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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; MOURAO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/153206/1/artigo5-Cesar-BMCGenomics-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos Indicus; Human health; Lipids.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060542
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Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/156478/1/Genomic-structure-and-market-derived-gene-BMC-genomics.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Erratum; Beef cattle; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065244
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Feed efficiency indexes and their relationships with carcass, non-carcass and meat quality traits in nellore steers. Repositório Alice
NASCIMENTO, M. L. do; SOUZA, A. R. D. L.; CHAVES, A. S.; CESAR, A. S. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; MOURAO, G. B.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; ALENCAR, M. M. de; LANNA, D. P. D..
Five hundred and seventy-five Nellore steers were evaluated for residual feed intake and residual feed intake and gain and their relationships between carcass, non-carcass and meat quality traits. RFI was measured by the difference between observed and predicted dry matter intake and RIG was obtained by the sum of − 1*RFI and residual gain. Efficient and inefficient animals were classified adopting ± 0.5 standard deviations from RFI and RIG mean. A mixed model was used including RFI or RIG and contemporary group as fixed effects, initial age as covariate and sire and experimental period as random effects, testing the significance of the regression slope for each evaluated trait. RIG was positively related to longissimus muscle area. Efficient-RFI...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Meat quality; Nellore steers; Feed efficiency.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065231
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Gene co-expression analysis indicates potential pathways and regulators of beef tenderness in Nellore cattle. Repositório Alice
GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J. E.; CESAR, A. S. M.; ANDRADE, S. C. da S.; MOURAO, G. B.; GASPARIN, G.; MOREIRA, G. C. M.; FRITZ-WATERS, E.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..
Beef tenderness, a complex trait affected by many factors, is economically important to beef quality, industry, and consumer?s palatability. In this study, RNA-Seq was used in network analysis to better understand the biological processes that lead to differences in beef tenderness. Skeletal muscle transcriptional profiles from 24 Nellore steers, selected by extreme estimated breeding values (EBVs) for shear force after 14 days of aging, were analyzed and 22 differentially expressed transcripts were identified. Among these were genes encoding ribosomal proteins, glutathione transporter ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 4 (ABCC4), and synaptotagmin IV (SYT4). Complementary co-expression analyses using Partial Correlation with Information...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Qualidade da carne; Maciez da carne; Carne; Gado de Corte; Beef; Beef cattle; Beef quality.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1106256
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Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
Nelore is the major beef cattle breed in Brazil with more than 130 million heads. Genome-wide association studies (GWAS) are often used to associate markers and genomic regions to growth and meat quality traits that can be used to assist selection programs. An alternative methodology to traditional GWAS that involves the construction of gene network interactions, derived from results of several GWAS is the AWM (Association Weight Matrices)/PCIT (Partial Correlation and Information Theory). With the aim of evaluating the genetic architecture of Brazilian Nelore cattle, we used high-density SNP genotyping data (~770,000 SNP) from 780 Nelore animals comprising 34 half-sibling families derived from highly disseminated and unrelated sires from across Brazil....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AWM; PCIT; GWAS; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053714
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Herança citoplasmática de pesos ao nascimento e a desmama em bovinos da raça Charolesa. Repositório Alice
BARBOSA, P. F.; ALENCAR, M. M. de; MAZUTTI, A.; MOURAO, G. B..
Efeitos da herança citoplasmática sobre os pesos ao nascimento (PN;N=1521) e aos 205 dias de idade de bezerros da raça Charolesa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Herança citoplasmática; Peso ao nascimento; Desmama; Gado Charoles; Bovidae; Birth weight; Weaning.
Ano: 1994 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/42171
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Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. Repositório Alice
BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipolysis; Feed efficiency; Pleiotropy; Genome?wide association.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075651
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Identification of genes associated with copper-deficient fatty acid increase in Nelore cattle. Repositório Alice
AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/166429/1/Artigo.jpg
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome regulation; Meat production; Gene expression.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079227
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Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. Repositório Alice
BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/166437/1/Artigo1.jpg
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feed efficiency; Pleiotropy; Transcription factor.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079239
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Potential regulatory elements on PCDH7 gene affecting residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; GEISTLINGER, L.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Residual feed intake; Promoter; Transcription factor; SNPs.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075636
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PRUNE2 gene has a potential effect on residual feed intake in Nellore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. S.; SILVA, J. V. D.; ANDRADE, S. C. S.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Residual feed intake (RFI) can increase the profitability of producers, reduce methane emission and land allocation to livestock production. However, this trait has late and costly measurements. Identifying gene expression changes combined with polymorphisms that affect residual feed intake variation is important for identify target regulatory polymorphisms that can be used in animal breeding programs. Diverse studies performed by our research group in a Nellore population, such as genome-wide association (GWA), association weight matrix (AWM) and RNA-seq analysis of liver tissue have been pointed Prune homolog 2 (Drosophila) (PRUNE2) as a potential candidate gene influencing feed efficiency. For this reason, we select this gene for a more detailed...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Functional gene enrichment; Genética; Gado Nelore; Gado de corte; Genetics; Haplotypes; Feed conversion; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066412
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Putative genes involved in muscle functioning are differentially expressed in Nelore steers divergent for sodium and potassium concentration. Repositório Alice
AFONSO, J.; LINS, L. A.; CASSARO, E. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de O.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURAO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cattle; Gene regulation; Minerals; RNA-Seq.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075625
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Qualidade de silagens de híbridos de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) de portes baixo, médio e alto com diferentes proporções de colmo+folhas/panicula. 2. Avaliação do valor nutritivo. Repositório Alice
SILVA, F. F. da; GONCALVES, L. C.; RODRIGUES, J. A. S.; CORREA, C. E. S.; RODRIGUEZ, N. M.; BRITO, A. F.; MOURAO, G. B..
O objetivo deste experimento foi avaliar a qualidade nutricional de silagens de sorgo de portes alto, médio e baixo, com diferentes combinações de colmo+folhas/panícula (100:00, 80:20, 60:40, 40:60, 20:80 e 00:100), por meio de análises laboratoriais. A planta inteira foi utilizada como controle. Os híbridos foram cultivados e ensilados aos 104 dias de idade em silos de laboratório de PVC, com 10 cm de diâmetro e 40 cm de comprimento (três repetições por tratamento). Os silos foram abertos aos 56 dias após a ensilagem. Os teores de proteína bruta e a digestibilidade in vitro da matéria seca, dos fenóis totais e dos constituintes da parede celular pelo método seqüencial foram determinados. As diferenças foram verificadas por intermédio do teste SNK para...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Silage; Silagem; Sorghum bicolor.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/489172
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Single nucleotide polymorphisms in the CAPN1 and CAST genes associated to carcass traits in Santa Ines lambs. Repositório Alice
SENES, B. B.; MEIRA, A. N.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; AZEVEDO, H. C.; MUNIZ, E. N.; SOUSA JUNIOR, L. P. B.; PINTO, L. F. B..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RESUMO; CORDEIRO; LAMB.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074325
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SNP in the Leptin gene associated with carcass trait in Santa Ines sheep. Repositório Alice
SENES, B. B.; MEIRA, A. N.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; AZEVEDO, H. C.; MUNIZ, E. N.; MACHDO, A. L.; PINTO, L. F. B..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: OVELHA; SHEEP.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074329
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