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| Registros recuperados: 40 | |
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| HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.. |
| O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP. |
| Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo. |
| Ano: 2003 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5069 |
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| RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G.. |
| Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of... |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859 |
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| HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.. |
| The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented. |
| Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) |
Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure. |
| Ano: 2006 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262 |
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| NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. |
| O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta... |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Bioinformática; Web; Banco de dados; Estruturas macromoleculares; Bioinformatics; Databases. |
| Ano: 2008 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31601 |
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| BORTOLUCCI JUNIOR, J.; MANCINI, A. L.. |
| Esse trabalho objetivou desenvolver um protótipo de um jogo inserido no contexto agropecuário, especificamente na área de pecuária de corte, para fins educacionais. O jogo possibilita ao usuário simular algumas das atividades gerenciais de um pecuarista, com foco nos âmbitos tático e operacional. Também é possibilitada a avaliação de decisões relacionadas ao manejo da pastagem e dos animais, além de compra, vendas e uso de insumos e seus impactos sobre diversos aspectos do sistema produtivo. O ambiente virtual proporcionado pelo jogo, em sua versão final, permitirá ao usuário testar diferentes estratégias de manejo do sistema produtivos sem custos e riscos envolvidos em experiências com um sistema produtivo real. Prevê-se potencial de uso do jogo em cursos... |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Serious games; Jogo baseado em simulação; Visualização de simulação. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009741 |
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| TININI, L. V. S.; MANCINI, A. L.. |
| A utilização de softwares para simulação algumas vezes encontra resistência, causada pela dificuldade de aprendizado e utilização da ferramenta, principalmente quando uma interface gráfica amigável não está disponível. No âmbito do projeto Pecus, utiliza-se o arcabouço MaCSim (MANCINI et al., 2013), no qual modelos matemáticos são codificados na linguagem de programação C++. O uso direto do arcabouço por especialistas de domínio, normalmente da área de ciências agrárias, é então dificultado pela necessidade de conhecimento de programação. Nesse contexto, desenvolveu-se ferramentas mais amigáveis para especificação de modelos que geram código para o arcabouço de simulação ou scripts em linguagem R. Uma vez que o MaCSim não possui interface gráfica, foi... |
| Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) |
Palavras-chave: Simulação; Modelo matemático; Integração de software; Prototipação. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009736 |
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| Registros recuperados: 40 | |
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