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A fast algorithm for estimating transmission probabilities in QTL detection designs with dense maps Inra
Elsen, J.M.; Filangi, O.; Gilbert, H.; Le Roy, P.; Moreno-Romieux, C..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL; FAST ALGORITHM; TRANSMISSION; DENSE MAPS; PROBABILITIES; ESTIMATION.
Ano: 2009 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2009292cbb66&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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A statistical model for genotype determination at a major locus in a progeny test design Inra
Elsen, J.M.; Vu Tien Khang, J.; Le Roy, P..
S’appliquant à un caractère quantitatif à distribution normale, dont la variabilité génétique est contrôlée à la fois par un locus majeur autosomal et par une composante polygénique et dont l’expression est influencée par des facteurs de milieu, un modèle mixte est développé afin de déterminer le génotype (au locus majeur) des pères et de leurs filles dans un test sur descendance. La répétabilité et les paramètres génétiques relatifs à la composante polygénique sont supposés connus. La loi a posteriori des génotypes des pères et celles des génotypes de leurs filles, conditionnellement aux génotypes des pères, sont établies. Une méthode est proposée pour estimer ces probabilités a posteriori, ainsi que les paramètres inconnus, et une méthode...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TEST SUR DESCENDANCE; DETERMINATION DU GENOTYPE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1988 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9000000042017008&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction Inra
Elsen, J.M.; Mangin, B.; Goffinet, B.; Boichard, D.; Le Roy, P..
Dans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE QTL DETECTION; MAXIMUM LIKELIHOOD.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c16af24a&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL Inra
Le Mignon, G.; Blum, A.; Demeure, O.; Diot, C.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Lagarrigue, S..
De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés,permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettentainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieursmilliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ouencore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveauconcept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  génomique; QTL; EQTL; Puces à ADN; Animaux d’élevage.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011b4761a7f&uri=/notices/prodinra1/2011/05/
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Comparison of four statistical methods for detection of a major gene in a progeny test design Inra
Le Roy, P.; Elsen, J.M; Knott, S..
Il est fréquent, en sélection, de tester sur descendance, des mâles, afin d’estimer leur valeur génétique. Les données recueillies dans ce but peuvent être utilisées afin de mettre en évidence un gène majeur. Elles sont constituées des n.m performances Yij de m descendants j de n mâles i. Ces données doivent être corrigées pour l’effet polygénique du père (Ui) sur ses descendants. Quatre tests statistiques de mise en évidence d’un tel gène majeur sont comparés. Le premier (ﺎSA pour "segregation analysis") est le rapport classique des vraisemblances sous Ho (pas de gène majeur) et sous H1 (existence d’un gène majeur). Les paramètres caractéristiques de la population (moyennes et écarts types intragénotype) sont estimés en maximisant la vraisemblance...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: ANALYSE DE SEGREGATION; TEST STATISTIQUE.
Ano: 1989 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200854cd7526&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Detection of Novel Quantitative Trait Loci for Cutaneous Melanoma by Genome-wide Scan in the MeLiM Swine Model Inra
Du, Z.Q.; Vincent-Naulleau, S.; Gilbert, H.; Vignoles, F.; Créchet, F.; Shimogiri; Yasue; Leplat, J.J.; Bouet, S.; Gruand, J.; Horvak; Milan, D.; Le Roy, P.; Geffrotin, C..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Swine Melanoma; QTL; MC1R; Comparative Mapping; Cancer Genetics.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007e9f8459f&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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Detection of novel quantitative trait loci for cutaneous melanoma by genome-wide scan in the MeLiM swine model Inra
Du, Z.Q.; Vincent-Naulleau, S.; Gilbert, H.; Vignoles, F.; Créchet, F.; Shimogiri; Yasue; Leplat, J.J.; Bouet, S.; Gruand, J.; Horak; Milan, D.; Le Roy, P.; Geffrotin, C..
Human cutaneous melanoma is a complex trait inherited in about 10% of cases. Although 2 high-risk genes, CDKN2A and CDK4, and 1 low risk gene, MC1R, have been identified, susceptibility genes remain to be discovered. Here, we attempted to determine new genomic regions linked to melanoma using the pig MeLiM strain, which develops hereditary cutaneous melanomas. We applied quantitative trait loci (QTL) mapping method to a significant genome-wide scan performed on 331 backcross pigs derived from this strain. QTLs were detected at chromosome-wide level for a melanoma synthetic trait corresponding to the development of melanoma. The peak positions on Sus scrofa chromosomes (SSC) were at 49.4 and 88.0 cM (SSC1), 56.0 cM (SSC13), 86.5 cM(SSC15) and 39.8 cM...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SWINE MELANOMA; QUANTITATIVE TRAIT LOCI; MC1R; COMPARATIVE MAPPING; CANCER GENETICS.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200896d37e33&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Detection of quantitative trait loci for reproduction and production traits in Large White and French Landrace pig populations Inra
Tribout, T.; Iannuccelli, N.; Druet, T.; Gilbert, H.; Riquet, J.; Gueblez; Mercat; Bidanel, J.P.; Milan, D.; Le Roy, P..
