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Análise filogenética do gene da miogenina. Repositório Alice
SCHIERHOLT, A. S.; FONSECA, I.; SILVA, P. V.; PAIVA, S. R.; CHAVES, L. C. S.; LOPES, P. S.; FARIA, D. A.; GUIMARÃES, S. E. F..
bitstream/item/178423/1/SP-19724-ID-31320.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Miogênese; Sequenciamento de DNA.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190992
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Aplicação de marcadores moleculares na conservação e melhoramento de um rebanho da raça Santa Inês. Repositório Alice
PAIVA, S. R.; PAIVA, D. A. de F.; SILVÉRIO, V. C.; McMANUS, C.; OLIVEIRA, A. A.; DERGAM, J. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; PEREIRA, M. S.; EGITO, A. A. do; AZEVEDO, H. C. A.; LOBO, R. N. B.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; CASTRO, S. R.; MARIANTE, A. da S..
0 objetivo deste trabalho foi caracterizar a distribuiçao da variabilidade genetica dentro de um Nucleo de Conservaçao da raça Santa Ines a partir do usa de marcadores moleculares. Foram utilizados 17 locos em 191 individuos do rebanho de Santa Ines da Embrapa Tabuleiros Costeiros, Sergipe. Os resultados obtidos mostraram que existe variabilidade genetica significativa existente dentro do nucleo com valores de Heterezigosidade media observada de 0,702 e de conteudo de informaçao polimorfica (PIC) de 0,704. Outras analises intrapopulacionais mostraram que 29% dos locos analisados nao estao em Equilfbrio de Hardy-Weinberg (p<0,01) e apresentaram excesso de homozigotos (p<0,05). A partir do fndice de proporçao de alelos compartilhados entre todos os...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ovino; Melhoramento genético animal; Biologia molecular; Marcador molecular; Variabilidade genética; Microssatélite; Conservação.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/531812
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Association between G316A growth hormone polymorphism and economic traits in pigs. Repositório Alice
FARIA, D. A. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S.; PIRES, A. V.; PAIVA, S. R.; SOLLERO, B. P.; WENCESLAU, A. A..
bitstream/item/178037/1/ID-27620-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genes candidatos; Divergent cross; Interação sexo genotipo; Marcador Molecular; Suíno.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187925
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Association between insulin-like growth factor I (IGF-I) microsatellite polymorphisms and important economic traits in pigs. Repositório Alice
FARIA, D. de A.; PEIXOTO, J. de O.; LOPES, P. S.; PAIVA, S. R.; SILVA, P. V.; GUIMARÃES, S. E. F..
bitstream/item/178619/1/SP-19911-ID-32668.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Divergent cross; Microsatellite marker; Cruzamentos divergentes; Marcadores microssatélites; Suíno; Quantitative traits; Swine.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/852898
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Comparison of dimensionality reduction methods to predict genomic breeding values for carcass traits in pigs. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GLÓRIA, L. S..
A significant contribution of molecular genetics is the direct use of DNA information to identify genetically superior individuals. With this approach, genome-wide selection (GWS) can be used for this purpose. GWS consists of analyzing a large number of single nucleotide polymorphism markers widely distributed in the genome; however, because the number of markers is much larger than the number of genotyped individuals, and such markers are highly correlated, special statistical methods are widely required. Among these methods, independent component regression, principal component regression, partial least squares, and partial principal components stand out. Thus, the aim of this study was to propose an application of the methods of dimensionality reduction...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Quadrados mínimos parciais; Componente de regressão independente; Componente principal de regressão; Componente principal parcial; Partial least squares; Independent component regression; Principal component regression; Partial principal component.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1030362
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Descrição de cinco loci de microsatélite em uma população de caprinos da raça Alpina e sua utilização em testes de confirmação de paternidade em casos onde o genótipo materno é ou não informado. Repositório Alice
ARAÚJO, A. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; COLUMBIANO, V. S.; TEIXEIRA, M. R.; LOPES, P. S..
