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A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Montagem de sequência de DNA; Bioinformática; De novo Assembly; Brachiaria Ruziziensis; Pastagem; Genoma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099953
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A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Genoma; Capim Urochloa.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1107378
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Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.
bitstream/item/171614/1/apagar1.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide polymorphism; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247
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Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L..
ABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Seqüenciamento de longa duração; Soja; Genoma; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100401
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Development and validation of microsatellite markers for Brachiaria ruziziensis obtained by partial genome assembly of illumina single-end reads. Repositório Alice
SILVA, P. I. T.; MARTINS, A. M.; GOUVEA, E. G.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; FERREIRA, M. E..
bitstream/item/179864/1/1471-2164-14-17.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Brachiaria Ruziziensis.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964208
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Genetic Diversity and Structure of Ruzigrass Germplasm Collected in Africa and Brazil. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA SOBRINHO, F. de; GOUVEA, E. G.; MARTINS, A. M.; FERREIRA, M. E..
Results of this study indicated that the introduction of ruzigrass in Brazil did not cause a major decrease in genetic diversity. Brazilian local populations might harbor favorable alleles that will be useful for ongoing and future breeding programs.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Tropical forage; Brachiaria species; Microsatellite markers.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035303
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Genotyping-by-sequencing of soybean breeding lines from Africa, Brazil, Canada, and the USA. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; TORKAMANEH, D.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; OLIVEIRA, M. F. de; ABDELNOOR, R. V.; NELSON, R.; BELZILE, F.; DIERS, B. W..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Soja; Genoma; Sequência; Melhoramento genético vegetal; Africa; Brasil; Canadá; Estados Unidos.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1062612
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Improving the use of genomic tools in tropical forage grass breeding with diploid ruzigrass as a reference. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E..
bitstream/item/196085/1/iftbc-2019-online-abstract-boopg92.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Forrageira Tropical; Genoma; Brachiaria Ruziziensis; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108398
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Marker-assisted preventive plant breeding for soybean aphid (Aphis glycines) resistance. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; FARIAS NETO, A. L. de; NELSON, R. L.; DIERS, B. W.; SONG, Q.; FERREIRA, M. E..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético vegetal; Marcadores genéticos; Resistência; Afídeo da soja; Aphis glycines.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1062620
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Metagenômica e sua aplicação no estudo de diversidade e função de microrganismos de solos do Cerrado. Infoteca-e
PESSOA FILHO, M. A. C. de P..
2010
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Solo; Cerrado; Metagenômica; Microrganismo do solo; Environmental genomics; Savanna soil; Soil microorganism.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/884750
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Molecular dating of phylogenetic divergence between Urochloa species based on complete chloroplast genomes. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MARTINS, A. M.; FERREIRA, M. E..
Abstract: Background: Forage species of Urochloa are planted in millions of hectares of tropical and subtropical pastures in South America. Most of the planted area is covered with four species (U. ruziziensis, U. brizantha, U. decumbens and U. humidicola). Breeding programs rely on interspecific hybridizations to increase genetic diversity and introgress traits of agronomic importance. Knowledge of phylogenetic relationships is important to optimize compatible hybridizations in Urochloa, where phylogeny has been subject of some controversy. We used next-generation sequencing to assemble the chloroplast genomes of four Urochloa species to investigate their phylogenetic relationships, compute their times of divergence and identify chloroplast DNA markers...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Brachiaria; Capim Urochloa; Gramínea Forrageira.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072837
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Native species of ultramafic massif of Barro Alto, GO, Brazil, can successfully be used to revegetate Ni mine spoil heaps. Repositório Alice
ANDRADE, L. R. M. de; AQUINO, F. de G.; MIRANDA, Z. de J. G.; PEREIRA, C. D.; REIS JUNIOR, F. B. dos; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; OLIVEIRA FILHO, E. C. de; NACIMENTO, C. T. C. do; FALEIRO, F. G.; RAMOS, A. K. B.; ECHEVARRIA, G..
bitstream/item/188857/1/Abstract-2561-final.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Espécie Nativa; Recuperação do Solo; Planta de Cobertura; Níquel.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102000
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Near infra-red spectroscopy as a tool for breeding high quality forage. Repositório Alice
FONSECA, C. E. L. da; RAMOS, A. K. B.; CARVALHO, M. A.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; GARCIA, A. C. C..
bitstream/item/171208/1/Anais-Simposio-p35.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: NIRS; Espectroscopia de reflectância do infravermelho próximo; Raio Infravermelho; Espectrometria; Planta Forrageira; Análise Química; Espectrofotometria; Qualidade; Propagação Vegetativa.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085595
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Research priorities for next-generation breeding of tropical forages in Brazil. Repositório Alice
PEREIRA, J. F.; AZEVEDO, A. L. S.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; ROMANEL, E. A. da C.; PEREIRA, A. V.; VIGNA, B. B. Z.; SOUZA SOBRINHO, F. de; BENITES, F. R. G.; LEDO, F. J. da S.; BRITO, G. G. de; MEIRELES, K. G. X.; CAVALLARI, M. M.; RESENDE, R. M. S.; MACHADO, J. C..
ABSTRACT: Pasture is the main food source for more than 200 million cattle heads in Brazil. Although Brazilian forage breeding programs have successfully released well-adapted, high-yielding cultivars over the years, the use of genomic tools in these programs is currently limited. These tools are required to tackle the main challenges for tropical forage breeding in Brazil. In this context, this notes lists the main research priorities raised at the workshop ?Breeding Forages in the Genomic Era?, which are necessary to accelerate the use of genomic tools for next-generation breeding of tropical forages and allow breeders to increase genetic gains. Additionally, an online discussion forum (hosted at http://www.cnpgl.embrapa.br/genfor) has been launched to...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Planta Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Molecular; Genoma; Pesquisa; Brazil.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101684
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Research priorities for next-generation breeding of tropical forages in Brazil. Repositório Alice
PEREIRA, J. F.; AZEVEDO, A. L. S.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; ROMANEL, E. A. da C.; PEREIRA, A. V.; VIGNA, B. B. Z.; SOUZA SOBRINHO, F. de; BENITES, F. R. G.; LEDO, F. J. da S.; BRITO, G. G. de; MEIRELES, K. G. X.; CAVALLARI, M. M.; RESENDE, R. M. S.; MACHADO, J. C..
ABSTRACT: Pasture is the main food source for more than 200 million cattle heads in Brazil. Although Brazilian forage breeding programs have successfully released well-adapted, high-yielding cultivars over the years, the use of genomic tools in these programs is currently limited. These tools are required to tackle the main challenges for tropical forage breeding in Brazil. In this context, this notes lists the main research priorities raised at the workshop ?Breeding Forages in the Genomic Era?, which are necessary to accelerate the use of genomic tools for next-generation breeding of tropical forages and allow breeders to increase genetic gains. Additionally, an online discussion forum (hosted at http://www.cnpgl.embrapa.br/genfor) has been launched to...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Planta Forrageira; Melhoramento Genético Vegetal; Marcador Molecular; Genoma; Pesquisa; Brazil.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093445
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