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Adaptação de acessos de Coffea arabica provenientes de Camarões em várias condições edafoclimáticas. Repositório Alice
CHARMETANT, P.; PERTHUIS, B.; BEDIMO, J. M.; MANGA, A. M.; GUERRA, A. F.; BARTHOLO, G. F.; ROCHA, O. C.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
O objetivo desse trabalho foi caracterizar recursos genéticos de Coffea arabica - acessos selvagens e cultivares - oriundo da África visando sua utilização no melhoramento.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Adaptação; Recursos genéticos; Aclimatação; Seca; Coffea arabica; Drought; Genetic resources.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029899
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Adaptation of Coffea arabica F1 Hybrids to various environmental conditions. Repositório Alice
CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F.; SERA, G. H.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; MOUEN, J.; AUKOUMOU, M. M.; ANNEBIQUE, F.; LEROY, T..
bitstream/item/170797/1/Adaptation-of-Coffee-arabica-F1-Hybrids.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genetic diversity; Coffea arabica; General combining ability.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084965
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Analise da expressão do gene manose 6 fosfato redutase em cafeeiros submetidos ao déficit hídrico. Repositório Alice
FREIRE, L. P.; MARRACCINI, P.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C..
RESUMO: Os efeitos do déficit hídrico sobre a expressão do gene CaM6PR, codificando a manose-6-fosfato redutase, foram avaliados em cafeeiros em fase de formação das cultivares IAPAR59 (Villa Sarchi x hibrido de Timor HT832/2) e RUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí) de Coffea arabica, consideradas respectivamente como tolerante e sensível ao estresse hídrico. As cultivares foram plantadas em dezembro de 2007 no campo experimental da Embrapa Cerrados ? DF (CPAC) e cultivadas durante dois anos (2008 e 2009) com (I) e sem (NI) irrigação. Para cada ano, foram realizadas duas avaliações (P1, não estressado, durante a estação chuvosa e P2, estação seca). Para as duas cultivares, a expressão do gene CaM6PR foi medido em folhas por meio da técnica de PCR...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão de genes; Expressão gênica; Estresse abiótico; Genes candidatos; PCR quantitativo; Coffea arabica; Abiotic stress; Gene expression.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/970675
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Análise de promotores do gene CcDREBID de Coffea canephora via transformação genética de Nicotiana tabacum. Repositório Alice
AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; DUARTE, K. E.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P..
Após sequenciamento, polimorfismos na região promotora do gene DREB1D (Dehydration Responsive Element Binding Protein) de Coffea canephora Conilon, indicaram a participação de três haplótipos (15, 16 e 17) no controle genético da tolerância à seca nos clones 14 (tolerante a seca) e 22 (sensível a seca), com as combinações de haplótipos 15-16 para o clone 14 e 15-17 para o clone 22. A fim de avaliar a capacidade desses fragmentos controlarem a expressão do gene repórter uidA, 3 construções gênicas, com os diferentes haplótipos do promotor do gene CcDREB1D, foram feitas no vetor binário pBI101 e testadas independentemente via transformação genética de Nicotiana tabacum. Testes histoquímicos em plantas transformadas de N.tabacumT1 indicaram uma forte...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Dreb; Polymorphisms; Polimorfismo; Resistência a seca; Drought tolerance.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041187
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Análises da expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real (QPCR) de genes candidatos para a tolerância à seca em cafeeiro. Repositório Alice
VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; VIEIRA, N. G.; FREIRE, L. P.; HEIMBECK, I. G. R.; FERRÃO, R. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRAO, M. A. G.; SILVA, V. A.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
A seca é uma das principais limitações climáticas à produção do cafeeiro. A importância dessa limitação deve aumentar, em função das mudanças reconhecidas no clima global e, também, porque a cafeicultura vem sendo expandida para regiões marginais onde a baixa pluviosidade e temperaturas desfavoráveis se constituem grandes limitações à produção do café. A seca induz diversas respostas fisiológicas e moleculares nas plantas, incluindo alterações da expressão gênica, visando atingir ajuste osmótico, a indução de reparadores de sistemas moleculares e a expressão de diversas proteínas protetoras. Existem diversas formas de se avaliar a expressão gênica em plantas submetidas ao estresse hídrico. Uma técnica amplamente utilizada nos últimos anos, para a análise...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Expressão gênica; Gene candidato; Seca; Coffea canephora; Candidate genes; Drought; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903864
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Analysis of the expression of mannose-6-phosphate reductase gene in roots of different clones of C. canephora subbmited to water deficit. Repositório Alice
COSTA, T. S.; CARNEIRO, F. A.; COTTA, M. G.; LIMA, E. A.; RÊGO, E. C. S.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffe canephora; Coffe arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066346
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Applied coffee genomics: towards a GWS program. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Café; Genomics; Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979068
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Avaliação fenotípica de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon cultivada em altitude elevada, visando um programa de Seleção Genômica Ampla (SGA) em cafeeiro. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. de A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; ANDRADE, A. C..
