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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8640
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS.; Proteína..
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
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Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Curvatura da superfície; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8642
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Determinação da estrutura e estudo da função da metalotioneína de Synechococcus com ferramentas da bioinformática. Infoteca-e
NESHICH, G.; GUELFI, A.; MOLINA, S. M. G..
Este trabalho abordou a análise estrutural das MTs a fim de se modelar esta proteína e com isso compreender melhor o funcionamento da mesma. O conhecimento da cianobactéria e uma completa análise da MT poderia ser muito útil em um estudo de utilização desta na técnica da biorremediação para remover metais pesados do solo e da água decorrentes das praticas agrícolas atuais.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Metalotioneínas; MTs; Metalotioneína de Synechococcus; Proteínas.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2153
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Estudo da influência de seqüências polipeptídicas e de códons na determinação da estrutura secundária de proteínas. Infoteca-e
NESHICH, G.; SIQUEIRA NETO, J. L. de.
O propósito desse trabalho foi descrever e quantificar os casos de polipeptídicos idênticos em diferentes estruturas secundárias, encontrados em banco de dados de estrutura: Protein Data Bank (PDB).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Polipeptídios; Banco de dados de estruturas; Protein Data Bank; PDB.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8646
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633
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Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MOURA, M. F.; FILETO, R.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10613/1/comtec61.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aminoácidos de proteínas.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8601
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
bitstream/CNPTIA/10852/1/comtec67.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/9102
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Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise estrutural de proteínas; Propriedades rotâmeros e ocupância; Cadeias laterais.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8636
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Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa. Infoteca-e
FALCÃO, P. R. K.; TADA, S. F. de S.; SOUZA, A. P.; YAMAGHISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; FILETO, R.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Modelagem molecular; Heat shock; Proteínas celulares.; Proteína; Xylella Fastidiosa..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1372
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Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G..
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680
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Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Infoteca-e
GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3012
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002
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SMSLib - biblioteca C++ do Sting Millennium Suite. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; MATTIUZ, A. R.; FREITAS, E. M. de; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Organização lógica do SMS. Descrição da SMSLib. Leitura de arquivos PDB. Leitura de arquivos HSSP. Leitura de arquivos com parâmetros simples. Cálculo e leitura de contatos. Cálculo e leitura de Dihedral Angels.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sting Milleninum Suite; SMS; SMSLib; Biblioteca C++.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8637
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Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Infoteca-e
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2836
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