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A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Repositório Alice
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S..
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Associação ampla do genoma; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar; BPSG; Cana de Açúcar; Genoma.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113513
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A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F..
Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genotyping-by-sequencing; GBLUP; Multi-environment trials; Perennial crops; Marker-assisted selection.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081803
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Application of multi-environment bayesian models to study genotype-by-environment interaction in maize. Repositório Alice
DIAS, K. O. das. G.; PASTINA, M. M.; GUIMARAES, P. E. de O.; SANTOS, J. R. P. dos; KRAUSE, M. D.; FERRÃO, L. F. V.; GARCIA, A. A. F..
bitstream/item/167678/1/Application-multi-environment.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mehoramento genético vegetal.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080928
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Base genética da correlação entre características de desempenho e de rendimento de carcaça no cromossomo 1 da galinha. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; GARCIA, A. A. F.; COUTINHO, L. L..
2011
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética; Carcaça; Cromossomo; Frango.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/914453
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Co-localization of QTL for root traits under low phosphorus availability with candidate genes homologues to PSTOL1 in maize. Repositório Alice
AZEVEDO, G. C.; CHEAVEGATTI-GIANOTTO, A.; NEGRI, B. F.; HUFNAGEL, B.; LANA, U. G. P.; SILVA, L. C.; MAGALHAES, J. V.; GARCIA, A. A. F.; SOUSA, S. M. de; GUIMARAES, C. T..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Gene; Fósforo; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977225
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Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. Repositório Alice
PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A..
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F2 criada a partir da autofecundação do híbrido F1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Melhoramento genético; Café; Melhoramento genético; Seleção assistida; Marcador molecular.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903744
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Development of single nucleotide polymorphisms (snp) markers for genetic map saturation of hexaploid urochloa humidicola. Repositório Alice
SOUZA, A. P.; MORAES, A. C. L.; LARA, L. A. C.; FERREIRA, R. C. U.; DÉO, T. G.; MARTIN, F. B.; VALLE, C. B.; GARCIA, A. A. F.; VIGNA, B. B. Z..
Large areas of Brazil are destined for the cultivation of pasture, where the purpose is to feed cattle. Among these, it stands out Urochloa humidicola (syn. Brachiaria humidicola), an apomictic polyploid species that tolerates waterlogged soils.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brachiaria Humidicola; Pastagem; Pastures; Pasture plants; Plant breeding.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115460
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Estimation of linkage disequilibrium on a Brazilian collection of sugarcane (Saccharum spp.) genotypes from AFLP, SSR and EST-SSR data. Repositório Alice
ROSA, J. R. B. F.; SILVA, R. R.; PASTINA, M. M.; BARRETO, F. Z.; BALSALOBRE, T. W. A.; SOUZA, A. P.; CARNEIRO, M. S.; GARCIA, A. A. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cana de açúcar; Genética; Poliploidia; Saccharum; Polyploids.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974190
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Estimativa da herdabilidade em sentido amplo de características de importância econômica em população comercial bi-parental de cana-de-açúcar. Repositório Alice
BALSALOBRE, T. W. A.; PEREIRA, G. da S.; ZAVAGLIA, L. P.; BARRETO, F. Z.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. de; HOFFMANN, H. P.; CARNEIRO, M. S..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cana de açúcar; Melhoramento genético vegetal; Saccharum.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974217
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Evidence of allopolyploidy in Urochloa humidicola based on cytological analysis and genetic linkage mapping. Repositório Alice
VIGNA, B. B. Z.; SANTOS, J. C. de S.; JUNGMANN, L.; VALLE, C. B. do; MOLLINARI, M.; PASTINA, M. M.; PAGLIARINI, M. S.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. de.
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cytological analysis; Genetic linkage mapping; Grass; Genoma; Grasses.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1060049
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Evidence of Allopolyploidy in Urochloa humidicola based on cytological analysis and genetic linkage mapping. Repositório Alice
VIGNA, B. B. Z.; SANTOS, J. C. S.; JUNGMANN, L.; VALLE, C. B. do; MOLLINARI, M.; PASTINA, M. M.; PAGLIARINI, M. S.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P..