Considerada a bebida não alcoólica mais popular e regularmente consumida por 40% da população, o café ocupa uma posição de destaque na economia sendo um dos mais importantes produtos de exportação mundial. Sua produção está sujeita a oscilações regulares devido ao ciclo bienal da planta, e também a fatores abióticos, como o estresse hídrico e altas temperaturas. Visando-se o estabelecimento de ferramentas de auxílio para se acelerar o melhoramento genético desta espécie, avanços significativos em genômica do cafeeiro têm ocorrido nos últimos anos. Como exemplo, pode-se citar a recente conclusão do sequenciamento do genoma completo de Coffea canephora, que servirá de referência para utilização em trabalhos avançados de genética molecular, aplicados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caracterização fenotípica; Tolerância à seca; Coffea canephora; Produtividade.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976059
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Caracterização molecular de enzimas chave do metabolismo de açúcares em café. Repositório Alice
FERREIRA, L. P.; GEROMEL, C.; CAVALAR, A. A.; MARRACCINI, P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; MAZZAFERA, P..
2003
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Semente; Expressão e clonagem de genes; Sacarose; Metabolismo de açúcar.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908993
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Caracterização molecular e seleção de genes candidatos à resistência do clone 14 de Coffea canephora CONILON A Meloidogyne paranaensis. Repositório Alice
LIMA, E. A. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; COTTA, M. G.; JORGE JÚNIOR, A.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, R. M. D. G.; ANDRADE, A. C..
Os nematoides das galhas estão entre os patógenos mais nocivos para a agricultura cafeeira no Brasil e C. canephora tem se mostrado fonte de resistência a esses patógenos. Com o objetivo de identificar genes candidatos a resistência a M. paranaensis, dois clones de Coffea canephora Conilon previamente identificados como resistente (clone 14) e suscetível (clone 22), inoculados ou não em diferentes tempos com M. paranaensis, tiveram seus RNAs extraídos a partir das raizes, sequenciados, mapeados em genoma de referência de C. canephora e avaliados quantitativamente (expressão in silico) por meio de RNAseq e Excel. Dessa forma, foi possível identificar os genes que mais se expressaram no clone resistente em relação ao clone suscetível, e a respectiva...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene candidato Meloidogyne; RNAseq; Candidates genes; Coffea canephora; Gene; Resistência; Coffea canephora; Meloidogyne.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041130
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Characterization and expression of two cDNA encoding 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase isoforms in coffee (Coffea arabica L.). Repositório Alice
TISKI, I.; MARRACCINI, P.; POT, D.; VIEIRA, L. G.; PEREIRA, L. F. P..
