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Análise de promotores do gene CcDREBID de Coffea canephora via transformação genética de Nicotiana tabacum. Repositório Alice
AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; DUARTE, K. E.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
Após sequenciamento, polimorfismos na região promotora do gene DREB1D (Dehydration Responsive Element Binding Protein) de Coffea canephora Conilon, indicaram a participação de três haplótipos (15, 16 e 17) no controle genético da tolerância à seca nos clones 14 (tolerante a seca) e 22 (sensível a seca), com as combinações de haplótipos 15-16 para o clone 14 e 15-17 para o clone 22. A fim de avaliar a capacidade desses fragmentos controlarem a expressão do gene repórter uidA, 3 construções gênicas, com os diferentes haplótipos do promotor do gene CcDREB1D, foram feitas no vetor binário pBI101 e testadas independentemente via transformação genética de Nicotiana tabacum. Testes histoquímicos em plantas transformadas de N.tabacumT1 indicaram uma forte...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Dreb; Polymorphisms; Polimorfismo; Resistência a seca; Drought tolerance.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041187
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Análise funcional do gene órfão CcUNK8 de Coffea canephora via transformação genética de Setaria viridis. Repositório Alice
DUARTE, K. E..
O cafeeiro é um dos mais valiosos produtos primários no comércio mundial. Em razão dessa importância econômica, o cafeeiro vem sendo alvo de programas de melhoramento genético visando à introdução de novos caracteres para obtenção de plantas com características agronômicas superiores, por exemplo, com uma maior tolerância à seca. Porém, como melhoramento convencional do cafeeiro é demorado, o uso das últimas técnicas de genômica está sendo desenvolvido para acelerar a criação de novas plantas. Assim, o sequenciamento do genoma e, também, o sequenciamento em larga escala de genes expressos (RNAseq) torna-se algo necessário para analisar o determinismo genético da tolerância à seca e identificar genes candidatos (GCs) atuantes neste determinismo. No...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Gene órfão; Transformação genética; Resistência a seca; Seca; Coffea; Setaria viridis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067194
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Applied coffee genomics: towards a GWS program. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Café; Genomics; Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979068
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Avaliação fenotípica de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon cultivada em altitude elevada, visando um programa de Seleção Genômica Ampla (SGA) em cafeeiro. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. de A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; ANDRADE, A. C..
Considerada a bebida não alcoólica mais popular e regularmente consumida por 40% da população, o café ocupa uma posição de destaque na economia sendo um dos mais importantes produtos de exportação mundial. Sua produção está sujeita a oscilações regulares devido ao ciclo bienal da planta, e também a fatores abióticos, como o estresse hídrico e altas temperaturas. Visando-se o estabelecimento de ferramentas de auxílio para se acelerar o melhoramento genético desta espécie, avanços significativos em genômica do cafeeiro têm ocorrido nos últimos anos. Como exemplo, pode-se citar a recente conclusão do sequenciamento do genoma completo de Coffea canephora, que servirá de referência para utilização em trabalhos avançados de genética molecular, aplicados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização fenotípica; Tolerância à seca; Coffea canephora; Produtividade.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976059
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BAHD5 - novo gene-alvo para aumento de sacarose em gramíneas. Repositório Alice
SAMPAIO, B. L.; DUARTE, K. E.; SOUZA, W. R.; VINECKY, F.; AMARAL, H. de O.; SIFUENTES, D. N.; DIAS, B. B. A.; KOBAYASHI, A. K.; OLIVEIRA, P. A. de; MOLINARI, H. B. C..
bitstream/item/184279/1/EnPI-2018-13.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Perfil metabólico; Acúmulo de açúcar; Gramínea.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097285
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Divergence of DNA methylation and gene expression in Setaria viridis accessions under drought stress. Repositório Alice
SANTIAGO, T. R.; DUARTE, K. E.; SOUZA, W. R. de; STEINDORFF, A. S.; FORMIGHIERI, E. F.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C..
bitstream/item/184332/1/EnPI-2018-20.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Methylomes; TE menthylation; Whole genome bisulphite sequencing; Differential methylation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097377
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Ensaio de déficit hidríco de Setaria viridis transformada com o gene órfão CcUNK8 de Coffea canephora. Repositório Alice
DUARTE, K. E.; VIEIRA, N. G.; RÊGO, E. C. S.; MARTINS, P. K.; RIBEIRO, A. P.; CUNHA, B. A. D. B. da; MOLINARI, H. B. C.; KOBAYASHI, A. K.; SOUSA, C. A. de; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
As plantas respondem e se adaptam as condições de estresses com uma série de alterações morfológicas, fisiológicas e moleculares. Ao nível molecular, a expressão diferencial de genes para tolerar as condições adversas é um bom indicativo da resposta da planta ao meio ambiente. Encontrar a função destes genes pode facilitar o entendimento da relação planta-ambiente. No intuito de entender os processos que levam algumas plantas a terem uma maior tolerância à seca, ocorreram avanços na descoberta e descrição de genes envolvidos neste processo. Algumas destas sequencias não possuem nenhuma similaridade com sequencias depositadas nos bancos de dados públicos, e são denominadas ?no hits ? ou genes órfãos. O gene CcUNK8 (UNKnown) foi previamente identificado em...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene órfão; Estresse abiótico; Expressão gênica; Gene expression orphan genes; Coffea canephora; Seca; Coffea canephora; Abiotic stress; Drought.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041178
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Expression of DREB-Like genes in coffea canephora and C. arabica subjected to various types of abiotic stress. Repositório Alice
TORRES, L. F.; REICHEL, T.; DECHAMP, E.; AQUINO, S. O. de; DUARTE, K. E.; ALVES, G. S. C.; SILVA, A. T.; COTTA, M. G.; COSTA, T. S.; DINIZ, L. E. C.; BREITLER, J. C.; COLLIN, M.; PAIVA, P. V.; ANDRADE, A. C.; ETIENNE, H.; MARRACCINI, P..
