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A brazilian soybean database. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
Soybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Soybean.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/874417
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An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Repositório Alice
WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants have the ability to recognize and respond to a multitude of pathogens, resulting in a massive reprogramming of the plant to activate defense responses including Resistance (R) and Pathogenesis-Related (PR) genes. Abiotic stresses can also activate PR genes and enhance pathogen resistance, representing valuable genes for breeding purposes. The present work offers an overview of soybean R and PR genes present in the GENOSOJA (Brazilian Soybean Genome Consortium) platform, regarding their structure, abundance, evolution and role in the plantpathogen metabolic pathway, as compared with Medicago and Arabidopsis. Searches revealed 3,065 R candidates (756 in Soybean, 1,142 in Medicago and 1,167 in Arabidopsis), and PR candidates matching to 1,261 sequences...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biotic stress; Pathogen response; Soja; Resposta da planta; Doença de planta; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Plant diseases and disorders; Genome; Genes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926612
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Análise de diversidade em genótipos de feijão-caupi do programa de melhoramento da Embrapa Meio-Norte. Repositório Alice
NASCIMENTO, A. T. B. do; SILVA, C. B.; COSTA, M. M. R.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; KIDO, E. A..
O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.] se constitui em um dos principais componentes da dieta alimentar nas regiões Nordeste e Norte do Brasil, principalmente na zona rural, pois é pouco exigente em fertilidade de solos e apresenta certa tolerância a altas temperaturas e à seca. Seu melhoramento genético, no entanto, se faz necessário, em razão da produtividade ainda pequena quando comparada com o feijão comum. Neste contexto, marcadores moleculares podem ser de grande valia, quando usados como ferramentas no estudo da variabilidade genética dentro e entre espécies distintas, sendo essa informação de grande relevância para os programas de melhoramento. Dentre os diferentes tipos de marcadores existentes, os microssatélites (ou SSR, Simple Sequence...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Germoplasma; Melhoramento genético.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963641
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Análise de segregantes na identificação de marcadores ligados a genes de resistência a virose em feijão-caupi. Repositório Alice
ONOFRE, A. V. C.; AMORIM, L. L. B.; PANDOLFI, V.; KIDO, E. A.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. M.; FREIRE FILHO, F. R.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; ISEPPON, A. M. B..
bitstream/item/182845/1/pag27.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Marcador Molecular; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513316
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Análise transcricional de Vigna unguiculata infectada por potyvírus (CABMV) através de LongSAGE. Repositório Alice
BARBOSA, P. K. A; CALSA JUNIOR, T; PANDOLFI, V.; KIDO, E. A.; ROCHA, M. de M.; SITTOLIN, I. M; ANDRADE, G. P; PIO-RIBEIRO, G.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2008
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tags; Estresse biótico; CABMV; SAGE.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/70618
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Bioinformatics analysis applied to genosoja project. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
Soybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894410
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Brazilian cowpea transcriptome project: over five million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. Repositório Alice
KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A.; SILVA, L. C. B. da; SILVA, A. B. da; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de S.; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; CALSA-JUNIOR, T.; ROCHA, M. M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FARIAS NETO, J. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R.; CASTRO, L. A. B. de; BENKO-ISEPPON, A. M..
bitstream/item/182776/1/Congresso-p25.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Genética; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513094
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Desenvolvimento de marcadores moleculares AFLP para mapeamento genético em feijão-caupi. Repositório Alice
CORREIA, C. N.; SILVA, R. L. de O.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ALMEIDA, J. C. Q. P. de; SILVA, M. D. da; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
bitstream/item/182816/1/cong2740.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão de Corda; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/630762
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Differential transcriptional profiling of phakopsora pachyrhizi-infected soybean revealed by high-thoughput supersage. Repositório Alice
KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R. C.; BARBOSA, P. D. de A.; ANDRADE, P. P. de; LANE, R.; GUIMARÃES, F. C. M.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Soja.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/952758
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Diversidade genética em feijão-caupi de porte ereto e prostrado para seleção de genitores via marcadores moleculares EST-SSR. Repositório Alice
CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; OLIVEIRA, I. C. de; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; KIDO, E. A..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão de corda; Marcador molecular; Seleção de genitores; Vigna unguiculata.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/878236
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Genetic diversity among cowpea cultivars as revealed by ISSR and DAF markers. Repositório Alice
AMORIM, L. L. B.; LEITE, N. G. A.; ONOFRE, A. V. C.; COSTA, A. F.; DAMASCENO-SILVA, K. J.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão-caupi; Variedade; Melhoramento genético.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/881703
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In silico identification of known osmotic stress responsive genes from Arabidopsis in soybean and Medicago. Repositório Alice
SOARES-CAVALCANTI, N. N.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; CAVALCANTI-LIRA, R.; PANDOLFI, V.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants experience various environmental stresses, but tolerance to these adverse conditions is a very complex phenomenon. The present research aimed to evaluate a set of genes involved in osmotic response, comparing soybean and medicago with the well-described Arabidopsis thaliana model plant. Based on 103 Arabidopsis proteins from 27 categories of osmotic stress response, comparative analyses against Genosoja and Medicago truncatula databases allowed the identification of 1,088 soybean and 1,210 Medicago sequences. The analysis showed a high number of sequences and high diversity, comprising genes from all categories in both organisms. Genes with unknown function were among the most representative, followed by transcription factors, ion transport...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Osmotic stress; Stress-responsive genes; Soja; Genoma; Gene; Stress; Soybeans; Genes; Plant stress.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926644
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Mapeamento genético e marcadores moleculares associados à resistência do feijão-caupi ao vírus do mosaico severo. Repositório Alice
AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; PANDOLFI, V.; BARBOSA P. F. de A.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; MONTE, S. J. H. do; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M..
