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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5069
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Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8643
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Arcabouço para desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos e hierárquicos. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; SANTOS, E. H. dos; DIAS, F. R. T.; SANTOS, J. W. dos; ABREU, L. L. B. de; TININI, L. V. S..
Resumo. Um arcabouço (framework) orientado a objetos para o desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos com suporte à hierarquia é descrito. O arcabouço surgiu da necessidade de uma ferramenta para facilitar e padronizar o desenvolvimento de modelos de simulação baseados em processo em projetos de pesquisa na Embrapa. Um dos requisitos do desenvolvimento foi modularidade e simplicidade de código para facilitar o desenvolvimento de modelos por equipes multidisciplinares de pesquisa e implementação por grupos de estagiários/bolsistas com alta rotatividade. Também provê desempenho superior a ferramentas de modelagem típicas, que geralmente tem código interpretado. Modelos componentes, geralmente desenvolvidos por equipes de especialistas em...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software de simulação; Modelagem matemática; Simulação.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981039
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Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8640
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Proteina; Software SMS.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8835
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"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. Repositório Alice
NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da.
O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Web; Banco de dados; Estruturas macromoleculares; Bioinformatics; Databases.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31601
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8679
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Desenvolvimento de simuladores na agropecuária. Repositório Alice
BARIONI, L. G.; MANCINI, A. L..
Este capítulo apresenta conceitos e experiências relacionados ao desenvolvimento de simuladores na agropecuária, com foco nos trabalhos em andamento na Embrapa Informática Agropecuária, Unidade da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), e também uma visão de futuro sobre esses trabalhos.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Simuladores computacionais; Modelo matemático; Mathematical models.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010756
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Desenvolvimento de um jogo educativo baseado em um simulador de sistema de produção de bovinos de corte. Repositório Alice
BORTOLUCCI JUNIOR, J.; MANCINI, A. L..
Esse trabalho objetivou desenvolver um protótipo de um jogo inserido no contexto agropecuário, especificamente na área de pecuária de corte, para fins educacionais. O jogo possibilita ao usuário simular algumas das atividades gerenciais de um pecuarista, com foco nos âmbitos tático e operacional. Também é possibilitada a avaliação de decisões relacionadas ao manejo da pastagem e dos animais, além de compra, vendas e uso de insumos e seus impactos sobre diversos aspectos do sistema produtivo. O ambiente virtual proporcionado pelo jogo, em sua versão final, permitirá ao usuário testar diferentes estratégias de manejo do sistema produtivos sem custos e riscos envolvidos em experiências com um sistema produtivo real. Prevê-se potencial de uso do jogo em cursos...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Serious games; Jogo baseado em simulação; Visualização de simulação.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009741
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Desenvolvimento do modelo de crescimento animal Oltjen na linguagem C++ usando o framework de simulação Macsim. Repositório Alice
TININI, L. V. S.; MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Modelo Oltjen; Simulação de sistemas dinâmicos.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981992
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Especificação e instanciação de modelos matemáticos hierárquicos utilizando XML no framework de simulação MaCSim. Repositório Alice
MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; BORTOLUCCI JUNIOR, J.; TININI, L. V. S.; LEONARDI, J. J.; MINTO NETO, J. G..
A equipe do Laboratório de Matemática Computacional da Embrapa Informática Agropecuária optou pela metalinguagem Extensible Markup Language (XML), para desenvolver um padrão de especificação de modelos atômicos e hierárquicos para o framework de simulação MaCSim.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Representação de sistemas dinâmicos; Metalinguagem; Reuso; Arcabouços de simulação; Dynamic system representation; Metalanguage; Reuse.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027405
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8633
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Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2004
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8601
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Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Infoteca-e
TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S..
Interpretação do estado nutricional. O cálculo do método CND. Média geométrica. Relação multivariada. Norma CND. Índice CND. Potencial de Resposta da planta a Adubação (PRA). Guia para cálculo e interpretação do estado nutricional da planta. Organização dos dados. Média da produtividade e classe produtiva. Cálculo do componente R. Média geométrica. Relação multivariada dos nutrientes. Relação multivariada dos nutrientes. Norma CND. Interpretação do Estado Nutricional. Exemplo de Interpretação do Estado Nutricional.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Cana de Açúcar; Disease diagnosis; Plant nutrition.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1103108
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2005
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9102
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Integração entre diferentes ferramentas de simulação. Repositório Alice
TININI, L. V. S.; MANCINI, A. L..
A utilização de softwares para simulação algumas vezes encontra resistência, causada pela dificuldade de aprendizado e utilização da ferramenta, principalmente quando uma interface gráfica amigável não está disponível. No âmbito do projeto Pecus, utiliza-se o arcabouço MaCSim (MANCINI et al., 2013), no qual modelos matemáticos são codificados na linguagem de programação C++. O uso direto do arcabouço por especialistas de domínio, normalmente da área de ciências agrárias, é então dificultado pela necessidade de conhecimento de programação. Nesse contexto, desenvolveu-se ferramentas mais amigáveis para especificação de modelos que geram código para o arcabouço de simulação ou scripts em linguagem R. Uma vez que o MaCSim não possui interface gráfica, foi...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Simulação; Modelo matemático; Integração de software; Prototipação.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009736
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Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Infoteca-e
FALCÃO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGHISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Modelagem molecular; Proteína; Heat shock; Proteínas celulares; Xylella fastidiosa.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1372
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