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Amostragem de indivíduos representativos em uma população de animais da raça Canchim aparentados e genotipados. Repositório Alice
URBINATI, I.; HIGA, R. H.; MOKRY, F. B..
O objetivo neste estudo foi avaliar diferentes métodos para selecionar uma amostra de uma população contendo animais aparentados, representando estratos de famílias, de forma que os animais selecionados representem toda a população. Utilizaram-se duas fontes de informação para o estudo. A primeira foi o arquivo de pedigree (animal, pai e mãe) constituído de 6.801 animais da raça Canchim, sendo 400 animais genotipados . A segunda foi a matriz de parentesco constituída pelos coeficientes de parentesco dos 400 animais genotipados, organizados na forma de matriz, com os animais nas linhas e colunas e os correspondentes coeficientes de parentesco dentro da matriz (BOURDON, 2000).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Amostragem de indivíduos; Animais da raça Canchim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921061
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An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946432
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ABC; Bos indicus; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Bovino; Nelore.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002861
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Área de olho de lombo; Bovino de corte; Espessura de gordura subcutânea; Random forest; Ribeye area; Backfat; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946729
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Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A..
Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados para...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Carne; Gado de corte; Espessura de gordura; Subcutânea; Randomforest.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943064
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
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Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007540
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946423
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/967077
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplotypes; Beef cattle; Race Canchim.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946401
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Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/156478/1/Genomic-structure-and-market-derived-gene-BMC-genomics.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Erratum; Beef cattle; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065244
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Genetic parameters for carcass traits and body weight using a Bayesian approach in the Canchim cattle. Repositório Alice
MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; ESPASANDIN, A. C.; DIAS, M. A. D.; BAENA, M. M.; REGITANO, L. C. de A..
Correlation between genetic parameters and factors such as backfat thickness (BFT), rib eye area (REA), and body weight (BW) were estimated for Canchim beef cattle raised in natural pastures of Brazil. Data from 1648 animals were analyzed using multi-trait (BFT, REA, and BW) animal models by the Bayesian approach. This model included the effects of contemporary group, age, and individual heterozygosity as covariates. In addition, direct additive genetic and random residual effects were also analyzed. Heritability estimated for BFT (0.16), REA (0.50), and BW (0.44) indicated their potential for genetic improvements and response to selection processes. Furthermore, genetic correlations between BW and the remaining traits were high (P > 0.50), suggesting...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Seleção animal; Espessura do toucinho; Composição da raça; Olho de lombo; Gado; Cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1055105
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Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P..
Nelore is the most economically important cattle breed in Brazil, and the use of genetically improved animals has contributed to increase beef production efficiency. The Brazilian beef feedlot industry has grown considerably in the last decade, so the selection of animals with higher growth rates on feedlot has become quite important. Genomic selection could be used to reduce generation intervals and improve the rate of genetic gains. The aim of this study was to evaluate the prediction of genomic estimated breeding values for average daily gain in 718 feedlot-finished Nelore steers. Analyses of three Bayesian model specifications (Bayesian GBLUP, BayesA, and BayesCπ) were performed with four genotype panels (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; Bos taurus indicus; Growth.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1070097
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P..
Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide association study; Gado de corte; Beef cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003481
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Gado de corte; Raça Canchim.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986150
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
bitstream/item/101136/1/PROCI-2014.00012.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984641
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Background: Meat quality involves many traits, such as marbling, tenderness, juiciness, and backfat thickness, all of which require attention from livestock producers. Backfat thickness improvement by means of traditional selection techniques in Canchim beef cattle has been challenging due to its low heritability, and it is measured late in an animal?s life. Therefore, the implementation of new methodologies for identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to backfat thickness are an important strategy for genetic improvement of carcass and meat quality. Results: The set of SNPs identified by the random forest approach explained as much as 50% of the deregressed estimated breeding value (dEBV) variance associated with backfat thickness,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Metabolismo lipídico; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Machine learning; Tecido adiposo subcutâneo; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Lipid metabolism; Artificial intelligence; Subcutaneous fat.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977539
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de O.; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Article 47.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/959917
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Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Genome-wide association studies provide valuable information for understanding the genetic control of complex traits in livestock. The goal of this study was to investigate the association of the BovineHD BeadChip SNP genotypes with estimated breeding values for long-yearling scrotal circumference adjusted to 420 days (SC420) in Canchim beef cattle. A total 435 SNPs were significantly associated with SC420 (10% chromosome-wise FDR), of which 30 were located in genes on chromosomes 5, 13, and 14, including HEY1, PLCG1, PAG1, ZFHX4, PEX2, FABP5, FABP12, MED30, and TRHR genes. These genes play a role in biological processes related to reproduction, fat deposition, and hormonal systems development. Future studies targeting these regions and genes could provide...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Animal breeding; Candidate gene; Canchim breed.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/993744
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