SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B.; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A.; AGUIAR, A. V.; GRATTAPAGLIA, D..

High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation, SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of the species. RNA-seq was a far superior source...

A cost-effective approach to DNA methylation detection by Methyl Sensitive DArT sequencing.

Palavras-chave: Araucária Angustifólia.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124676

PEREIRA, W. J.; PAPPAS, M. de C. R.; GRATTAPAGLIA, D.; PAPPAS JUNIOR, G. J..

bitstream/item/215602/1/journal.pone.0233800.pdf

A flexible multi-species genome-wide 60K SNP chip developed from pooled resequencing of 240 Eucalyptus tree genomes across 12 species.

Palavras-chave: DNA Sequencing; Epigenetic Inheritance; Genome; Transposons; Sulfites; Methylation; Genes; Genomics.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124582

SILVA JUNIOR, O. B. da; FARIA, D. A.; GRATTAPAGLIA, D..

2015

A genetic linkage map for a Full sib population of Eucalyptus grandis using SSR, DArT, CG-SSR and EST-SSR markers.

Palavras-chave: Myrtaceae; Pooled resequencing; Population structure; Single-nucleotide polymorphism (SNP) ascertainment bias; Trans-spe.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031208

GARCIA, M.; VILLALBA, P.; ACUÑA, C.; OBERSCHELP, J.; HARRAND, L.; SURENCISKI, M.; MARTÍNEZ, M.; PETROLI, C.; SANSALONI, C.; FARIA, D.; GRATTAPAGLIA, D.; POLTRI, S. M..

bitstream/item/183371/1/1753-6561-5-S7-P26.pdf

A genome-wide scan shows evidence for local adaptation in a widespread keystone Neotropical forest tree.

Palavras-chave: Eucalyptus Grandis.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/901711

COLLEVATTI, R. G.; NOVAES, E.; SILVA JUNIOR, O. B. da; VIEIRA, L. D.; LIMA-RIBEIRO, M. S.; GRATTAPAGLIA, D..

bitstream/item/199571/1/s41437-019-0188-0.pdf

A genotyping array of 3,400 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) advances the genetic analysis of the iconic tree Araucaria angustifolia, showing that the natural populations ar e more differentiated than previously reported.

Palavras-chave: Conservation genomics; Genetic variation.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110632

TANNO, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; GRATTAPAGLIA, D..

bitstream/item/207262/1/57009-p188.pdf

A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus.

Palavras-chave: Araucária Angustifólia.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113652

BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..

bitstream/item/178033/1/ID-27574-1.pdf

A novel genome-wide microsatellite resource for species of Eucalyptus with linkage-to-physical correspondence on the reference genome sequence.

Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188047

GRATTAPAGLIA, D.; MAMANI, E. M. C.; SILVA JUNIOR, O. B.; FARIA, D. A..

bitstream/item/137574/1/Grattapaglia-et-al-2015-Molecular-Ecology-Resources.pdf

A selected set of est-derived microsatellites, polymorphic and transferable across 6 species of eucalyptus.

Palavras-chave: Ancestry informative markers; Microsatellites; Simple sequence repeats; Eucalyptus Grandis; Eucalyptus globulus.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034895

FARIA, D. A. de; MAMANI, E. M. C.; PAPPAS, M. de C. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GRATTAPAGLIA, D..

bitstream/item/181849/1/esq024.pdf

Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing").

Palavras-chave: EST-SSR; Tropical trees; Eucalyptus.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/871624

Análise da herança de locos microsatélites marcados com fluorescência em sumaúma (Ceiba pentandra) e estimativa de fecundação cruzada em populações naturais.

LOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D..

2002

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Genoma; Eucalyptus grandis; Sequenciamento "shotgun"; Amostragem.

Ano: 2002

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/184624

MISSIAGGIA, A. A.; KIRST, M.; SILVEIRA, F. Q.; GAIOTTO, F. A.; BRONDANI, R. P. V.; GRIBEL, R.; GRATTAPAGLIA, D..

1999

Analise de distancia genetica entre clones de Eucalyptus: aplicacoes no melhoramento, mapeamento genetico e plantio operacional.

Palavras-chave: Caracterização biológica.

Ano: 1999

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/189042

COSTA E SILVA, C.; BERTOLUCCI, F.L.; GRATTAPAGLIA, D..

1996

Análise de genética populacional de duas espécies de palmito (Euterpe edulis E Euterpe oleracea) utilizando microssatélites.

Palavras-chave: Eucalyptus; Clone; Melhoramento; Mapeamento genetico; Plantio %% Breeding; Genetic mapping; Planting.

Ano: 1996

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/171473

Análise genética com RAPD e microssatélites indicam forte estruturação familiar na regeneração de Cedrela odorata em mata ciliar no cerrado.

SILVA, A. G.; GAIOTTO, F. A.; CIAMPI, A. Y.; GRATTAPAGLIA, D..

2000

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Ano: 2000

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/186761

SOARES, C. N.; GRATTAPAGLIA, D..

1999

Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics.

Palavras-chave: Caracterização biológica.

Ano: 1999

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/189043

PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.

bitstream/item/171614/1/apagar1.pdf

Applied coffee genomics: towards a GWS program.

Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphism; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247

CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..

In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).

Avaliação da diversidade genética do banco de germoplasma de pinhão-manso por marcadores moleculares.

Palavras-chave: Genômica; Café; Genomics; Coffea canephora.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979068

Infoteca-e

ROSADO. T. B.; LAVIOLA, B. G.; PAPPAS, M. de C. R.; BHERING, L. L.; QUIRINO, B. F.; GRATTAPAGLIA, D..

2009

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Jatropha curcas; Recursos genéticos; Agroenergia.

Ano: 2009

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/661513

Avaliação fenotípica de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon cultivada em altitude elevada, visando um programa de Seleção Genômica Ampla (SGA) em cafeeiro.

Breeding by genomic selection: capturing the missing heritability of complex traits in forest trees.

CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. de A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; ANDRADE, A. C..

Considerada a bebida não alcoólica mais popular e regularmente consumida por 40% da população, o café ocupa uma posição de destaque na economia sendo um dos mais importantes produtos de exportação mundial. Sua produção está sujeita a oscilações regulares devido ao ciclo bienal da planta, e também a fatores abióticos, como o estresse hídrico e altas temperaturas. Visando-se o estabelecimento de ferramentas de auxílio para se acelerar o melhoramento genético desta espécie, avanços significativos em genômica do cafeeiro têm ocorrido nos últimos anos. Como exemplo, pode-se citar a recente conclusão do sequenciamento do genoma completo de Coffea canephora, que servirá de referência para utilização em trabalhos avançados de genética molecular, aplicados...

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Caracterização fenotípica; Tolerância à seca; Coffea canephora; Produtividade.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976059

GRATTAPAGLIA, D.; RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; TAKAHASHI, E. K.; ZAMPROGNO, K. C.; KILIAN, A..

2011

Building resources for molecular breeding of Eucalyptus: the genolyptus project.

Palavras-chave: Melhoramente genético; Seleção genômica; Árvore.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/910742

GRATTAPAGLIA, D.; ALFENAS, A.; COELHO, A.; PAPPAS, G.; PASQUALI, G.; PEREIRA, G.; COLODETTE, J.; GLOMIDE, J. L.; BUENO, J.; CASCARDO, J.; BRONDANI, R.; BROMMONSCHENKEL, S..

bitstream/item/178291/1/ID-26015-1-354.pdf