SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..

The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.

Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle.

Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518

PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..

Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...

Avaliação de diferentes métodos de seleção em população de bovinos de duplo propósito através de simulação genética.

Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275

RODRIGUES, R. F. M; NASCIMENTO, G. C.; PANETTO, J. C. do C.; TEIXEIRA, R. B.; CORDEIRO NETO, J. A.; TEIXEIRA, B. B.; NORONHA, C. M. S.; PAIVA, A. L. da C..

2014

Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus)

Palavras-chave: Ganho genético; Genesys; Limite de seleção.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009337

PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..

2017

Banco de DNA de Bovinos: avaliação de metodologias alternativas para extração de DNA.

Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose; Pedigree.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072487

Desequilíbrio de ligação nos cromossomos 10 e 23 em populações Gir, F1 e F2 (Gir x Holandês)

BRION, C. T.; SANTOS, L. B.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A..

2015

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Genética molecular bovinos; DNA; Métodos de extração.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034534

O. P. I; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; G. S. E. F.; MACHADO, M. A..

2017

Estimação de curvas de lactação de bovinos da raça Gir.

Palavras-chave: GWAS; Seleção genômica.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072303

MOREIRA, R. M.; BRIGHENTI, C. R. G.; PANETTO, J. C. do C.; RESENDE, J. C. de.

2014

Estudo da endogamia em populações simuladas submetidas a diferentes métodos de seleção.

Palavras-chave: Produção leiteira; Seleção animal; Zebu.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008636

NASCIMENTO, G. C.; RODRIGUES, R. F. M.; CORDEIRO NETO, J. A.; TEIXEIRA, R. B.; NORONHA, C. M. S.; PAIVA, A. L. da C.; PANETTO, J. C. do C.; TEIXEIRA, B. B..

2014

Frequência alélica e genotípica do SNP ligado ao fenótipo slick hair no gene do receptor da prolactina (PRLR) em bovinos da raça Caracu.

Palavras-chave: Dupla aptidão; Ganho genético; Genesys.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008501

NASCIMENTO, J. C.; SEIBERLICK, O. S. G.; CARVALHO, B. O.; PEREIRA, H. P.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B..

Resumo: Em ambientes tropicais e subtropicais, a expressão de características produtivas em bovinos é dificultada pelos efeitos ambientais como o estresse térmico, agravado pelo aquecimento global. Regiões genômicas associadas à tolerância ao calor foram recentemente descritas e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) relacionados a essa variação foram identificados. Uma mutação no gene do receptor de prolactina, no SNP 39136666 foi relacionada à presença de um tipo diferente de pelagem denominada ?slick hair? em animais da raça Carora e Caracu, que está associado com a maior tolerância ao calor. Foram genotipados neste trabalho, 61 animais da raça Cararu Caldeano, utilizando a técnica tetra-primers ARMSPCR. A frequência alélica e genotípica foi...

Genetic analysis of productive and reproductive traits in multiple-breed dairy cattle populations.

Palavras-chave: Genotipagem; Caracu caldeano; Tetra-primer; ARNS-PCR.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1112049

RIBEIRO, V. M. P.; MERLO, F. A.; GOUVEIA, G. C.; WINKELSTROTER, L. K.; ABREU, L. R. A.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; PAIVA, L. de C.; CEMBRANELLI, M. de A. R.; TORAL, F. L. B..

The objective of this work was to determine whether the random regression model using linear splines (RRMLS) is suitable to estimate the genetic parameters for productive and reproductive traits of a multiple-breed dairy cattle population, as well as to investigate the effect of the genetic group of the progeny on the genetic merit of the sire. The multiple-trait model (MTM) and the RRMLS with one knot fitted for every genetic group were used to obtain the genetic parameters. Records of 1/2 Holstein + 1/2 Gyr (1/2HG), 5/8 Holstein + 3/8 Gyr (5/8HG), and 3/4 Holstein + 1/4 Gyr (3/4HG) crossbreed dams were considered. The RRMLS showed better fitting. The additive and residual variances estimated by the MTM and the RRMLS were similar. Heritability varied from...

Genetic characterization of Indubrasil cattle breed population.

Palavras-chave: Raça Gir; Gir (cattle breed).

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083465

ZANELLA, R.; LAGO, L. V.; SILVA, A. N. da; PÉRTILLE, F.; CARVALHO, N. S. de; PANETTO, J. C. do C.; ZANELLA, G. C.; FACIOLI, F. L.; SILVA, M. V. G. B..

Abstract The Indubrasil breed was developed in the Brazilian region called Triângulo Mineiro as a result of a cross between zebu cattle. Initially, it was used as a terminal cross and currently it represents approximately 4.45% of all the Brazilian zebu cattle. Studies were conducted to estimate genetic parameters in the Indubrasil using pedigree information, however, until now, no study has been developed using large-scale genomic markers in this breed. Pedigree information are widely used to investigate population parameters; however, they can neglect some estimates when compared to the use of genomic markers. Therefore, the objective of this study was to investigate the population structure and the genetic diversity of Indubrasil cattle using a...

