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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643
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Arcabouço para desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos e hierárquicos. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; SANTOS, E. H. dos; DIAS, F. R. T.; SANTOS, J. W. dos; ABREU, L. L. B. de; TININI, L. V. S..
Resumo. Um arcabouço (framework) orientado a objetos para o desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos com suporte à hierarquia é descrito. O arcabouço surgiu da necessidade de uma ferramenta para facilitar e padronizar o desenvolvimento de modelos de simulação baseados em processo em projetos de pesquisa na Embrapa. Um dos requisitos do desenvolvimento foi modularidade e simplicidade de código para facilitar o desenvolvimento de modelos por equipes multidisciplinares de pesquisa e implementação por grupos de estagiários/bolsistas com alta rotatividade. Também provê desempenho superior a ferramentas de modelagem típicas, que geralmente tem código interpretado. Modelos componentes, geralmente desenvolvidos por equipes de especialistas em...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software de simulação; Modelagem matemática.; Simulação..
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/981039
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8640
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633
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Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10613/1/comtec61.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8601
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Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Infoteca-e
TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S..
Interpretação do estado nutricional. O cálculo do método CND. Média geométrica. Relação multivariada. Norma CND. Índice CND. Potencial de Resposta da planta a Adubação (PRA). Guia para cálculo e interpretação do estado nutricional da planta. Organização dos dados. Média da produtividade e classe produtiva. Cálculo do componente R. Média geométrica. Relação multivariada dos nutrientes. Relação multivariada dos nutrientes. Norma CND. Interpretação do Estado Nutricional. Exemplo de Interpretação do Estado Nutricional.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Cana de Açúcar; Disease diagnosis; Plant nutrition; Sugarcane..
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1103108
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102
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Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Infoteca-e
FALCÃO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGHISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Modelagem molecular; Heat shock; Proteínas celulares.; Proteína; Xylella Fastidiosa..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1372
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Proposta de padronização de código-fonte C++ no escopo do projeto Pecus. Infoteca-e
MANCINI, A. L..
Convenção, siglas. Notação. Siglas e acrônimos. Objetivo. Contexto. Introdução. Idioma. Nomenclatura. Tipos de dados. Constantes e enumerações. Variáveis. Funções. Arquivos fontes. Identação.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Linguagem de programação; Padronização codigo-fonte; Projeto Pecus; Ciência da computação; Computer science.
Ano: 2012 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/952229
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Reconhecimento de padrões de pontes de hidrogênio – preliminares do desenvolvimento de uma metodologia baseada em TI para a predição da posição de átomos de hidrogênio em proteínas. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; ROMERO, R. A. F..
Os primeiros resultados do desenvolvimento de um novo método para a localização do átomo de hidrogênio contido em grupos hidroxila da cadeia lateral dos aminoácidos é apresentado neste artigo. Os métodos existentes utilizam campos de força para esse problema de localização. Os autores propõem uma abordagem computacional para esse problema, pelo reconhecimento de padrões de pontes de hidrogênio agrupados por similaridade em clusters.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Reconhecimento de padrões; Pontes de hidrogênio; Bioinformática; Cluster; Rede neural.; Hidrogênio..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/31819
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002
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SMSLib - biblioteca C++ do Sting Millennium Suite. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; MATTIUZ, A. R.; FREITAS, E. M. de; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Organização lógica do SMS. Descrição da SMSLib. Leitura de arquivos PDB. Leitura de arquivos HSSP. Leitura de arquivos com parâmetros simples. Cálculo e leitura de contatos. Cálculo e leitura de Dihedral Angels.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sting Milleninum Suite; SMS; SMSLib; Biblioteca C++.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8637
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Um algoritmo para geração de caminhos em grafos a partir de um vértice. Infoteca-e
MANCINI, A. L..
Revisão de conceitos sobre Grafos. Algoritmo. Complexidade. Exemplos de execução. Código fonte.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmo; Geração de dados; Proteinas; Caminhos em Grafos; DepthFirstSearch; DFS.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8297
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Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: GRASP; Software; Graphical Representation and Analysis of Structural Properties.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8625
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