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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Análise de genes diferencialmente expressos em resposta à infecção por Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
CARVALHO, B. de O.; PEREIRA, H. P.; SEIBERLICK, O. S. G.; REIS, D. R. de L.; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F..
Resumo: As doenças infectocontagiosas estão entre os problemas que mais acarretam prejuízos econômicos na pecuária brasileira e mundial, sendo a mastite a principal enfermidade acometida aos bovinos. A mastite pode ser definida como uma inflamação da glândula mamária que é causada, mais frequentemente, por micro-organismos patogênicos ambientais ou contagiosos. Podendo culminar na redução da quantidade e no comprometimento da qualidade do leite, podendo levar até a perda total da potencialidade secretora da glândula mamaria do animal infectado ou mesmo a sua morte. Estudos relacionados aos mecanismos de resposta e resistência de animais à mastite foram realizados a fim de contribuir para a compreensão dos mecanismos genéticos de resistência e resposta a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: CD 14; NFKBIA; PCR em tempo real; Resposta inflamatória; STAT3.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111976
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Aplicação da seleção genômica em citros. Repositório Alice
CRISTOFANI-YALY, M.; GOIS, I.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIANEL, M.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Citros; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009543
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Application of fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) for early diagnosis of citrus greening disease. Repositório Alice
SILVA, M. F. e; MILORI, D. M. B. P.; CARDINALI, M. C. B.; MASCARENHAS, Y. P.; MARTINS, P. K.; ASTÚA, J. F.; MACHADO, M. A..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Evento.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/881243
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Associação entre marcadores microssatélite ILSTS011 e peso ao nascimento no cromossomo 14 (BTA14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARINI, G.; COUTINHO, L.L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M.V.; CAMPOS, A. L.; REGITANO, L. C. de A..
2004
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: QTL; Bovinos; Cromossomo 14; Peso ao nascimento.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46849
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Avaliação do sistema radicular de genótipos de citros submetidos ao estresse hídrico. Repositório Alice
MACHADO, M. A.; BARBOSA, R. S.; SAMPAIO, A. H.; COELHO FILHO, M. A..
Originárias da Ásia, as plantas cítricas (Citrus spp.) foram introduzidas no Brasil pelas primeiras caravanas colonizadoras. A citricultura brasileira está no topo do mercado mundial, sendo o maior produtor de laranja e quinto de lima ácida ?Tahiti ?, esta com área de aproximadamente 47.000 ha cultivados e produção total de 1,2 milhões de toneladas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fruta cítrica; Porta enxerto; Porta enxerto; Rootstocks; Citroncirus webberi.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1011004
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Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose; Pedigree.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072487
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Avaliação in vitro de genótipos de citros a Phytophthora parasitica. Repositório Alice
SIVIERO, A.; SANTOS, F. A.; CRISTOFANI, M.; FURTADO, E. L.; MACHADO, M. A..
Este trabalho teve como objetivo avaliar in vitro a reação de porta-enxertos de citros (Citrus spp.) a Phytophthora parasitica. As plântulas foram cultivadas em meio MS por 40 dias sendo, submetidas a fotoperíodo de 18 h, à temperatura de 25 ºC. A inoculação foi realizada através da inserção de agulha infestada com micélio de P. parasitica. A avaliação foi realizada aos 15 dias após a inoculação, medindo-se o comprimento das lesões em centímetros. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, com 15 repetições. Os resultados estão de acordo com as reações de campo dos genótipos e podem ser de grande utilidade em trabalhos envolvendo resistência varietal e seleção precoce de plantas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Citros; Citrus spp; Phytophthora parasitica; Reistência à doença; Seleção precoce; Fruta cítrica; Cultura in vitro; Porta enxerto; Variedade resistente; In vitro culture; Rootstocks; Disease resistance; Cultivo in vitro; Portainjertos; Resistencia a la enfermedad.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/502771
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Bacillus thuri ngiensis translocation inside citrus plants and insecticidal activity against Diaphorina citri , vector of HLB causal agentes. Repositório Alice
CUNHA, T. da; OLIVEIRA, D. de S.; PONTES, R. G. M. S. de; MIRANDA, M.; MACHADO, M. A..
