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A factor model to analyze heterogeneity in gene expression Inra
Blum, A.; Le Mignon, G.; Lagarrigue, S.; Causeur, D..
Background: Microarray technology allows the simultaneous analysis of thousands of genes within a singleexperiment. Significance analyses of transcriptomic data ignore the gene dependence structure. This leads tocorrelation among test statistics which affects a strong control of the false discovery proportion. A recent methodcalled FAMT allows capturing the gene dependence into factors in order to improve high-dimensional multiple testingprocedures. In the subsequent analyses aiming at a functional characterization of the differentially expressed genes,our study shows how these factors can be used both to identify the components of expression heterogeneity and togive more insight into the underlying biological processes.Results: The use of factors to...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  OBESITY; GENOMICS.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011cfd98baa&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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A gene-based radiation hybrid map of chicken microchromosome 14 : comparison to human and alignment to the assembled chicken sequence Inra
Morisson, M.; Leroux, S.; Jiguet-Jiglaire, C.; Assaf, S.; Pitel, F.; Lagarrigue, S.; Bardes, S.; Feve, K.; Faraut, T.; Milan, D.; Vignal, A..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CHICKEN; COMPARATIVE MAPPING; RADIATION HYBRIDS; MICROCHROMOSOME 14; INTRACHROMOSOMAL REARRANGEMENT.
Ano: 2005 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200756985ee9&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL Inra
Le Mignon, G.; Blum, A.; Demeure, O.; Diot, C.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Lagarrigue, S..
De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés,permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettentainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieursmilliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ouencore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveauconcept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  génomique; QTL; EQTL; Puces à ADN; Animaux d’élevage.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011b4761a7f&uri=/notices/prodinra1/2011/05/
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Fatness QTL on chicken chromosome 5 and interaction with sex Inra
Abasht, B.; Pitel, F.; Lagarrigue, S.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Demeure, O; Vignoles; Simon, J.; Cogburn, L.; Aggrey, S.; Vignal, A.; Douaire, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MEAT-TYPE CHICKENS; QUANTITATIVE TRAIT LOCI; FATNESS QTL; QTL x SEX INTERACTION.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f0c3f523&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Mapping quantitative trait loci affecting fatness and breast muscle weight in meat-type chicken lines divergently selected on abdominal fatness Inra
Lagarrigue, S.; Pitel, F.; Carre, W; Abasht, B.; Le Roy, P.; Neau, A.; Amigues, Y.; Sourdioux, M.; Simon, J.; Cogburn, L.; Aggrey, S.; Leclercq, B.; Vignal, A.; Douaire, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; ABDOMINAL FAT; BREAST MUSCLE; CHICKEN.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200798a3f74b&uri=/notices/prodinra1/2011/06/
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Methods for interpreting lists of affected genes obtained in a DNA microarray experiment Inra
Hedegaard, J.; Arce, C.; Bicciato, S.; Bonnet, A.; Buitenhuis, B.; Collado-Romero, M.; Conley, L.N.; San Cristobal, M.; Ferrari, F.; Garrido, J.J.; Groenen, M.A.M.; Hornshoj, H.; Hulsegge, I.; Jiang, L.; Jiménez-Marin, A.; Kommadath, A.; Lagarrigue, S.; Leunissen, J.A.M.; Liaubet, L.; Neerincx, P.B.T.; Nie, H.; Van der Poel, J.; Prickett, D.; Ramirez-Boo, M.; Rebell, J.M.J.; Robert-Granié, C.; Skarman, A.; Smits, M.A.; Sorensen, P.; Tosser-Klopp, G.; Watson, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DNA; MICROARRAY; METHODS; CHIKEN; GENONE.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20106f44f250&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Pathway results from the chicken data set using GOTM, Pathway studio and ingenuity softwares Inra
Bonnet, A.; Lagarrigue, S.; Liaubet, L.; Robert-Granié, C.; San Cristobal, M.; Tosser-Klopp, G..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GOTM; PATHWAY STUDIO; INGENUITY; SOFTWARES; GENE.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2009dfa6ec78&uri=/notices/prodinra1/2009/10/
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Transcriptome profiling of the feeding-to-fasting transition in chicken liver Inra
Désert, C.; Duclos, M.; Blavy, P.; Lecerf, F.; Moreews, F.; Klopp, C.; Aubry, M.; Herault, F.; Le Roy, P.; Berri, C.; Douaire, M.; Diot, C.; Lagarrigue, S..
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  FOIE.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20098325a42&uri=/notices/prodinra1/2009/07/
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