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An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H..
In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1519
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1327
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Proteina; Software SMS.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8835
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Evidence for reductive genome evolution and lateral acquisition of virulence functions in two Corynebacterium pseudotuberculosis strains. Repositório Alice
RUIZ, J. C.; D'AFONSECA, V.; SILVA, A.; ALI, A.; PINTO, A. C.; SANTOS, A. R.; ROCHA, A. A. M. C.; LOPES, D. O.; DORELLA, F. A.; PACHECO, L. G. C.; COSTA, M. P.; TURK, M. Z.; SEYFFERT, N.; MORAES, P. M. R. O.; SOARES, S. C.; ALMEIDA, S. S.; CASTRO, T. L. P.; ABREU, V. A. C.; TROST, E.; BAUMBACH, J.; TAUCH, A.; SCHNEIDER, M. P. C.; McCULLOCH, J.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; ZERLOTINI, A.; DOMINITINI, A.; RESENDE, D. M.; COSER, E. M.; OLIVEIRA, L. M.; PEDROSA, A. L.; VIEIRA, C. U.; GUIMARAES, C. T.; BARTHOLOMEU, D. C.; OLIVEIRA, D. M.; SANTOS, F. R.; RABELO, E. M.; LOBO, F. P.; FRANCO, G. R.; COSTA, A. F.; CASTRO, I. M.; DIAS, S. R. C.; FERRO, J. A.; ORTEGA, J. M.; PAIVA, L. V.; ALMEIDA, J. F.; GOULART, L. R.; FERRO, M. I. T.; CARNEIRO, N. P.; FALCÃO, P. R. K.; GRYNBERG, P.; TEIXEIRA, S. M. R.; BROMMONSCHENKEL, S.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; MOORE, R. J.; MIYOSHI, A.; OLIVEIRA, G. C.; AZEVEDO, V..
Background: Corynebacterium pseudotuberculosis, a Gram-positive, facultative intracellular pathogen, is the etiologic agent of the disease known as caseous lymphadenitis (CL). CL mainly affects small ruminants, such as goats and sheep; it also causes infections in humans, though rarely. This species is distributed worldwide, but it has the most serious economic impact in Oceania, Africa and South America. Although C. pseudotuberculosis causes major health and productivity problems for livestock, little is known about the molecular basis of its pathogenicity. Methodology and Findings: We characterized two C. pseudotuberculosis genomes (Cp1002, isolated from goats; and CpC231, isolated from sheep). Analysis of the predicted genomes showed high similarity in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Patógeno; Genética; Genome.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906799
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Evidence for reductive genome evolution and lateral acquisition of virulence functions in two Corynebacterium pseudotuberculosis strains. Repositório Alice
RUIZ, J. C.; D'AFONSECA, V.; SILVA, A.; ALI, A.; PINTO, A. C.; SANTOS, A. R.; ROCHA, A. A. M. C.; LOPES, D. O.; DORELLA, F. A.; PACHECO, L. G. C.; COSTA, M. P.; TURK, M. Z.; SEYFFERT, N.; MORAES, P. M. R. O.; SOARES, S. C.; ALMEIDA, S. S.; CASTRO, T. L. P.; ABREU, V. A. C.; TROST, E.; BAUMBACH, J.; TAUCH, A.; SCHNEIDER, M. P. C.; McCULLOCH, J.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; ZERLOTINI, A.; DOMINITINI, A.; RESENDE, D. M.; COSER, E. M.; OLIVEIRA, L. M.; PEDROSA, A. L.; VIEIRA, C. U.; GUIMARÃES, C. T.; BARTHOLOMEU, D. C.; OLIVEIRA, D. M.; SANTOS, F. R.; RABELO, É. M.; LOBO, F. P.; FRANCO, G. R.; COSTA, A. F.; CASTRO, I. M.; DIAS, S. R. C.; FERRO, J. A.; ORTEGA, J. M.; PAIVA, L. V.; GOULART, L. R.; ALMEIDA, J. F.; FERRO, M. I. T.; CARNEIRO, N. P.; FALCÃO, P. R. K.; GRYNBERG, P.; TEIXEIRA, S. M. R.; BROMMONSCHENKEL, S.; OLIVEIRA, S. C.; MEYER, R.; MOORE, R. J.; MIYOSHI, A.; OLIVEIRA, G. C.; AZEVEDO, V..
Background: Corynebacterium pseudotuberculosis, a Gram-positive, facultative intracellular pathogen, is the etiologic agent of the disease known as caseous lymphadenitis (CL). CL mainly affects small ruminants, such as goats and sheep; it also causes infections in humans, though rarely. This species is distributed worldwide, but it has the most serious economic impact in Oceania, Africa and South America. Although C. pseudotuberculosis causes major health and productivity problems for livestock, little is known about the molecular basis of its pathogenicity. Methodology and Findings: We characterized two C. pseudotuberculosis genomes (Cp1002, isolated from goats; and CpC231, isolated from sheep). Analysis of the predicted genomes showed high similarity in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genoma de C pseudotuberculosis; Análise de genoma; Ilhas de patogenicidade; Corynebacterium Pseudotuberculosis; Caseous lymphadenitis; Pathogenicity.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/914696
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Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2004
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8601
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2005
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9102
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Incorporação do Redmine como ferramenta de gestão dos processos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Repositório Alice
MORETTI, L.; FALCÃO, P. R. K..
O Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa Informática Agropecuária atua na área de análise de dados biológicos que requerem computação de alto desempenho, oferece treinamentos na área de bioinformática e fornece acesso a usuários internos e externos ao parque computacional. Para garantir a qualidade desses serviços, faz-se necessário mecanismos de controle e gestão.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Software Redmine; Gestão de processos; Gestão de laboratório; Laboratório Multiusuário de Bioinformática; Computer software.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009372
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Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Infoteca-e
FALCÃO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGHISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Modelagem molecular; Proteína; Heat shock; Proteínas celulares; Xylella fastidiosa.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1372
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Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Infoteca-e
GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3012
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3002
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Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Infoteca-e
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/2836
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VPRO - um identificador de padrões de seqüências. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
2007
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Programa VPRO.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/4362
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