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A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F..
Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genotyping-by-sequencing; GBLUP; Multi-environment trials; Perennial crops; Marker-assisted selection.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081803
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Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; CARBONETTO, P.; SLEPHENS, M.; FRANCO, A. A..
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção Genética; Seleção Genótipa; Coffea Canephora.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1123866
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Application of multi-environment bayesian models to study genotype-by-environment interaction in maize. Repositório Alice
DIAS, K. O. das. G.; PASTINA, M. M.; GUIMARAES, P. E. de O.; SANTOS, J. R. P. dos; KRAUSE, M. D.; FERRÃO, L. F. V.; GARCIA, A. A. F..
bitstream/item/167678/1/Application-multi-environment.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mehoramento genético vegetal.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080928
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
O capítulo apresenta uma discussão que inclui a caracterização de genótipos da coleção ativa de germoplasma de café da Embrapa Rondônia.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Variabilidade genética; Café conilon.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040700
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
s primeiros registros históricos sobre o café foram encontrados em um manuscrito no Iêmen, em 575. As primeiras descrições científicas da planta foram apresentadas em 1591 e 1592, pelo botânico veneziano Prospero Alpino, em suas obras De Medicina Aegyptiorum e De Plantis Aegypitii Liber. No entanto, coube a Antoine Jussieu, em sua obra Histoire Du Café, publicada em 1716, a primeira classificação botânica do cafeeiro como Jasminum arabicum. Posteriormente, em 1737, Carl Von Linné (Lineu) reclassificou a espécie, dando-lhe o nome de Coffea arabica (MARTINS, 2008). A nomenclatura da tribo Coffeeae foi originalmente proposta por De Candolle, em 1807. Em sua classificação, esta tribo era bastante abrangente e incluía um grande número de gêneros, muitos dos...
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Caracter morfologico; Café; Marcador molecular; Coffea canephora; Espécie; Coffea liberica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041502
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Infoteca-e
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
O capítulo apresenta uma discussão que inclui a caracterização de genótipos da coleção ativa de germoplasma de café da Embrapa Rondônia.
Tipo: Capítulo em livro técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Variabilidade genética; Café conilon; Caracter morfologico; Café; Coffea Canephora; Coffea liberica.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1048385
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Avaliação de clones de café conilon de maturação intermediária no sul do Estado do Espírito Santo. Repositório Alice
FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; TÓFANO, J. L.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; MENDONÇA, R. F. de; GUARÇONI, R. C.; FERRÃO, L. F. V..
A cafeicultura de conilon do Espírito Santo é uma das atividades mais importante na geração de renda e emprego no Estado. O objetivo do trabalho foi estudar a produtividade de 95 clones elites de café conilon de maturação intermediária, selecionados no norte do Estado, nas condições edafoclimáticas do sul do Espírito Santo. O trabalho foi conduzido na Fazenda Experimental de Bananal do Norte/Incaper, Cachoeiro de Itapemirim, ES. O delineamento experimental foi blocos casualizados com quatro repetições. A parcela experimental foi de cinco plantas. O espaçamento foi de 3,0 x 1,2 metros. O trabalho foi implantado em maio de 2004 e os resultados apresentados são de três colheitas. Os clones mais promissores com em três colheitas foram os 710/97, 24/93, 124/89,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Melhoramento genético; Variedade.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903675
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Avaliação de clones de café conilon de maturação tardia no sul do Estado do Espírito Santo. Repositório Alice
FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; TOFANO, J. L.; FONSECA, A. F. A. da; VOLPI, P. S.; VERDIN FILHO, A. C.; FERRÃO, L. F. V.; MENDONÇA, R. F. de; GUARÇONI, R. C..
