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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases Genet. Mol. Biol.
Alvarenga,Samuel Mazzinghy; Caixeta,Eveline Teixeira; Hufnagel,Bárbara; Thiebaut,Flávia; Maciel-Zambolim,Eunize; Zambolimand,Laércio; Sakiyama,Ney Sussumu.
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; In silico; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000400031
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Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem PAB
Alvarenga,Samuel Mazzinghy; Caixeta,Eveline Teixeira; Hufnagel,Bárbara; Thiebaut,Flávia; Maciel-Zambolim,Eunize; Zambolim,Laércio; Sakiyama,Ney Sussumu.
O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares relacionados à resistência do cafeeiro (Coffea arabica) à ferrugem (Hemileia vastatrix). Foram identificadas sequências de DNA potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças, por meio de análise "in silico", a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. A partir das sequências mineradas, foram desenhados 59 pares de iniciadores para amplificá-las. Os 59 iniciadores foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Vinte e sete iniciadores resultaram em bandas únicas e bem definidas, enquanto um deles amplificou fragmento de DNA em todos os cafeeiros resistentes, mas não nos suscetíveis. Esse marcador molecular polimórfico...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Bioinformática; EST-PCR; Genes de resistência; Mineração de dados.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000800015
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