The African species Urochloa humidicola (Rendle) Morrone & Zuloaga (syn. Brachiaria humidicola (Rendle) Schweick.) is an important perennial forage grass found throughout the tropics. This species is polyploid, ranging from tetra to nonaploid, and apomictic, which makes genetic studies challenging; therefore, the number of currently available genetic resources is limited. The genomic architecture and evolution of U. humidicola and the molecular markers linked to apomixis were investigated in a full-sib F1 population obtained by crossing the sexual accession H031 and the apomictic cultivar U. humidicola cv. BRS Tupi, both of which are hexaploid. A simple sequence repeat (SSR)-based linkage map was constructed for the species from 102 polymorphic and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mapeamento genético; Gene; Planta forrageira.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057798
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Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis. Repositório Alice
PERSEGUINI, J. M. C. K.; CHIORATTO, A. F.; ZUCCHI, M. I.; COLOMBO, C. A.; CARBONELL, S. A. M.; MONDEGO, J. M. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; CAMPOS, T. de; SOUZA, A. P. de; RUBIANO, L. B..
A wide array of molecular markers has been used to investigate the genetic diversity among common bean species. However, the best combination of markers for studying such diversity among common bean cultivars has yet to be determined. Few reports have examined the genetic diversity of the carioca bean, commercially one of the most important common beans in Brazil. In this study, we examined the usefulness of two molecular marker systems (simple sequence repeats - SSRs and amplified fragment length polymorphisms - AFLPs) for assessing the genetic diversity of carioca beans. The amount of information provided by Roger?s modified genetic distance was used to analyze SSR data and Jaccards similarity coefficient was used for AFLP data. Seventy SSRs were...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Feijão carioca; Melhoramento genético vegetal; Feijão; Phaseolus vulgaris; Variação genética; Marcador genético; Polimorfismo genético; Plant breeding; Beans; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Genetic polymorphism; Fitomejoramiento; Frijoles; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902577
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Genetic Mapping With Allele Dosage Information in Tetraploid Urochloa decumbens (Stapf) R. D. Webster Reveals Insights Into Spittlebug (Notozulia entreriana Berg) Resistance. Repositório Alice
FERREIRA, R. C. U.; LARA, L. A. de C.; CHIARI, L.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; VALERIO, J. R.; TORRES, F. Z. V.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. de.
Urochloa decumbens (Stapf) R. D. Webster is one of the most important African forage grasses in Brazilian beef production. Currently available genetic-genomic resources for this species are restricted mainly due to polyploidy and apomixis. Therefore, crucial genomic-molecular studies such as the construction of genetic maps and the mapping of quantitative trait loci (QTLs) are very challenging and consequently affect the advancement of molecular breeding. The objectives of this work were to (i) construct an integrated U. decumbens genetic map for a full-sibling progeny using GBS-based markers with allele dosage information, (ii) detect QTLs for spittlebug (Notozulia entreriana) resistance, and (iii) seek putative candidate genes involved in defense against...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Allele dosage; Linkage map; Signalgrass; SNP; Brachiaria; Polyploidy; Quantitative traits.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1106558
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Genome-wide association studies of anthracnose and angular leaf spot resistance in common bean (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
PERSEGUINI, J. M. K. C.; OBLESSUC, P. R.; ROSA, J. R. B. F.; GOMES, K. A.; CHIORATO, A. F.; CARBONELL, S. A. M.; GARCIA, A. A. F.; VIANELLO, R. P.; BENCHIMOL-REIS, L. L..
The common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the world?s most important legume for human consumption. Anthracnose (ANT; Colletotrichum lindemuthianum) and angular leaf spot (ALS; Pseudocercospora griseola) are complex diseases that cause major yield losses in common bean. Depending on the cultivar and environmental conditions, anthracnose and angular leaf spot infections can reduce crop yield drastically. This study aimed to estimate linkage disequilibrium levels and identify quantitative resistance loci (QRL) controlling resistance to both ANT and ALS diseases of 180 accessions of common bean using genomewide association analysis. A randomized complete block design with four replicates was performed for the ANT and ALS experiments, with four plants per...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Mancha foliar; Antracnose; Colletotrichum lindemuthianum; Genoma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076304
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Genomic Selection with Allele Dosage in Panicum maximum Jacq. Repositório Alice
LARA, L. A. de C.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; AMADEU, R. R.; SANTOS, J. P. R. dos; SILVA, F. G. da; ZENG, Z.-B.; GARCIA, A. A. F..
