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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Condronecrose bacteriana com osteomielite (BCO): um problema subestimado na avicultura de corte. Infoteca-e
PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C..
A Embrapa Suínos e Aves, em uma de suas linhas de pesquisa, vem desenvolvendo estudos em genômica com foco em problemas locomotores, tanto em aves como em suínos. Em aves, a variação genética normal de características de integridade óssea e os fatores genéticos associados à BCO estão sendo investigados.
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Problemas locomotores; Gênomica; Frango de corte; Melhoramento genético animal; Broiler chickens; Livestock breeding; Breeding and Genetic Improvement; Animal genetics.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1031511
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Estudo da prevalência e do nível de infecção por Babesia bovis e Babesia bigemina em bovinos da raça Angus, Nelore e cruzados, criados em áreas Indêmicas do Estado de São Paulo. Infoteca-e
OLIVEIRA, M. C. de S.; BILHASSI, T. B.; GIGLIOTI, R; IBELLI, A. M. G.; MALAGO JUNIOR, W.; OLIVEIRA, H. N. de.
bitstream/item/123374/1/Boletim372104.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudo.; Babesia Bigemina; Babesia Bovis; Gado de Corte; Infecção..
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1014967
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Genes associados à necrose da cabeça do fêmur em frangos de corte. Infoteca-e
PETRY, B.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C..
bitstream/item/159864/1/final8527.pdf
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Gene; Frango de corte; Carcaça; Fêmur.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1069596
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Hérnia umbilical: um problema persistente na suinocultura. Infoteca-e
SAVOLDI, I. R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C..
bitstream/item/216819/1/final9422.pdf
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Hérnia umbilical; Suinocultura; Hérnia; Umbigo.
Ano: 2020 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1125664
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Miopatias peitorais em frangos de corte: um problema progressivo na avicultura. Infoteca-e
PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; LEDUR, M. C..
Devido às grandes perdas acarretadas, a indústria precisa investir em diferentes alternativas para solucionar estes problemas. Diversas abordagens têm sido realizadas na tentativa de encontrar uma forma de reduzir a incidência de miopatias em frangos de corte através de manejo, nutrição e mudanças nas estratégias de crescimento das aves.
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Frango de corte; Miopatia; Doença muscular.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1061788
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Otimização e validação do diagnóstico molecular da resistência a pesticidas piretroides em populações brasileiras da mosca-dos-chifres. Infoteca-e
BRITO, L. G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; BARBIERI, F. da S.; IBELLI, A. M. G.; SILVA, I. F. da; SANTOS, A. P. L. dos; SILVA, R. R. da; GUERRERO, F..
A fim de validar a aplicabilidade de utilização das sequências nucleotídicas diagnósticas identificadas para as populações brasileiras da mosca-dos-chifres, análises fenotípicas da resistência a piretroides foram realizadas para a triagem de espécimes resistentes ao pesticida, os quais posteriormente foram submetidos à análises moleculares a fim de caracterizar a presença das mutações tipo kdr e skdr nas populações brasileiras de H. irritans.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Mosca-dos-chifres; Knockdown resistance; Resistência a inseticida.; Haematobia Irritans..
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1013353
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