bitstream/item/170303/1/Tatiane-Book-of-Abstracts-Hpis-2017-L4.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fruta cítrica; Praga de planta.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084217
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Banco de DNA de Bovinos: avaliação de metodologias alternativas para extração de DNA. Repositório Alice
BRION, C. T.; SANTOS, L. B.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética molecular bovinos; DNA; Métodos de extração.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034534
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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Brevipalpus spp. (Acari: Tenuipalpidae) como vetor de coffee ring spot virus (Dichorhavirus). Repositório Alice
NUNES, M.A.; FERREIRA, L. M.; ROGERIO, L. A.; MINEIRO, J. L. C.; TASSI, A. D.; ASTUA, J. de F.; KITAJIMA, E. W.; MACHADO, M. A.; NOVELLI, V. M..
bitstream/item/204934/1/ResumoClac3Sibac6-0224.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Doença de Planta.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114553
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Caracterização agronômica e molecular de acessos de Citrus sunki do banco de germoplasma de citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira. Repositório Alice
SCHINOR, E. H.; SIVIERO, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; MARENGO, S.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A..
Este trabalho objetivou caracterizar e avaliar acessos de tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex Tan.) e assemelhados, pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC, Cordeirópolis, SP. Foram avaliadas características agronômicas: altura (A), diâmetro (D), relação A/D, massa e número de gomos dos frutos, número de sementes viáveis e abortadas, comprimento e diâmetro das sementes, número de embriões e características de suco dos frutos: rendimento de suco, sólidos solúveis, acidez total, ratio e sólidos solúveis por caixa (40,8 kg de frutos). Para as análises moleculares foram utilizados DNA genômico total extraído de folhas frescas, acessando-se polimorfismo genético mediante emprego de 11 pares de iniciadores...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Tangerina sunki; Citrus sunki; Marcador microssatélite; Tangerina; Características agronômicas; Marcador genético; Tangerines; Agronomic traits; Genetic markers; Microsatellite repeats; Tangerinos; Características agronómicas; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/912077
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Caracterização genética de uma população experimental F2 usando marcadores moleculares no cromossomo 14 ( BTA 14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ. M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho foi usada uma população experimental resultante do cruzamento de 28 fêmeas da raça Gir com quatro touros da ral¥a Holandesa, resultando ern 150 anirnais Fl , que posterior mente foram acasalados entre si, totalizando 382 animais F2. As arnostras de DNA dos anirnais foram extrafdas a partir do sangue e do semen, e os dados genotfpicos foram obtidos at raves do seqlienciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosysterns). As analises das freqüências alélicas dos marcadores moleculares (CSSM066, ILSTS011, BMC1207, BMS2055, BL1036, BMS740 e BMS1899) foram realizadas através do software Cervus v.2.0 (Marshall et at. , 1998), onde foi calculado o número de alemos dos marcadores, com um total de 46 alelos nos sete loci estudados, com média de...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização genética; Cromossomo 14; Bovinos.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/47407
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Citrus HLB x Potato "Zebra Chip" in Brazil: Attempting to transmit citrus Candidatus liberibacter spp (asiaticus and americanus) to potato plants. Repositório Alice
DIAS, J. A. C. S.; COLLETA FILHO, H. D.; FABRIS, E. C. L.; MACHADO, M. A.; SA, L. A. N. de; LOPES, J. R. S..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Praga quarentenária.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/580262
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Desafios para a sustentabilidade ambiental, social e econômica da cadeia produtiva do leite. Repositório Alice
FERNANDES, E. N.; MARTINS, C. E.; NOBRE, M. M.; NOVAES, E.; LOPES, F. C. F.; MENDONCA, L. C.; PEREIRA, L. G. R.; MACHADO, M. A.; TEIXEIRA, S. R.; TALONE, A.; SILVA, F. H.; FIORINI, J. P.; MARTINS, M. C..
2012
Tipo: Livro científico (ALICE) Palavras-chave: Produção de leite; Aquecimento global; Pecuaria-produtiva-sustentável; Cadeia.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942823
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bos indicus; Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte; Gado Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009575
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado Zebu; Gado de corte; Cattle; Dairy cattle; Bos indicus; Single nucleotide polymorphism; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007818
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Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês) Repositório Alice
O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072303
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