A genome-wide scan was performed in Large White and French Landrace pig populationsin order to identify QTL affecting reproduction and production traits. The experimentwas based on a granddaughter design, including five Large White and three French Landracehalf-sib families identified in the French porcine national database. A total of 239 animals(166 sons and 73 daughters of the eight male founders) distributed in eight families were genotypedfor 144 microsatellite markers. The design included 51 262 animals recorded for productiontraits, and 53 205 litter size records were considered. Three production and three reproductiontraits were analysed: average backfat thickness (US_M) and live weight (LWGT) at the endof the on-farm test, age of candidates...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; PIG; COMMERCIAL POPULATION; PRODUCTION TRAIT; REPRODUCTION TRAIT.
Ano: 2008 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008cc972a9f&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Fatness QTL on chicken chromosome 5 and interaction with sex Inra
Abasht, B.; Pitel, F.; Lagarrigue, S.; Le Bihan-Duval, E.; Le Roy, P.; Demeure, O; Vignoles; Simon, J.; Cogburn, L.; Aggrey, S.; Vignal, A.; Douaire, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MEAT-TYPE CHICKENS; QUANTITATIVE TRAIT LOCI; FATNESS QTL; QTL x SEX INTERACTION.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f0c3f523&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Héritabilité réalisée pour la taille de portée dans la sélection de truies dites « hyperprolifiques » Inra
Le Roy, P.; Legault, C.; Gruand, J.; Ollivier, L..
Une expérience de sélection sur la prolificité est menée depuis 1973 au Centre d’Insémination Artificielle porcine de l’INRA, à Rouillé (Vienne). Une lignée de verrats Large White (appelés H) est créée par sélection de truies de prolificité extrême (dites « hyperprolifiques ») dans une grande population et accouplement de leur fils à d’autres truies hyperprolifiques de la même population. Par ce système de croisement en retour, répété chaque année, le niveau génétique espéré des verrats H atteint progressivement celui des femelles hyperprolifiques. L’efficacité de ce plan de sélection est évaluée par comparaison, dans des élevages de production, de filles de verrats H à des truies d’une autre lignée Large White, utilisée comme témoin (T). Au total,...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HERITABILITE REALISEE; TAILLE DE PORTEE; EFFET MATERNEL.
Ano: 1987 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008c74cd9f9&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Identification of QTL with effects on intramuscular fat content and fatty acid composition in a Duroc × Large White cross Inra
Sanchez, M.P.; Iannuccelli, N.; Basso, B.; Bidanel, J.P.; Billon, Y.; Gandemer, G.; Gilbert, H.; Larzul, C.; Legault, C.; Riquet, J.; Milan, D.; Le Roy, P..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL; Intramuscular fat content; Fatty acid composition.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20075242859a&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Identification of QTL with effects on intramuscular fat content and fatty acid composition in a Duroc × Large White cross Inra
Sanchez, M.P.; Iannuccelli, N.; Basso, B.; Bidanel, J.P.; Billon, Y.; Gandemer, G.; Gilbert, H.; Larzul, C.; Legault, C.; Riquet, J.; Milan, D.; Le Roy, P..
Background: Improving pork quality can be done by increasing intramuscular fat (IMF) content. This trait is influenced by quantitative trait loci (QTL) sought out in different pig populations. Considering the high IMF content observed in the Duroc pig, it was appealing to determine whether favourable alleles at a major gene or QTL could be found. The detection was performed in an experimental F2 Duroc × Large White population first by segregation analysis, then by QTL mapping using additional molecular information. Results: Segregation analysis provided evidence for a major gene, with a recessive Duroc allele increasing IMF by 1.8% in Duroc homozygous pigs. However, results depended on whether data were normalised or not. After Box-Cox...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DETECTION OF QTL; SEGREGATION ANALYSIS; INTRAMUSCULAR FAT MEASUREMENTS; MOLECULAR ANALYSES; STATISTICAL ANALYSES.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007d8cfb116&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Identification of QTL with effects on intramuscular fat content and fatty acid composition in a Duroc x Large White cross Inra
Sanchez, M.P.; Iannuccelli, N.; Basso, B.; Bidanel, J.P.; Billon, Y.; Gandemer, G.; Gilbert, H.; Larzul, C.; Legault, C.; Riquet, J.; Milan, D.; Le Roy, P..