In higher plants there are two independent pathways for isoprenoid biosynthesis, located in the cytosol (mevalonic acid or MVA pathway) or in the plastids (methylerythritol phosphate ? MEP pathway). The 3-hydroxy-3-methyglutaryl-CoA reductase (HMGR) is the first committed step in the MVA pathway. Using the information available from the Brazilian Coffee Genome Project, we found 13 ESTs that originated two isoforms, CaHMGR1 and CaHMGR2, for the enzyme HMGR of Coffea arabica. A complementary DNA encoding the isoform CaHMGR1 was cloned, and its complete nucleotide sequence determined. The full-length cDNA of CaHMGR1 was 2242 bp containing a 1812-bp ORF encoding 604 amino acids. Bioinformatic analyses revealed that the deduced CaHMGR1 had extensive homology...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Sequence analysis; Expressed sequence tag (EST); Molecular characterization; Coffee; Ydroxy; Methyglutaryl-CoA reductase; Isoprenoids.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902481
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Contribution of Coffea arabica genetic resources to the adaptation of coffe to abiotic stress. F1 hybrids in Brazil, Cameron and French Guiana. First results. Repositório Alice
CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; MOUEN, J.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C.; THIERRY, L.; MANGA, M. A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genetic diversity; Genetic resource; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066340
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Controlled irrigation and nitrogen, phosphorous and potassium fertilization affect the biochemical composition and quality of Arabica coffee beans. Repositório Alice
VINECKY, F.; DAVRIEUX, F.; MERA, A. C.; ALVES, G. S. C.; LAVAGNINI, G.; LEROY, T.; BONNOT, F.; ROCHA, O. C.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; RODRIGUES, G. C.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
Controlled irrigation during the dry period associated with adequate nitrogen (N), phosphorous (P) and potassium (K) fertilization led to the accumulation of biochemical compounds in coffee beans considered as positive precursors of beverage quality. Adult plants of coffee (Coffea arabica ?Rubi?) were cultivated using different water regimes (WR) and fertilization conditions under the dry climate of the Brazilian Cerrado. Coffee-bean physical characteristics were evaluated as well as biochemical composition by near-infrared analysis. The K treatment mostly affected bean biochemistry, lipid and chlorogenic acid (CGA) contents, which increased with increasing amounts of fertilizer. Caffeine contents increased with higher amounts of N, but no significant...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sistema de irrigação; Fertilidade do Solo; Fertilizante Nitrogenado; Fertilizante Potássico; Fertilizante Fosfatado; Coffea Arabica.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065059
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Desenvolvimento e validação do chip de genotipagem 26K Axiom® SNP array em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Coffea canephora; DNA; Gene; Melhoramento genético; Genoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718
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Determinismo genético e molecular do metabolismo de diterpenos em Coffea spp. Repositório Alice
FERREIRA, L. P.; DIAS, R. C.; DURAND, N.; GUYOT, B.; RAMOS, J.; PERTHUIS, B.; SANDRIN, G. P.; BENASSI, M. T.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G.; DAVID, P..
