Domingues da Silva; Chiorato,Alisson Fernando; Martins,Antônio Lúcio Mello; Siqueira,Walter José.
Lippia alba (Verbenaceae) is a shrub whose essential oil has important biological, pharmacological, and aromatizing properties. To reach the sustained cultivation of new species with economic potential, the present study aimed to evaluate L. alba performance for fresh leaf matter (FM), leaf dry matter (DM), virus symptoms (VS - Cucumber mosaic virus, CMV), oil yield (OY), and oil chemical composition (OC), and to evaluate DM stability and adaptability. Ten genotypes of four chemical groups (chemotypes) were evaluated in six experiments designed as randomized blocks with two plants per plot, over the whole State of São Paulo, Brazil. A 2.0 x 0.4 x 1.6 m spacing was used in Monte Alegre do Sul and Pindorama, while a 1.0 x 0.4 x 0.6 m spacing was used in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: G x E interaction; Phenotypic stability; Sustainable agriculture; Genetic breeding; Clonal selection.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162008000500006
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Pilocarpine content and molecular diversity in jaborandi Scientia Agricola
Sandhu,Sardul Singh; Abreu,Ilka Nacif; Colombo,Carlos Augusto; Mazzafera,Paulo.
Pilocarpine is an imidazol alkaloid exclusively found in Pilocarpus genus and P. microphyllus accumulates its highest content in the leaves. There is no report in the literature on the variability of the pilocarpine content in this genus. A population of 20 genotypes of P. microphyllus from the state of Maranhão, Brazil, was analyzed for Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) markers and pilocarpine content. Although it was not possible to establish any correlation between these features, the absence or presence of some markers could indicate in some genotypes a possible association with the content of the alkaloid.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RAPD; Pilocarpus jaborandi; Molecular diversity; Molecular markers.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162006000500010
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Selection of new clones of linalool chemotype from genetic recombination in Lippia alba Bragantia
Rufino,Elcio Rodrigo; Siqueira,Walter José; Marques,Márcia Ortiz Maio; Colombo,Carlos Augusto; Azevedo Filho,Joaquim Adelino; Martins,Antônio Lúcio Melo.
The aromatic and medicinal species Lippia alba is vigorous and rugged native to the South America (Atlantic Rainforest). Because it is an allogamous and self-incompatible species, natural populations have high morphological and chemical variability. This work had as objective to conduct a preliminary screening to identify new promising clones from a novel (recombinant) base population of Lippia alba with regard to its agronomic and phytochemical traits, using the linalool oil or chemotype as model. The two superior linalool clones, obtained by collection, were used as controls. Traits evaluated included: dry mass of leaves (DML), oil yield percentage (EOY%), oil production per plant (OP), and linalool percentage (LN%). Forty linalool chemotype clones were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Verbenaceae; Oil linalool; Genetic divergence; Clone selection; Plant breeding.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052012000200002
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Structure of genetic diversity of Bemisia tabaci (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in Brazilian crops and locations Scientia Agricola
Fontes,Fernanda von Hertwig Mascarenhas; Colombo,Carlos Augusto; Lourenção,André Luiz.
Bemisia tabaci (Genn.) represents a complex of cryptic species that causes losses of many valuable crops. Even though there are differences in their ability to colonize hosts, transmit phytovirus and develop resistance to insecticides, the genetic differentiation of the insect populations is important for the adoption of control measures. Therefore, the genetic diversity of B. tabaci populations in economically important crops in Brazilian locations was characterized through a microsatellite analysis. Eight microsatellite markers were used for the analysis of eight populations, three in Solanum tuberosum (States of São Paulo, Minas Gerais and Bahia), two in Glycine max (States of São Paulo and Mato Grosso), one in Phaseolus vulgaris and Brassica oleracea...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SSR; Biotype B; Population genetics; Silverleaf whitefly.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162012000100007
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The genetic structure and mating system of Acrocomia aculeata (Arecaceae) Genet. Mol. Biol.
Abreu,Aluana Gonçalves; Priolli,Regina Helena Geribello; Azevedo-Filho,Joaquim Adelino; Nucci,Stella Maris; Zucchi,Maria Imaculada; Coelho,Ricardo Marques; Colombo,Carlos Augusto.
Acrocomia aculeata is a perennial, fruit-producing palm tree, native to tropical forests. Its fruits have spurred interest because of their significant potential for use in the cosmetic industry and as feedstock for biofuel. In the present study, the genetic structure and mating system in Acrocomia aculeata were analyzed, using eight nuclear microsatellite loci and samples from São Paulo and Minas Gerais states, Brazil. By means of Bayesian analysis, these populations were clustered into two or three groups. A high multilocus outcrossing rate suggests that outcrosses were predominant, although a certain degree of biparental inbreeding also occurred. Thus, although monoecious and self-compatible, there is every indication that A. aculeata bears a mixed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SSR; Mating system.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000100016
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Variabilidade genética da produção anual da seringueira: estimativas de parâmetros genéticos e estudo de interação genótipo x ambiente Bragantia
Gonçalves,Paulo de Souza; Cardoso,Mario; Colombo,Carlos Augusto; Ortolani,Altino Aldo; Martins,Antonio Lúcio Mello; Santos,Ivan Cavalin Ignacio dos.
Selecionaram-se dezenove genótipos de seringueira (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) considerados como os melhores em vigor e produção em uma população de pés francos estabelecidos no campo de ensaios da Estação Experimental de Pindorama, com o objetivo de estudar a variabilidade genética e ambiental e a interação genótipo x ambiente sobre a produção durante cinco anos. Com base na análise da variância anual e conjunta, estimaram-se parâmetros genéticos para produção, na tentativa de quantificar o ganho genético com a seleção, e as correlações genéticas e fenotfpicas das produções ano a ano. Os resultados das análises da variância dentro de anos mostraram efeitos significativos para genótipos, sendo os efeitos da interação genótipo x ambiente altamente...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hevea brasiliansis Muell. Arg.; Seleção; Produção; Herdabilidade; Correlação genotípica e fanotípica; Melhoramento genético.
Ano: 1990 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87051990000200011
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