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A dynamic deterministic model to evaluate breeding strategies under mixed inheritance Inra
Manfredi, E.; Barbieri, M.; Fournet, F.; Elsen, J.M..
Un modèle déterministe et dynamique est proposé pour étudier l’utilisation conjointe des performances et des génotypes à un locus majeur pour la sélection des caractères exprimés dans un sexe. Le modèle prévoit la sélection des adultes au-delà de seuils de performances intra-génotype, des accouplements en fonction des génotypes et la présélection de jeunes mâles sur leur génotype. L’application présentée indique que la combinaison optimale des performances et des génotypes permet d’obtenir des meilleurs résultats, en terme de moyennes polygéniques, de fréquences génotypiques et du progrès génétique actualisé et cumulé, que la sélection classique ignorant l’informationgénotypique. Les avantages de la sélection combinée sont plus importants quand...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SELECTION DYNAMIQUE; GENE MAJEUR; MARQUEUR GENETIQUE; MODELISATION.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007706b1da0&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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A fast algorithm for estimating transmission probabilities in QTL detection designs with dense maps Inra
Elsen, J.M.; Filangi, O.; Gilbert, H.; Le Roy, P.; Moreno-Romieux, C..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL; FAST ALGORITHM; TRANSMISSION; DENSE MAPS; PROBABILITIES; ESTIMATION.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2009292cbb66&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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A mutation creating a potential illegitimate microRNA target site in the myostatin gene affects muscularity in sheep Inra
Clop, A.; Marcq, F.; Takeda, H.; Pirottin, D.; Tordoir, X.; Bibé, B.; Bouix, J.; Caimen, F.; Elsen, J.M.; Eychenne, F.; Larzul, C.; Laville, E.; Meish, F.; Milenkovic, D.; Tobin, J.; Charlier, C.; Georges, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TEXEL SHEEP; MYOSTATIN GENE; MUSCULARITY; HYPERTROPHY; GDF8; SNP.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20087ed0d44b&uri=/notices/prodinra1/2008/09/
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A statistical model for genotype determination at a major locus in a progeny test design Inra
Elsen, J.M.; Vu Tien Khang, J.; Le Roy, P..
S’appliquant à un caractère quantitatif à distribution normale, dont la variabilité génétique est contrôlée à la fois par un locus majeur autosomal et par une composante polygénique et dont l’expression est influencée par des facteurs de milieu, un modèle mixte est développé afin de déterminer le génotype (au locus majeur) des pères et de leurs filles dans un test sur descendance. La répétabilité et les paramètres génétiques relatifs à la composante polygénique sont supposés connus. La loi a posteriori des génotypes des pères et celles des génotypes de leurs filles, conditionnellement aux génotypes des pères, sont établies. Une méthode est proposée pour estimer ces probabilités a posteriori, ainsi que les paramètres inconnus, et une méthode...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TEST SUR DESCENDANCE; DETERMINATION DU GENOTYPE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1988 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9000000042017008&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction Inra
Elsen, J.M.; Mangin, B.; Goffinet, B.; Boichard, D.; Le Roy, P..
Dans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE QTL DETECTION; MAXIMUM LIKELIHOOD.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c16af24a&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Critere optimal de selection. Quelques resultats generaux. Inra
Goffinet, B.; Elsen, J.M..
Dans l’axe du travail de COCHRAN (1951) appliqué à l’amélioration génétique des animaux, on donne les méthodes de sélection qui maximisent l’espérance de la valeur des retenus, dans diverses situations expérimentales : informations inégales et variables sur les candidats, nombre de mâles mis en testage aléatoire, existence d’effets élevage ou année, etc. On montre que, dans toutes ces situations, la méthode classique consistant à sélectionner les individus dont l’indice dépasse un seuil se généralise. Ce seuil est unique pour tous les candidats et l’indice obtenu est l’espérance conditionnelle de la valeur génétique sachant l’information sur le candidat ; cette dernière étant « orthogonalisée » par rapport aux effets fixes.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CRITERE DE SELECTION; PROGRES GENETIQUE; BLUP.
Ano: 1984 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8607227001842&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Diffusion du progrès génétique dans les populations avec générations imbriquées : quelques propriétés d’un modèle de prévision Inra
Elsen, J.M..
L’évolution de la valeur génétique moyenne d’une population sous l’effet de la sélection quand les générations se chevauchent a été décrite en 1974 par HILL, et par ELSEN et MOCQUOT à l’aide d’un modèle matriciel dont la formulation est proche des processus de MARKOV. Dans cet article nous présentons de manière détaillée quelques propriétés intéressantes de ce modèle pour des populations hiérarchisées en sous-populations à vocations différentes : noyau de sélection, étage de multiplication et troupeaux de production. En ce qui concerne les effets à long terme nous avons analysé le progrès annuel espéré dans chaque sous-population et les écarts entre les valeurs moyennes des animaux qui y naissent. Le cas d’une population à 2 étages est...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PROGRES GENETIQUE; EVOLUTION DE LA VALEUR GENETIQUE; GENERATION; POPULATION; SELECTION.