Genome Wide CNVs analysis to identify variants associated with coat color in Gyr breed.

Palavras-chave: Indubrasil; SNPs; Genetic diversity; Inbreeding; Pedigree.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101944

CARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. C. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B..

2015

Genome-wide detection of signatures of selection in indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds using wholegenome re-sequencing data.

Palavras-chave: Bos taurus indicus; Gwas; KIT; TYRO3; Variantes estruturais; Tolerância ao calor.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041480

PERIPOLLI, E.; REIMER, C.; HA, NGOC-THUY; GEIBEL. J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SIMIANER, H.; SILVA, M. V. G. B..

bitstream/item/219647/1/34-Genome-wide.pdf

Girolando breed genetic improvement program - Genetic evaluation of cows - June/2016.

Palavras-chave: Bos taurus indicus; Bos taurus taurus; Signatures of selection; Local adaptation; Next-generation sequencing.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1128690

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PANETTO, J. C. do C.; FREITAS, A. F. de; PAIVA, L. DE C.; GONÇALVES, G. S.; ALVES, B. R. C..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando? PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. Besides interacting with previously existing initiatives of the Girolando Breeders Association, such as the genealogical register service, the progeny test and the dairy control service, the PMGG launched the Linear Evaluation System (SLAG). The main objectives of the PMGG comprises identification of genetically superior individuals, the technically-oriented multiplication of genetics, the evaluation of economic traits and the promotion of sustainable dairy activities. The program have...

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando.; Dairy cattle..

Ano: 2016

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1049079

Girolando breed genetic improvement program - Genetic evaluation of cows - June/2017.

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PANETTO, J. C. do C.; PAIVA, L. DE C.; GONÇALVES, G. S.; MACHADO, M. A.; ALVES, B. R. C..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando - PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. This Sire Summary/Progeny Test Results document has innovative tools and resources, for breeders and/or other professionals. Those include information regarding molecular markers, the Girolando Linear Evaluation System (SALG) and the updated genetic evaluation of age at first calving. The methods for analysis were modified for this current evaluation and are detailed further in this document.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Raça girolando; Girolando cows; Girolando breed.; Animal breeding; Dairy cattle..

Ano: 2017

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1081019

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2014.

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. dos; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de; ALVES, B. R. C..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando– PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. Besides interacting with previously existing initiatives of the Girolando Breeders Association, such as the genealogical register service, the progeny test and the dairy control service, the PMGG launched the Linear Evaluation System (SLAG). The main objectives of the PMGG comprises identification of genetically superior individuals, the technically-oriented multiplication of genetics, the evaluation of economic traits and the promotion of sustainable dairy activities. The program have...

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoria; Raça girolando; Melhoramento genético.

Ano: 2014

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1000454

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - July/2015.

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; ARBEX, W. A.; ALVES, B. R. C.; PANETTO, J. C. do C.; CARVALHO, B. C. de.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando.; Dairy cattle..

Ano: 2015

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1024408

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - June 2016.

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - June 2017.

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PAIVA, L. DE C.; PANETTO, J. C. do C.; ALVES, B. R. C.; CAMPOS, M. M.; CARVALHO, B. C. de; MACHADO, M. A.; REIS, D. R. de L..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando - PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. This Sire Summary/Progeny Test Results document has innovative tools and resources, for breeders and/or other professionals. Those include information regarding molecular markers, the Girolando Linear Evaluation System (SALG) and the updated genetic evaluation of age at first calving. The methods for analysis were modified for this current evaluation and are detailed further in this document.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando.; Dairy cattle..

Ano: 2016

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1050998

Girolando breed genetic improvement program - Sire summary - Progeny test results - June 2018.

SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; PAIVA, L. DE C.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERARDO, L. L.; GONÇALVES, G. S.; REIS, D. R. de L.; ALVES, B. R. C..

The Girolando breed progeny test was established in 1997, as a result of the partnership between Girolando and Embrapa Dairy Cattle. In 2007, the Programa de Melhoramento Genético da Raça Girolando - PMGG (Genetic Improvement Program of the Girolando Breed) was implemented. This Sire Summary/Progeny Test Results document has innovative tools and resources, for breeders and/or other professionals. Those include information regarding molecular markers, the Girolando Linear Evaluation System (SALG) and the updated genetic evaluation of age at first calving. The methods for analysis were modified for this current evaluation and are detailed further in this document.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Gado de leite; Melhoramento genético; Melhoria; Raça girolando.; Dairy cattle..

Ano: 2017

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1080947