2003
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino Raça Alpina; Melhoramento animal; Poliformismo genético; DNA; Teste de paternidade; Microsatélite loci.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/531263
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Diversidade genética em uma população da raça naturalizada Moxotó no Brasil. Repositório Alice
ARAÚJO, A. M. de; GUIMARÃES, S. E. F.; MACHADO, T. M. M.; SILVA, F. L. R. da; FONSECA, C. G. da; LOPES, P. S.; MENDONÇA, P. T.; COLUMBIANO, V. S..
2004
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino; Distância euclidiana; Diversidade genética; Marcador genético; Recurso genético.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534248
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Estimating additive and dominance variances for complex traits in pigs combining genomic and pedigree information. Repositório Alice
COSTA, E. V.; DINIZ, D. B.; VERONEZE, R.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S..
Knowledge of dominance effects should improve genetic evaluations, provide the accurate selection of purebred animals, and enable better breeding strategies, including the exploitation of heterosis in crossbreeds. In this study, we combined genomic and pedigree data to study the relative importance of additive and dominance genetic variation in growth and carcass traits in an F2 pig population. Two GBLUP models were used, a model without a polygenic effect (ADM) and a model with a polygenic effect (ADMP). Additive effects played a greater role in the control of growth and carcass traits than did dominance effects. However, dominance effects were important for all traits, particularly in backfat thickness. The narrow-sense and broad-sense heritability...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; Seleção genômica ampla; Métodos de seleção; Herdabilidade; Dominance; Genetic parameters; Polygenic effect; Piau pigs.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1021860
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Estrutura genética de cinco raças naturalizadas e comerciais de suínos do Brasil. Repositório Alice
SOLLERO, B. P.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; EGITO, A. A.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; CASTRO, S. T. R.; MURATA, L. S.; MARIANTE, A. S..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Recursos genéticos; Caracterização.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187686
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Expressão gênica da proteína de choque térmico (HSP70) no fígado de frangos de corte submetidos ou não a estresse térmico agudo. Repositório Alice
VILLAÇA, C. L. P. B.; BOTELHO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; GUIMARÃES, S. E. F..
Resumo: Avaliou-se a expressão do gene hsp70 no fígado de frangos de corte Cobb machos submetidos ou não ao estresse térmico no final das fases de crescimento (21 dias) e final (42 dias). O estudo consistiu de duas experiências: a primeira envolveu 60 frangos de corte mantidos a 27oC durante 20 dias, em seguida 30 frangos de corte foram submetidos a 38oC durante 24 horas; O segundo envolveu 60 frangos de corte mantidos a 27oC por 20 dias, depois transferidos para 19oC até completarem 41 dias de idade e em seguida 30 frangos de corte foram expostos a 38oC por 24 horas. Os frangos de corte tiveram a melhor eficiência homeotérmica aos 21 dias de idade, pois somente aos 42 dias o frango aumentou significativamente a expressão de hsp70. Os dados sugerem que...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Frango de corte.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077718
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Expressed sequenced tags profiling of resistant and susceptible Gyr x Holstein cattle infested with the tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
NASCIMENTO, C.S.; MACHADO, M. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F.; PEIXOTO, J. de O.; FURLONG, J.; PRATA, M. C. de A.; VERNEQUE, R. da S.; TEODORO, R. L.; LOPES, P. S..
Tick resistance in cattle is mainly found in zebu (Bos indicus) animals, although it is also present in some taurine (B. taurus) breeds. In order to characterize functional genes involved in tick resistance/susceptibility in cattle, two cDNA libraries were generated using skin tissues of selected Holstein x Gyr animals. A total of 2700 high-quality reads from both resistant and susceptible cDNA were assembled into 458 sequences (contigs) and 834 singletons, with a mean size of 447.7 nucleotides. Assignment of homologous proteins by BLASTX revealed 790 (61.1%) and 300 (23.2%) hits in resistant and susceptible cDNA, respectively; 121 of these hits matched bovine proteins. A total of 502 (38.9%) unique sequences were found to have no significant homology with...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genética; Bovino.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/919920
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Expression profile of genes associated with mastitis in dairy cattle. Repositório Alice
FONSECA, I.; SILVA, P. V.; LANGE, C. C.; GUIMARAES, M. F. M.; WELLER, M. M. D. C. A.; SOUSA, K. R. S.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, J. D.; GUIMARÃES, S. E. F..