Ano: 1980 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200816533e07&uri=/notices/prodinra1/2008/04/
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Effect of including major gene information in mass selection: a stochastic simulation in a small population Inra
Fournet, F.; Elsen, J.M.; Barbieri, M.E.; Manfredi, E..
Sur la base d’un système d’équations de récurrence, la méthode du meilleur prédicteur linéaire sans biais appliquée à un modèle animal réduit (MAR) est présentée pour la sélection assistée par marqueur. Cette méthode est une version MAR de celle du modèle animal pour réduire à un le nombre d’équations par animal. Cette méthode MAR permet d’estimer simultanément les effets fixés et la valeur génétique globale, qui est la somme des effets génétiques additifs des locus de caractère quantitatif (QTL) non liés au locus marqueur et des effets additifs des QTL liés au locus marqueur. La valeur génétique globale des animaux sans descendance est prédite par un système d’équations reconstitué à partir du système principal. Un exemple numérique est donné...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SELECTION ASSISTEE PAR MARQUEUR; MODELE ANIMAL REDUIT; MEILLEUR PREDICTEUR LINEAIRE SANS BIAIS; VALEUR GENETIQUE ADDITIVE TOTALE; MATRICE DE PARENTE COMBINEE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9700007709065573&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Estimation de la valeur genetique des reproducteurs dans le cas d'incertitude sur les apparentements. II- Utilisation des durees de gestation pour le calcul des probabilites de filiation. Inra
Elsen, J.M.; Poivey, J.P..
Pour tenir compte des incertitudes sur les paternités dans l’expression des indices de sélection, il faut d’abord estimer la loi a priori (avant mesure des phénotypes) des probabilités de filiations. Si la distribution des durées de gestation est connue, le contrôle des périodes de monte des reproducteurs et des dates de naissance des produits permet cette estimation. Nous avons étudié cette possibilité dans le contexte de l’élevage bovin tropical où la reproduction s’opère sur une période étendue de l’année. Dans ce cas, on peut préconiser un système de reproduction se caractérisant par une succession de périodes de monte de durée fixée d, où un seul mâle est présent dans le troupeau, séparées les unes des autres par des intervalles de durée r....
Tipo: Journal Article Palavras-chave: REPRODUCTION; SYSTEME DE REPRODUCTION; DUREE DE GESTATION; PARENTE; ELEVAGE BOVIN TROPICAL.
Ano: 1986 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8808352010344&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Estimation de la valeur génétique des reproducteurs dans les cas d’incertitude sur les apparentements I. Formulation des indices de sélection Inra
Poivey, J.P.; Elsen, J.M..
Quand les accouplements ne sont pas contrôlés, il peut y avoir des incertitudes sur les paternités et il faut en tenir compte dans les indices de sélection. On donne ici l’expression du critère de sélection qui maximise le gain génétique dans ces situations (l’espérance conditionnelle). On lui compare la régression linéaire qui est beaucoup plus facile à utiliser, mais dont on ne sait pas si elle permet de faire des progrès importants. Quelques simulations montrent que ce deuxième critère est utilisable sans diminution sensible de l’espérance du progrès génétique, par rapport à l’espérance conditionnelle.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: INDEXATION; ERREURS DE FILIATION; INDICE DE SELECTION.
Ano: 1984 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200835ed7bf2&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Genetic improvement of litter size in sheep. A comparison of selection methods Inra
Pérez-Enciso, M.; Foulley, J.L.; Bodin, L.; Elsen, J.M.; Poivey, J.P..
Cet article discute l’intérêt du taux d’ovulation (OR) pour accroître le progrès génétique sur la taille de portée (LS) et étudie à cet effet divers critères de sélection combinant OR et le taux de survie embryonnaire (ES). On a examiné par simulation les réponses à la sélection en 5 générations dans une population de 20 et 600 reproducteurs mâles et femelles avec 50 réplications par méthode. On a considéré 2 races, de prolificité faible (Mérinos) et moyenne (Lacaune). Les performances ont été générées à partir d’un modèle bicaractère à seuils. Les héritabilitiés d’OR et ES ont été supposées constantes sur l’échelle sous-jacente dans les 2 races et prises égales respectivement à 0,35 et 0,11 avec une corrélation génétique entre ces 2 caractères de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TAUX D'OVULATION; MODELE A SEUILS; SURVIE PRENATALE; PROGRES GENETIQUE; OVULATION.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9700007577060058&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Identification of new quantitative trait loci (other the the PRNP gene) modulating the scrapie incubation period in sheep Inra
Moreno-Romieux, C.; Cosseddu, G.M.; Schibler, L.; Roig, A.; Moazami-Goudarzi, K.; Andréoletti, O.; Eychenne, F.; Lajous, D.; Schelcher, F.; Cribiu, E.; Laurent, P.; Vaiman, D.; Elsen, J.M..