bitstream/item/198667/1/Expression.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Estresse hídrico; Estresse luminoso; Café; Stress; Gene; Genética Vegetal; Coffee beans; Coffee products.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1109918
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Identification and characterization of core abscisic acid (ABA) signaling components and their gene expression profile in response to abiotic stresses in Setaria viridis. Repositório Alice
DUARTE, K. E.; SOUZA, W. R. de; SANTIAGO, T. S.; SAMAPAIO, B. L.; RIBEIRO, A. P.; COTTA, M. G.; DIAS, B. B. A.; MARRACCINI, P. R. R.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C..
bitstream/item/201305/1/HUGO-1-s41598-019-40623-5.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Abiotic stresses; Gene expression; Genetic engineering.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111623
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Identification of candidate genes for drought tolerance in coffee by high-throughput sequencing in the shoot apex of different Coffea arabica cultivars. Repositório Alice
MOFATTO, L. S.; CARNEIRO, F. de A.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; VIDAL, R. O.; ALEKCEVETCH, J. C.; COTTA, M. G.; VERDEIL, J-L.; LAPEYRE-MONTES, F.; LARTAUD, M.; LEROY, T.; DE BELLIS, F.; POT, D; RODRIGUES, G. C.; ALSARELLA CARAZZOLLE, M.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
BACKGROUND: Drought is a widespread limiting factor in coffee plants. It affects plant development, fruit production, bean development and consequently beverage quality. Genetic diversity for drought tolerance exists within the coffee genus. However, the molecular mechanisms underlying the adaptation of coffee plants to drought are largely unknown. In this study, we compared the molecular responses to drought in two commercial cultivars (IAPAR59, drought-tolerant and Rubi, drought-susceptible) of Coffea arabica grown in the field under control (irrigation) and drought conditions using the pyrosequencing of RNA extracted from shoot apices and analysing the expression of 38 candidate genes. RESULTS: Pyrosequencing from shoot apices generated a total of 34.7...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Coffee; Differential gene expression; RNA-Seq; Real-time PCR (RT-qPCR); Drought; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1043710
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Molecular responses of coffee plants to drought stress. Repositório Alice
MARRACCINI, P.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; AQUINO, S. O.; CARNEIRO, F. A.; COSTA, T. S.; SUJII, P. S.; VINECKY, F.; ALEKCEVETCH, J. C.; ALVES, G. S. C.; LEROY, T.; BELLIS, F. de; FERRÃO, M. A. G.; DAMATTA, F. M.; POT, D.; SILVA, V. A.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C..
With the aim to investigate the molecular mechanisms underlying drought tolerance in coffee plants of C. canephora and C. arabica, qPCR experiments identified more than 80 candidate genes (CGs) presenting differential gene expression between drought-tolerant and drought-susceptible clones/cultivars cultivated under different (with or without) irrigation conditions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tolerância à seca; Café; Water stress; Coffea; Drought tolerance.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979069
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Phenotyping a Coffea canephora population, cultivated at high altitude, aiming at a GWS program for coffee. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
The objective of this study was to characterize the phenotype of a population of C. canephora, with about 1300 individuals, cultivated in Planaltina-DF (1175m altitude) in the experimental field of Embrapa Cerrados.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979074
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Silencing of a BAHD acyltransferase in sugarcane increases biomass digestibility. Repositório Alice
SOUZA, W. R. de; PACHECO, T. F.; DUARTE, K. E.; SAMPAIO, B. L.; OLIVEIRA, P. A. de; MARTINS, P. M.; SANTIAGO, T. R.; FORMIGHIERI, E. F.; VINECKY, F.; RIBEIRO, A. P.; DIAS, B. B. A.; KOBAYASHI, A. K.; MITCHELL, R. A. C.; RODRIGUES, D. de S.; MOLINARI, H. B. C..
Background: Sugarcane (Saccharum spp.) covers vast areas of land (around 25 million ha worldwide), and its processing is already linked into infrastructure for producing bioethanol in many countries. This makes it an ideal candidate for improving composition of its residues (mostly cell walls), making them more suitable for cellulosic ethanol production. In this paper, we report an approach to improving saccharification of sugarcane straw by RNAi silencing of the recently discovered BAHD01 gene responsible for feruloylation of grass cell walls. Results: We identified six BAHD genes in the sugarcane genome (SacBAHDs) and generated five lines with substantially decreased SacBAHD01 expression. To find optimal conditions for determining saccharification of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cell-wall acylation; Lignocellulosic feedstock; Sugarcane; Biomass; Biofuels.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1109978
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