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Coupling spectral analysis and hidden Markov models for the segmentation of behavioural patterns ArchiMer
Heerah, Karine; Woillez, Mathieu; Fablet, Ronan; Garren, Francois; Martin, Stephane; De Pontual, Helene.
Background Movement pattern variations are reflective of behavioural switches, likely associated with different life history traits in response to the animals’ abiotic and biotic environment. Detecting these can provide rich information on the underlying processes driving animal movement patterns. However, extracting these signals from movement time series, requires tools that objectively extract, describe and quantify these behaviours. The inference of behavioural modes from movement patterns has been mainly addressed through hidden Markov models. Until now, the metrics implemented in these models did not allow to characterize cyclic patterns directly from the raw time series. To address these challenges, we developed an approach to i) extract new metrics...
Tipo: Text Palavras-chave: Fourier transform; Non negative matrix factorization; Classification; Animal behaviour; European sea bass; Movement ecology; Diurnal and tidal cycles; Biologging; Data storage tags.
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00402/51400/51974.pdf
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Evaluation du stock de praires en rade de Brest ArchiMer
Pitel, Mathilde; Martin, Stephane; Fifas, Spyros; Huet, Jerome; Berthou, Patrick.
Pendant les années 50, la praire a joué un rôle secondaire dans le contexte maritime local. Au cours des années 50, cette espèce était ciblée par une flottille différente de la coquille Saint-Jacques de la rade de Brest, à capacité de capture modeste (flottille du Relecq Kerhuon) permettant la réalisation des captures annuelles moyennes de l'ordre de 150 tonnes. La décennie 60, après l'effondrement du stock coquillier a vu la praire occuper une place de ressource de substitution pour atteindre des productions dépassant les 400 tonnes. Les premières étapes de l'évolution de cette pêcherie sont détaillées par Le Gall (1969) et Piboubès (1973). Petit à petit, la flottille s'est transformée (à partir des années 70, entrée progressive des goémoniers dans la...
Tipo: Text Palavras-chave: Jeancani; Venus verrucosa; Clams; Bay of Brest; Brittany; Jeancani; Venus verrucosa; Ressource de substitution; Praires; Rade de Brest; Bretagne.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-4602.pdf
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New insights into behavioural ecology of European seabass off the West Coast of France: implications at local and population scales ArchiMer
De Pontual, Helene; Lalire, Maxime; Fablet, Ronan; Laspougeas, Claire; Garren, Francois; Martin, Stephane; Drogou, Mickael; Woillez, Mathieu.
From 2010 to 2012, 246 data storage tags were deployed on European seabass in the Iroise Natural Marine Park, a marine protected area (MPA) off west Brittany, France. A return rate of 14.6% associated with long time series of data provided new information on fish ecology (e.g. maximum experienced depth greater than 225 m, temperature range 6.80–21.87°C). Depth and temperature series were used to infer individual migration using an innovative hidden Markov model (HMM) especially developed for seabass geolocation. Reconstructed fish tracks revealed that seabass is a partially migratory species, as individuals exhibited either long-distance migrations towards the Bay of Biscay or the Celtic Sea, or residency behaviour in the Iroise Sea. Fidelity to summer...
Tipo: Text Palavras-chave: Cod; Connectivity; Data Storage Tag (DST); Depth; European sea bass; Dicentrarchus labrax; Geolocation; Partial migration; Spawning site fidelity; Temperature; Vertical movement.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00451/56230/57790.pdf
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NOURDEM Douarnenez : bilan des campagnes d’avril et d’octobre 2018. ArchiMer
Drogou, Mickael; Le Goff, Ronan; Lebigre, Christophe; Le Ru, Loic; Martin, Stephane; Le Roy, Didier; Berthele, Olivier.
Rapport des campagnes d’échantillonnage réalisées au moyen du chalut GOV « Bargip-NOURDEM » en Avril 2018, puis de ce chalut GOV et du chalut à perche « CP3M » en Octobre 2018 dans la zone côtière de la Baie de Douarnenez afin d’y définir un plan d’échantillonnage applicable à l’avenir en cas de pérennisation d’une campagne annuelle visant à suivre les évolutions d’abondance des principales espèces peuplant ce domaine, et notamment celles pour lesquelles la baie représente une zone fonctionnelle (principalement une zone de nourricerie pour les juvéniles).
