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An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
Coffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nitrogen transport; Differential gene expression; RNA-seq; MicroRNA.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108713
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Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenos; Cafestol; Caveol; Cyt P450.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880428
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Biochemical and molecular analysis of Coffea arabica to identify candidate genes related to diterpenes biosynthesis. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; BOHLMANN, J.
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coffea arabica; Biosynthesis.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040196
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Expressão genética; Café; Composto químico; Lipidio; Biossíntese; Coffea arabica; Gene; Gene expression; High performance liquid chromatography; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068512
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L . Repositório Alice
SANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; CHARMETANT, P.; LEROY, T..
Lipids, including the diterpenes cafestol and kahweol, are key compounds that contribute to the quality of coffee beverages. We determined total lipid content and cafestol and kahweol concentrations in green beans and genotyped 107 Coffea arabica accessions, including wild genotypes from the historical FAO collection from Ethiopia. A genome-wide association study was performed to identify genomic regions associated with lipid, cafestol and kahweol contents and cafestol/kahweol ratio. Using the diploid Coffea canephora genome as a reference, we identified 6,696 SNPs. Population structure analyses suggested the presence of two to three groups (K = 2 and K = 3) corresponding to the east and west sides of the Great Rift Valley and an additional group formed by...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Quality of coffee beverages; Lipids; Green beans; Genomics; Genome.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108734
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Identificação e caracterização de genes relacionados à biossíntese de ácidos clorogênicos em Coffea arabica L. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; SANTOS, T. B. dos; PEREIRA, L. F. P..
O Brasil é o maior produtor e exportador de café no cenário mundial , a lém de ser o segundo maior mercado consumidor da bebida, atrás apenas dos Estados Unidos. Pesquisas estão em desenvolvimento para aumentar o conhecimento genético de cafeeiros relacionada com a qualidade do produto. A qualidade da bebida é diretamente influenciada pelos compostos químicos presentes no grão de café, como por exemplo, ácidos clorogênicos (CGAs) que são relacionados à adstringência da bebida. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos associados a produção dos CGAs, os objetivos deste trabalho são: i) identifica rdosgenes da viade biossíntese dos CGAs; ii) caracterizar o perfil transcricional in silico para alguns genes candidatos. Neste estudo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; Atividade transcricional; Ácido clrogênico; Qualidade da bebida; Coffee; Transcriptional activity; Chlorogenic acids and beverage quality.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040019
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Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACS. Repositório Alice
SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
O café é uma das principais commodities agrícolas mundiais, sendo consumido regularmente por 40% de toda população. As espécies, Coffea arabica L. e Coffea canephora P. são as de maior importância respondendo por 65% e 35% da produção mundial, respectivamente. Em C. arabica , o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos para finalização dos trabalhos. Além disso, estreita base genética de C. arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a várias pragas e doenças, assim como uma maior tolerância a estresses abióticos. A utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas. Neste...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcador SSR; Análise in silico; RNA-seq; Cromossomo artificial de bactéria.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975072
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Identification of the transcriptionally active cytochrome P450 repertoire in Coffea arabica. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Cytochrome P450s (P450s) comprise a gene superfamily encoding enzymes that are involved in diverse plant metabolic pathways that produce primary and secondary metabolites such as phenylpropanoids, terpenoids, nitrogen-containing compounds, and plant hormones. They comprise one of the most diverse gene families in plant evolution. Although there are many studies that aim to characterize P450s in plants, there is no report on the characterization of this superfamily in Coffea arabica, where they might be related to plant tolerance to biotic and abiotic stresses, as well as aroma-related compounds. In this study, we report the characterization and annotation of 87 putative P450s from C. arabica obtained from the Brazilian Coffee Genome Project and describe...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressed sequence tags (ESTs); Candidate genes; Coffea arábica; Cytochrome P-450; Transcriptome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039979
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In silico analysis of cytochrome p450 genes involved in the metabolism of diterpenes in Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; ANDRADE, D. S.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2011
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenes; Cafestol; Kahweol; Cyt P450.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902474
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Molecular and metabolite analyses of Coffea arabica L. fruits to identify candidate genes for diterpene biosynthesis. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; BOHLMANN, J..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffee.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040043
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Polimorfismos nucleotidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. Repositório Alice
LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D..
A compreensão das bases genéticas da composição química do grão de café é indispensável para a gestão dos programas de melhoramento que têm como objetivo a qualidade da bebida. O desenvolvimento da genômica permite hoje a identificação de genes candidatos que são potencialmente envolvidos nessas características. Entretanto, a utilização destas novas ferramentas para o melhoramento depende da capacidade de identificar dentro de todos esses candidatos,, os que controlam a variabilidade das características entre genótipos. Essa identificação envolve o teste das relações entre os polimorfismos dos genes e a variabilidade fenotípica. A avaliação da diversidade nucleotídica pode ser feita de duas maneiras: usando as informações disponíveis nos bancos de dados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade nucleotídica; Análise in silico; Banco ESTs; Sacarose; Diterpenos.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906376
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Transcriptoma de frutos de Coffea arabica L. ao longo do seu desenvolvimento inicial. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; CARAZZOLLE, M. F.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Neste trabalho foi realizado o seqüenciamento de RNA em larga escala de 12 bibliotecas de Coffea arabica cv. IAPAR59: folha, flor, frutos ao longo do seu desenvolvimento e frutos tratados com o indutor de metabolismo secundário metiljasmonato. Foram gerados no total 84.798.835 sequências (Illumina, HiSeq2000), que foram montadas em 127.600 contigs com tamanho médio de 1264bp, dos quais 65480 foram considerados como variantes de splicing únicos (unigenes). Neste trabalho, reportamos a montagem de novo do transcriptoma realizada com as sequências destas bibliotecas e os dados preliminares de anotação funcional e categorização. Trata-se do primeiro trabalho de sequenciamento Illumina com frutos de cafeeiro, que pode trazer importantes informações sobre genes...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-Seq; Transcriptoma; Illumina; Coffea arabica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975225
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Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Repositório Alice
YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P..
Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; RNA-seq; Gene annotation; Differentially expressed genes; Homeologous.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040005
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Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Café arábica; Coffea arabica L; Transcriptomics; Fruiting.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040107
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Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P..
Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coffea arabica; Knowledge; Biosynthesis; Raffinose.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083340
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Validação de marcadores microssatélites e diversidade genética de genótipos de Coffea arabica provenientes da Etiópia. Repositório Alice
SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; FERREIRA, R. V.; SANTOS, M. A.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; ANDROCIOLI, L. G.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; CHARMETANT, P.; SERA, G.; PEREIRA, L. F. P..
O café é uma valiosa commodity agrícola, sendo sua bebida uma das mais populares do mundo. Apesar do sucesso dos programas de melhoramento em Coffea arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos. Além disso, a estreita base genética de C. arabica pode dificultar a obtenção de cultivares resistentes a pragas e a doenças ou tolerantes a estresses abióticos. Os acessos selvagens de C. arabica geneticamente distantes das variedades cultivadas proporcionam novos alelos para enriquecer sua variabilidade genética. O objetivo deste trabalho foi validar marcadores moleculares do tipo SSR em um painel de 24 acessos de C. arabica da coleção da Etiópia, realizar um estudo da diversidade , estrutura e seleção de genótipos Para...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores; SSR; RNA-seq; BAC; Café.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040091
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