Cafestol e caveol são os dois principais diterpenos presentes nos frutos de café. Esses compostos específicos do cafeeiro têm se mostrado importantes na saúde humana, induzindo alterações no colesterol e ações anti-cancerígenas. Apesar da sua importância, há pouca informação sobre os princípios genéticos e moleculares de seu metabolismo. Análises fenotípicas através de HPLC, com cafés de diferentes espécies (vários genótipos por espécie), indicam uma variabilidade importante para cafestol, caveol e 16OMC. As análises in silico dos EST de Coffea permitiram identificar cDNAs parciais correspondente a um gene de CPS, dois de KO e um de KS. Análises de expressão desses genes por RTq-PCR quantitativa, em tecidos separados durante o desenvolvimento dos frutos,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipídeos; Diterpenos; Caveol; Cafestol; Qualidade.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903172
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Development and validation of a 26K Axiom® SNP array for Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
World coffee production is higly affected by climate changes due to the occurrence of severe droughts and high temperatures resulting in low flow er viability, fruit development and yield. Faster breeding methods are required to obtain adapted coffee plants to a changed climate cenario, as conventional breeding in perennial crops such as coffee, requires a long time. With the recent advances in coffee genomics, such as the availability of a C. canephora reference genome , the objective of this work was to develop and validate a 26K Axiom SNP array for C. canephora aiming at a reliable high throughput genotyping platform to be used in the breeding programmes of the species. The chip design was based on a whole - genome resequencing panel comprised by DNA...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffe canephora Conilon; Coffee genomics; Climate change; Genomic selection; Genetic diversity; Coffea canephora; Coffee plant.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084572
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Different molecular mechanisms account for drought tolerance in Coffea canephora var. Conilon. Repositório Alice
VIEIRA, N. G.; CARNEIRO, F. A.; SUJII, P. S.; ALEKCEVETCH, J. C.; FREIRE, L. P.; VINECKY, F.; ELBELT, S.; SILVA, V. A.; MATTA, F. M. da; FERRAO, M. A. G.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
bitstream/item/179852/1/Vieira2013-Article-DifferentMolecularMechanismsAc.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Real-time quantitative PCR; Coffea Canephora; Drought; Gene expression; Water potential.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974852
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Differential expression of candidate genes to resistance Tomeloidogyne paranaensis in clones of Coffea canephora. Repositório Alice
LIMA, E. A. de; REGO, E. C. S.; COTTA, M. G.; COSTA, T. S.; CARNEIRO, F. A.; CARNEIRO, R. M. D. G.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nematode-plants interaction; Parasitism.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066334
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Differential fine-tuning of gene expression regulation in coffee leaves by CcDREB1D promoter haplotypes under water deficit. Repositório Alice
ALVES, G. S. C.; TORRES, L. F.; DÉCHAMP, E.; BREITLER, J-C.; JOËT, T.; GATINEAU, F.; ANDRADE, A. C.; BERTRAND, B.; MARRACCINI, P.; ETIENNE, H..
Despite the importance of the DREB1D gene (also known as CBF4) in plant responses to water deficit and cold stress, studies analysing its regulation by transgenic approaches are lacking. In the current work, a functional study of three CcDREB1D promoter haplotypes (named HP15, HP16 and HP17) isolated from drought-tolerant and droughtsensitive clones of Coffea canephora was carried out in plants of C. arabica stably transformed by Agrobacterium tumefaciens by analysing their ability to regulate the expression of the uidA reporter gene in response to water deficit mimicked by polyethylene glycol (−2.0 MPa) and low relative humidity treatments.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffe; Water deficit; Genetic transformation; Haplotypes; Reporter gene.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084513
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Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly. Repositório Alice
KOCHKO, A. de; CROUZILLAT, D.; RIGOREAU, M.; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; L'ANTHOENE, V. M.; VANDECASTEELE, C.; GUYOT, R.; PONCET, V.; TRANCHANT, C.; HAMON, P.; HAMON, S.; COUTURON, E.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; MUELLER, L.; STRICKLER, S. R.; ANDRADE, A.; PEREIRA, L. F. P.; MARRACCINI, P.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; MING, R.; WAI, J.; DOMINGUES, D. S.; PASCHOAL, A.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; ALBERT, V. A..
Coffea arabica which accounts for 70% of world coffee production is an allotetraploid with a genome size of approximately 1.3 Gb and is derived from the hybridization of C. canephora (710 Mb) and C. eugenioides (670 Mb). To elucidate the evolutionary history of C. arabica, and generate critical information for breeding programs, a sequencing project is underway to finalize a reference genome using a dihaploid line and a set of Menu Abstract: Dihaploid <em>Coffea arabica</Em> Genome Sequencing and Assembly (Plant and Animal Genome XXIII Conference) https://pag.confex.com/pag/xxiii/webprogram/Paper16983.html [25/02/2015 15:00:12] 30 C. arabica accessions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Conferência; Café; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040385
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