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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969359
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988596
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A tecnologia de microarranjos na identificação de genes de interesse na bovinocultura. Infoteca-e
GIACHETTO, P. F..
Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Tecnologia de microarranjos de DNA; Expressão gênica; Bovinocultura; Microarray technology; Gene expression; Cattle.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885253
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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975703
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623
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Bioinformática aplicada à agricultura. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H..
Este capítulo tem por objetivo colocar o leitor a par do estado da arte das principais aplicações da bioinformática na agricultura, particularmente àquelas relacionadas ao melhoramento genético animal e vegetal, executadas no âmbito da Embrapa.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Melhoramento genético; Estudos de associação genômica ampla; Genome-Wide Association Studies; Polimorfismos de base única; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010705
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Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Doença de planta; Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Biotecnologia; Genômica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/898042
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Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Panama disease; Banana; Genomic analysis; Transcriptomic analysis; Doença de planta.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905765
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943643
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática; Eucalyptus; Carbon; Gene expression; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932788
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Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Repositório Alice
VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome; Aquicultura; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198
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Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; GIACHETTO, P. F..
O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de base única; Genotipagem; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/954566
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Copy number variation discovery in canchim cattle using data from SNP genotyping arrays. Repositório Alice
GONÇALVES, A. R.; PEREIRA, F. C. de P.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F..
Data from cattle genotyping using SNP arrays for genome-wide association studies, is widely available at Embrapa. The objective os this study was to use an open source tool, CNstream, for CNV identification from cattle genotyping using Illumina SNP arrays.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência genômica; Gado; Bioinformática; Nucleotide sequences; Single nucleotide polymorphism; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946491
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de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G..
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma; Bioinformatics; Sugarcane; Drought tolerance; Water stress; Transcriptomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1038946
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De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006398
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De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; CARVALHO, F. M. S.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. S.; CARLIN, S. D.; CAZETTA, J. O.; PINHEIRO, D. G.; FERRO, M. I. T..
ABSTRACT. Sugarcane production is strongly influenced by drought, which is a limiting factor for agricultural productivity in the world. In this study, the gene expression profiles obtained by de novo assembly of the leaf transcriptome of two sugarcane cultivars that differ in their physiological response to water deficit were evaluated by the RNA-Seq method: drought-tolerant cultivar (SP81-3250) and drought-sensitive cultivar (RB855453). For this purpose, plants were grown in a greenhouse for 60 days and were then submitted to three treatments: control (-0.01 to -0.015 MPa), moderate water deficit (-0.05 to -0.055 MPa), and severe water deficit (-0.075 to -0.08 MPa). The plants were evaluated 30, 60, and 90 days after the beginning of treatment....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Cana de açúcar; Deficiência hídrica; Sugarcane; Drought; Gene expression; Saccharum; Water stress.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082783
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bos indicus; Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte; Gado Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009575
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado Zebu; Gado de corte; Cattle; Dairy cattle; Bos indicus; Single nucleotide polymorphism; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007818
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos; Aquicultura; Aquaculture; Fish; Genomics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003702
Registros recuperados: 80
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