O objetivo do trabalho foi estudar a variabilidade e a produtividade de 40 clones elites de café conilon de maturação tardia, selecionados no norte do Estado, nas condições edafoclimáticas do sul do Espírito Santo. O trabalho foi conduzido na Fazenda Experimental de Bananal do Norte/Incaper, Cachoeiro de Itapemirim, ES.O delineamento experimental foi blocos casualizados com quatro repetições. A parcela experimental foi de cinco plantas. O espaçamento foi de 3,0 x 1,2 metros. O trabalho foi implantado em 2004 e os resultados são de três colheitas. Verificou-se diferença significativa ao nível de 5% de probabilidade entre genótipos (G) e a interação de genótipos x anos (G x A). Esses resultados mostram a variabilidade entre clones e a necessidade de estudar...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Melhoramento genético; Variedade.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903682
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Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SOUZA, F. de F.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZABOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
The genetic variability characterization of the accessions of the germplasm collection, using molecular markers, is being applied as a complementary strategy to the traditional approaches to redefine the plant genetic resources. In this study, we compared the informativeness and efficiency of the molecular markers RAPD, AFLP and SSR in the analysis of 94 accessions of Coffea canephora germplasm held by the breeding program of the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Rondonia State, Brazil. For this, we considered the marker?s discriminatory power and level of polymorphism detected and also the genetic relationships and clustering (dendrogram) analysis. The RAPD marker yielded low-quality data and problems in the discrimination of some...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AFLP; SSR; RAPD; Genetic relationships; Robusta coffee; Café; Melhoramento genético; Coffee.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088232
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Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O germoplasma de café canéfora (Coffea canephora), cultivado comercialmente ou conservado nas instituições brasileiras de pesquisa agropecuária, apresenta ampla variabilidade fenotípica, todavia são escassos os estudos que comparam acessos de diferentes coleções. Assim, esse trabalho objetivou avaliar a diversidade genética do germoplasma de C. canephora oriundo de distintas instituições de pesquisa, usando marcadores microssatélites. Foram avaliados 128 acessos de C. canephora, conservados na Estação Experimental da Embrapa Rondônia, em Ouro Preto do Oeste-RO, provenientes dos Bancos de Germoplasma (BAGs) do lAC (43 acessos), EPAMIG/UFV (11 acessos), INCAPER (39 acessos) e de coletas em áreas de cultivo no próprio Estado (35 acessos). Acessos de C....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Melhoramento genético; Recursos genéticos; Germoplasma; Diversidade genética; Café canéfora; Marcadores microssatélites..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903149
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Estudo comparativo do nível de polimorfismo e informatividade acessado pelos marcadores RAPD, AFLP e SSR, no estabelecimento de relações genéticas em Coffea canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Em um programa de melhoramento, o estudo da diversidade genética em bancos de germoplasma (BAGs) é de primordial importância, principalmente no início, na definição de estratégias de ações. Com o advento dos marcadores baseados em DNA e da percepção das suas vantagens, tornou-se crucial o uso dessa técnica na complementação do acesso a diversidade genética, de forma a suplementar e refinar as classificações com base em marcadores morfológicos. Dessa forma, esse trabalho objetivou comparar o poder discriminatório e a eficiência dos marcadores moleculares RAPD, AFLP e SSR na estimativa das similaridades genéticas de 94 subamostras de Coffea canephora, mantidas no programa de melhoramento genético da Embrapa Rondônia. Para isso, os parâmetros níveis de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadores moleculares; DNA; Melhoramento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903998
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Mixed model to multiple havest-location trial applied to genomic prediction in Coffea canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F..
Genomic Selection (GS) has been studied in several crops with potential to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycle. Despite the relevance, there is a modest number of reports applied to the genus Coffea. Nevertheless, the effective implementation depends on the ability to consider genomic models that represent with adequate reliability the breeding scenario in which the specie are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented for evaluations in multiples sites and harvests (MET), in order to understand the interaction magnitude and predicting the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was investigate GS models that accommodate MET modeling. A expansion of the...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marker-assisted selection; Coffea canephora.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067269
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Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D..
This work aimed to characterize accessions that represent the C. canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. A total of 130 accessions from germplasm banks of IAC (São Paulo), UFV (Minas Gerais) and also collected in plantations of the State of Espírito Santo and Rondônia were evaluated with a set of 20 new microsatellite primers. Multivariate methods were used to estimate the relationship among the accessions. High level of polymorphism and two major diversity clusters were identified. First cluster was composed by the accessions conserved in the IAC and UFV collections and the second was formed by accessions collected in areas under cultivation. Accessions from Espírito Santo and Rondônia were clear separated, composing two subclusters....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Café Robusta; Diversidade genética; Marcadores microssatélites; Café; Melhoramento genético; Coffee.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/972757
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New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S..
Microsatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Brazilian Coffee Genome Project; Microsatellites; Coffea; Coffea arabica; Genetic markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040767
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Poda programada de ciclo para o café conilon. Repositório Alice
VERDIN FILHO, A. C.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; SILVEIRA, J. S. M.; VOLPI, P. S.; FONSECA, A. F. A. da; LANI, J. A.; MARTINS, A. G.; FERRÃO, L. F. V.; SILVEIRA, T. B..
2009
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Manejo de lavoura.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903685
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Population structure of potato breeding germplasm from Embrapa-Brazil assessed with single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Repositório Alice
CASTRO, C. M.; FERRÃO, L. F. V.; ROHR, A.; PINHEIRO, N. L.; PEREIRA, A. da S.; GARCIA, A. A. F..
bitstream/item/179057/1/Caroline-Castro-ABSTRACT-BOOK-WPC-ALAP-2018-1.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Potato.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1092833
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The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRAO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S..
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Codominant markers; Coffea canephora; Dominant markers Germplasm; SSR STRUCTURE; Café canéfora; Café conilon; Marcadores dominantes; Café; Marcador molecular; Diversidade genética; Coffee.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981805
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