bitstream/item/182870/1/Pag3.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Marcador Molecular; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513544
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Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. Repositório Alice
SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Estresse abiótico; Biblioteca genômica; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963655
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Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. Repositório Alice
SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Estresse abiótico; Biblioteca genômica; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965091
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Natural antisense transcripts in plants: a review and identification in soybean infected with Phakopsora pachyrhizi SuperSAGE Library. Repositório Alice
BRITTO-KIDO, S. de A.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
Natural antisense ranscripts (NAT) are RNA molecules complementary to other endogenous RNAs. They are capable of regulating the expression of target genes at different levels (transcription, mRNA stability, translation, etc.). Such a property makes them ideal for interventions in organisms? metabolism. The present study reviewed plant NAT aspects, including features, availability and genesis, conservation and distribution, coding capacity, NAT pair expression, and functions. Besides, an in silico identification of NATs pairs was presented, using deepSuperSAGE libraries of soybean infected or not with Phakopsora pachyrhizi.Resultsshowed that around 1/3 of the 77,903 predicted trans-NATs (by PlantsNATsDB database) detected had unitags mapped in both...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Soja.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/962186
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Overall picture of expressed Heat Shock Factors in Glycine max, Lotus japonicus and Medicago truncatula. Repositório Alice
SOARES-CAVALCANTI, N. M.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; RODRIGUES, F. A.; PEREIRA, G. A. G.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Heat shock (HS) leads to the activation of molecular mechanisms, known as HS-response, that prevent damage and enhance survival under stress. Plants have a flexible and specialized network of Heat Shock Factors (HSFs), which are transcription factors that induce the expression of heat shock proteins. The present work aimed to identify and characterize the Glycine max HSF repertory in the Soybean Genome Project (GENOSOJA platform), comparing them with other legumes (Medicago truncatula and Lotus japonicus) in view of current knowledge of Arabidopsis thaliana. The HSF characterization in leguminous plants led to the identification of 25, 19 and 21 candidate ESTs in soybean, Lotus and Medicago, respectively. A search in the SuperSAGE libraries revealed 68...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Soja; Gene; Genoma; Bioinformatics; Soybeans; Genome; Genes; Abiotic stress; Transcription factors.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926601
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Plant antimicrobial peptides: an overview of superSAGE transcriptional profile and a functional review. Repositório Alice
KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; HOULLOU-KIDO, L. M.; ANDRADE, F. C.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BURNQUIST, W. L.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Defensin, thionin and lipid transfer protein (LTP) gene families, which antimicrobial activity has an attractive use in protein engineering and transgenic production of agronomically important plants, have been here functionally reviewed. Also, a transcriptional overview of plant SuperSAGE libraries and analysis of 26 bp tags possibly annotated for those families are presented. Tags differentially expressed (p < 0.05) or constitutively transcribed were identified from leaves or roots from SuperSAGE libraries from important Brazilian plant crops [cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.), soybean (Glycine max (L.) Merr.) and modern sugarcane hybrids (Saccharum spp.)] submitted to abiotic [salt (100 mM NaCl) or drought] or biotic stresses [fungus inoculation...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; PR proteins; Defensin; Thionin; Lipid transfer protein; Stress; Biotecnologia; Soja; Feijão; Cana de açúcar; Genoma; Soybeans; Agricultural biotechnology; Genomics; Cowpeas; Sugarcane.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875446
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Polimorfismos revelados por marcadores CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence) em feijão-caupi visando o mapeamento genético. Repositório Alice
CARVALHO, R. de; AMORIM, L. L. B.; HORRES, R.; ONOFRE, A. V. C.; KIDO, E. A.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. M.; FREIRE FILHO, F. R.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; BENKO-ISEPPON, A. M..
bitstream/item/182872/1/Pag30.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Resistência.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513603
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Preliminary genetic linkage map of cowpea (Vigna unguiculata). Repositório Alice
AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; CARVALHO, R.; MORETZSOHN, M. de C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O.; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão-caupi.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/881828
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