Tipo: Text Palavras-chave: Échantillonnages halieutiques au chalut; Indices d’abondance 2018; Baie de Douarnenez; Comparaison des captures entre un chalut à grande ouverture verticale et un chalut à perche.; Trawling net samplings; 2018 Abundance index; Baie de Douarnenez; Catch comparison of a high opening trawling net and a beam trawl.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00485/59682/62756.pdf
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Nourdem Loire : bilan de la campagne 2017 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Drogou, Mickael; Le Ru, Loic; Garren, Francois; Martin, Stephane; Le Roy, Didier; Bouche, Ludovic; Berthele, Olivier.
Rapport de la campagne d'échantillonnage réalisée au moyen du chalut GOV "Bargip" entre le 29 juin et le 6 juillet 2017 dans l'estuaire de la Loire afin d'y produire l'indice d'abondance 2017 en juvéniles de bar (et autres espèces piscicoles).
Tipo: Text Palavras-chave: Bar européen; Nourricerie de l’estuaire de la Loire; Échantillonnage au chalut; Indice d’abondance 2017; Dicentrarchus labrax; European Sea Bass; Nurserie of the Loire estuary; 2017 Abundance index; Dicentrarchux labrax; Trawling net samplings.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00414/52544/53458.pdf
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Nourdem Loire et Nourdem Seine : bilan des campagnes 2018 ArchiMer
Drogou, Mickael; Le Goff, Ronan; Le Roy, Didier; Martin, Stephane; Le Ru, Loic; Bouche, Ludovic; Roy, Amedee; Berthele, Olivier; Lebigre, Christophe.
Rapport des campagnes d’échantillonnage réalisées au moyen du chalut GOV « Bargip » entre le 03 et le 10 juillet 2018 dans l’estuaire de la Loire et entre le 01 et 08 août dans l’estuaire de la Seine afin d’y produire des indices d’abondance 2018 en juvéniles de bar et autres espèces piscicoles.
Tipo: Text Palavras-chave: Bar européen; Dicentrarchus labrax Nourricerie de l’estuaire de la Loire Nourricerie de l’estuaire de Seine échantillonnage au chalut Indices d’abondance 2018. European Sea Bass; Dicentrarchux labrax Nurseries of the Loire and Seine estuaries; Trawling net samplings 2018 Abundance index.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00487/59889/63066.pdf
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NOURDEM Seine : bilan de la campagne 2017 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Drogou, Mickael; Le Ru, Loic; Garren, Francois; Martin, Stephane; Bouche, Ludovic; Le Roy, Didier; Berthele, Olivier.
Rapport de la campagne d’échantillonnage réalisée au moyen du chalut GOV « Bargip-NOURDEM » en août 2017 dans l’estuaire de la Seine afin d’y produire l’indice d’abondance 2017 en juvéniles de bar (et de quelques autres espèces d’intérêt commercial). Définition du plan d’échantillonnage applicable à l’avenir en cas de pérennisation d’une campagne annuelle. Campagne réalisée dans le cadre d'un partenariat entre l'Ifremer, le Comité Régional des Pêches Maritimes de Normandie, le Comité Régional des Pêches Maritimes et Elevages Marins des Hauts de France, et les organisations de producteurs OP CME, OP Normandie, OP COBRENORD, OP FROM NORD et OP Pêcheurs de Bretagne.
Tipo: Text Palavras-chave: Bar européen; Dicentrarchus labrax Nourricerie de l’estuaire de Seine échantillonnage au chalut Indice d’abondance 2017. European Sea Bass Dicentrarchux labrax Nurserie of the Seine estuary 2017 Abundance index trawling net samplings.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00411/52262/53008.pdf
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Synthèse française des procédures d'estimation d'âge ArchiMer
Mahe, Kelig; Bellail, Robert; Dufour, Jean-louis; Boiron-leroy, Anne; Dimeet, Joel; Duhamel, Erwan; Elleboode, Romain; Felix, Jerome; Grellier, Patrick; Huet, Jerome; Labastie, Jacques; Le Roy, Didier; Lizaud, Oceann; Manten, Marie-line; Martin, Stephane; Metral, Luisa; Nedelec, Daniel; Verin, Yves; Badts, Vincent.
This document presents all the techniques used in routine by Ifremer to estimate the age of fish from the calcified piece. The procedure for estimating age describes each technical stage from the taking of the calcified piece through to the supplying of key sizes/ages to the European work groups. This procedure is specific to each species and even each population of fish.
Tipo: Text Palavras-chave: Poisson; TNPC; Préparation; Procédure; Age; Ecaille; Illicium; Otolithe; Sclérochronologie; Fish; TNPC; Preparation; Procedure; Age; Scale; Illicium; Otolith; Sclerochronology.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7294/rapport-7294.pdf
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