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A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni. Repositório Alice
PROTASIO, A. V.; TSAI, I. J.; BABBAGE, A.; NICHOL, S.; HUNT, M.; ASLETT, M. A.; SILVA, N. de; VELARDE, G. S.; ANDERSON, T. J. C.; CLARK, R. C.; DAVIDSON, C.; DILLON, G. P.; HOLROYD, N. E.; LOVERDE, P. T.; LLOYD, C.; MCQUILLAN, J.; OLIVEIRA, G.; OTTO, T. D.; PARKER-MANUEL, S. J.; QUAIL, M. A.; WILSON, R. A.; ZERLOTINI, A.; DUNNE, D. W.; BERRIMAN, M..
Schistosomiasis is one of the most prevalent parasitic diseases, affecting millions of people in developing countries. Amongst the human-infective species, Schistosoma mansoni is also the most commonly used in the laboratory and here we present the systematic improvement of its draft genome. We used Sanger capillary and deep-coverage Illumina sequencing from clonal worms to upgrade the highly fragmented draft 380 Mb genome to one with only 885 scaffolds and more than 81% of the bases organised into chromosomes. We have also used transcriptome sequencing (RNA-seq) from four time points in the parasite?s life cycle to refine gene predictions and profile their expression. More than 45% of predicted genes have been extensively modified and the total number has...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Schistosoma.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/940202
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Abelhas carreadoras de pólen do algodão, Gossypium hirsutum: análise preliminar. Repositório Alice
CARDOSO, C. F.; OLIVEIRA, G.; NAKASU, E.; SUJII, E. R.; FONTES, E. M. G.; SILVEIRA, F. A.; PIRES, C. S. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187066
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Biologia floral de Gossypium hirsutum latifolium (Malvaceae) Repositório Alice
CARDOSO, C. F.; SILVEIRA, F. A.; OLIVEIRA, G.; NAKASU, E.; SUJII, E. R.; FONTES, E. M. G.; PIRES, C. S. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187291
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Controle automático da umidade do solo com energia solar para pequenos produtores. Repositório Alice
SILVA, D.; OLIVEIRA, G.; SILVA, ROOSEVELT.; FERNANDES, C.; JESUS, L. de.; BERGIER, I..
Esse trabalho tem por objetivo apresentar um protótipo autônomo de irrigação energizado por uma célula fotovoltaica de 5 W, baseado na plataforma Arduino (código e hardware aberto). O sistema consiste de um sensor de umidade do solo que ao atingir um dado sinal elétrico aciona um dispositivo solenoide de liberação do fluxo de água em uma rede de irrigação. O sistema tem custo aproximado de R$240, é de fácil manipulação e manutenção, e funciona de maneira autônoma durante o dia quando há energia solar disponível. O emprego do sistema pode aumentar a produtividade de pequenos produtores pela redução do estresse em períodos de seca.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arduino; Automação; Estresse hídrico; Irrigação de solo; Automation; Soil irrigation; Water stress.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973560
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Desenvolvimento de um sistema de monitoramento remoto de umidade do solo. Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; SILVA, D.; FERNANDES, C.; SILVA, R.; JESUS, L. de.; BERGIER, I..
Este trabalho tem por objetivo apresentar o protótipo de um sistema autônomo de monitoramento de umidade do solo. O sistema consiste de três sensores de umidade de solo conectados a um microcontrolador Arduino, alimentado por uma bateria carregada por uma célula fotovoltaica. O propósito desse sistema é realizar a transmissão por módulo Xbee® de sinal analógico referente ao teor de umidade do solo. O sinal transmitido é captado por outro módulo Xbee® ligado a um programa servidor capaz de armazenar continuamente as informações captadas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arduino; Qualidade do solo; Sensores; Banco de dados; Transmissão sem fio; Soil quality; Sensors; Database; Wireless transmission.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973632
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Efficient gap-closure of eukaryotic genome sequence assemblies by third-generation sequencing. Repositório Alice
CRUZ, I. R. da C.; GERALDO, J. A.; LEITE, L. R.; ZERLOTINI, A.; ARAÚJO, F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..
Recently, we produced the first draft assemblies of Guzerá and Gir genomes. Two Zebu (Bos indicus) breeds adapted to tropical climate and under genetic evaluation to milk purposes in Brazil.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequenciamento de genoma de zebu; Plataforma SOLiD; Genome; Zebu; Sequence analysis.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946528
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Mini-estação meteorológica integrada ao sistema de compartilhamento de dados "Base Tuiuiú". Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; SILVA, D.; SILVA, R.; JESUS, L. de.; FERNANDES, C.; BERGIER, I..
bitstream/item/173590/1/23-PDFsam-DOC126.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Estação; Meteorológica.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/999735
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New single sucleotide polymorphisms in Guzerá breed revealed by whole-genome re-sequencing. Repositório Alice
CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S. de; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBAR, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..
The objective of our work was to sequence and assemble the Guzerá genome in order to identify race-­specific variations that might be used in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Criação de animais; Análise de sequência de genomas; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding; Sequence analysis; Genomics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/973157
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Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. Repositório Alice
ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S..
