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A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B..
bitstream/item/178055/1/ID-27692-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Spherical harmonics; Fingerprints; Surface matching; Docking.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188155
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A pipeline to study structural interactions among Spodoptera frugiperda serine proteinases and plant proteinase inhibitors. Repositório Alice
BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; MOURA, D. S.; NESHICH, G.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ, W. Jr; SILVA-FILHO, M. C..
We propose here a computational biology pipeline to identify and analyze possible structural determinants that could explain some level of insensitivity by S. frugiperda serine proteinases (SPs) against plant PIs observed in a real time PCR experiment.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Quimotripsinas; Docagem molecular; Spodoptera frugiperda; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868163
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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5069
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Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. Repositório Alice
RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..
Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8643
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005
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Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. Repositório Alice
BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G..
We propose a new empirical scoring function for binding affinity prediction modeled based on physicochemical and structural descriptors that characterize the nano-environment that encompass both ligand and binding pocket residues. Our hypothesis is that a more detailed characterization of protein-ligand complexes in terms of describing nano-environment as precisely as possible can lead to improvements in binding affinity prediction.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Interações entre proteína e ligantes; Modelagem; Modelos; Complexo proteína-ligante; Protein-ligand complex; Binding affinity prediction model; Empiric nonparametric predictive model; Plataforma Sting; Binding properties; Models.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1060954
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Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. Repositório Alice
JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G..
Biologia computacional, uma nova ciência aplicada. Desenho racional de drogas, fármacos e agroquímicos. Biologia computacional na Embrapa.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biologia computacional; Agricultura; Bioinformatics; Agriculture.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010715
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BlueStar STING platform for analysis of protein structure / function relationship: designing agrochemicals to fit new protein targets for bacterial, fungal and insect control. Repositório Alice
NESHICH, G..
Blue Star STING suite of programs for comprehensive analysis of structure, function and stability of proteins and their complexes, has matured over a decade of development. We will present the in silico process for identification of the catalytic site amino acids by means of selecting a range for values for a set of the STING_DB parameters - protein structure descriptors.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biologia molecular; Estrutura de proteínas; Processo in silico; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/949444
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Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8640
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Proteina; Software SMS.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8835
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"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. Repositório Alice
NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da.
O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Web; Banco de dados; Estruturas macromoleculares; Bioinformatics; Databases.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31601
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Computational biology in Brazil. Repositório Alice
NESHICH, G..
Increased economic activity boosted research investment. Government policies for research and development. Genomics and bioinformatics. The current state of computational biology: services versus research. Is there applied science without science to be applied? Knowledge derived from genomics projects. Brazilian association for bioinformatics and computational biology. Opportunites for entrepreneurship. Educational activities. Acknowledgments.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Biologia computacional; Bioinformática; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5905
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Computational Biology tools in design of an agrochemical against Xylella fastidiosa. Repositório Alice
FULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; BORRO, L.; TASIC, L.; NESHICH, G..
Since its pathogenicity is related to bacterial motility, the protein PilT from the twitching motility system has been chosen as the host target. Using rational drug design, based on a detailed comprehension of the protein host structure, small molecules were designed in order to block the activity of the protein and provoke the loss of the bacterium pathogenicity.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Ferramentas de biologia computacional; Computational biology tools; Biology; Bioinformatics; Xylella fastidiosa.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032273
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Computational biology tools in design of an agrochemical against Xyllela fastidiosa. Repositório Alice
FULAZ, S. F.; CABRINI, F.; TASIC, L.; BORRO, L.; NESHICH, G..
Xylella fastidiosa is a Gram-negative, non-flagellated bacterium that causes CVC in citrus and Pierce?s disease in grapevines. The CVC affects 40% of the 200 million orange trees in São Paulo state. It colonizes the xylem vessels of the plants, blocking the water and nutrient flows. PilT protein is a part of the motility system and very important for Xyllela pathogenicity and our protein target for drug design. Computational biology tools were used to design the compound able to inhibit the formation of the PilT hexamer, leading to loss of Xyllela pathogenicity. This approach could be employed in the development of new inhibitors against different targets belonging to the same protein family of PilT.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; PilT; Ferramentas de biologia computacional; Computational biology tools; Biology; Bioinformatics; Xylella fastidiosa.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032282
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8679
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Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Curvatura da superfície; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8642
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Determinação da estrutura e estudo da função da metalotioneína de Synechococcus com ferramentas da bioinformática. Infoteca-e
NESHICH, G.; GUELFI, A.; MOLINA, S. M. G..
Este trabalho abordou a análise estrutural das MTs a fim de se modelar esta proteína e com isso compreender melhor o funcionamento da mesma. O conhecimento da cianobactéria e uma completa análise da MT poderia ser muito útil em um estudo de utilização desta na técnica da biorremediação para remover metais pesados do solo e da água decorrentes das praticas agrícolas atuais.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Metalotioneínas; MTs; Metalotioneína de Synechococcus; Proteínas.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/2153
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