Background: Improving pork quality can be done by increasing intramuscular fat (IMF) content. This trait is influenced by quantitative trait loci (QTL) sought out in different pig populations. Considering the high IMF content observed in the Durocpig, it was appealing to determine whether favourable alleles at a major gene or QTL could be found. The detection wasperformed in an experimental F2 Duroc × Large White population first by segregation analysis, then by QTL mapping usingadditional molecular information.Results: Segregation analysis provided evidence for a major gene, with a recessive Duroc allele increasing IMF by 1.8% in Durochomozygous pigs. However, results depended on whether data were normalised or not. After Box-Cox transformation,...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUANTITATIVE TRAIT LOCI; FATTY ACID COMPOSITION.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008399a868b&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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La sélection canalisante sur le pH ultime : conséquences sur la qualité de la viande Inra
Larzul, C.; Le Roy, P.; Tribout, T.; Gogué, J.M.; San Cristobal, M..
Le projet mis en oeuvre avait pour but de juger de la faisabilité d’une sélection dite canalisante pour améliorer la qualité de la viande en réduisant l’hétérogénéité d’un des facteurs essentiels dans l’établissement de cette qualité : le pH ultime, mesuré dans un muscle du jambon (le demimembraneux). Deux lignées ouvertes de porcs de race Large White ont été constituées à partir d’une sélection divergente sur les verrats des Centres d’Insémination Artificielle indexés sur les valeurs de pH mesuré sur leur descendance contrôlée en ferme pendant 4 générations. Une évolution favorable du critère de sélection avait été observée dans les 3 premières générations : la variance phénotypique du pH ultime mesuré dans le demi-membraneux était significativement moins...
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: PH; SÉLECTION CANALISANTE; ADIPOSITÉ.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010cd6368cf&uri=/notices/prodinra1/2010/11/
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Late Pleistocene-Holocene history of a tectonically active segment of the continental margin (Nekor basin, Western Mediterranean, Morocco) ArchiMer
Lafosse, M.; Gorini, C.; Le Roy, P.; Alonso, B.; D'Acremont, E.; Ercilla, G.; Rabineau, Marina; Vazquez, J. T.; Rabaute, A.; Ammar, A..
In active basins, tectonics can segment the continental shelf and control its stratigraphic architecture and physiography. Segmentation can explain the local evolution and morphology of the continental shelf because of sea-level variations, local tectonic segmentation and hydrodynamic processes. Here we investigate the tectonically active Morocco continental margin (southern Alboran Sea) using high-resolution seismic profiles and multibeam bathymetric data. The active faults bounding the transtensive Nekor basin triggered the segmentation of the shelf into three sectors showing different subsidence rates: a western sector corresponding to an extensive fault relay, a central sector corresponding to the subsiding Al-Hoceima Bay and an eastern sector...
Tipo: Text Palavras-chave: Seismic stratigraphy; Active tectonic; Pleistocene; Continental shelf; Swath bathymetry; Geomorphology; Western Mediterranean.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00451/56232/57812.pdf
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Mapping quantitative trait loci affecting fatness and breast muscle weight in meat-type chicken lines divergently selected on abdominal fatness Inra
Lagarrigue, S.; Pitel, F.; Carre, W; Abasht, B.; Le Roy, P.; Neau, A.; Amigues, Y.; Sourdioux, M.; Simon, J.; Cogburn, L.; Aggrey, S.; Leclercq, B.; Vignal, A.; Douaire, M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; ABDOMINAL FAT; BREAST MUSCLE; CHICKEN.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200798a3f74b&uri=/notices/prodinra1/2011/06/
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Methods for the detection of multiple linked QTL applied to a mixture of full and half sib families Inra
Gilbert, H.; Le Roy, P..
A new multiple trait strategy based on discriminant analysis was studied for efficientdetection of linked QTL in outbred sib families, in comparison with a multivariate likelihoodtechnique. The discriminant analysis technique describes the segregation of a linear combinationof the traits in a univariate likelihood. This combination is calculated for each pair of positionsdepending on the inheritance of the pairs of QTL haplotypes in the progeny. The gainsin power and accuracy for position estimations of multiple trait methods in grid searches wereevaluated in reference to single trait detections of linked QTL. The methods were applied tosimulated designs with two correlated traits submitted to various effects from the linked QTL.Multiple trait strategies...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QTL DETECTION; LINKED QTL; MULTIPLE TRAIT; SIB FAMILIES; SIMULATIONS.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008f13e17f3&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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