In this context, the objective of this work was to sequence and assemble the genome of one Guzerá bull in order to identify breed-specific variations that might be included in the genotyping arrays and be useful in breeding programs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Cattle.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006143
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Proteome-wide evolutionary analysis reveals lineage-specific adaptations and improves funtional annotation of Schistosoma mansoni proteins. Repositório Alice
SILVA, L.; MARCET-HOUBEN, M.; NAHUM, L.; ZERLOTINI, A.; GALBADÓN, T.; OLIVEIRA, G..
In this context, comparative proteomic analysis can shed new light on the evolutionary processes that shaped hostparasite interaction over evolutionary time. Taking advantage of the benefits provided by a largescale phylogenetic analysis, in the present work, we reconstructed the evolutionary history of each protein encoded in the S. mansoni genome in comparison with other 12 taxa to gain insights into lineage-specific evolutionary events, potentially related to the parasitic lifestyle, as well as to improve functional annotation. Results The collection of trees reconstructed in this work includes 7,964 phylogenies, which comprises the evolutionary histories of all parasite proteins and their homologs across 12 other organisms. This analysis allowed a...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Proteoma; Schistosoma mansoni; Proteome; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946562
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Significant variance in genetic diversity among populations of Schistosoma haematobium detected using microsatellite DNA loci from a genome-wide database. Repositório Alice
GLENN, T. C.; LANCE, S. L.; MCKEE, A. M.; WEBSTER, B. L.; EMERY, A. M.; ZERLOTINI, A.; OLIVEIRA, G.; ROLLINSON, D.; FAIRCLOTH, B. C..
Background: Urogenital schistosomiasis caused by Schistosoma haematobium is widely distributed across Africa and is increasingly being targeted for control. Genome sequences and population genetic parameters can give nsight into the potential for population- or species-level drug resistance. Microsatellite DNA loci are genetic markers in wide use by Schistosoma researchers, but there are few primers available for S. haematobium. Methods: We sequenced 1,058,114 random DNA fragments from clonal cercariae collected from a snail infected with a single Schistosoma haematobium miracidium. We assembled and aligned the S. haematobium sequences to the genomes of S. mansoni and S. japonicum, identifying microsatellite DNA loci across all three species and designing...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Microssatélites; Esquistossomose urogenital; Genética; Schistosoma haematobium; Microsatellite repeats; Schistosomiasis; Genetics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976133
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SNPs and INDELs in genes involved in lipid metabolism of mammary gland of Zebu breeds identified by whole genome sequencing. Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; ROSSE, I.; ASSIS, J.; OLIVEIRA, F.; LEITE, L.; ARAÚJO, F.; SALIM, A.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B.; ARBEX, W.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G.; VERNEQUE, R.; MARTINS, M.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V.; CARVALHO, M. R..
In this context, the objective of this study was to sequence and to map the genome of three Guzerá bulls and three Gir bulls in order to identify zebu-specific variations involved in the lipid metabolism of the mammary gland.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genoma; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035258
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SNPS/INDELS identification in genomic regions of abc transporters in susceptible and ivermectin-resistant Haemonchus contortus Repositório Alice
BRAZ, F. S. S.; CRUZ, A. A.; PAIS, F.; OLIVEIRA, G.; NICIURA, S. C. M.; BEECH, R.; MOLENTO, M. B..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNPS/INDELS; IVERMECTIM; RESISTANT; HAEMONCHUS CONTORTUS.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001352
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Understanding innate immune responses to DNA viruses using the Drosophila melanogaster model. Repositório Alice
AGUIAR, E.; LOBO, F. P.; OLMO, R.; FERREIRA, F.; OLIVEIRA, G.; HULTMAN, K.; JAFARI, N.; CARTHEW, R.; MARQUES, J..
Here, we focused our RNA-seq analysis on the reads that mapped to the host genome.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Resposta a vírus; Virus response; Small RNA; Drosophila melanogaster.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946656
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Utilizando R para manipular dados de projeção climática. Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; NAKAI, A. M..
O Laboratório de Modelagem Agroambiental (LMA) da Embrapa Informática Agropecuária utiliza dados de projeção climática para realização de simulações de cenários agrícolas futuros. Grande parte desses dados é disponibilizada no formato NetCDF. A NetCDF é uma biblioteca livre, que possui funções de manipulação de dados armazenados em matrizes que contêm dimensões, variáveis e metadados. É utilizada em linguagens como C, C++, Fortran, Java, R entre outras. Essa combinação entre linguagem, biblioteca e arquivo possibilita criação, acesso e compartilhamento de dados científicos. Os arquivos NetCDF possuem informações descritivas sobre os dados que contêm (os chamados metadados). Podem armazenar diferentes tipos de variáveis numéricas e caracteres. Além disso, o...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Linguagem R; NetCDF; Modelos de projeção climática; Raster data.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009820
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Visitantes florais do algodão, Gossypium hirsutum, em diferentes regiões de produção do Brasil. Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; CARDOSO, C. F.; NAKASU, E.; SCOMPARINI, A. L.; TELES, E.; RODRIGUES, S.; SANTOS, J. B.; MIRANDA, J.; SUJII, E. R.; FONTES, E. M. G.; SILVEIRA, F. A.; PIRES, C. S. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187585
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Whole ­genome ­sequencing­ of ­Guzerá­ breed­ revealed ­SNPS­ with­ potential­implication­ for ­milk ­production. Repositório Alice
CRUZ, I. R.; GERALDO, J. A.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAÚJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, M. R. S.; OLIVEIRA, G..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Bioinformática; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism; Sequence analysis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006424
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