ABSTRACTAlthough susceptibility to scrapie is largely controlled by the PRNP gene, we have searched for additionalgenomic regions that affect scrapie incubation time in sheep, using two half-sib families with asusceptible PRNP genotype and naturally infected by scrapie. Quantitative trait loci were detected on OAR6 and OAR18.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: RESISTANCE A LA TREMBLANTE; OVINS SCRAPIE RESISTANCE; QTL; SHEEP.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008cdc7e0d5&uri=/notices/prodinra1/2008/06/
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Influence du locus de la caséine αs1 sur les performances laitières et les paramètres génétiques des chèvres de race Alpine Inra
Barbieri, M.E.; Manfredi, E.; Elsen, J.M.; Ricordeau, G.; Bouillon, J.; Grosclaude, F.; Mahé, M.F.; Bibé, B..
L’influence du polymorphisme de la caséine αs1 sur les performances laitières et sur les paramètres génétiques a été étudiée sur 883 lactations de chèvres Alpine à la station caprine de Moissac. Les différences entre génotypes, les héritabilités et corrélations génétiques ont été estimées avec un modèle animal, en considérant les effets fixés de la date de mise bas, de la campagne, du numéro de lactation, du génotype caséine αs1 (AA, AE, AF, EE, EF, FF), et les effets aléatoires de l’environnement permanent et de la valeur génétique additive. L’allèle fort A a un effet significativement favorable (P < 0,01) sur le taux de protéines vraies (AA > AE, AF > EE, EF > Ff) et le taux butyreux (AA, AE, AF > EF et FF). Les chèvres AA ont...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: POLYMORPHISME CASEINE αs1; TAUX DE PROTEINE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500007490052836&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Modelling the spread of scrapie in a sheep flock: evidence for increased transmission during lambing seasons Inra
Touzeau, S.; Chase-Topping, M.E.; Matthews, L.; Lajous, D.; Eychenne, F.; Hunter, N.; Foster, J.D.; Simm, G.; Elsen, J.M.; Woolhouse, M.E.J..
Presence of scrapie infectivity in the placenta suggests the possibility of increased transmission of scrapie during the lambing season. This hypothesis was explored here using a mathematical model of scrapie transmission dynamics which has previously been successfully used to study several scrapie outbreaks in Scottish sheep flocks. It was applied here to the Langlade experimental sheep flock (INRA Toulouse, France), in which a natural scrapie epidemic started in 1993. Extensive data were available, including pedigree, scrapie histopathological diagnoses and PrP genotypes. Detailed simulations of the scrapie outbreak reveal that the observed patterns of seasonality in incidence can not be accounted for by seasonality in demography alone and provide strong...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TREMBLANTE OVINE; TRANSMISSION INTRA TROUPEAU; SENSIBILITE GENETIQUE; SAISON; AGNELAGE SCRAPIE; EPIDEMIOLOGY; SHEEP; LAMBING SEASON.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007add0f436&uri=/notices/prodinra1/2010/10/
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On the relevance of three genetic models for the description of genetic variance in small populations undergoing selection Inra
Fournet-Hanocq, F.; Elsen, J.M..
La conservation de la variabilité génétique est reconnue comme un objectif nécessaire pour l’optimisation des schémas de sélection, notamment pour les petites populations. De nombreux modèles, différant par les hypothèses de déterminisme génétique sur lesquels ils reposent, sont disponibles pour une meilleure compréhension et une meilleure prédiction de l’évolution de la variabilité génétique dans une petite population soumise à sélection. Cet article compare trois modèles génétiques différents, traités soit par la voie analytique soit par des simulations Monte-Carlo, d’une part pour valider les prédictions fournies par un « modèle fini complet » pour des phénomènes connus (comme l’influence de la gestion de la population sur la variabilité...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELISATION; VARIANCE GENETIQUE; SELECTION; PETITE POPULATION.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c78466f&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Optimal design for the detection of a major gene segregation in crosses between 2 pure lines Inra
Elsen, J.M.; Le Roy, P..
Différents protocoles expérimentaux ont été comparés par simulation sur leur puissance pour la détection d’un gène à l’aide d’un test du maximum de vraisemblance. Le protocole optimal est le plus souvent celui pour lequel le seul type génétique où le gène est en ségrégation est la F2, avec un faible effet de la proportion de F2 par rapport aux types génétiques sans ségrégation (parentaux et Fl). Les gènes dominants sont détectés plus facilement que les gènes additifs. Un modèle considérant l’hétéroscédasticité de la composante polygénique est aussi étudié.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENE MAJEUR; OPTIMISATION; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; LIGNEE HOMOZYGOTE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f6da37a5&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Performance of genomic selection in mice Inra
Legarra, A.; Robert-Granié, C.; Manfredi, E.; Elsen, J.M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENETIC EVOLUTION; SELECTION; LINKAGE DESEQUILIBRIUM; SNP; MARKER ASSISTED.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20083526791a&uri=/notices/prodinra1/2008/09/
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