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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946432
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore. Repositório Alice
SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA; Perfil transcriptômico; Raça Nelore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965648
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Área de olho de lombo; Bovino de corte; Espessura de gordura subcutânea; Random forest; Ribeye area; Backfat; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946729
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados para...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Carne; Gado de corte; Espessura de gordura; Subcutânea; Randomforest.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943064
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Associação entre variantes cis regulatórias do gene KCNJ11e características econômicas em bovinos Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A..
Características de produção como eficiência alimentar e de qualidade da carne bovina são de suma importância para o agronegócio, agroindústria e consumidores. Assim, ferramentas biotecnológicas como a genômica podem adicionar informações para identificar potenciais biomarcadores com a finalidade de auxiliar os programas de melhoramento e seleção de bovinos de corte.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Expressão gênica; Sítio de ligação de fator de transcriçã0; Ilha CpG; Qualidade da carne; Bos Indicus.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115556
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; Systems biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630
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Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; System biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848
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Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-seq; ADG; Gado Zebu; Zebu.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056895
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Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Gene regulation; Residual feed intake; Bos indicus; Bos indicus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056602
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Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-seq; Bos indicus; Eficiência alimentar.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054252
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Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. Repositório Alice
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A..
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Bos Indicus; Gado Nelore; Cattle; Gene expression.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124802
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Background: Meat quality involves many traits, such as marbling, tenderness, juiciness, and backfat thickness, all of which require attention from livestock producers. Backfat thickness improvement by means of traditional selection techniques in Canchim beef cattle has been challenging due to its low heritability, and it is measured late in an animal?s life. Therefore, the implementation of new methodologies for identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to backfat thickness are an important strategy for genetic improvement of carcass and meat quality. Results: The set of SNPs identified by the random forest approach explained as much as 50% of the deregressed estimated breeding value (dEBV) variance associated with backfat thickness,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Metabolismo lipídico; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Machine learning; Tecido adiposo subcutâneo; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Lipid metabolism; Artificial intelligence; Subcutaneous fat.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977539
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de O.; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Article 47.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/959917
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Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Repositório Alice
BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Qualidade da carne; Gado nelore; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057159
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Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. Repositório Alice
BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipolysis; Feed efficiency; Pleiotropy; Genome?wide association.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075651
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Identification of genes associated with copper-deficient fatty acid increase in Nelore cattle. Repositório Alice
AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
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Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome regulation; Meat production; Gene expression.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079227
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