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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Análise de uso de padrões de metadados em projetos de pesquisa e desenvolvimento na Embrapa Informática Agropecuária. Infoteca-e
MACÁRIO, C. G. N.; SPERANZA, E. A.; PIEROZZI JÚNIOR, I.; QUEIRÓS, L. R.; VISOLI, M. C.; HIGA, R. H.; MASSRUHÁ, S. M. F. S..
A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) produz uma grande quantidade de dados como resultado das pesquisa que realiza. Os dados gerados abrangem diferentes domínios: solos, clima, coleções, dados de animais, dados bibliográficos, entre outros. Muitas vezes os projetos trocam ou reúsam a informação produzidas. Apesar disso, muitos deles ainda são armazenados de diferentes formas e usando diferentes formatos, como planilhas, sistemas de banco de dados, papel, entre outros. A necessidade ou possibilidade de integração/compartilhamento de informação entre esses sistemas ou mesmo com outras instituições de pesquisa, desencadeou ações para a incorporação de novas estruturas e conceitos aos sistemas desenvolvidos, no sentido de facilitar a...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Metadados; Interoperabilidade; Padrões de metadados; Metadata; Interoperability; Metadata standard.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920501
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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069
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AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1009333
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643
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Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF) para suporte a estudos de associação genômica ampla e seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento complementa os trabalhos previamente desenvolvidos, apresentando um modelo de dados para armazenamento de dados de genótipos, fenótipos e pedigree de animais de interesse agropecuário para suporte tanto a experimentos de GWAS quanto a programas de melhoramento genético animal, Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos(BDGF).
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Associação genômica; Genome-wide association studies.; Genótipo; Fenótipo; Melhoramento Animal.; Genotype; Phenotype; Genetic improvement.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1022327
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Banco de dados de genótipos para suporte à seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; DIAS, V. F.; CORREA, J. L.; OLIVEIRA, G. B. de.
Escopo. Modelo de dados. Descrição de genótipos. Descrição das tabelas. Entrada e saída de dados. Análise de desempenho. Análise de desempenho.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético; Genótipos; Banco de dados; Genotype; Genetic improvement.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/980977
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8640
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
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Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Curvatura da superfície; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8642
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Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST. Infoteca-e
HIGA, R. H..
O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.
Tipo: Séries anteriores (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmo; Banco de dados; Parâmetros; BLAS; Basic Local Alignment Search Tool.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8302
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Eutils-search - manual do usuário. Infoteca-e
HIGA, R. H.; YASUDA, R. S..
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de textos; Software.; Biologia Molecular; Biotecnologia.; Biotechnology; Information retrieval..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883643
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Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário. Infoteca-e
TANAKA, R. S.; HIGA, R. H..
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de texto; Text mining; Software.; Biotecnologia.; Biologia Molecular; Biotechnology; Molecular biology..
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920856
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633
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Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10613/1/comtec61.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8601
Registros recuperados: 35
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