Genomic selection is an efficient approach to get shorter breeding cycles in recurrent selection programs and greater genetic gains with selection of superior individuals. Despite advances in genotyping techniques, genetic studies for polyploid species have been limited to a rough approximation of studies in diploid species. The major challenge is to distinguish the different types of heterozygotes present in polyploid populations. In this work, we evaluated different genomic prediction models applied to a recurrent selection population of 530 genotypes of Panicum maximum, an autotetraploid forage grass. We ,also investigated the effect of the allele dosage in the prediction, i.e., considering tetraploid (GS-TD) or diploid (GS-DD) allele dosage. A...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Plant breeding; Guinea; Genotyping; Polyploidy; Genomics; Prediction.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1117941
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Genotipagem por sequenciamento e dosagem alélica em Panicum maximum. Repositório Alice
LARA, L. A. de C.; CAVALCANTE, D. N. C.; DÉO, T. G.; SANTOS, M. F.; CHIARI, L.; JANK, L.; VILELA, M. de M.; ZENG, Z. B.; GARCIA, A. A. F..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pastagem tropical; Seleção genômica; Genotipagem; Panicum maximum.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066378
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Identification of QTLs controlling yield traits in sweet sorghum using genotyping by sequencing. Repositório Alice
PEREIRA, G. S.; SOUZA, V. F.; PARRELLA, R. A. da C.; DAMASCENO, C. M. B.; SIMEONE, M. L. F.; SCHAFFERT, R. E.; BRACONNIER, S.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; MAGALHAES, J. V..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética; Sorgo; Quantitative trait loci; Sorghum bicolor.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974195
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Improving phosphorus efficiency in sorghum by the identification and validation of sorghum. Repositório Alice
HUFNAGEL, B.; KOCHIAN, L.; AZEVEDO, G. C.; GUIMARAES, C. T.; SOUSA, S. M.; SCHAFFERT, R. E.; ASSIS, L.; NEGRI, B.; LEISER, W.; WEILTZIEN, E.; RATTUNDE, F.; VIANA, J. H.; GARCIA, A. A. F.; GAZAFFI, R.; WISSUWA, M.; HEUER, S.; MAGALHAES, J. V..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sorgo; Fósforo.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003452
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Inheritance of growth habit detected by genetic linkage analysis using microsatellites in the common bean (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
CAMPOS, T. de; OBLESSUC, P. R.; SFORÇA, D. A.; CARDOSO, J. M. K.; BARONI, R. M.; SOUSA, A. C. B. de; CARBONELL, S. A. M.; CHIORATTO, A. F.; GARCIA, A. A. F.; RUBIANO, L. B.; SOUZA, A. P. de.
The genetic linkage map for the common bean (Phaseolus vulgaris L.) is a valuable tool for breeding programs. Breeders provide new cultivars that meet the requirements of farmers and consumers, such as seed color, seed size, maturity, and growth habit. A genetic study was conducted to examine the genetics behind certain qualitative traits. Growth habit is usually described as a recessive trait inherited by a single gene, and there is no consensus about the position of the locus. The aim of this study was to develop a new genetic linkage map using genic and genomic microsatellite markers and three morphological traits: growth habit, flower color, and pod tip shape. A mapping population consisting of 380 recombinant F10 lines was generated from IAC-UNA ×...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Melhoramento genético vegetal; Feijão; Phaseolus vulgaris; Características agronômicas; Crescimento; Interação genética; Mapa; Marcador genético; Plant breeding; Beans; Agronomic traits; Growth habit; Chromosome mapping; Microsatellite repeats; Fitomejoramiento; Frijoles; Características agronómicas; Hábito de crecimiento; Mapeo de cromosomas; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902568
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Linkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis). Repositório Alice
SOUZA, L. M. de; SANTOS, L. H. B. dos; ROSA, J. R. B. F.; SILVA, C. C. da; MANTELLO, C. C.; CONSON, A. R. O.; SCALOPPI JUNIOR, E. J.; FIALHO, J. de F.; MORAES, M. L. T. de; GONÇALVES, P. de S.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; LE GUEN, V.; SOUZA, A. P. de.
Abstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seringueira; Hevea Brasiliensis; Comportamento de Variedade; População de Planta; Variação Genética.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1094508
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