2009
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cytokine; Gene expression; Immune response; Real-time PCR.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/697368
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Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. Repositório Alice
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S..
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome enabled prediction; SNP effects; Melhoramento genético animal; Análise multivariada; Estatística; Seleção genética; Animal breeding; Multivariate analysis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047516
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Frequência alélica do gene da aromatase (Cyp19) em ovinos Santa Inês. Repositório Alice
LOBO, A. M. B. O.; GUIMARÃES, S. E. F.; LÔBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; LOPES, M. S..
2009
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ovino; Raça Santa Inês; Melhoramento genético animal; Reprodução animal; Cyp19; Crescimento; Aromatase; Hormônio de crescimento; Característica reprodutiva; Polimorfismo genetico.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/530867
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Gene expression profile in zebu dairy cows (Bos taurus indicus) with mastitis caused by Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
FONSECA, I.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; BRANDAO, H. de M.; BRITO, M. A. V. P. e; FERREIRA, M. B. D.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F..
Mastitis is an inflammatory response in the mammary gland caused by an influx of somatic cells, composed mainly of neutrophils, macrophages and lymphocytes. The speed and efficacy of the host?s immune response to the invasive pathogen affects the establishment, persistence and severity of the infection. To characterize the gene expression and response mechanism to infection by Streptococcus agalactiae (S. agalactiae) in zebu dairy cows of the Gyr breed, we carried out a transcriptome study of the cells present in the milk from 17 animals.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mamite; Gado leiteiro; Gado zebu; Glândula mamária.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1024996
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Genetic diversity in naturalized and commercial pig breeds in Brazil. Repositório Alice
SOLLERO, B. P.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; BERTRANI, G. R.; MAMANI, E.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; CASTRO, S. T. R.; GERMANO, J. L.; MARIANTE, A. S..
bitstream/item/178307/1/ID-27565-1-f-.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Raça naturalizada; Raça comercial; Diversidade genética; Brasil; Suíno.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188057
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Genetic variability among brazilian sheep using microsatellites. Repositório Alice
PAIVA, S. R.; FARIA, D. A.; SILVÉRIO, V. C.; MCMANUS, C.; EGITO, A. A.; DERGAM, J. A.; GUIMARÃES, S. E. F.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; MARIANTE, A. S..
bitstream/item/178496/1/ID-25664.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Recursos genéticos animais; Genética da conservação; Microssatélites; Ovino; Ovis Aries.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186171
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F..
Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069719
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Genome wide scan for quantitative trait loci affecting tick resistance in cattle (Bos taurus x Bos indicus). Repositório Alice
MACHADO, M. A.; AZEVEDO, A. L. S.; TEODORO, R. L.; PIRES, M. de F. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; FREITAS, C. de; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; SILVA, M. V. G. B.; GUIMARÃES, S. E. F.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GASPARIN, G.; VERNEQUE, R. da S..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cattle - resistance - tick.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/881086
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Genomic growth curves of an outbred pig population. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; ROCHA, G. S.; DUARTE, D. A. S.; LOPES, P. S.; BRUSTOLIN, O. J. B.; THUS, S.; VIANA, J. M. S.; GUIMARÃES, S. E. F..
In the current post-genomic era, the genetic basis of pig growth can be understood by assessing SNP marker effects and genomic breeding values (GEBV) based on estimates of these growth curve parameters as phenotypes. Although various statistical methods, such as random regression (RR-BLUP) and Bayesian LASSO (BL), have been applied to genomic selection (GS), none of these has yet been used in a growth curve approach. In this work, we compared the accuracies of RR-BLUP and BL using empirical weight-age data from an outbred F2 (Brazilian Piau X commercial) population. The phenotypes were determined by parameter estimates using a nonlinear logistic regression model and the halothane gene was considered as a marker for evaluating the assumptions of the GS...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; Curva de crescimento; Porco.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/983083
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