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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma café; Coffea; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906349
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Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico. Repositório Alice
ANDRADE, F. T.; CAIXETA, E. T.; MACIEL, B. H.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mineração de dados; Café; Bioinformática; Genômica.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906362
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Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem. Repositório Alice
MACIEL, B. H.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Coffea; ESTs; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906359
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QTL mapping for P efficiency and root traits under low phosphorus availability in maize and identification of putative PSTOL1 homologues. Repositório Alice
CORRADI, G. C.; NEGRI, B. F.; MATOS, F. M.; MACIEL, B. H.; MAGALHAES, J. V.; SOUSA, S. M. de; GUIMARAES, C. T..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fósforo; Milho; Melhoramento genético; Marcador genético.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1025697
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Utilização de marcadores moleculares na seleção assistida para tolerância ao alumínio em sorgo. Infoteca-e
OLIVEIRA, B. C. F. S.; MOURA, P. M. A.; MACIEL, B. H.; GUIMARAES, C. T.; CANIATO, F. F.; FONSECA JÚNIOR, S. C.; JARDIM, S. N.; MAGALHAES, J. V..
2010
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sorghum bicolor; Genética vegetal.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883787
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Validação de marcadores moleculares para eficiência na utilização de fósforo com base em genes SbPSTOL1 em sorgo. Infoteca-e
MAGALHAES, J. V.; MACIEL, B. H.; SOUSA, S. M. de; SILVA, L. A.; SCHAFFERT, R. E.; PASTINA, M. M.; BARROS, B. de A.; GUIMARAES, C. T.; NEGRI, B.; AZEVEDO, G.; VIANA, J. H. M..
O presente trabalho teve como objetivo identificar homólogos de sorgo do gene OsPSTOL1, validar o efeito desses genes na absorção de P e na produção de grãos de sorgo cultivado em solos ácidos e gerar marcadores moleculares para seleção assistida com base em genes PSTOL1 em Sorghum bicolor (SbPSTOL1).
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcador molecular; Genética; Gene; Sorghum bicolor.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1063400
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