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Association mapping and genomic selection for sorghum adaptation to tropical soils of Brazil in a sorghum multiparental random mating population. Repositório Alice
BERNARDINO, K. C.; MENEZES, C. B. de; SOUSA, S. M. de; GUIMARÃES, C. T.; CARNEIRO, P. C. S.; SCHAFFERT, R. E.; KOCHIAN, L. V.; HUFNAGEL, B.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de.
Tropical soils where low phosphorus (P) and aluminum (Al) toxicity limit sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] production are widespread in the developing world. We report on BRP13R, a multiparental random mating population (MPRMP), which is commonly used in sorghum recurrent selection targeting tropical soil adaptation. Recombination dissipated much of BRP13R?s likely original population structure and average linkage disequilibrium (LD) persisted up to 2.5 Mb, establishing BRP13R as a middle ground between biparental populations and sorghum association panels. Genome-wide association mapping (GWAS) identifed conserved QTL from previous studies, such as for root morphology and grain yield under low-P, and indicated the importance of dominance in the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção genômica; Sorgo; Genética Vegetal; Gene; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125512
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Cloning and in silico characterization of phosphorus starvation tolerance in sorghum. Repositório Alice
BARROS, B. A.; HUFNAGEL, B.; SILVA, L. M.; MAGALHAES, J. V..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fósforo; Sorgo; Genética; Clonagem.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029263
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Co-localization of QTL for root traits under low phosphorus availability with candidate genes homologues to PSTOL1 in maize. Repositório Alice
AZEVEDO, G. C.; CHEAVEGATTI-GIANOTTO, A.; NEGRI, B. F.; HUFNAGEL, B.; LANA, U. G. P.; SILVA, L. C.; MAGALHAES, J. V.; GARCIA, A. A. F.; SOUSA, S. M. de; GUIMARAES, C. T..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Gene; Fósforo; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977225
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Enhancing phosphorus efficiency in maize and sorghum. Repositório Alice
SOUSA, S. M. de; HUFNAGEL, B.; AZEVEDO, G. C.; LOPES, S. M.; NEGRI, B. F.; LANA, U. G. P.; BARROS, B. A.; ALVES, M. C.; CARNEIRO, A. A.; GUIMARÃES, C. T.; MAGALHAES, J. V..
bitstream/item/175389/1/Enhancing-phosphorus.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética; Fósforo.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1090516
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Exploiting sorghum genetic diversity for enhanced aluminum tolerance: allele mining based on the AltSB locus. Repositório Alice
HUFNAGEL, B.; GUIMARÃES, C. T.; CRAFT, E. J.; SHAFF, J. E.; SCHAFFERT, R. E.; KOCHIAN, L. V.; MAGALHAES, J. V..
Root damage due to aluminum (Al) toxicity restricts crop production on acidic soils, which are extensive in the tropics. The sorghum root Al-activated citrate transporter, SbMATE, underlies the Al tolerance locus, AltSB, and increases grain yield under Al toxicity. Here, AltSB loci associated with Al tolerance were converted into Amplification Refractory Mutation System (ARMS) markers, which are cost effective and easy to use. A DNA pooling strategy allowed us to identify accessions harboring rare favorable AltSB alleles in three germplasm sets while greatly reducing genotyping needs. Population structure analysis revealed that favorable AltSB alleles are predominantly found in subpopulations enriched with guinea sorghums, supporting a possible Western...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Tolerância; Toxicidade; Alumínio; Germoplasma; Marcador Genético; Sorgo.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093494
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Improving phosphorus efficiency in sorghum by the identification and validation of sorghum. Repositório Alice
HUFNAGEL, B.; KOCHIAN, L.; AZEVEDO, G. C.; GUIMARAES, C. T.; SOUSA, S. M.; SCHAFFERT, R. E.; ASSIS, L.; NEGRI, B.; LEISER, W.; WEILTZIEN, E.; RATTUNDE, F.; VIANA, J. H.; GARCIA, A. A. F.; GAZAFFI, R.; WISSUWA, M.; HEUER, S.; MAGALHAES, J. V..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sorgo; Fósforo.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003452
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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880494
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Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem Repositório Alice
ALVARENGA, S.M.; CAIXETA, E.T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; MACIEL-ZAMBOLIM, E.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N.S.
O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares relacionados à resistência do cafeeiro (Coffea arabica) à ferrugem (Hemileia vastatrix). Foram identificadas sequências de DNA potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças, por meio de análise "in silico", a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. A partir das sequências mineradas, foram desenhados 59 pares de iniciadores para amplificá-las. Os 59 iniciadores foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Vinte e sete iniciadores resultaram em bandas únicas e bem definidas, enquanto um deles amplificou fragmento de DNA em todos os cafeeiros resistentes, mas não nos suscetíveis. Esse marcador molecular polimórfico...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Bioinformática; EST-PCR; Genes de resistência; Mineração de dados. bioinformatics; E.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908421
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Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares relacionados à resistência do cafeeiro (Coffea arabica) à ferrugem (Hemileia vastatrix). Foram identificadas sequências de DNA potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças, por meio de análise ?in silico?, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. A partir das sequências mineradas, foram desenhados 59 pares de iniciadores para amplificá‑las. Os 59 iniciadores foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Vinte e sete iniciadores resultaram em bandas únicas e bem definidas, enquanto um deles amplificou fragmento de DNA em todos os cafeeiros resistentes, mas não nos suscetíveis. Esse marcador molecular...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Bioinformática; EST-PCR; Genes de resistência; Mineração de ados.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904175
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Morphological characterization of two sorghum diversity panels grown in nutrient solution with low phosphorus. Repositório Alice
NEGRI, B. F.; RIBEIRO, C. A. G.; HUFNAGEL, B.; GUIMARAES, C. T.; MAGALHAES, J. V.; SOUSA, S. M. de.
bitstream/item/166141/1/Morphological-characterization.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fósforo; Raiz; Sorgo.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078926
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Phenotyping is essential to enhance phosphorus efficiency in maize and sorghum. Repositório Alice
SOUSA, S. M. de; HUFNAGEL, B.; AZEVEDO , G. C.; GUIMARAES, C. T.; MAGALHAES, J. V..
bitstream/item/166142/1/Phenotyping-essential.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Solução nutritiva; Fósforo; Sorgo.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078928
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The relationship between population structure and aluminum tolerance in cultivated sorghum. Repositório Alice
CANIATO, F. F.; GUIMARAES, C. T.; HAMBLIN, M.; BILLOT, C.; RAMI, J.-F.; HUFNAGEL, B.; KOCHIAN, L. V.; LIU, J.; GARCIA, A. A. F.; HASH, C. T.; RAMU, P.; MITCHELL, S.; KRESIVICH, S.; OLIVEIRA, A. C. de; AVELLAR, G. de; BORÉM, A.; GLASZMANN, J.-C.; SCHAFFERT, R. E.; MAGALHAES, J. V..
Background: Acid soils comprise up to 50% of the world?s arable lands and in these areas aluminum (Al) toxicity impairs root growth, strongly limiting crop yield. Food security is thereby compromised in many developing countries located in tropical and subtropical regions worldwide. In sorghum, SbMATE, an Al-activated citrate transporter, underlies the AltSB locus on chromosome 3 and confers Al tolerance via Al-activated root citrate release. Methodology: Population structure was studied in 254 sorghum accessions representative of the diversity present in cultivated sorghums. Al tolerance was assessed as the degree of root growth inhibition in nutrient solution containing Al. A genetic analysis based on markers flanking AltSB and SbMATE expression was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sorgo.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894831
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