Sabiia Seb
PortuguêsEspañolEnglish
Embrapa
        Busca avançada

Botão Atualizar


Botão Atualizar

Ordenar por: RelevânciaAutorTítuloAnoImprime registros no formato resumido
Registros recuperados: 19
Primeira ... 1 ... Última
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Repositório Alice
BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G..
We propose a new empirical scoring function for binding affinity prediction modeled based on physicochemical and structural descriptors that characterize the nano-environment that encompass both ligand and binding pocket residues. Our hypothesis is that a more detailed characterization of protein-ligand complexes in terms of describing nano-environment as precisely as possible can lead to improvements in binding affinity prediction.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Interações entre proteína e ligantes; Modelagem; Modelos; Complexo proteína-ligante; Protein-ligand complex; Binding affinity prediction model; Empiric nonparametric predictive model; Plataforma Sting; Binding properties; Models.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1060954
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. Repositório Alice
JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G..
Biologia computacional, uma nova ciência aplicada. Desenho racional de drogas, fármacos e agroquímicos. Biologia computacional na Embrapa.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biologia computacional; Agricultura; Bioinformatics; Agriculture.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010715
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. Repositório Alice
NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da.
O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Web; Banco de dados; Estruturas macromoleculares; Bioinformatics; Databases.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31601
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. Repositório Alice
MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G..
We present here analysis of pre-calculated values for the electrostatic potential at the alpha carbons, previously stored in the STING_RDB.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Potencial eletrostático; Estrutura secundária; Alfa hélices; Carbono alfa; Biologia molecular; Proteína; Proteins.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9612
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2005
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9102
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Repositório Alice
BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction nano-environment of experimentally determined structures.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Interação proteína-ligante; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Protein-ligand interaction; Scoring functions; Machine learning; Artificial intelligence.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032260
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Repositório Alice
MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC)...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Interações proteína-proteína; Biologia; Proteins; Biological sciences.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981215
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Molecular modeling and structural analysis of the Myelin basic protein-Q65ZS4. Repositório Alice
JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; MARTINS, D.; MARANGONI, S.; NOVELLO, J. C.; GATTAZ, W. F.; DIAS-NETO, E..
Schizophrenia (SCZ) is a chronic, debilitating psychotic mental disorder that affects about 1 percent of the population in different countries. Scz is characterized by a series of negative and positive symptoms including psychomotor retardation, attentional impairment, decreased emotional expression, psychomotor agitation, and auditory hallucinations.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Análises estrutural de proteína; Modelagem molecular; Proteína; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3260
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Repositório Alice
FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G..
Abstract. PDB-Metrics (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/pdb_metrics/index.html) is a component of the Diamond STING suite of programs for the analysis of protein sequence, structure and function. It summarizes the characteristics of the collection of protein structure descriptions deposited in the Protein Data Bank (PDB) and provides a Web interface to search and browse the PDB, using a variety of alternative criteria. PDB-Metrics is a powerful tool for bioinformaticians to examine the data span in the PDB from several perspectives. Although other Web sites offer some similar resources to explore the PDB contents, PDB-Metrics is among those with the most complete set of such facilities, integrated into a single Web site. This program has been developed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados de proteína; PDB data distribution statistics; Protein Data Bank; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8264
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Repositório Alice
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteína; Classe de enzima; Bayesian classification; Protein function prediction; Naive Bayes; Enzyme classification number; Bayesian classifier; Data classification; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9196
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Infoteca-e
GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3012
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3002
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. Repositório Alice
JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G..
We present here analysis of pre-calculated values for the cross-links, previously stored in the STING_RDB.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estrutura secundária; STING_RDB; Biologia molecular; Proteína; Proteins.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9611
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. Repositório Alice
MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what ate the consequences for in-silico analysis of the active site 3D environment after implementing remediated PDB files to STING_DB and STING interface.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estrutura enzimática; PDB/RCSB; Interface STING; Interface STING_DB; Biologia molecular; Proteína; Proteins.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9616
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Repositório Alice
NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M..
ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, designed to add key advantages to the whole suite: 1) availability for most popular platforms and browsers, 2) introduction of the STING_DB quality assessment, 3) improvement in algorithms for calculation of three STING parameters, 4) introduction of five new STING modules, and 5) expansion of the existing modules. Star STING is freely accessible at: http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/, http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS, http://www.es.embnet.org/SMS/, http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/SMS/ and http://www.ar.embnet.org/SMS.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteina; Protein structure analysis; Sting; Per-residue structure descriptors; Topology similarity; Structure summaries; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9170
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Infoteca-e
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/2836
Registros recuperados: 19
Primeira ... 1 ... Última
 

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa
Todos os direitos reservados, conforme Lei n° 9.610
Política de Privacidade
Área restrita

Embrapa
Parque Estação Biológica - PqEB s/n°
Brasília, DF - Brasil - CEP 70770-901
Fone: (61) 3448-4433 - Fax: (61) 3448-4890 / 3448-4891 SAC: https://www.embrapa.br/fale-conosco

Valid HTML 4.01 Transitional